冷泉港實驗方案關注CLIP

　　2012年11月，新一期的冷泉港實驗方案《Cold Spring Harbor Protocols》發布。本期主要聚焦了雙光子成像、淋巴管造影以及CLIP技術。

　　1. CLIP (Cross-Linking and Immunoprecipitation) Identification of RNAs Bound by a Specific Protein

　　這篇protocol改編自《RNA: A Laboratory Manual》一書，作者是Robert Darnell。

　　連坐(guilt by association)仍然是在生物學過程中分配功能的一個有力證據：與特定RNA結合的蛋白很有可能調控了RNA的命運和行動。為了解RNA功能，我們有必要檢測這種關聯，而交聯免疫沉淀(CLIP)技術就是一種有力工具。

　　CLIP的具體過程如下：利用紫外線讓RNA結合蛋白與它們的RNA靶點共價交聯，接著用免疫沉淀分離蛋白復合物，隨后鑒定RNA靶點的序列。通過捕獲多個靶序列，并研究它們的基因組來源，有可能推斷出蛋白與其RNA靶點之間的調控及其他功能關系。

　　這一方案的優勢在于它只捕獲密切相關的RNA和蛋白，因此是高度特異的。而主要缺點為步驟多，并非適用于所有蛋白。然而，若能正確操作，這種方法能為了解RNA結合蛋白的RNA配基特性提供許多有用的線索。

　　2. Imaging Intracellular Signaling Using Two-Photon Fluorescent Lifetime Imaging Microscopy

　　這篇Protocol改編自《Imaging: A Laboratory Manual》一書，作者是Ryohei Yasuda。

　　福斯特共振能量轉移(FRET)傳感器和FRET成像技術的最新發展實現了細胞內信號轉導事件的動態觀察，具有很高的時空分辨率。福斯特共振能量轉移是指激發態上的供體生色團有可能通過偶極耦合將能量傳遞給受體生色團(兩者距離通常在1nm附近)。這一機理也常稱為熒光共振能量轉移，但實際上能量并非通過熒光來完成轉移。FRET的效率在很大程度上取決于供體和受體之間的距離，讓這種現象稱為監控蛋白之間相互作用的有用工具。

　　特別值得一提的是，熒光壽命成像(FLIM)與雙光子激光掃描顯微鏡的結合(雙光子熒光壽命成像顯微鏡，2pFILM)是一種功能強大的工具，可監控厚組織中小的亞細胞結構中的信號轉導事件。這篇文章為利用2pFILM對細胞內信號進行成像提供了實用的指引。