如何實現單細胞ATACseq測序？Sanger研究所提出強大新工具

　　時至今日，我們體內許多細胞類型的工作方式，科學家們依然不清楚，比如對于保護機體不會患上嚴重疾病的免疫細胞。

　　DNA染色質的內部組織影響了每個細胞的功能，包括基因表達、DNA復制和DNA修復在內的一些基本的細胞過程。很久以前，人們就注意到易接近的染色質標記了一些調控序列，如啟動子、增強子、絕緣子和位點控制區域。這些元件與細胞類型特異性的轉錄因子互作，執行了一些指導細胞命運決定和發育的轉錄程序。

　　但是要了解“染色質可接近性”并不容易，ATAC-seq可以通過使用高通量測序對染色質可接近性核染色質區域進行分析，然而由于技術問題，在單細胞水平（scATAC-seq）進行的研究很少。

　　來自Sanger研究院的一組研究人員提出了一種簡單而強大的scATACseq新方法，可以觀測器官和組織內的微小單細胞。

　　這一研究成果公布在Nature Communications雜志上，由Sanger研究院發Kedar Nath Natarajan和Xi Chen領導完成。

　　這種新方法經證明，可以分析來自脾臟的3000多個細胞，這是各種免疫細胞聚集之處，這些細胞能對抗病原菌感染，而且也能提供日常免疫力和反應。

　　此前，華盛頓大學的科學家們利用ATAC-seq技術檢測出了85種特異性染色質的可及性狀態，作者指出，“以前的基于基因組的研究方法大多只研究了由許多細胞類型組成的組織和樣本，然而，不同細胞類型導致的平均值是可以掩蓋單細胞類型變化的，單細胞水平的細胞基因組研究大部分都是有關細胞中某些基因的表達是開啟還是關閉的，而有關基因被激活、調高調低或沉默的原因卻知之甚少。”

　　最新研究提出了一種強大，可擴展且更便宜的替代現有技術的方法，他們將Tn5標記與單核分選相結合，證明了這一方法在各種系統中都能正常運行，包括來自原發組織的新鮮和冷凍保存的細胞。研究人員通過分析超過3,000個脾細胞，結果識別了不同的免疫細胞類型，揭示細胞類型特異性調節區域和相關轉錄因子。