一、含義不同:
第一代測序:指雙脫氧末端終止法,擴增后通過毛細管電泳讀取序列,每次獲取數據量少。
第二代測序:為高通量測序,采用微珠或高密度芯片邊合成邊測序,代表有454,solexa,solid,高通量,可一次獲得數G數據,相對與第三代,都仍然需要擴增的方法放大信號,擴增后再檢測。
二、作用不同:
Sanger法測序利用一種DNA聚合酶來延伸結合在待定序列模板上的引物。直到摻入一種鏈終止核苷酸為止。
普通的二代測序,全基因組或外顯子組測序是將DNA分成小片段,然后對各個片段多次讀取(一般是三十次)。然而,如果突變只發生在15-20%的細胞中,三十次讀取還不足以可靠地捕捉到它們,尤其是當突變只影響一個基因拷貝時。
測序程序
在4只試管中加入適當的引物、模板、4種dNTP(包括放射性標記的dNTP,例如32PdNTP和DNA聚合酶(如以RNA為模板,則用反轉錄酶),再在上述4只管中分別加入一種一定濃度的ddNTP(雙脫氧核苷酸)。
與單鏈模板(如以雙鏈作模板,要作變性處理)結合的引物,在DNA聚合酶作用下從5’端向3’端進行延伸反應,32P隨著引物延長摻入到新合成鏈中。當ddNTP摻入時,由于它在3’位置沒有羥基,故不與下一個dNTP結合,從而使鏈延伸終止。ddNTP在不同位置摻入,因而產生一系列不同長度的新的DNA鏈。
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