基因芯片與RNAseq的比較分析
基因芯片 vs RNA-seq哪個好 ？最近幾年二代測序（又叫NGS）很火，而且價格越來越便宜，原來都用芯片檢測mRNA、miRNA、LncRNA表達量的，好像不少都換用RNA-seq了。那么，到底選擇哪種更好呢？今天就來回答下這個問題。一句話—— 看研究目的。常見誤區一：測序的準確性高，獲得的信息更豐富對，但又不對。 首先，大家需要明確，檢測到和準確分析基因表達量的概念是不同的，只有mapping到基因上的reads達到一定數量，才能得到相對準確的分析結果。因此RNA-Seq能檢測到多少可靠的信息完全取決于測序深度，測序深度，測序深度！不同于芯片的雜交法，RNA-seq是通過讀數來檢測，讀數多（即測序深度深）代表著RNA-seq的采樣率高。采樣率低了準確度自然就低了。那么有沒有一個實驗能說明芯片和RNA-seq之間數據準確度的差異呢？發表在PNAS上面的這篇文章就幫大家做了一個對比（PNAS 2011, 1......閱讀全文
基因芯片與RNAseq的比較分析
最近幾年二代測序（又叫NGS）很火，而且價格越來越便宜，原來都用芯片檢測mRNA、miRNA、LncRNA表達量的，好像不少都換用RNA-seq了。那么，到底選擇哪種更好呢？今天就來回答下這個問題。一句話—— 看研究目的。 常見誤區一： 測序的準確性高，獲得的信息更豐富 對，但又不對。
基因芯片與RNAseq的比較分析
基因芯片 vs RNA-seq哪個好 ？最近幾年二代測序（又叫NGS）很火，而且價格越來越便宜，原來都用芯片檢測mRNA、miRNA、LncRNA表達量的，好像不少都換用RNA-seq了。那么，到底選擇哪種更好呢？今天就來回答下這個問題。一句話——?看研究目的。常見誤區一：測序的準確性高，獲得的信息
RNAseq綜述（四）
設計更好的RNA-seq實驗仔細設計DGE RNA-seq實驗對于獲取高質量和生物意義數據有著非常重要的意義。尤其是要考慮到復制的層次，測序深度以及單端還是雙端測序。重復與實驗功效(replication and experimental power)在一個實驗中，足夠的生物學重復(biologic
RNAseq綜述（六）
單細胞分析scRNA-seq于2009年首次報道，當時的研究者在含有裂解緩沖液的EP管中分離了單個卵母細胞。單細胞測序對生物學新問題的解釋，以及現有的實驗室和計算方法以極快的速度發展，甚至最近幾年綜述都已經過時了。每種scRNA-seq方法都需要將實體組織進行分離，分離出單個細胞（使用不同的方法），
RNAseq綜述（五）
第1階段-測序讀長的比對(alignment)與組裝(assembly)測序完成后，分析的起點就是數據文件，這個數據文件包含了測序計數的堿基，這些數據文件通常是以FASTQ文件的格式存在。處理這些FASTQ文件最常見的第一步操作就是將測序讀長回貼到已知的轉錄組上（或已經注釋的基因組上），將每個測序讀
RNAseq綜述（三）
改良RNA-seq建庫方法RNA-seq最初用于分析多聚腺苷酸化的轉錄本，使用的方法源于早期的表達序列標簽(expressed-sequence tag)和芯片研究。然而，下一代測序的使用指出了這些方法的局限性，而這些局限性在芯片數據中并不明顯。因此，在RNA-seq首次報道后不久，就有研究
RNAseq綜述（一）
摘要在過去的十年中，RNA測序(RNA-seq)已經成為在全轉錄組范圍內分析差異基因表達和mRNAs差異剪接的重要工具。然而，隨著下一代測序技術的發展，RNA-seq技術也在不斷發展。現在，RNA-seq用于研究RNA生物學的許多方面，其中包括單細胞基因表達、翻譯（翻譯組,translatome）和
RNAseq綜述（九）
通過研究RNA分子內的相互作用來研究RNA的結構核糖體RNA和tRNA構成細胞的大部分RNA。它們與其他結構非編碼RNA一起在細胞中發揮各種作用，例如從基因調節到翻譯。現存主要有兩種研究RNA結構的方法：基于核酸酶的方法和化學探針方法。核糖核酸酶消化于1965年首次用于研究RAN(tRNA(Ala)
RNAseq綜述（七）
動態RNA-seq分析(Beyond steady-state RNA analysis)DGE分析是使用RNA-seq來檢測穩態下的mRNA表達水平，這一表達水平是通過mRNA的轉錄，加工和降解速度來決定的。但是，RNA-seq也可以用于研究涉及轉錄，翻譯所涉及的過程與動力學特征，這些研究為基因表
RNAseq綜述（二）
短讀長cDNA測序短讀長已經成了在整個轉錄組范圍內對基因進行檢測和定量的事實方法(de facto method)，部分原因是這種方法比芯片成本更低，操作更方便，但是其主要原因還是因為這種方法能生成更全面，更高質量的數據，這種方法能夠 對整個轉錄組中的基因表達水平進行定量。使用Illumina短讀長
RNAseq綜述（八）
使用核糖體分析方法檢測活躍的翻譯RNA-seq的主要用途在于研究樣本中的mRNA的種類與數量，但是mRNAs的存在與否并不直接關系到蛋白質的合成。現在有兩種方法可以研究轉錄以外的翻譯情況，可以讓研究者們更好的理解翻譯組(translatome)：一種是多核糖體表達譜(polysomal pr
基因芯片
基因芯片(genechip)（又稱DNA芯片、生物芯片）的原型是80年代中期提出的。基因芯片的測序原理是雜交測序方法，即通過與一組已知序列的核酸探針雜交進行核酸序列測定的方法，在一塊基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探針。當溶液中帶有熒光標記的核酸序列TATGCAATCTAG，與基因芯片上對應位置的
基因測序技術（一）
什么是基因測序 基因組攜帶了個體的全部遺傳信息，基因測序能夠加深對疾病尤其是惡性腫瘤的分子機制理解，在診斷與治療方面都發揮著重要作用。從1953年沃森和克里克發現DNA分子雙螺旋結構到2001年首個人類基因組圖譜的繪制完成，越來越多的人們意識到基因測序在生物醫學中的重要作用。 所謂基因測
解讀單細胞RNAseq技術
多年來，跟蹤一個單細胞的轉錄組，超出了我們的能力。但是現在，時代已經變了，新的單細胞RNA-seq方法，可以分析大量的細胞及它們的命運 多年來，跟蹤一個單細胞的轉錄組，超出了我們的能力。但是現在，時代已經變了，新的單細胞RNA-seq方法，可以分析大量的細胞及它們的命運。 我們都參加過大型生日派
解讀單細胞RNAseq技術
多年來，跟蹤一個單細胞的轉錄組，超出了我們的能力。但是現在，時代已經變了，新的單細胞RNA-seq方法，可以分析大量的細胞及它們的命運。 我們都參加過大型生日派對：在擁擠的房間里，與許多人聊天、吃飯和慶祝。但是，試想你并不知道壽星是誰，只是像一個局外者看待這個派對。你可能會覺得整個事件看起來與
RNASeq和線粒體測序介紹
如今NGS已能夠快速經濟地閱讀數億個reads，所及之處遠超越基因組學（如RNA測序使轉錄組學發生革命性變化）。盡管NGS取得了諸多進步，但依然存在一些重大的挑戰。日前，牛津大學舉辦的“NGS七周年大會”聚焦了NGS面臨的挑戰，此次會議闡述了NGS領域最令人生畏的障礙，同時也闡述了跨越這些障礙的技術
基因芯片－簡介
隨著人類基因組（測序）計劃（ Human genome project ）的逐步實施以及分子生物學相關學科的迅猛發展，越來越多的動植物、微生物基因組序列得以測定，基因序列數據正在以前所未有的速度迅速增長。然而 , 怎樣去研究如此眾多基因在生命過程中所擔負的功能就成了全世界生命科學工作者共
基因芯片概念
基因芯片（又稱 DNA 芯片、生物芯片）技術就是順應這一科學發展要求的產物，它的出現為解決此類問題提供了光輝的前景。該技術系指將大量（通常每平方厘米點陣密度高于 400 ）探針分子固定于支持物上后與標記的樣品分子進行雜交，通過檢測每個探針分子的雜交信號強度進而獲取樣品分子的數量和序列信息。通俗地說，
基因芯片－原理
基因芯片(gene chip)的原型是80年代中期提出的。基因芯片的測序原理是雜交測序方法，即通過與一組已知序列的核酸探針雜交進行核酸序列測定的方法，可以基因芯片的測序原理用圖11-5-1來說明。在一塊基片表面固定了序列已知的八核苷酸的探針。當溶液中帶有熒光標記的核酸序列TATGCAATCTAG，與
基因芯片簡介
隨著人類基因組（測序）計劃（Human genome project）的逐步實施以及分子生物學相關學科的迅猛發展，越來越多的動植物、微生物基因組序列得以測定，基因序列數據正在以前所未有的速度迅速增長。然而，怎樣去研究如此眾多基因在生命過程中所擔負的功能就成了全世界生命科學工作者共同的課題。為此，建立
如何解決RNAseq量化誤差？
NA-Seq已經成為測量基因表達的標準，以及用于人類疾病研究的一種重要技術。基因表達量化分析涉及，測序序列與一個已知基因組或轉錄組參考序列的比對。這種量化的準確度取決于，序列中要有足夠多的獨特信息，才能使生物信息學工具能夠準確地將測序序列分配到正確的基因位置上。 九月四日，英國愛丁堡大學的Ch
用RNAseq快速繪制大腦圖
在過去的十年中，DNA和RNA測序技術已迅猛發展并且更加便宜，現在它們被運用到各種新的領域中。最近在《Neuron》發表的一項新研究中，研究人員使用RNA測序技術，在單個神經元水平上繪制小鼠的大腦圖。這種新技術被稱為Multiplexed Analysis of Projections by S
基因芯片相關技術
樣品的準備及雜交檢測目前，由于靈敏度所限，多數方法需要在標記和分析前對樣品進行適當程序的擴增，不過也有不少人試圖繞過這一問題，如 Mosaic Technologies 公司引入的固相 PCR 方法，引物特異性強，無交叉污染并且省去了液相處理的煩瑣； Lynx Therapeutics 公司引入
基因芯片發展歷史
俄羅斯科學院恩格爾哈得分子生物學研究所和美國阿貢國家實驗室（ANL）的科學家們最早在文獻中提出了用雜交法測定核酸序列（SBH）新技術的想法。當時用的是多聚寡核酸探針。幾乎與此同時英國牛津大學生化系的Sourthern等也取得了在載體固定寡核苷酸及雜交法測序的國際專利。在這些技術儲備的基礎上，1994
什么是基因芯片？
基因芯片（genechip）（又稱DNA芯片、生物芯片）的原型是80年代中期提出的。基因芯片的測序原理是雜交測序方法，即通過與一組已知序列的核酸探針雜交進行核酸序列測定的方法，在一塊基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探針。當溶液中帶有熒光標記的核酸序列TATGCAATCTAG，與基因芯片上對應位置的
基因芯片的應用
DNA芯片技術就是指在固相支持物上原位合成寡核苷酸或者直接將大量的DNA探針以顯微打印的方式有序地固化于支持物表面，然后與標記的樣品雜交，通過對雜交信號的檢測分析，即可獲得樣品的遺傳信息。是伴隨“人類基因組計劃”的研究進展而快速發展起來的一門高新技術。通俗地說，基因芯片是通過微加工技術，將數以萬計、
基因芯片的原理
基因芯片（gene chip）的原型是80年代中期提出的。基因芯片的測序原理是雜交測序方法，即通過與一組已知序列的核酸探針雜交進行核酸序列測定的方法，可以用圖11-5-1來說明。在一塊基片表面固定了序列已知的八核苷酸的探針。當溶液中帶有熒光標記的核酸序列TATGCAATCTAG，與基因芯片上對應位置
基因芯片主要類型
目前已有多種方法可以將寡核苷酸或短肽固定到固相支持物上。這些方法總體上有兩種，即原位合成（ in situ synthesis ）與合成點樣兩種。支持物有多種如玻璃片、硅片、聚丙烯膜、硝酸纖維素膜、尼龍膜等，但需經特殊處理。作原位合成的支持物在聚合反應前要先使其表面衍生出羥基或氨基（視所要固定基因芯
基因芯片的應用
1998 年底美國科學促進會將基因芯片技術列為 1998 年度自然科學領域十大進展之一，足見其在科學史上的意義。現在，基因芯片這一時代的寵兒已被應用到生物科學眾多的領域之中。它以其可同時、快速、準確地分析數以千計基因組信息的本領而顯示出了巨大的威力。這些應用主要包括基因表達檢測、突變檢測、基因組多態
基因芯片檢測原理
雜交信號的檢測是DNA芯片技術中的重要組成部分。以往的研究中已形成許多種探測分子雜交的方法，如熒光顯微鏡、隱逝波傳感器、光散射表面共振、電化傳感器、化學發光、熒光各向異性等等，但并非每種方法都適用于DNA芯片。由于DNA芯片本身的結構及性質，需要確定雜交信號在芯片上的位置，尤其是大規模DNA芯片由于