RNAseq綜述（五）
第1階段-測序讀長的比對(alignment)與組裝(assembly)測序完成后，分析的起點就是數據文件，這個數據文件包含了測序計數的堿基，這些數據文件通常是以FASTQ文件的格式存在。處理這些FASTQ文件最常見的第一步操作就是將測序讀長回貼到已知的轉錄組上（或已經注釋的基因組上），將每個測序讀長轉換為一個或多個基因組坐標。這一過程可以使用多個不同的比對工具，例如TopHat，STAR或HISAT，它們都依賴于一個參考基因組。由于測序的cDNA都源于RNA，而RNA有可能跨外顯子邊界，因此當與參考基因組（含有內含子與外顯子）進行比對時，這些工具進行一個剪接比對后，測序讀長之間會出現一些間隙。如果測序的物種沒有一個可用的高質量基因組注釋（含有已經知的外顯子邊界），或者說如果希望將測序讀長與轉錄本（而不是基因）關聯起來，那么可以使用比對的讀長進行轉錄組的組裝。一些組裝工具，例如StringTie，SOAPdenovo-Trans......閱讀全文
RNAseq綜述（六）
單細胞分析scRNA-seq于2009年首次報道，當時的研究者在含有裂解緩沖液的EP管中分離了單個卵母細胞。單細胞測序對生物學新問題的解釋，以及現有的實驗室和計算方法以極快的速度發展，甚至最近幾年綜述都已經過時了。每種scRNA-seq方法都需要將實體組織進行分離，分離出單個細胞（使用不同的方法），
RNAseq綜述（四）
設計更好的RNA-seq實驗仔細設計DGE RNA-seq實驗對于獲取高質量和生物意義數據有著非常重要的意義。尤其是要考慮到復制的層次，測序深度以及單端還是雙端測序。重復與實驗功效(replication and experimental power)在一個實驗中，足夠的生物學重復(biologic
RNAseq綜述（二）
短讀長cDNA測序短讀長已經成了在整個轉錄組范圍內對基因進行檢測和定量的事實方法(de facto method)，部分原因是這種方法比芯片成本更低，操作更方便，但是其主要原因還是因為這種方法能生成更全面，更高質量的數據，這種方法能夠 對整個轉錄組中的基因表達水平進行定量。使用Illumina短讀長
RNAseq綜述（一）
摘要在過去的十年中，RNA測序(RNA-seq)已經成為在全轉錄組范圍內分析差異基因表達和mRNAs差異剪接的重要工具。然而，隨著下一代測序技術的發展，RNA-seq技術也在不斷發展。現在，RNA-seq用于研究RNA生物學的許多方面，其中包括單細胞基因表達、翻譯（翻譯組,translatome）和
RNAseq綜述（八）
使用核糖體分析方法檢測活躍的翻譯RNA-seq的主要用途在于研究樣本中的mRNA的種類與數量，但是mRNAs的存在與否并不直接關系到蛋白質的合成。現在有兩種方法可以研究轉錄以外的翻譯情況，可以讓研究者們更好的理解翻譯組(translatome)：一種是多核糖體表達譜(polysomal pr
RNAseq綜述（九）
通過研究RNA分子內的相互作用來研究RNA的結構核糖體RNA和tRNA構成細胞的大部分RNA。它們與其他結構非編碼RNA一起在細胞中發揮各種作用，例如從基因調節到翻譯。現存主要有兩種研究RNA結構的方法：基于核酸酶的方法和化學探針方法。核糖核酸酶消化于1965年首次用于研究RAN(tRNA(Ala)
RNAseq綜述（三）
改良RNA-seq建庫方法RNA-seq最初用于分析多聚腺苷酸化的轉錄本，使用的方法源于早期的表達序列標簽(expressed-sequence tag)和芯片研究。然而，下一代測序的使用指出了這些方法的局限性，而這些局限性在芯片數據中并不明顯。因此，在RNA-seq首次報道后不久，就有研究
RNAseq綜述（五）
第1階段-測序讀長的比對(alignment)與組裝(assembly)測序完成后，分析的起點就是數據文件，這個數據文件包含了測序計數的堿基，這些數據文件通常是以FASTQ文件的格式存在。處理這些FASTQ文件最常見的第一步操作就是將測序讀長回貼到已知的轉錄組上（或已經注釋的基因組上），將每個測序讀
RNAseq綜述（七）
動態RNA-seq分析(Beyond steady-state RNA analysis)DGE分析是使用RNA-seq來檢測穩態下的mRNA表達水平，這一表達水平是通過mRNA的轉錄，加工和降解速度來決定的。但是，RNA-seq也可以用于研究涉及轉錄，翻譯所涉及的過程與動力學特征，這些研究為基因表
解讀單細胞RNAseq技術
多年來，跟蹤一個單細胞的轉錄組，超出了我們的能力。但是現在，時代已經變了，新的單細胞RNA-seq方法，可以分析大量的細胞及它們的命運 多年來，跟蹤一個單細胞的轉錄組，超出了我們的能力。但是現在，時代已經變了，新的單細胞RNA-seq方法，可以分析大量的細胞及它們的命運。 我們都參加過大型生日派
解讀單細胞RNAseq技術
多年來，跟蹤一個單細胞的轉錄組，超出了我們的能力。但是現在，時代已經變了，新的單細胞RNA-seq方法，可以分析大量的細胞及它們的命運。 我們都參加過大型生日派對：在擁擠的房間里，與許多人聊天、吃飯和慶祝。但是，試想你并不知道壽星是誰，只是像一個局外者看待這個派對。你可能會覺得整個事件看起來與
RNASeq和線粒體測序介紹
如今NGS已能夠快速經濟地閱讀數億個reads，所及之處遠超越基因組學（如RNA測序使轉錄組學發生革命性變化）。盡管NGS取得了諸多進步，但依然存在一些重大的挑戰。日前，牛津大學舉辦的“NGS七周年大會”聚焦了NGS面臨的挑戰，此次會議闡述了NGS領域最令人生畏的障礙，同時也闡述了跨越這些障礙的技術
用RNAseq快速繪制大腦圖
在過去的十年中，DNA和RNA測序技術已迅猛發展并且更加便宜，現在它們被運用到各種新的領域中。最近在《Neuron》發表的一項新研究中，研究人員使用RNA測序技術，在單個神經元水平上繪制小鼠的大腦圖。這種新技術被稱為Multiplexed Analysis of Projections by S
如何解決RNAseq量化誤差？
NA-Seq已經成為測量基因表達的標準，以及用于人類疾病研究的一種重要技術。基因表達量化分析涉及，測序序列與一個已知基因組或轉錄組參考序列的比對。這種量化的準確度取決于，序列中要有足夠多的獨特信息，才能使生物信息學工具能夠準確地將測序序列分配到正確的基因位置上。 九月四日，英國愛丁堡大學的Ch
聚焦芯片到RNAseq的轉型之路
自二十世紀九十年代中期以來，芯片就一直是基因組表達分析的中堅力量。在這一技術最輝煌的時期，準備研究基因表達模式的人都會想到使用芯片。不過隨著測序成本的直線下降，RNA測序（RNA-seq）成為了越來越受歡迎的轉錄組分析方法。 DNA芯片上排列著大量的核酸探針，可以代表生物的整個基因組或部分基因
Nature－Methods：單細胞RNAseq方法的比較
隨著大家對單細胞轉錄組分析的興趣日益增加，開展單細胞RNA-seq的方法也在不斷涌現。近日，斯坦福大學的研究人員比較了市場上各種單細胞RNA擴增方法，以系統評估單細胞RNA-seq方法的靈敏度和準確性。他們的研究結果發表在《Nature Methods》在線版上。 目前，整個轉錄組的高
Genome－Biology：RNAseq需要多長的讀長？
隨著新一代測序（NGS）的讀長在不斷增長，研究人員也開始糾結：到底多長的讀長才合適？雙端測序是不是優于單端測序？近日，康奈爾大學維爾醫學院的研究人員在《Genome Biology》雜志上發表文章，認為對于差異表達分析而言，讀長并非越長越好。不過，雙端測序和長的讀長無疑能改善剪接的檢測。 最初
基因芯片與RNAseq的比較分析
最近幾年二代測序（又叫NGS）很火，而且價格越來越便宜，原來都用芯片檢測mRNA、miRNA、LncRNA表達量的，好像不少都換用RNA-seq了。那么，到底選擇哪種更好呢？今天就來回答下這個問題。一句話—— 看研究目的。 常見誤區一： 測序的準確性高，獲得的信息更豐富 對，但又不對。
基因芯片與RNAseq的比較分析
基因芯片 vs RNA-seq哪個好 ？最近幾年二代測序（又叫NGS）很火，而且價格越來越便宜，原來都用芯片檢測mRNA、miRNA、LncRNA表達量的，好像不少都換用RNA-seq了。那么，到底選擇哪種更好呢？今天就來回答下這個問題。一句話——?看研究目的。常見誤區一：測序的準確性高，獲得的信息
體外轉錄測序揭示RNAseq的終極誤差
高通量RNA測序（RNA-seq）是了解轉錄調控的一種強大技術。利用RNA-seq，我們不僅可以更好地進行傳統的基因差異表達分析，而且還可以全面地研究可變剪接、RNA編輯、等位基因特異性表達和確定新的轉錄本（編碼RNA和非編碼RNA）。 與更成熟的、以RNA表達分析為基礎的微陣列相反，RNA-
Nature：RNAseq疾病診斷潛力不容忽視
全外顯子組測序（WES）和全基因組測序（WGS）對于罕見的孟德爾遺傳病的檢測能力最高只能達到50%，基于這兩種手段，我們對于遺傳多樣性帶來具體生物學功能差異和臨床疾病病因的解釋能力是十分有限的。Cummings課題組曾使用RNA測序（RNAseq）對肌肉疾病進行了準確的檢測，證實了RNAseq在
RNAseq尋找生物標志物將更簡單
最近，瑞典卡羅林斯卡學院和愛沙尼亞醫療技術能力中心的科學家合作，開發出了一種新的基因表達分析方法，讓通過全血RNA-seq進行生物標志物的發現和分析，將會變得更為簡單。他們的研究結果發表在8月12日的《Scientific Reports》雜志。 血液攜帶的細胞，可提供多種有用的生物標志物。血
RNASeq，區分細菌和病毒感染新工具
在臨床治療中，準確鑒定細菌感染和病毒感染至關重要，這關系到治療干預方案選擇和抗生素耐藥隱患預防。 例如下呼吸道感染（lower respiratory tract infections，LRTIs），不同病原體引起的不同疾病有著相似的臨床癥狀，讓醫生很難做出正確診斷。 如今，羅切斯特大學醫學
體外轉錄測序揭示RNAseq的終極誤差
高通量RNA測序（RNA-seq）是了解轉錄調控的一種強大技術。利用RNA-seq，我們不僅可以更好地進行傳統的基因差異表達分析，而且還可以全面地研究可變剪接、RNA編輯、等位基因特異性表達和確定新的轉錄本（編碼RNA和非編碼RNA）。 與更成熟的、以RNA表達分析為基礎的微陣列相反，RNA-
單細胞RNAseq發現調節干細胞發育的新基因
最近，Wellcome Genome Campus的一項新研究演示了單細胞基因組學的力量，揭示了它如何能幫助科學家了解細胞的早期發育。這項研究發現了參與干細胞調控網絡的新基因，以及新 的細胞亞群，可讓我們深入了解干細胞多能性——成為幾乎所有不同類型細胞的能力。研究人員還為干細胞群落開發了新的資源
建立標準化的RNAseq，為液體活檢掃清障礙
檢測一管血液或尿液，通過其中的標志物來幫助診斷或治療疾病，這個新思路讓人們激動不已。不過，盡管RNA測序（RNA-seq）越來越多地用于小片段RNA的分析，但文庫制備方法的準確性和重復性還是存在問題。 密歇根大學的Muneesh Tewari教授認為：“不同的人采用不同的方法來測序小RNA，有
Nature－Methods新方法能矯正RNAseq測序的技術偏差
基因表達分析正越來越多地用于癌癥的診斷和檢測，是生物學研究的主要工具，一種新型的計算方法可以提高基因表達分析的準確性。 來自卡耐基梅隆大學和紐約州立大學石溪分校的研究人員稱，他們的方法（被稱作Salmon）能夠矯正轉錄組測序技術（RNA-seq）中的技術偏差。而且這種技術預估基因表達水平的速度
為什么deSALT技術能夠突破長RNAseq讀序列比對瓶頸
由于高測序錯誤和復雜的基因結構，長讀RNA測序讀段的比對就顯得非常重要。2019年12月16號，哈爾濱工業大學臧天儀、王亞東團隊在Genome Biology上在線發表了題為deSALT: fast and accurate long transcriptomic read alignment
HPV－RNASeq：一種診斷宮頸癌的新技術
法國巴斯德研究所領導的研究團隊近日開發出一種雙管齊下的新策略，能夠評估那些感染人乳頭瘤病毒（HPV）的婦女患上宮頸癌的風險。這項成果于近日發表在《The Journal of Molecular Diagnostics》雜志上。 眾所周知，99%的宮頸癌病例是由HPV引起的。目前有200多種H
于軍研究組：首次利用RNAseq解析小鼠乳腺轉錄組學
乳腺是哺乳動物特有的器官, 90%的發育過程集中在出生之后。近期來自中科院北京基因組研究所，中國科學院大學等處的研究人員首次利用RNA-seq技術對小鼠乳腺發育進行轉錄組學研究, 包括懷孕期、哺乳期和退化期小鼠乳腺的基因表達情況，并解析了懷孕哺乳周期乳腺的關鍵調控基因。 作為哺乳動