實驗概要染色質免疫共沉淀是一種強力的方法,來聯系蛋白質或其修飾的定位與基因組的關系。染色質分離并用特異性抗體判斷是否與特異性 DNA 序列相結合。染色質免疫沉淀法亦可用來檢測目的位點在基因組中的時空分布(用芯片或 DNA 測序)。本操作規程詳細闡述了交聯染色質免疫沉淀 (X-ChIP) 實驗的具體步驟。實驗步驟1. 交聯和細胞收集1) 取 2 個 150 cm2培養皿的融合細胞(每皿細胞數約 1 X 107 - 5 X 107 個)。向培養基中滴加甲醛以使蛋白和 DNA 相交聯,甲醛的終濃度為 0.75%(體積百分比),室溫下輕輕搖動 10 分鐘。2) 加入甘氨酸至終濃度為 125 mM,輕輕振蕩孵育 5 分鐘。3) 用 10 ml 冷 PBS 洗滌細胞 2 次。4) 用 5 ......閱讀全文
隨著人類基因組測序工作的基本完成,功能基因組學逐漸成為研究的熱點。而基因表達的調控又是功能基因組學的一個重要研究領域,要想提供蛋白因子直接調控的證據,需要直接檢測蛋白質-DNA的相互作用,而染色質免疫沉淀技術(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)就是一種研
3. 染色質免疫沉淀Input對照:在進行免疫沉淀前,需要取一部分斷裂后的染色質做Input對照。Input是斷裂后的基因組DNA,需要與沉淀后的樣品DNA一起經過逆轉交聯,DNA 純化,以及最后的PCR或其他方法檢測。Input對照不僅可以驗證染色質斷裂的效果,還可以根據Input中的靶序
染色質由真核基因組包裝而成,它參與了轉錄、復制、重組、修復等許多以DNA一蛋白質相互作用為基礎的生化過程。研究者感興趣的是這些過程涉及到哪些特異的基因或DNA序列,有哪些蛋白質參與。盡管有許多人對染色質進行分類,就像Holde將其分為轉錄活性或非活性位點,但染色質構本身是動態的,并且DNA與非組蛋白
“Cell Press Selections”是由Cell出版社推出的一份推薦文章集合手冊,主要介紹某個生命科學研究領域最新的進展及突出成果。相關特輯內容包括研究論文,評論性文章以及snapshots,涉及了同一領域的方方面面,更為重要的是這些文章由贊助商贊助,可以免費獲取。 蛋白與DNA之間
真核生物的基因組DNA以染色質的形式存在,研究蛋白質與DNA在染色質環境下的相互作用是闡明真核生物基因表達機制的基本途徑。與傳統的EMSA技術相比,染色質免疫沉淀技術(ChIP)能真實完整地反映結合在DNA序列上的調控蛋白,是目前研究體內DNA與蛋白質相互作用的最佳方法。染色質免疫沉淀技術(chro
試劑、試劑盒甲醛甘氨酸TBS蛋白酶抑制劑裂解緩沖液免疫共沉淀洗脫液TESTE儀器、耗材超聲波粉碎儀實驗步驟1.培養要分析的細胞。每一個樣品,需要在三角瓶中培養 50~100ml 細胞至 OD600 大約為 1。2.甲醛處理細胞交聯蛋白質和 DNA。加甲醛到細胞中至終濃度為 1%(37% 的甲醛按 1
染色質免疫沉淀技術(Chromatin Immunoprecipitation,簡稱ChIP)是研究體內蛋白質與DNA相互作用的一種技術。它利用抗原抗體的特異性反應,可以真實地反映體內蛋白分子與基因組DNA結合的狀況。下面我們就最基本的實驗步驟,實驗中的小技巧以及需要注意的問題簡單介紹一下。1.
該發現構成了描述表觀基因組的新框架荷蘭科學家在果蠅細胞中發現五種主要染色質類型 轉錄活性常染色質與受阻遏異染色質的染色質傳統分類曾是一個有用的模型,但它應該進行升級,以適應人們日益增加的有關染色質功能域的知識。一項在果蠅中對與蛋白質有關的53種染色質進行的大規模綜合性全基
序言隨著人類基因組測序工作的基本完成,功能基因組學的研究逐漸成為研究的熱點。而基因表達的調控又是功能基因組學的一個重要研究領域。研究某個蛋白因子的調控功能,可以通過對蛋白活性(激活或抑制其活性),蛋白數量(過表達Overexpression或基因缺陷型Knockout), 以及蛋白功能(功能缺陷
染色質免疫共沉淀測序(ChIP-Seq)是指對染色質免疫共沉淀(ChIP)獲得的DNA片段進行大規模測序,并能把所研究蛋白的DNA結合位點精確定位到基因組上。Roche GS FLX Titanium 、Illumina Hiseq2000和AB SOLID 4 這3種測序技術均可以用于ChIP-
ChIP技術的原理 在生理狀態下把細胞內的DNA與蛋白質交聯在一起,通過超聲或酶處理將染色質切為小片段后,利用抗原抗體的特異性識別反應,將與目的蛋白相結合的DNA片段沉淀下來,以富集存在組蛋白修飾或者轉錄調控的DNA片段,再通過多種下游檢測技術(定量PCR、基因芯片、測序等)來檢測此富集片
染色質免疫沉淀法(Chromatin immunoprecitation,ChIP)是研究體內DNA與蛋白質相互作用的重要工具。它可以靈敏地檢測目標蛋白與特異DNA片段的結合情況,還可以用來研究組蛋白與基因表達的關系。核小體組蛋白可以發生多種翻譯后的共價修飾,如乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化等,這些
ChIP技術的原理在生理狀態下把細胞內的DNA與蛋白質交聯在一起,通過超聲或酶處理將染色質切為小片段后,利用抗原抗體的特異性識別反應,將與目的蛋白相結合的DNA片段沉淀下來,以富集存在組蛋白修飾或者轉錄調控的DNA片段,再通過多種下游檢測技術(定量PCR、基因芯片、測序等)來檢測此富集片段的DNA序
染色質(Chromatin)最早是1879年Flemming提出的用以描述核中染色后強烈著色的物質。現在認為染色質是細胞間期細胞核內能被堿性染料染色的物質。染色質的基本化學成分為脫氧核糖核酸核蛋白,它是由DNA、組蛋白、非組蛋白和少量RNA組成的復合物。染色質是真核生物基因組DNA存在的主要形式。因
11月17日Cell雜志SnapShot專欄介紹了表觀遺傳研究的檢測方法,這四種方法包括:亞硫酸氫鈉測序法(bisulfite sequencing)、染色質免疫沉淀測序技術(chromatin immunoprecipiation sequencing)、開放染色質測定(determinati
作為研究基因表達調控的重要方法,近年來染色質免疫共沉淀得到了越來越廣泛的應用,但有關將乳腺組織作為ChIP材料的研究及其方法尚未見報道。 近期來自廣西大學亞熱帶農業生物資源保護與利用國家重點實驗室等處的研究人員提出了一種新型乳腺組織染色質免疫共沉淀方法,這種方法獲得的DNA樣品中, 靶序列得到
蛋白質和DNA的相互作用是調控細胞反應過程的要素之一。染色質免疫沉淀分析方法(chromatin immunoprecipitation, CHIP)是研究活體內DNA和蛋白質的相互作用的最新最有力的研究工具。CHIP技術通過三大步驟實現:第一,甲醛固定后染色質分離和斷片;第二,運用特異蛋白
ChIP(染色質免疫沉淀)方法是研究活體“蛋白質-DNA”相互反應的一種非常強大的工具。目前,這種方法用于染色質結構的動力學研究、轉錄因子的調節和輔助調節因子及其他表觀遺傳變化的研究。ChIP的使用過程分為三個主要步驟:第一步,在甲醛固定后分離和破碎染色質;第二步,使用感興趣的蛋白的抗體完成特定染色
近年來,Z型DNA(Z-DNA)的研究引發關注,但是在細胞中對其進行觀測還存在困難,主要原因是缺少一種簡便可靠的手段對其進行直接觀測。最近,中國科學院合肥物質科學研究院智能機械研究所研究員黃青課題組與鄭州大學張鳳秋課題組合作,利用紅外光譜技術觀測并研究染色質重塑中DNA的B-Z構象轉變,相關研究
現代分子生物學和免疫學的進展加深了我們對許多疾病的了解,并且導致了免疫新策略的產生,免疫學檢測方法可分為體液免疫和細胞免疫測定。本文盤點了與免疫學有關的分子生物學實驗技術匯總。 一、GST pull-down實驗 GST是指谷胱甘肽巰基轉移酶,GST pull-down實驗是一個行之有效的驗
科學家們在《Journal of Experimental Medicine》上發表報告稱,他們發現了一種基因和蛋白質家族,對免疫系統中成熟且功能完整的T細胞的形成至關重要。這一發現可能有助于為多發性硬化癥(multiple sclerosis)和IBD等免疫疾病帶來新的治療方法。 T細胞是人
染色質免疫共沉淀實驗方法原理在保持組蛋白和DNA聯合的同時,通過運用對應于一個特定組蛋白標記的生物抗體,染色質被切成很小的片斷,并沉淀下來。IP是利用抗原蛋白質和抗體的特異性結合以及細菌蛋白質的“prorein A”特異性地結合到免疫球蛋白的FC片段的現象活用開發出來的方法。目前多用精制的prore
核小體是真核生物染色質的基本單位,由DNA纏繞組蛋白八聚體構成。組蛋白翻譯后共價修飾是表觀遺傳調控的重要方式之一,通過影響染色質的狀態而調控基因表達等過程。組蛋白H3第27位賴氨酸的三甲基化修飾(H3K27me3)通過維持基因的沉默狀態,在動植物細胞命運決定以及生長發育中發揮重要的調控作用。基因
生物通報道:近日,加州大學圣地亞哥分校任兵教授帶領的研究小組,在國際知名學術期刊《Cell Research》以Letter to the Editor的形式,在線發表了題為“Mapping of long-range chromatin interactions by proximity li
EpiQuik?植物染色質免疫沉淀試劑盒包括全套的試劑,允許試驗者有效地在體內研究蛋白-DNA相互關系。整個過程可以在6小時內完成,產品效果遠遠優于任何競爭對手的試劑盒。EpiQuik?植物染色質免疫沉淀試劑盒適用于將特異性免疫沉淀與定性和定量PCR、ChIP-Seq、ChIP-on-chip結合使
實驗方法原理 在保持組蛋白和DNA聯合的同時,通過運用對應于一個特定組蛋白標記的生物抗體,染色質被切成很小的片斷,并沉淀下來。IP是利用抗原蛋白質和抗體的特異性結合以及細菌蛋白質的“prorein A”特異性地結合到免疫球蛋白的FC片段的現象活用開發出來的方法。目前多用精制的prorein
實驗方法原理 在保持組蛋白和DNA聯合的同時,通過運用對應于一個特定組蛋白標記的生物抗體,染色質被切成很小的片斷,并沉淀下來。IP是利用抗原蛋白質和抗體的特異性結合以及細菌蛋白質的“
實驗方法原理在保持組蛋白和DNA聯合的同時,通過運用對應于一個特定組蛋白標記的生物抗體,染色質被切成很小的片斷,并沉淀下來。IP是利用抗原蛋白質和抗體的特異性結合以及細菌蛋白質的“prorein A”特異性地結合到免疫球蛋白的FC片段的現象活用開發出來的方法。目前多用精制的prorein A預先結合
人類基因組計劃的完成開啟了一個新的紀元——功能基因組時代來臨,與基因信息相比較,人們更關注于基因的功能、調控網絡與信號通路等信息。表觀遺傳學研究與核內蛋白因子的功能分析成為基因表達調控研究的重要組成部分。結合了染色質免疫共沉淀與基因芯片技術的ChIP-chip技術的浮現使得全基因組范圍內DNA與蛋白
細胞凋亡與壞死是兩種完全不同的細胞凋亡形式,根據死亡細胞在形態學、生物化學和分子生物學上的差別,可以將二者區別開來。細胞凋亡的檢測方法有很多,下面介紹幾種常用的測定方法。 第一種 細胞凋亡的形態學檢測 根據凋亡細胞固有的形態特征,人們已經設計了許多不同的細胞凋亡形態學檢測方法。