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    NatComm|張強鋒組利用人工智能算法分析單細胞ATACseq數據

    近年來,深度學習等人工智能技術在圖像識別,自然語言處理等領域取得了令人矚目的成就。人工智能技術應用于生命科學,對生物信息多個領域產生了重大的影響。深度學習算法借助于生命科學大數據的飛速發展,從海量大數據中自動高效地提取特征進行學習,極大超越了依賴人工提取特征的傳統人工智能算法,在醫療圖像處理、結構預測、藥物研發、以及基因組數據分析等諸多領域大顯身手。在生命組學的前沿單細胞RNA測序領域,深度學習等人工智能算法也逐漸得到應用,并取得不錯的結果。然而深度學習應用于單細胞測序數據分析,面臨著數據稀疏性、維度災難、以及難以解釋等諸多挑戰。 染色質開放區域是基因組編碼生命信息的窗口,在染色體開放區域上包含了很多重要的轉錄因子結合位點和基因調控的基因組元件【1】。ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)技術通過Tn5 DNA轉座酶在開放......閱讀全文

    單細胞轉錄組測序(scRNA-seq)的十個問答解惑

    高通量組學研究已經發展了快20年,從最開始的基因芯片到二代測序,從編碼基因到lncRNA,circRNA,從三代測序的出現到單細胞組學研究的火熱,相信在這個領域中共事的小伙伴們都深有感觸。大家都知道高通量單細胞測序現在很火,但是不是所有的研究都適用,是不是所有的樣本都能進行單細胞測序呢?本期小編帶來

    大數據研究推翻常規認識

      近年來,科學創新日漸進入"大數據"時代,各種高通量的分析手段以及各類"組學"的發展,使得我們對生命科學的基本原理以及與人類健康有關的疾病發生機制方面有了更加深入的認識。針對最近一段時間以來科學家們利用"大數據"的手段產生的科學進展,我們

    2019中國生命科學領域CNS盤點:曹雪濤 顏寧 施一公上榜

      截至2019年12月23日,中國學者在Cell,Nature及Science在線發表了107篇文章(2019年的Cell ,Nature 及Science 已經全部更新),iNature團隊對于這些文章做了系統的總結:  按雜志來劃分:Cell 發表了31篇,Nature 發表了44篇,Scie

    Nature期刊評選出2019年需要關注的7大技術

      7位專家預測了2019年將推動他們各自所在的領域向前發展的技術進展,包括高分辨率成像和從頭構建基因組大小的DNA分子等。對生命科學技術來說,2019年看起來非常令人期待。  1.Sarah Teichmann:擴展單細胞生物學  Sarah Teichmann是英國韋爾科姆基金會桑格研究所細胞遺

    《Nature》:2019年需要關注的7大技術

      7位專家預測了2019年將推動他們各自所在的領域向前發展的技術進展,包括高分辨率成像和從頭構建基因組大小的DNA分子等。對生命科學技術來說,2019年看起來非常令人期待。  1.Sarah Teichmann:擴展單細胞生物學  Sarah Teichmann是英國韋爾科姆基金會桑格研究所細胞遺

    單細胞轉錄組重要研究文獻匯總(二)

    4.單細胞轉錄組測序在植物領域嶄露頭角相比動物的單細胞研究,由于植物具有細胞壁的特點,使得植物的單細胞研究相比較難,但是繼2月份的擬南芥根組織單細胞轉錄組學研究[8],本月在《Developmental Cell》上又發表了一篇基于擬南芥根組織的單細胞轉錄組學研究報道[9]。來自德國圖賓根大學植

    如何利用人工智能來改善人類健康?

      近年來,越來越多的科學家們開始使用人工智能技術加速多項領域的研究,當然了他們也取得了很多研究成果,本文中,小編就對近期相關研究成果進行整理,與大家一起學習!  【1】Com Biol Med:人工智能幫助治療糖尿病引發的眼疾  doi:10.1016/j.compbiomed.2018.10.0

    2019北京光譜年會——人工智能與光譜的結合

      分析測試百科網訊 2020年1月7日,由北京理化分析測試技術學會光譜分會主辦的2019年北京光譜年會在北京天文館如期舉辦。此次會議旨在圍繞拉曼光譜、原子發射光譜和光譜計算等光譜方法和應用進行學術交流,同時會議邀請了諸多領域專家親臨現場并發表多篇精彩報告。分析測試百科網作為此次會議的支持媒體,全程

    2019年中國學者發表CNS統計,誰是CNS發表之王?

      【51/52】2019年4月4日,清華大學柴繼杰課題組、中科院遺傳發育所周儉民課題組和清華大學王宏偉課題聯合同期背靠背發表兩篇重量級Science文章,完成了植物NLR蛋白復合物的組裝、結構和功能分析,揭示了NLR作用的關鍵分子機制,是植物免疫研究的里程碑事件。兩篇文章分別是: "Li

    大躍進 | 中國學者CNS發表超過100篇生命科學領域研究成果

      【50】2019年4月12日,中科院上海藥物所徐華強,王明偉,浙江大學張巖及匹茲堡大學醫學院Jean-Pierre Vilardaga共同通訊在Science發表題為“Structure and dynamics of the active human parathyroid hormone r

    與瑞典科研教育國際合作基金會項目初審結果發布

       2015年度國家自然科學基金委員會與瑞典科研與教育國際合作基金會合作交流項目初審結果的通知  根據國家自然科學基金委員會(NSFC)與瑞典科研與教育國際合作基金會(STINT)的雙邊合作協議,雙方在2015年共同資助中國與瑞典科研人員之間在科學研究的基礎上開展的合作交流項目。2015年7月,我

    人工智能與數據挖掘驅動的腫瘤新藥研發

      人工智能作為一種旨在模擬、延伸和擴展人的智能的科學,人工智能正在以前所未有的廣度和越來越快的速度改變著世界的面貌。而在普瑞基準創始人季序我和梁晗看來,人工智能可以幫助我們更好地回答那些醫學中最為本質的問題,對于新藥研發、臨床診療和醫學基礎研究,都有著不可估量的價值。 道路  在癌癥診治的過程中,

    生物醫藥產業大數據應用概覽

      一、國家大數據戰略  數據是國家基礎性戰略資源,是21世紀的“鉆石礦”。黨的十八屆五中全會提出“實施國家大數據戰略”,國務院印發《促進大數據發展行動綱要》、工信部印發《大數據產業發展規劃(2016-2020年)》,全面推進大數據發展,加快建設數據強國。  2016年6月,國務院辦公廳印發《國務院

    一文了解癌癥檢測創新性研究成果!

      時至歲末,轉眼間2019年已經接近尾聲,迎接我們的將是嶄新的2020年,在即將過去的2019年里,科學家們在癌癥檢測領域取得了多項重要的研究成果,本文中,小編就對本年度科學家們在癌癥檢測研究領域取得的重磅級研究成果進行整理,分享給大家!  圖片來源:CC0 Public Domain  【1】J

    科學家們在癌癥亞型研究上的新進展!

      科學家們研究發現癌癥有很多亞型,而針對不同亞型的癌癥有著不同的治療手段,本文整理了科學家們在癌癥亞型研究中取得的成果。  【1】Nat Med:彌散性大B細胞淋巴瘤竟有5種亞型,個性化治療刻不容緩!  doi:10.1038/s41591-018-0016-8  彌散大B細胞淋巴瘤(DLBCL)

    多篇研究共同解讀近期單細胞測序重磅級研究成果

      本文中,小編整理了近年來單細胞測序領域的重磅級研究成果,與大家一起學習!  【1】Cell:開發出空間單細胞測序技術,有助揭示早期乳腺癌產生浸潤性之謎  doi:10.1016/j.cell.2017.12.007  在一項新的研究中,來自美國德州大學MD安德森癌癥中心的研究人員報道一種新的遺傳

    第二屆中國青年分析科學家論壇召開 分析測試人才輩出

      分析測試百科網訊 10月25日,在BCIEA2019召開之際(相關報道:活動繽紛 展商云集 BCEIA 2019北京開幕),由中國分析測試協會青年學術委員會主辦的第二屆中國青年分析科學家論壇在國家會議中心盛大召開,近百余名專家、學者參加了此次論壇。分析測試百科網作為支持媒體報道了此次論壇。論壇現

    國家基金委八大學部公布“優先發展領域及主要研究方向”

      “十三五”期間,通過支持我國優勢學科和交叉學科的重要前沿方向,以及從國家重大需求中凝練可望取得重大原始創新的研究方向,進一步提升我國主要學科的國際地位,提高科學技術滿足國家重大需求的能力。各科學部遴選優先發展領域及其主要研究方向的原則是:  (1)在重大前沿領域突出學科交叉,注重多學科協同攻關,

    布魯克發布timsTOF fleX? 為空間定位組學配置ESI/MALDI雙源

    ——timsTOF Pro?系統進一步增強用于4D蛋白質組學的MBR-ddaPASEF和diaPASEF性能——timsTOF Pro超高靈敏度的4D蛋白質組學和4D脂質組學性能推進單細胞生物學研究——在ASMS 2019上還發布了用于4D蛋白質組學的新消耗品、軟件合作伙伴及軟件產品  分析測試百科

    流形學習在單細胞組學數據分析中的運用

    以10x Genomics為代表的單細胞組學檢測技術的發展,為我們從細胞層面去理解生命體的發育過程,疾病發生和發展過程提供了重要的手段。以單細胞轉錄組(scRNA-Seq)為例,我們可以發現,單細胞組學數據具有橫向細胞數量巨大,縱向數據分布稀疏的特點。因此,針對單細胞數據,從分析的角度提出了巨大

    ICAS 2017分會(二):無處不在的質譜分析

      分析測試百科網訊 2017年5月7日,由國際純粹與應用化學聯合會(IUPAC)和中國化學會(CCS)主辦的2017 年國際分析科學大會(ICAS 2017)質譜分析分會在海南國際會展中心舉行。分會邀請了復旦大學教授楊芃原、俄羅斯科學院院士Evgeny Nikolaev、香港浸會大學化學系教授蔡宗

    Nature單細胞測序繪制首個人胚胎造血和免疫系統發育圖譜

      哺乳動物的造血與免疫系統發育是在胚胎發育過程中由多個組織以復雜的協同作用所驅動的【1】。盡管研究界對于人體中這一過程所涉及的功能主體和時間序列都有了較為準確的認識,例如造血干細胞是先從受孕后2至3周的胚胎外卵黃囊(yolk sac)中,以及從3至4周的胚胎主動脈-性腺-中腎區域(aorta-go

    941項/人,教育部公布2019年度科技獎候選項目/候選人

      分析測試百科網訊 近日,教育部對外公布2019年度高等學校科學研究優秀成果獎(科學技術)候選項目/候選人結果。此次評選工作教育部共收到有關單位和專家有效推薦/提名候選項目/候選人1046項/人(含專用項目32項)。其中,自然科學獎396項,技術發明獎140項(通用項目124項,專用項目16項),

    Nature Methods:2016年最值得關注的八大技術

      《Nature Methods》盤點2015年度技術,選出了最受關注的技術成果:單粒子低溫電子顯微鏡(cryo-EM)技術。 除此之外,也整理出了2016年最值得關注的幾項技術,分別為:細胞內蛋白標記(Protein labeling in cells)、細胞核結構(Unraveling nuc

    6大主題共論汞等大氣污染物監測與評估

      分析測試百科網訊 2019年12月4日,由中國科學院高能物理研究所多科學研究中心環境安全與健康分中心,中國科學院納米生物效應與安全性重點實驗室、霧霾健康效應與防護北京市重點實驗室、國家環境保護汞污染防治工程技術中心等主辦的“2019汞等大氣污染物監測與評估研討會”在中國科學院高能物理研究所隆重舉

    現場同步直播 目擊中國化學會第31屆學術年會全過程

      分析測試百科網訊 2018年5月5日,中國化學會第31屆學術年會在浙江省杭州市杭州國際博覽中心盛大開幕。  在全國化學工作者的支持和積極參與下,中國化學會學術年會規模不斷擴大,影響力不斷提升,已經成為化學及相關領域門類最全、規模最大、水平最高的學術交流平臺。中國化學會第 31 屆學術 年會設

    Nature:開啟單細胞病理學新篇章 Hyperion助力臨床腫瘤治療

      在臨床上,對腫瘤的分類是癌癥診斷、判斷預后以及治療方案選擇的重要依據。目前這種分類主要是依據腫瘤組織學特征以及少量Marker的表型進行的。近年來,隨著單細胞分析技術的發展,腫瘤患者個體間以及個體內普遍存的異質性被不斷被揭示出來,這些復雜的單細胞表型及空間信息并未反映在組織學分類中。  近日,來

    SCIEX開啟微流SWATH全景蛋白組學交流之旅

      由武漢國家生物產業基地主辦,武漢金開瑞生物工程有限公司承辦的第一屆表觀遺傳組與蛋白質組學技術研討會將于2019年8月12日-14日在湖北武漢舉行。  此次會議針對蛋白質組學、三維基因組、表觀遺傳學等熱點議題展開深入研討,邀請了來自中科院、上海交大、同濟大學、華中科技大學、華中農業大學等全國知名高

    分享與創新 第十二屆島津公司質譜用戶學術交流會召開

      分析測試百科網訊 2018年11月21日,第十二屆島津公司質譜用戶學術交流會在深圳市大梅沙京基海灣酒店舉辦,邀請了來自生命科學、食品安全、環境保護等領域的專家學者,向業內同仁傳遞了質譜技術的前沿研究,搭建了質譜技術的學術交流平臺,吸引了來自各個應用行業的230余名質譜用戶參與。分析測試百科網作為

    揭秘效應性T細胞和耗竭性T細胞早期命運決定

      T細胞耗竭(T cell exhaustian)是廣泛存在于慢性感染和癌癥環境中的一種現象。在慢性系統性炎癥疾病中,耗竭性T細胞(Tex cells)是控制抗原的主要參與者之一,其高表達免疫抑制分子諸如PD-1, Tim-3 和Lag-3。治療藥物如Anti-PD-1 blockade Nivo

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