綜述:代謝組學研究加快醫學生物標志物的發現
生物標志物(Biomarker)是指 “一種可客觀檢測和評價的特性,可作為正常生物學過程、病理過程或治療干預藥理學反應的指示因子”,作為個體化醫療的“關鍵詞”之一,尋找和發現有價值的生物標志物已經成為當前醫學領域的研究熱點。Biomarker的研究現狀和發展趨勢: 第一個腫瘤標志物可追溯到1846年由H Bence-Jones所證實的本周氏蛋白(Bence Jones Protein),對多發性骨髓瘤有一定的診斷作用。170余年后的今天,隨著基因組學、蛋白質組學、肽組學、代謝組學等在內的組學平臺,以及包括納米技術、生物信息學、抗體芯片等前沿在內的手段與方法,都為快速獲得及篩選生物標志物帶來了極大的可能。 基因組學及轉錄組學描述的是機體可能發生改變的生理指標, 而代謝物則是存在于信號通路的終端產物,反映的是機體當時的生理狀態。與其他組學相比,代謝組學由于與表型更為接近,因此更適于疾病分型和標志物發現的研究。 2009年,......閱讀全文
代謝組學、脂質組學在病毒研究中的應用(二)
案例三基于代謝組學技術挖掘病毒感染宿主后代謝動態變化情況2019年發表在Viruses雜志上的另一篇文章,采用基于Orbitrap 的非靶標和靶標代謝組學方式研究了麻痹病毒(Cricket paralysis virus, CrPV)感染昆蟲Bm5細胞后宿主代謝的動態變化情況。研究人員發現,CrPV
代謝組學、脂質組學在病毒研究中的應用(一)
在疫情逐步可控的情形下,一線的醫務工作者和科研人員將有更多精力和時間對冠狀病毒進行更深一步的研究和認識。我們此次調研了基于Orbitrap超高分辨的代謝組學,脂質組學,以及藥物治療在病毒學研究中的應用。致敬白衣天使和深耕醫學研究的學者。?目前的研究顯示,新型病毒進入細胞的路徑與SARS冠狀病毒一樣,
實質等同性(代謝組學)實驗
實驗材料 SIMCA - P 多變量統計軟件試劑、試劑盒 [ 1H ] - NMR 抽提劑儀器、耗材 Eppendorf 聚丙稀管NMR 管NMR 波譜儀實驗步驟 本章描述的方法最適合于分析小麥精白面,但改進后也適用于全面粉、麥麩或其他組織,如葉和根。在開展實質等同性代謝組學實驗前,如其他任何田間試
合作成果丨靶向代謝組學
?????本文內容非商業廣告,僅供專業人士參考。關于島津? ? ? 島津企業管理(中國)有限公司是(株)島津制作所于1999年100%出資,在中國設立的現地法人公司,在中國全境擁有13個分公司,事業規模不斷擴大。其下設有北京、上海、廣州、沈陽、成都分析中心,并擁有覆蓋全國30個省的銷售代理 ????
實質等同性(代謝組學)實驗
實驗材料SIMCA - P 多變量統計軟件試劑、試劑盒[ 1H ] - NMR 抽提劑儀器、耗材Eppendorf 聚丙稀管NMR 管NMR 波譜儀實驗步驟本章描述的方法最適合于分析小麥精白面,但改進后也適用于全面粉、麥麩或其他組織,如葉和根。在開展實質等同性代謝組學實驗前,如其他任何田間試驗或溫室
實質等同性(代謝組學)實驗
實驗材料:SIMCA - P 多變量統計軟件 ?? 試劑、試劑盒:[ 1H ] - NMR 抽提劑 ? ? ?儀器、耗材:Eppendorf 聚丙稀管 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NMR 管 ? ?
代謝組學全流程解決方案
賽默飛基于其超高分辨的靜電場軌道阱(Orbitrap)質譜平臺結合其功能強大的軟件平臺,提供代謝組學全流程解決方案。該方案不僅覆蓋從極性代謝物到非極性代謝物的全面檢測、峰提取與定量、統計學分析與可視化作圖、代謝產物的全面鑒定、代謝通路分析等全流程的要求,而且還整合了從非靶標生物標記物發現到靶標生物標
臨床代謝組學研究常見問題
分享一些我們舉辦完第一期微信公開課——臨床代謝組學研究策略后,所收集到的常見問題,供大家學習和參考。Q:如何設置驗證集和測試集?A:按我理解你想問的問題是:training set訓練集和test set測試集的設置問題。我們做分析化學、生物化學或者分子生物學的初學者通常會混淆這幾個數據集概念,通常
質譜儀在代謝組學和代謝研究中有著杰出表現
質譜儀以離子源、質量分析器和離子檢測器為核心。離子源是使試樣分子在高真空條件下離子化的裝置。電離后的分子因接受了過多的能量會進一步碎裂成較小質量的多種碎片離子和中性粒子。它們在加速電場作用下獲取具有相同能量的平均動能而進入質量分析器。質量分析器是將同時進入其中的不同質量的離子,按質荷比m/e大小分
【JOAT劉虎威編者按】專題:代謝組學和脂質組學
劉虎威教授擔任《Journal of Analysis and Testing》第三期特刊的客座主編。 近日,劉虎威教授擔任《Journal of Analysis and Testing》第三期特刊的客座主編進行了約稿審稿工作,并撰寫了題為“專題:代謝組學和脂質組學”的編者按。 代謝
武漢物數所代謝組學評價納米金棒生物效應研究獲進展
近日,依托于中科院武漢物理與數學研究所的中國科學院生物磁共振分析重點實驗室的生物波譜及代謝組學研究組,在納米金棒暴露的細胞代謝應答方面取得新進展,相關研究結果發表在Biomaterials上(Biomaterials 34; (2013) 7117-7126)。 十六甲基溴化銨(cet
代謝組學:一項艱巨的任務
學生化的孩子真是傷不起。糖代謝、脂代謝、核酸代謝,一系列代謝通路,一大堆代謝產物,簡直讓人頭暈眼花。然而,這又不能跳過。畢竟,DNA編碼蛋白質,而蛋白質在小分子上發揮其魔力。但很多時候,科學界對這些分子一無所知。 “如果你測定一滴血中的小分子,大約60% 所檢測到的峰都無法與任何代謝物相匹配,
臨床代謝組學研究常見問題(一)
分享一些我們舉辦完第一期微信公開課——臨床代謝組學研究策略后,所收集到的常見問題,供大家學習和參考。 Q:如何設置驗證集和測試集? A:按我理解你想問的問題是:training set訓練集和test set測試集的設置問題。我們做分析化學、生物化學或者分子生物學的初學者通常會混淆這
AFADESI空間代謝組學高級研修班
為做好AFADESI空間代謝組學技術服務工作,由中國科學院高能物理研究所測試中心和中國科學院-香港大學金屬組學與健康和環境聯合實驗室共同承辦的“AFADESI空間代謝組學高級研修班”將于2023年4月26日-4月27日在京召開。在這里,我們將竭誠為您提供豐富的前沿應用信息和與專家零距離交流的平臺
島津非靶向代謝組學解決方案
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臨床代謝組學研究常見問題(一)
分享一些我們舉辦完第一期微信公開課——臨床代謝組學研究策略后,所收集到的常見問題,供大家學習和參考。 Q:如何設置驗證集和測試集? A:按我理解你想問的問題是:training set訓練集和test set測試集的設置問題。我們做分析化學、生物化學或者分子生物學的初學者通常會混淆這
綜述:代謝組學在疾病中的應用
代謝組學經歷了迅猛的技術演化在過去二十年。尤其是廣泛靶向代謝組學技術的新起,實現一次性檢測堅定上千種物質,同時能夠定量。整合了非靶向和靶向代謝物檢測技術的優點,創造性實現了高通量、高靈敏度靶向代謝物檢測,為定性、定量檢測大批量、低豐度代謝物提供了高效的方法。 應用代謝組學的定義事件的預測生
代謝組學常使用的數據庫
代謝組主要是對小分子代謝物(一般50-1500 Da)進行高通量定性和定量分析,代謝組分析產生了大量的生物信息數據。代謝組數據庫的開發對于歸納總結這些大數據,方便后續的代謝組學數據分析,揭示隱藏在大數據背后的生物學機理具有十分重要的作用。 目前常用的代謝組學數據庫有HMDB、NIST、LMSD
利用精確血漿代謝組學方法揭示衰老相關代謝特征
過去二十年里,代謝(脂質)組學研究得到了迅速發展。液相色譜與高分辨質譜聯用(LC-HRMS)技術是目前內源性代謝物最常用的手段,然而困擾LC-HRMS技術的分析精度和結構鑒定的瓶頸問題仍然存在。尤其是血漿樣本,其組分化學性質各異,同時復雜的基質會顯著減低代謝物定性與定量結果的準確性,導致生物學信
綜述-|AD的蛋白質組學格局發病機制和生物標志物新見解
導 讀 基于質譜的蛋白質組學使得對阿爾茨海默癥(AD)的蛋白質組和蛋白質翻譯后修飾(PTM)的深入剖析成為可能。在這里,我們回顧了AD蛋白質組學研究的歷史和近期的進展以及局限。作為遺傳圖譜的補充,蛋白質組學研究不僅驗證了典型的淀粉樣蛋白和tau通路,而且還發現了蛋白質網絡中的新組成部分,如RN
Cell提出一個新“組學”:蛋白質代謝小分子互動組學
科學家們提出了一個新的“組學”——一個處理蛋白質和小分子之間相互作用的互動組學(protein-metabolite interactomics)。此前系統生物學家專注于基因組學或蛋白質組學,現在他們日益發現了蛋白質-代謝小分子之間相互作用的重要性。 基因組學針對的是生物體基因的系統分析,而蛋
代謝組學研究的影響因素與降低生物化學和化學...(二)
組分提取軟件的數據處理工作流程如圖 4 所示。該軟件能像分析人員一樣解析數據,批量處理各個數據文件,而不是單獨處理,并將每次運行得到的信息用于驗證下一次運行獲得的信息。按照這種方式,由于每種組分在數據集中的最大濃度點定義,從而大大減小了數據缺失值現象。同樣的組分在低濃度樣品中時,可以采用更靶標性
代謝組學研究的影響因素與降低生物化學和化學...(一)
代謝組學研究的影響因素與降低生物化學和化學噪音的策略目的為代謝組學生物標記物的發現開發一套全新的自動化工作流程和儀器分析方法。?前言在制藥行業中,代謝組學用于研究潛在候選藥物的藥理學 響應所產生的生化變化,其識別毒性 / 藥效標記物的能力可以顯著加速藥物研發的進程并幫助制定合適的臨床計劃。來自于
近億元!百趣生物完成A輪融資,加快代謝組學產品轉化
近日,代謝組學專精特新企業——上海百趣生物宣布,完成近億元 A 輪融資,本輪融資由啟明創投獨家領投。此次融資將主要用于百趣生物代謝組學科研服務儀器平臺的擴建、檢測試劑的研發及生產,促進代謝組學與蛋白質組學等多組學的技術融合,加快代謝組學產品的臨床轉化進程,推進質譜在生命科學領域的快速發展。百趣生物是
利用代謝組學發現中醫黃疸病證候的關鍵生物標記物
國際蛋白質組學領域權威雜志《Molecular & Cellular Proteomics》(5-Year IF:9.392)2012年第8期發表了黑龍江中醫藥大學中藥血清藥物化學國家中醫藥管理局重點研究室王喜軍課題組利用代謝組學全面解析中醫黃疸證的研究論文《尿液代謝組學分析黃疸證的關鍵生物
婦科腫瘤常用的生物學標志物
腫瘤標志物是指腫瘤細胞異常表達所產生的蛋白抗原或生物活性物質,可在腫瘤患者的組織、血液、體液或排出物中檢測出來,可協助腫瘤的診斷、鑒別診斷及療效監測。一、相關抗原與胚胎抗原 1、癌抗原125(cancer antigen 125,CA125)常用血清檢測閾值為35 IU/ml。CA125是目前應
非靶向代謝組學中鑒定代謝產物適宜選用哪些分析方法
據相關科技要聞解讀表明非靶向代謝組學已逐步成為研究生命活動的重要基礎。它可高清呈現代謝產物的變化規律以及代謝種類,特別是那些評價高的非靶向代謝組學更是揭開了研究集體生命活動發生和發展的本質,現在就非靶向代謝組學中鑒定代謝產物更適宜選用哪些分析方法作簡要闡述:1.主成分分析(PCA)非靶向代謝組學中鑒
Agilent與Stemina-宣布代謝組學領域的合作
Agilent與Stemina 生物標記物發現公司宣布共同促進 Stemina 的代謝組學研究 2010 年 5 月 24 日,北京——安捷倫科技公司(紐約證交所:A)與 Stemina 生物標記物發現公司(Stemina Biomarker Discovery, Inc.)今日宣布,兩家公司
Agilent與Stemina-宣布代謝組學領域的合作
Agilent與Stemina 生物標記物發現公司宣布共同促進 Stemina 的代謝組學研究 2010 年 5 月 24 日,北京——安捷倫科技公司(紐約證交所:A)與 Stemina 生物標記物發現公司(Stemina Biomarker Discovery, Inc.)今日宣布,兩家公司
LCMS8060助力廣泛靶向代謝組學研究
mGWAS (metabolome ?Genome-Wide Association ?Study)指基于代謝組學的全基因組關聯分析,是將代謝組數據作為表型,與基因型數據進行關聯分析的一種方法。由于代謝組數據對表型鑒定更為精細,因此關聯分析的精度比傳統GWAS分析更高。?海南大學和華中農業大學的羅杰