單細胞數據細胞分類與功能挖掘的基因分析法介紹
接觸過單細胞轉錄組數據的小伙伴們都知道，數據的核心結果在于根據每個細胞的基因表達數據，來對細胞進行分群分類。現有通用的分析思路如下：首先根據轉錄組稀疏矩陣，通過計算和分析，找到不同的細胞Cluster，并找到每一類集群的Marker基因。根據已有對細胞特定Marker基因的認識，來對細胞可能的集群進行分類。因此，在該框架下，可以得到以下幾個圖： 圖1. A．t-SNE細胞分群圖及B細胞標記；B. B 細胞4個Marker基因標記分布圖上述結果有兩個特點：1.通過在Marker基因中尋找存在的細胞marker對細胞進行標記，但無法給出可靠性評價；2.只能用一個基因的表達模式來反應細胞特征，無法同時對幾個基因進行整合展示。因此，能不能將上述多個基因同時對細胞分群結果進行分類和量化，從基因集的角度來反應細胞的類群？通過對最近發表分析算法的調研和調試，我們實現了這樣一個需求。我們以上述標記基因: MS4A1，CD79A，C......閱讀全文
基因測定方法系譜分析法
非整倍體測交法可以用來測定基因屬于哪一個常染色體。用常染色體隱性突變型純合體（a/a)和野生型二倍體（+/+）雜交，再用子一代雜合體(a/+)和隱性親本回交,在它們的子代中表型是野生型的和表型是突變型的各占50%（見孟德爾定律）。雜交 a/a × +/+↓回交 a/+ × a/a↓回交子代 a/
基因測定方法系譜分析法
在早期的人類遺傳學研究中，基因所屬染色體的測定一般都通過系譜分析進行。由于女子有兩個X染色體，男子有一個X染色體和一個Y染色體，Y染色體上不存在和X染色體相應的等位基因（也就是說對于?X連鎖基因來講，男子是半合體）。因此男性患者的X連鎖致病基因必然來自母親，以后又必定傳給女兒。這種遺傳方式稱為交叉遺
基因定位方法介紹系譜分析法
系譜分析法基因定位在早期的人類遺傳學研究中，基因所屬染色體的測定一般都通過系譜分析進行。由于女子有兩個X染色體，男子有一個X染色體和一個Y染色體，Y染色體上不存在和X染色體相應的等位基因（也就是說對于?X連鎖基因來講，男子是半合體）。因此男性患者的X連鎖致病基因必然來自母親，以后又必定傳給女兒。這種
基因測定的方法系譜分析法介紹
在早期的人類遺傳學研究中，基因所屬染色體的測定一般都通過系譜分析進行。由于女子有兩個X染色體，男子有一個X染色體和一個Y染色體，Y染色體上不存在和X染色體相應的等位基因（也就是說對于?X連鎖基因來講，男子是半合體）。因此男性患者的X連鎖致病基因必然來自母親，以后又必定傳給女兒。這種遺傳方式稱為交叉遺
基因測定方法四分體分析法
由于子囊菌減數分裂所形成的四分體包被在一個子囊里，所以判斷兩個基因是否連鎖，只需計算出各種類型的四分體數（即子囊數）。如果其中一個基因所屬的連鎖群已經知道，便很容易測定另一基因是否屬于同一連鎖群。表一四分體有三種，即親代二型(PD)、非親代二型(NPD)和四型(T)。如果有關的兩個基因是連鎖的，即P
朝鮮開發出診斷禽流感的基因分析法
朝鮮農業科學院獸醫學研究所的研究人員最近開發出能快速診斷禽流感的基因分析法，并研制出新型診斷試劑。 ? 據朝鮮中央通訊社7月21日報道，這家研究所的研究人員4年前揭示了世界流行的一些禽流感病毒的生物特性，并建立了相應的基因數據庫。在此基礎上，研究人員成功開發出在不需要標準血清和標準抗原的情況下，能迅
基因聚類分析法快速確定洄游魚類種群分布
8月28日，記者從中國水產科學研究院獲悉，該院珠江水產研究所李新輝等發明的“一種快速確定洄游魚類種群分布及洄游路線的方法”獲得國家發明ZL授權。 據介紹，過去研究洄游魚類洄游路線，通常選用標志重捕法，但標記會造成魚類損傷，回捕率也較低。 經過多次研究與實驗，珠江水產研究院的科研人員發
使用－TAQMAN－分析法的高通量基因分型實驗
實驗材料 基因組DNA試劑、試劑盒 PCR 混合液儀器、耗材 96孔透明板和蓋子水平離心機ABI PRISM 7700 測序系統熱循環儀統計軟件包實驗步驟 1.96孔透明板B到H行每孔加2ul (30ng）基因組DNA，保留A行作對照—其中4孔只加2ul緩沖液作為「無 DNA」對照，余下8孔每孔加2
基因定位方法介紹四分體分析法
由于子囊菌減數分裂所形成的四分體包被在一個子囊里，所以判斷兩個基因是否連鎖，只需計算出各種類型的四分體數（即子囊數）。如果其中一個基因所屬的連鎖群已經知道，便很容易測定另一基因是否屬于同一連鎖群。四分體有三種，即親代二型(PD)、非親代二型(NPD)和四型(T)。如果有關的兩個基因是連鎖的，即PD是
使用－TAQMAN－分析法的高通量基因分型實驗
實驗材料基因組DNA試劑、試劑盒PCR 混合液儀器、耗材96孔透明板和蓋子水平離心機ABI PRISM 7700 測序系統熱循環儀統計軟件包實驗步驟1.96孔透明板B到H行每孔加2ul (30ng）基因組DNA，保留A行作對照—其中4孔只加2ul緩沖液作為「無 DNA」對照，余下8孔每孔加24基因組
基因測定的方法四分體分析法
四分體分析法由于子囊菌減數分裂所形成的四分體包被在一個子囊里，所以判斷兩個基因是否連鎖，只需計算出各種類型的四分體數（即子囊數）。如果其中一個基因所屬的連鎖群已經知道，便很容易測定另一基因是否屬于同一連鎖群。四分體有三種，即親代二型(PD)、非親代二型(NPD)和四型(T)。如果有關的兩個基因是連鎖
從微陣列數據發現癌癥相關基因的新分析法
日前，美國德克薩斯大學和達特茅斯學院的研究人員開發出一種識別癌癥基因的新型基因表達分析方法。相關研究結果以“How to get the most from microarray data： advice from reverse genomics”為題發表在2014年3月21日的《BMC Ge
華大參與：復雜宏基因組數據的新分析法
當前分析宏基因組數據的大多數方法，都依賴于與參考基因組的對比，但是許多環境中的微生物多樣性遠遠超過了參考數據庫所覆蓋的范圍。將復雜的宏基因組數據從頭劃分為特定的生物學實體（如特定的菌株或病毒），在很大程度上仍然是一個未解決的問題。 在2014年7月6日的《Nature Biotechnolog
單細胞數據細胞分類與功能挖掘的基因分析法介紹
接觸過單細胞轉錄組數據的小伙伴們都知道，數據的核心結果在于根據每個細胞的基因表達數據，來對細胞進行分群分類。現有通用的分析思路如下：首先根據轉錄組稀疏矩陣，通過計算和分析，找到不同的細胞Cluster，并找到每一類集群的Marker基因。根據已有對細胞特定Marker基因的認識，來對細胞可能的集
單細胞數據細胞分類與功能挖掘的基因分析法介紹
接觸過單細胞轉錄組數據的小伙伴們都知道，數據的核心結果在于根據每個細胞的基因表達數據，來對細胞進行分群分類。現有通用的分析思路如下：首先根據轉錄組稀疏矩陣，通過計算和分析，找到不同的細胞Cluster，并找到每一類集群的Marker基因。根據已有對細胞特定Marker基因的認識，來對細胞可能的集
單細胞數據細胞分類與功能挖掘的基因分析法介紹
接觸過單細胞轉錄組數據的小伙伴們都知道，數據的核心結果在于根據每個細胞的基因表達數據，來對細胞進行分群分類。現有通用的分析思路如下：首先根據轉錄組稀疏矩陣，通過計算和分析，找到不同的細胞Cluster，并找到每一類集群的Marker基因。根據已有對細胞特定Marker基因的認識，來對細胞可能的集群進
滴定分析法（容量分析法）概述（五）
（四）刻度吸管的使用方法????1.刻度吸管是由上而下（或由下而上）刻有容量數字，下端拉尖的圓形玻璃管。用于量取體積不需要十分準確的溶液。????2.刻度吸管有“吹”、“快”兩種形式。使用標有“吹”字的刻度吸管時，溶液停止流出后，應將管內剩余的溶液吹出；使用標有“快”字的刻度吸管時，待溶液停止流出后
滴定分析法（容量分析法）概述（四）
2.滴定管的種類????（1）酸式滴定管（玻塞滴定管）????酸式滴定管的玻璃活塞是固定配合該滴定管的，所以不能任意更換。要注意玻塞是否旋轉自如，通常是取出活塞，拭干，在活塞兩端沿圓周抹一薄層凡士林作潤滑劑（或真空活塞油脂），然后將活塞插入，頂緊，旋轉幾下使凡士林分布均勻（幾乎透明）即可，再在活塞尾
滴定分析法（容量分析法）概述（二）
（九）配制滴定液時的計算????舉例：????例1 ?配制高錳酸鉀滴定液（0.02mol/L）2000ml，應取KMnO4多少克？????解：m?= C KMnO4V KMnO4M KMnO4?= 0.02×2000/1000×158.03 = 6.321g????例2：稱取純K2Cr2O7?0.1
滴定分析法（容量分析法）概述（一）
一、滴定分析法的原理與種類????1.原理????滴定分析法是將一種已知準確濃度的試劑溶液，滴加到被測物質的溶液中，直到所加的試劑與被測物質按化學計量定量反應為止，根據試劑溶液的濃度和消耗的體積，計算被測物質的含量。????這種已知準確濃度的試劑溶液稱為滴定液。????將滴定液從滴定管中加到被測物質
滴定分析法（容量分析法）概述（三）
四、校正因子（F）1.?含義????校正因子 ?是表示滴定液的實測濃度是規定濃度的多少倍。????由于藥典中滴定度是以滴定液的規定濃度來計算的，而在實際工作中所用滴定液的實測濃度不一定與規定濃度恰恰符合。所以在計算含量時，必須用校正因子（F）將滴定液的規定濃度時的滴定度校正為實測濃度時的滴定度。??
極譜分析法極譜分析法原理及于伏安分析法的比較
極譜分析法(polarography)與伏安分析法( voltammetry)是通過測量電解過程中所得到的電流-電壓(或電位-時間)曲線來確定電解液中含被測組分的濃度,從而實現分析測定的電化學分析法,它他們與電解、庫侖分析法的區別在于電解池中的兩個電極的性質,其中一個電極的電位完全隨外加電壓的變化而
庫倫分析法
庫侖分析法 Coulometric analysis 以測量電解過程中被測物質在電極上發生電化學反應所消耗的電量來進行定量分析的一種電化學分析 法。根據電解方式分為控制電位庫侖分析法和恒電流庫侖滴定法。①控制電位庫侖分析法。在電解過程中，將工作電極電位調節到一個所需要的數值并保持恒定，直 到
儀器分析法
物質相互作用時產生各種實驗現象。儀器分析就是利用能直接或間接地表征物質的各種特性（如物理的、化學的、生理性質等）的實驗現象，通過探頭或傳感器、放大器、分析轉化器等轉變成人可直接感受的已認識的關于物質成分、含量、分布或結構等信息的分析方法。也就是說，儀器分析是利用各種學科的基本原理，采用電學、光學、精
恒電位庫侖分析法恒電位庫侖分析法
一、方法與裝置????? 恒電位庫侖分析法是在電解過程中控制工作電極電位相對于參比電極保持不變，并只有被測物質在電極上發生反應，當電解電流趨于零時，表示該物質已被完全電解，測量電解過程中消耗的電量，再按法拉第電解定律計算被測物質的含量。????? 恒電位庫侖分析的儀器裝置基本上和控制陰極電位電解法相
彗星分析法[單細胞凝膠電泳分析法]
治愈癌癥(cancer)是一個難題，長期以來研究人員們一直在苦苦探索。我們目前知道，致癌的過程與許多因素有關，但如果我們能阻止其中的任何一個步驟，癌細胞便無法形成。因此，探測致癌物質的技術與癌細胞的及時發現就顯得尤其重要！然而截至目前為止，研究人員們仍無法研究出一種簡易基因測試法或綜合的方法來檢測出
彗星分析法(單細胞凝膠電泳分析法)
如果我們能阻止其中的任何一個步驟，癌細胞便無法形成。因此,探測致癌物質的技術與癌細胞的及時發現就顯得尤其重要！然而截至目前為止，科學家們仍無法研究出一種簡易基因測試法或綜合的方法來檢測出可能的致癌物。因此，致癌物對ＤＮＡ的作用仍是癌癥研究的一個重要課題。遺傳毒物學為一專門研究化學及各類物質對人體遺傳
基因活性的同位素分析實驗——原位裂解細胞的CAT分析法
實驗材料轉染細胞試劑、試劑盒Triton裂解液儀器、耗材培養皿培養箱實驗步驟1. ?60 mm 培養皿中轉染了CAT表達質粒的細胞，用2 ml PBS洗1次。每培養皿加入2 ml?低滲緩沖液，在室溫下溫育2~5 min。2. ?吸去低滲緩沖液，加入400 μl Triton裂解液。用橡膠刮子將細胞刮
質譜分析法
質譜儀種類非常多，工作原理和應用范圍也有很大的不同。從應用角度，質譜儀可以分為下面幾類：有機質譜儀：由于應用特點不同又分為：① 氣相色譜-質譜聯用儀(GC-MS)在這類儀器中，由于質譜儀工作原理不同，又有氣相色譜-四極質譜儀，氣相色譜 質譜書籍-飛行時間質譜儀，氣相色譜-離子阱質譜儀等。② 液相色譜
質譜分析法
先將中性分子離子化，再順次分離和記錄各種離子的質荷比和豐度先將中性分子離子化，再順次分離和記錄各種離子的質荷比和豐度( 強度)，從而實現分析目的的一種分析方法。