專家指南：如何研究基因調控（一）
隨著基因組學研究的深入，人們已經不再滿足于了解基因的功能，而是對基因調控表現出愈加濃厚的興趣。現在，我們知道，DNA甲基化和組蛋白修飾可調控基因，microRNA和非編碼RNA也可以。基因調控的研究工具也越來越多，包括RNA-seq、ChIP-seq、ChIP-chip等。究竟該采用哪種方法來測定miRNA表達，如何確定這些RNA對基因調控的影響呢？《Genome Technology》特邀了一些這方面的專家，向大家介紹他們如何應對挑戰，他們喜歡使用哪些軟件，以及他們如何應用現有的工具。 Q1：檢測非編碼RNA和microRNA表達的最佳方法是什么？Q2：您如何測定這些RNA對基因調控的影響？Q3：為了確定表觀遺傳學因素對基因表達調控的影響，測定DNA甲基化或組蛋白修飾哪個更有用？為什么？Q4：您采用什么方法來解決在ChIP-seq/ChIP-chip數據集中鑒定DNA motif的問題？Q5：在定位蛋白-DNA相互作用時，為......閱讀全文
基因組中表達基因的類型介紹
基因組中表達的基因分為兩類：⑴一類是維持細胞基本生命活動所必須的，稱管家基因（house keeping gene），如各種組蛋白基因；⑵另一類是指導合成組織特異性蛋白的基因，對分化有重要影響，稱奢侈基因（luxury gene），即組織特異性(tissue-specific gene)表達的基因，
植物葉綠體基因組基因表達調控的研究
葉綠體基因組的特點是具相同或相關功能的基因組成復合操縱子結構。這一特點有利于葉綠體基因的表達與調控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操縱子是由編碼RNA聚合酶各個亞基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操縱子則編碼PSⅡ的部分蛋白質。葉綠體基因組基因表達調控方式。轉
植物葉綠體基因組基因表達調控的研究
葉綠體基因組的特點是具相同或相關功能的基因組成復合操縱子結構。這一特點有利于葉綠體基因的表達與調控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操縱子是由編碼RNA聚合酶各個亞基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操縱子則編碼PSⅡ的部分蛋白質。葉綠體基因組基因表達調控方式。轉
植物葉綠體基因組基因表達調控的研究
葉綠體基因組的特點是具相同或相關功能的基因組成復合操縱子結構。這一特點有利于葉綠體基因的表達與調控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操縱子是由編碼RNA聚合酶各個亞基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操縱子則編碼PSⅡ的部分蛋白質。葉綠體基因組基因表達調控方式
植物葉綠體基因組基因表達調控的研究
葉綠體基因組的特點是具相同或相關功能的基因組成復合操縱子結構。這一特點有利于葉綠體基因的表達與調控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操縱子是由編碼RNA聚合酶各個亞基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操縱子則編碼PSⅡ的部分蛋白質。葉綠體基因組基因表達調控方式
植物葉綠體基因組基因表達調控的研究
葉綠體基因組的特點是具相同或相關功能的基因組成復合操縱子結構。這一特點有利于葉綠體基因的表達與調控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操縱子是由編碼RNA聚合酶各個亞基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操縱子則編碼PSⅡ的部分蛋白質。葉綠體基因組基因表達調控方式。轉
基因是否表達：cfDNA全基因組測序可揭曉
《Nature Genetics》雜志上的研究表明，血循環游離DNA（cfDNA）可提供線索來預測基因的表達。 全基因組測序就能知道基因是否表達 基因表達(gene expression)是指細胞在生命過程中，把儲存在DNA順序中的遺傳信息經過轉錄和翻譯，最后轉變成具有生物活性的蛋白質分子的
基因是否表達，做個cfDNA全基因組測序就可揭曉
8月29日，《Nature Genetics》雜志上的研究表明，血循環游離DNA（cfDNA）可提供線索來預測基因的表達。 全基因組測序就能知道基因是否表達 基因表達(gene expression)是指細胞在生命過程中，把儲存在DNA順序中的遺傳信息經過轉錄和翻譯，最后轉變成具有生物活性的
細胞化學基礎植物葉綠體基因組基因表達調控的研究
葉綠體基因組的特點是具相同或相關功能的基因組成復合操縱子結構。這一特點有利于葉綠體基因的表達與調控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操縱子是由編碼RNA聚合酶各個亞基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操縱子則編碼PSⅡ的部分蛋白質。葉綠體基因組基因表達調控方式。轉
關于植物葉綠體基因組基因表達調控的研究的介紹
葉綠體基因組的特點是具相同或相關功能的基因組成復合操縱子結構。這一特點有利于葉綠體基因的表達與調控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操縱子是由編碼RNA聚合酶各個亞基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操縱子則編碼PSⅡ的部分蛋白質。葉綠體基因組基因表達調控方式
《基因組生物學》—夏慶友小組—家蠶基因表達研究
日前，國際生物學權威期刊《基因組生物學》在線發表了西南大學蠶學與系統生物學研究所夏慶友教授領銜的課題組關于利用家蠶全基因組芯片分析家蠶多種組織基因表達特征的最新研究成果。?家蠶是重要的經濟昆蟲，既能用于蠶絲的生產、也能作為生物反應器生產外源蛋白；同時，家蠶也是鱗翅目昆蟲生化、分子遺傳以及基因組研究的
華大基因完成腸道微生物基因組關聯分析
從物種、功能及生態群落上展示腸道微生物與結直腸腺瘤及結直腸癌的關聯特征，這是深圳華大基因研究院、奧地利因斯布魯克醫科大學、奧本多夫醫院、丹麥哥本哈根大學、華南理工大學等多家單位最新的聯合取得的科研進展。3月11日，國際學術期刊《自然通訊》雜志發表了這項研究成果。該研究對結直腸腺瘤、結直腸癌的早期
迄今最久微生物基因組草圖出爐
英國《自然》雜志日前在線發表的一項演化學研究報告，近乎完整地構建出了一種口腔細菌的基因組，這個有48000年歷史的微生物的基因組，是迄今為止歷史最悠久的微生物基因組草圖，研究同時揭示了尼安德特人的飲食結構。 尼安德特人的DNA序列和現代人類的DNA序列非常相似。他們是現代歐洲人祖先的近親，從1
華大基因參與全球最大微生物基因組研究項目
華大基因3月22日宣布將參與全球最大微生物基因組研究項目EarthMicrobiomeProject(簡稱“EMP”)，將負責EMP亞洲地區所有樣本的收集和鑒定，并對整個項目提供DNA提取、擴增、建庫、宏基因組測序，以及研發生物信息學分析流程所需的計算資源。 EMP將對來自全球的20萬個樣本進
Cell－Res：CRISPR/Cas9瞬時表達基因組編輯體系
基因組編輯技術是最新發展起來的植物基因功能研究及定向育種的重要手段。在植物中實現基因組編輯的常規方法是將序列特異性核酸酶（如CRISPR/Cas9）的編碼DNA轉化植物細胞，穩定表達進而實現對目的基因的定點編輯。這種情況下，CRISPR載體整合在植物染色體中，需通過后代分離獲得不含CRISPR/
單分子測序改善微生物基因組組裝
美國國家生物防衛分析和反制中心的研究人員近日在《Genome Biology》上發表文章，介紹了SMRT技術在微生物基因組組裝上的應用。他們認為，單分子測序數據能降低測序費用，并帶來更多完整的基因組，改善微生物基因組數據庫的質量。 隨著測序費用的不斷下降，測序項目的數量也在不斷上升。G
宏基因組如何指導微生物分離培養
近日，中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所奶產品質量與風險評估科技創新團隊受邀撰寫綜述文章，闡述了宏基因組指導未培養微生物分離培養的機遇與挑戰，系統總結了基于宏基因組分離培養未培養微生物的方法。相關綜述文章發表在《微生物》（Microbiome）。 隨著宏基因組測序技
微生物克隆系統使重組基因表達的篩選更加容易
傳統的手工挑取微生物克隆是一個費時煩人且易出錯的過程。微生物克隆篩選系統一小時可以完成3000 個克隆的挑取，而一個熟練的人工只能挑取約600 個克隆。自動化系統的速度相比人工提高了至少5 倍，最關鍵的是更加準確，有效性>98%。微生物克隆篩選系統的熒光成像模塊可以顯著減
微生物克隆系統使重組基因表達的篩選更加容易
傳統的手工挑取微生物克隆是一個費時煩人且易出錯的過程。微生物克隆篩選系統一小時可以完成3000 個克隆的挑取，而一個熟練的人工只能挑取約600 個克隆。自動化系統的速度相比人工提高了至少5 倍，最關鍵的是更加準確，有效性>98%。微生物克隆篩選系統的熒光成像模塊可以顯著減少下游的工作量，因為通
微生物克隆系統使重組基因表達的篩選更加容易
傳統的手工挑取微生物克隆是一個費時煩人且易出錯的過程。微生物克隆篩選系統一小時可以完成3000 個克隆的挑取，而一個熟練的人工只能挑取約600 個克隆。自動化系統的速度相比人工提高了至少5 倍，最關鍵的是更加準確，有效性>98%。微生物克隆篩選系統的熒光成像模塊可以顯著減少下游的工作量，因為通過
PNAS：利用基因組編輯家蠶大量表達蜘蛛絲
蜘蛛絲是自然界中機械性能最好的天然蛋白纖維，其強度甚至高于用于制作防彈衣的凱夫拉纖維，在工業、醫療和國防上都有著廣泛的應用前景。但是如何大量獲取蜘蛛絲纖維是一直以來難以解決的問題。 來自中科院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所譚安江研究組題為“Mass spider silk pro
全球微生物模式基因組測序計劃獲進展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在線發表了國家微生物科學數據中心（中國科學院微生物研究所微生物資源與大數據中心、世界微生物數據中心）關于全球模式微生物基因組數據庫gcType的論文。gcType是由我國牽頭的全球模式微生物基因組測序計劃的重要成果。 模式菌株（t
上海生科院開發出腫瘤基因組等位基因特異性表達新算法
7月13日，國際學術期刊Bioinformatics在線發表了中國科學院上海生命科學研究院計算生物學研究所李亦學研究組的最新研究論文cisASE: A likelihood-based method for detecting putative cis-regulated allele-spec
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7月13日，國際學術期刊Bioinformatics在線發表了中國科學院上海生命科學研究院計算生物學研究所李亦學研究組的最新研究論文cisASE: A likelihood-based method for detecting putative cis-regulated allele-spec
擬南芥基因組加倍導致的三維染色質結構及基因表達調控
6月11日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）雜志在線發表了中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所植物分子遺傳國家重點實驗室方玉達研究組題為The effects of Arabidopsis genome duplication on the chro
什么是基因表達調控？基因表達調控有什么意義
意義：1.適應環境、維持生長和增殖：生物體賴以生存的外環境是在不斷變化的，為了生存，所有活細胞都必須對外環境變化作出適當反應，調節代謝，以適應環境變化。生物體適應環境、調節代謝的能力與蛋白質分子的生物學功能有關。而蛋白質的水平又受基因表達的調控。2.維持個體發育與分化：多細胞生物調節基因的表達除為適
版納植物園完成蓖麻基因組bZIP家族鑒定與表達分析
蓖麻是雙子葉胚乳型植物的典型代表，是大戟科中重要的油料作物，其種子油被廣泛地應用在工業上。bZIP(basic leucine zipper)轉錄因子廣泛分布于真核生物中，在植物中涉及多種生物進程，其中ABF亞族更是ABA信號途徑中重要的調控因子。 中國科學院西雙版納熱帶植物園分子遺傳
北京基因組所發布癌癥單細胞表達圖譜數據庫CancerSCEM
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心開發的癌癥單細胞表達圖譜數據庫CancerSCEM上線。該研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human can
北京基因組所發布癌癥單細胞表達圖譜數據庫CancerSCEM
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心開發的癌癥單細胞表達圖譜數據庫CancerSCEM上線。該研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cance
人腦基因表達圖集
小鼠的全基因組基因表達的高分辨率圖已經問世幾年時間了，但是，對于人腦而言，此前只發表過相對來說比較粗糙的分布圖。這是由于與小鼠相比，人腦規模增大了1000倍，以及死后組織供應有限和質量較差等因素所導致的。現在，Michael?Hawrylycz及其在“艾倫腦科學研究