科學家開發出高精度納米孔蛋白測序法
長期以來，直接讀取蛋白質的一級結構存在許多困難。科學家通常會根據基因序列和氨基酸密碼子表來“破譯”蛋白質的氨基酸序列。由于轉錄后修飾和翻譯后修飾等生命活動的存在，氨基酸序列破譯結果并非完全正確，甚至與真實序列有很大差異。近期，荷蘭科學家開發出高精度納米孔蛋白測序法，該技術能夠讀取蛋白質信息內容，直接對蛋白質的氨基酸序列進行測序。研究成果發表在《Science》期刊，標題為“Multiple rereads of single proteins at single–amino acid resolution using nanopores”。 研究人員開發出基于納米孔技術的單分子肽“閱讀器”。在Hel308 DNA解旋酶的作用下，將DNA-肽偶聯物拉過MspA納米孔，此時納米孔會在離子流中產生獨特的階梯狀電流信號。通過配套的識別軟件，可以準確識別電流信號，并對電流中值進行分析，從而回溯確認序列的信息。進一步研究顯示，在構建的......閱讀全文
小小納米孔破解蛋白質測序難題
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科學家開發出高精度納米孔蛋白測序法
長期以來，直接讀取蛋白質的一級結構存在許多困難。科學家通常會根據基因序列和氨基酸密碼子表來“破譯”蛋白質的氨基酸序列。由于轉錄后修飾和翻譯后修飾等生命活動的存在，氨基酸序列破譯結果并非完全正確，甚至與真實序列有很大差異。近期，荷蘭科學家開發出高精度納米孔蛋白測序法，該技術能夠讀取蛋白質信息內容，
一種全新的高精度納米孔蛋白測序法
長期以來，直接讀取蛋白質的一級結構存在許多困難。科學家通常會根據基因序列和氨基酸密碼子表來“破譯”蛋白質的氨基酸序列。由于轉錄后修飾和翻譯后修飾等生命活動的存在，氨基酸序列破譯結果并非完全正確，甚至與真實序列有很大差異。近期，荷蘭科學家開發出高精度納米孔蛋白測序法，該技術能夠讀取蛋白質信息內容，
科學家開發出高精度納米孔蛋白測序法
長期以來，直接讀取蛋白質的一級結構存在許多困難。科學家通常會根據基因序列和氨基酸密碼子表來“破譯”蛋白質的氨基酸序列。由于轉錄后修飾和翻譯后修飾等生命活動的存在，氨基酸序列破譯結果并非完全正確，甚至與真實序列有很大差異。近期，荷蘭科學家開發出高精度納米孔蛋白測序法，該技術能夠讀取蛋白質信息內容，
納米孔測序技術
測序長度和準確率的快速提升使得納米孔測序有望顛覆DNA測序市場。紐約威爾康奈爾醫學院的計算生物學家Christopher Mason喜歡在會議上表演一個“絕活”：他和同事先從志愿者手機上收集DNA樣本，然后就能在一個小時內現場進行譜系分析，甚至敘述志愿者一天的生活細節。“我們能從留在手機上的DNA信
詳解牛津納米孔測序儀
?牛津納米孔測序儀在美國人類遺傳學學會年會上公布技術參數 2014年的ASHG年會于10月18日開始在圣地亞哥舉行，有幸親眼目睹了牛津納米孔公司MinIon的現場演示，技術之創新，令人震驚!21日下午，牛津納米孔公司特地在旁邊的Hardrockho舉行了一個小型的封閉式的技術說明會，講解了納米孔的
詳解牛津納米孔測序儀
2014年的ASHG年會于10月18日開始在圣地亞哥舉行，有幸親眼目睹了牛津納米孔公司MinIon的現場演示，技術之創新，令人震驚!21日下午，牛津納米孔公司特地在旁邊的Hardrockho舉行了一個小型的封閉式的技術說明會，講解了納米孔的測試結果。 尺寸 MinION的尺寸之小，大大出乎我的
直接分辨單個氨基酸分子小小納米孔破解蛋白質測序難題
蛋白質是生命活動的主要承擔者。測量組成蛋白質的氨基酸的排列順序被稱為蛋白質測序。由于缺乏普適、高效的測序技術，人類對蛋白質的了解還極其有限，生命世界的諸多奧秘仍待破解。近日，浙江大學化學系馮建東團隊提出了基于固體納米孔的氨基酸識別方法。他們構建了直徑為1納米左右的人工納米孔，可進行單個氨基酸分子的精
直接分辨單個氨基酸分子小小納米孔破解蛋白質測序難題
蛋白質是生命活動的主要承擔者。測量組成蛋白質的氨基酸的排列順序被稱為蛋白質測序。由于缺乏普適、高效的測序技術，人類對蛋白質的了解還極其有限，生命世界的諸多奧秘仍待破解。近日，浙江大學化學系馮建東團隊提出了基于固體納米孔的氨基酸識別方法。他們構建了直徑為1納米左右的人工納米孔，可進行單個氨基酸分子的精
納米孔測序技術有望顛覆DNA測序市場？
Scott Tighe（左）等研究人員利用MinION設備在南極泰勒谷測序微生物DNA。 “我們能從手機上的殘留物預言誰剛吃了一個橘子或者誰吃了豬肉。”美國紐約威爾康奈爾醫學院計算生物學家Mason表示。你們相信嗎？Christopher Mason有一個喜歡在會議上展示的技巧。通過從志愿者手機
納米孔測序技術發展簡介
隨著對DNA結構和序列的研究，DNA測序技術不斷發展，成為生命科學研究的核心領域，對生物、化學、電學、生命科學、醫學等領域的技術發展起到巨大的推動作用。利用納米孔研究出新型的快速、準確、低成本、高精度及高通量的DNA測序技術是后人類基因組計劃的熱點之一。 納米孔測序技術發展簡介 納米孔檢測技
用納米孔檢測蛋白質獲重要突破
對通過納米孔的DNA進行測序，可提供長的讀長，單分子的讀數，并且能夠避免昂貴的熒光標記和費時的擴增步驟。那么，納米孔方法能為蛋白質研究做什么呢？ 雖然肉眼看不見，但是這種最新的分子生物學技術是強大的。納米孔的直徑約4納米，是一層人造膜上產生的一個納米孔，使研究人員能夠收集一系列測量，對通過這些
納米孔技術檢測蛋白質獲重要突破
對通過納米孔的DNA進行測序，可提供長的讀長，單分子的讀數，并且能夠避免昂貴的熒光標記和費時的擴增步驟。那么，納米孔方法能為蛋白質研究做什么呢？ 雖然肉眼看不見，但是這種最新的分子生物學技術是強大的。納米孔的直徑約4納米，是一層人造膜上產生的一個納米孔，使研究人員能夠收集一
納米孔技術有望顛覆DNA測序市場
Christopher Mason有一個喜歡在會議上展示的技巧。通過從志愿者手機上收集的化驗樣本獲取DNA，他和同事能在1個小時內現場進行譜系分析，甚至詳細描述出捐贈者一天的生活細節。“我們能從手機上的殘留物預言誰剛吃了一個橘子或者誰吃了豬肉。”美國紐約威爾康奈爾醫學院計算生物學家Mason表示
－Oxford－Nanopore：納米孔測序儀開放試用
在上個月的美國人類遺傳學協會年會上，英國Oxford Nanopore Technologies公司宣布將啟動MinION測序儀的試用計劃。這次，它果然沒有食言。MinION試用計劃于11月25日啟動，將延續到2014年初，具體截止日期未定。 根據這項試用計劃，參與者須支付1,000美
Nature－Methods：納米孔測序儀潛力無限
來自英國Oxford Nanopore公司的MinION是第一臺商業化的納米孔測序儀。它在帶來無限希望的同時，也承受著高錯誤率的質疑。英國伯明翰大學的Nicholas J. Loman和愛丁堡大學的Mick Watson在最新一期的《Nature Methods》上撰文，稱新開發的工具讓納米孔測
納米孔測序儀真機現身ASHG
英國Oxford Nanopore Technologies公司在年初的基因組生物學技術進展年會(AGBT)上發布了一款便攜式的基因組測序儀MinION，性能強勁，價格給力，引發市場轟動。然而，大半年過去了，納米孔測序儀卻遲遲不見蹤影，連更早發布的GridION也未上市。于是，生物界開始議論
納米孔測序的過去、現在和將來
縱觀測序技術的發展歷程，沒有哪一個技術像納米孔測序那樣慢熱，但也沒有哪一個技術像納米孔測序這么接近普羅大眾。將單鏈DNA拉過蛋白孔，檢測堿基穿過時電導的微小改變，納米孔測序的這一基礎理念已經有十幾年歷史了。 1996年哈佛大學的DanielBranton、加州大學的DavidDeamer及其同
納米孔測序儀首次于失重環境下完成測序實驗
科學家們在失重環境下進行實驗，首次證實掌上測序儀MinION可以在太空中使用。 Johns Hopkins大學的遺傳學家Andrew Feinberg和Lindsay Rizzardi登上了NASA的低重力飛機，在模擬的失重環境下完成了遺傳學實驗。“我非常享受這種體驗，感覺就像置身天堂，”Fe
納米孔測序的最低DNA量是多少
第三代測序技術則是基于納米孔的單分子讀取技術，全基因組的測序以及RNA-seq測序有DNA測序和RNA測序，之前比較早的測序是以芯片為基礎,這種方法讀取數據更快，現在常用的是二代測序。隨之而來的是第三代測序技術、有望大大降低測序成本。望滿意，目前比較高級的還有單細胞測序
納米孔測序搞定超級難搞的基因
Brenton Graveley是在2014年4月收到他的第一臺MinION測序儀的。他所在的康涅狄格大學實驗室是首批獲得Oxford Nanopore Technologies測序儀的客戶。盡管準確性不穩定，通量也不高，但Graveley和他的同事決定立刻就試試。 對于MinION，眾多討論
武漢大學研發納米孔靶向測序檢測方法
記者從武漢大學獲悉：該校組建的聯合團隊創新性開發的納米孔靶向測序檢測方法，能夠大幅提升病毒陽性檢出率，并能實現當天同時檢測新冠病毒和其他10類40種常見呼吸道病毒并監測病毒突變，有助于破解臨床疑似病例難以確診的問題。 據介紹，既往新冠病毒診斷依賴于qPCR核酸檢測，但是該方法顯示出較高的假陰性
2013值得關注的技術：納米孔測序儀
《Nature Methods》雜志將2012年度技術授予了定向蛋白質組學(targeted proteomics)。同時，雜志還介紹了2013年值得關注的技術，包括納米孔測序儀(Disruptive nanopores)、微生物組功能研究(Probing microbiome func
納米孔測序發現DNA損傷的新策略
最近，美國猶他大學的化學家們，設計了一種新的方法來檢測DNA化學損傷，DNA損傷有時會導至基因突變，引發許多疾病，包括各種癌癥和神經系統疾病。相關研究結果發表在十一月六日的《Nature Communications》。延伸閱讀：科學家解開DNA修復的謎團。本文通訊作者、化學教授Cynthia
iPhone供電的納米孔測序儀有望上市
Oxford Nanopore的用戶組會議于上周四在倫敦召開。媒體并沒有被邀請，不過一些用戶和博主已經在Twitter上透露了最新消息。Oxford Nanopore正在開發一款智能手機供電的納米孔測序儀以及一款低成本的文庫制備系統。 Oxford Nanopore的用戶組會議于上周四在倫敦召
納米孔測序搞定超級難搞的基因
Brenton Graveley是在2014年4月收到他的第一臺MinION測序儀的。他所在的康涅狄格大學實驗室是首批獲得Oxford Nanopore Technologies測序儀的客戶。盡管準確性不穩定，通量也不高，但Graveley和他的同事決定立刻就試試。 對于MinION，眾多討論
納米孔測序發現DNA損傷的新策略
最近，美國猶他大學的化學家們，設計了一種新的方法來檢測DNA化學損傷，DNA損傷有時會導致基因突變，引發許多疾病，包括各種癌癥和神經系統疾病。相關研究結果發表在十一月六日的《NatureCommunications》。 本文通訊作者、化學教授CynthiaBurrows說：“我們更進一步了解了
納米孔測序儀為何遲遲不見蹤影？
今年2月，英國Oxford Nanopore Technologies公司(以下簡稱Oxford)宣布推出一款便攜式的基因組測序儀MinION，約摸只有U盤大小，價格低于900美元，立即引發市場轟動。同時，該公司另一測序平臺GridION有望在15分鐘內完成人類基因組測序，費用約為1,500
兩篇PNAS：蛋白納米孔檢測DNA甲基化
兩個獨立的研究團隊利用通道蛋白實現納米孔測序，成功鑒別了5-甲基胞嘧啶和5-羥甲基胞嘧啶。這兩篇文章發表在同一期的美國國家科學院院刊PNAS雜志上。 基因組所蘊含的編碼信息，包括DNA序列和核苷酸修飾兩個部分。其中，動態的DNA甲基化模式，是基因表達的重要調控者，與細胞分化、胚胎發育和癌癥
利用納米孔測序在100天內測序100種番茄
約翰霍普金斯大學的研究人員Michael Schatz概括了目前所做的工作和進展情況，而貝勒醫學院的研究人員Fritz Sedlazeck介紹了樣本選擇和結構變異檢測的詳細信息。 番茄是最有價值的經濟作物之一，在世界各地廣泛栽培。根據聯合國糧農組織的統計，2016年番茄產量達到1.77億噸，價