數字PCR在拷貝數變異(CNV)研究的應用
微滴化的樣品處理及檢測,這種擺脫Ct值的計算方法而直接獲取目標基因的絕對拷貝數,為拷貝數變異的研究提供了絕對的檢測精度。是其他諸如二代測序、芯片雜交等平臺無法達到的。采用數字PCR能夠有效對二代測序(NGS)和微陣列比較基因組雜交(aCGH)等實驗結果進行驗證,并具有檢測周期短、成本低、樣本通量高等特點。......閱讀全文
數字PCR在拷貝數變異(CNV)研究的應用
微滴化的樣品處理及檢測,這種擺脫Ct值的計算方法而直接獲取目標基因的絕對拷貝數,為拷貝數變異的研究提供了絕對的檢測精度。是其他諸如二代測序、芯片雜交等平臺無法達到的。采用數字PCR能夠有效對二代測序(NGS)和微陣列比較基因組雜交(aCGH)等實驗結果進行驗證,并具有檢測周期短、成本低、樣本通量高等
數字PCR和基因組拷貝數變異研究
概述什么是拷貝數變異?為什么要對拷貝數變異進行研究?復旦大學杜仁騫、金力和張鋒三位老師發表于2011年8月《遺傳》的綜述,給出了簡明扼要的說明與回答,特引述如下:“拷貝數變異(Copy number variation, CNV)是由基因組發生重排而導至的,一般指長度為1 Kb以上的基因組大
3D-CNV鑒定實驗CN
拷貝數變異 (CNV) 是基因座的野生型拷貝數相比參考基因組增加或減少造成的基因組失衡。這些基因組改變從小的 (小于10 kb) 插入或缺失到大的 (超過1 Mb)、復雜的多等位基因復制均有。CNV是人類基因組中最常見的遺傳變異,與多種疾病有關,包括癌癥或遺傳性疾病易感性 [1, 2]。
數字PCR在基因表達差異研究的應用
數字PCR由于檢測時完全不依賴傳統的Ct值即可實現真正意義上的絕對定量,因而可以提供比實時熒光定量PCR更精確的基因差異表達研究,尤其對于那些靶基因表達差異微小的情況,如:mRNA、microRNA、lncRNAs等的表達分析;等位基因的不平衡表達;單細胞基因表達分析;外泌體核酸分子定量分析等。
基于Naica-數字PCR平臺三色檢測Her2基因拷貝數變異
人表皮生長因子受體2(Human Epidermal Growth Factor Receptor?2,HER2)檢測是預測HER2靶向療法(如曲妥珠單抗)潛在效果的生物標志。為了提高HER2檢測有效性和臨床實用性,美國臨床腫瘤學會(American Society of?Clinical On
基于Naica-數字PCR平臺三色檢測Her2基因拷貝數變異
人表皮生長因子受體2(Human Epidermal Growth Factor Receptor?2,HER2)檢測是預測HER2靶向療法(如曲妥珠單抗)潛在效果的生物標志。為了提高HER2檢測有效性和臨床實用性,美國臨床腫瘤學會(American Society of?Clinical On
數字PCR技術的應用領域
從上世紀90年代以來qPCR技術的爆發式發展使得現代核酸檢測技術具有全新的面貌,而進入二十一世紀之后,速度更快、通量更高。成本更低的DNA測序技術正在迅速發展,也是目前競爭最為激烈的研究領域之一,即使在這種情況下,dPCR技術仍然以其高度的靈敏性和特異性在諸多科學領域爭取到屬于自己的一席之地。即使在
PCR技術邁入第三代-微滴式數字PCR
你說世界變化快不快,PCR已經邁入第三代!近日,一種稱為微滴式數字PCR(ddPCR?)的新技術出現在《Analytical Chemistry》雜志上,它能夠確定樣品中待測靶分子的絕對數目。 第一代PCR就是我們目前最常用的終點PCR技術,通過凝膠電泳獲得定性的結果。風靡全球的實時定
數字PCR在環境監測的應用
?基因目標的環境監測,需要對復雜樣品中低濃度的目標進行準確檢測。ddPCR每次運行中能創建數千個PCR反應室,帶來了目標的準確測定,即使它們濃度很低,因此可以實現對土壤、污水、淤泥、酒泥等為樣本的環境生物學研究和病原微生物監測。
數字PCR在早期精準檢驗疫情的應用
? 2016年,全球首例數字PCR動物疫病檢測試劑研發成功,包括禽流感、禽流感H7N9、藍耳病、高致病性美州株、豬的流行性腹瀉等動物疫病檢測試劑盒。此項技術的推出,將有助于在食品安全的源頭及早發現疫情,盡早處理避免更大面積的傳染,更好地控制漏檢,減少傳染人的幾率;也將有助于國家建立規范化、規模化的動
數字PCR在移植排斥監控中的應用
為了降低器官移植中移植物排斥導致的風險,數字PCR技術通過監測受體中移植器官供體的循環DNA水平來檢測早期移植排斥。
數字PCR在食品安全檢測的應用
食品安全日益成為一個重要的公共衛生問題, 受到社會及國家的高度重視。食源性疾病、食品原料造假、轉基因食品等逐漸呈現出普遍增長的趨勢。食源性疾病是指通過攝食而進入人體的有毒有害物質等致病因子所造成的疾病。比如常見的食物中毒、腸道傳染病、人畜共患傳染病、寄生蟲病等。食源性疾患的發病率居各類疾病總發病率的
數字PCR在腸道菌群分析的應用
數字PCR技術直接計算目的序列的拷貝數,對樣品中的微生物實現了絕對定量,可用于微生物檢測,以便進一步研究腸道菌群的結構、功能以及數量。
數字PCR在病毒臨床檢測中的應用
概述2015年剛成歷史,2016年已在眼前。就這樣,年復一年間滄海成桑田。生命科學領域,新方法層出不窮,老方法不斷升級,好不熱鬧。也如孔子的感嘆:逝者如斯夫,不舍晝夜。就拿PCR技術來說,熒光定量PCR作為一種進行基因表達分析的技術,截至目前最大的應用市場是病原微生物的核酸體外診斷。展望未來,作為q
數字PCR在基因型鑒定的應用
PCR也可以用于檢測一個生物中是否存在某特定DNA序列,這被稱為基因型鑒定。例如,基因型鑒定可通過發現樣品中是否存在某種群特異性序列來判斷樣本的真實性。基因型鑒定還可用于法醫分析判斷在現場發現的DNA樣品是否和嫌疑人的吻合,令兇手無處遁形。
羅氏NimbleGen芯片繪制最高分辨率的人類基因組拷貝數變...
羅氏NimbleGen芯片繪制最高分辨率的人類基因組拷貝數變異圖譜羅氏NimbleGen的CGH芯片平臺用于生成最高分辨率的人類基因組拷貝數變異圖譜。近來芯片技術的發展引發了對人類基因組拷貝數變異的大規模探索,包括DNA拷貝數增加(重復)、丟失(缺失)以及多等位基因或復雜重排。研究表明拷貝數變異(C
GENEπ數字PCR技術應用教程
數字 PCR( digital PCR ,dPCR ) 下一代DNA/RNA擴增技術。原理是將一個PCR 反應體系分配到大量微小的反應單元中,在每個微反應器中包含或不包含 1 個或多個拷貝的目標核酸分子 (DNA 模板) ,進行“單分子模板”PCR 擴增。擴增結束后,通過陽性反應單元( 通過
專家經驗談:如何減輕你的測序負擔
拷貝數變異(CNV)是指基因拷貝數出現的異常,主要表現為基因組大片段的缺失和重復。CNV是基因組結構變異的重要組成部分,與自閉癥、認知功能缺陷、癌癥等多種疾病有關。芯片是目前臨床上檢測CNV的主要工具,但芯片檢測在有些方面也是力不從心。舉例來說,芯片只能幫助我們判斷是否存在序列重復(或缺失),要
數字PCR在腫瘤的液體活檢中的應用
?腫瘤學研究是數字PCR的重要應用領域,該技術作為極為重要的工具,能夠識別DNA突變(例如EGFR)、腫瘤患者用藥監控、基因擴增檢測、循環腫瘤細胞(CTC)特性研究、長鏈非編碼RNA檢測、液體活檢中循環的核酸(cfDNA)和腫瘤細胞(CTC)的絕對定量等研究中。
數字PCR在腫瘤治療的伴隨診斷的應用
?常用體液來源(如血液,胸腹水,唾液及尿液等)的待檢標本中的DNA,有正常脫落體細胞和病變脫落細胞兩種來源,前者的量遠大于后者。通過微液滴處理能在每個微液滴中有效減少正常體細胞DNA的干擾,實現腫瘤標記物的有效檢測,如EGFR,ALK,ROS1,KRAS、BRAF等基因的突變檢測、乳腺癌/胃癌的HE
數字PCR應用(一)
一. PCR的發展歷史 PCR技術自問世以來,在遺傳病、病原體、癌基因等分子診斷領域和法醫鑒定等方面發揮了巨大作用。第一代 PCR在進行擴增后通過凝膠電泳進行定性分析。 隨著生物分子熒光技術的發展,1992年實時熒光定量PCR(Quantitative Real-time PCR, qPCR) 應運
數字PCR應用(三)
Fluidigm公司于2006年底推出了基于集成流體通路(IFC)芯片的Bio-Mark? 高通量基因剖析系統。 其創新在于集成液體通路技術:應用集成電路制造工藝(光刻)在硅片或石英玻璃上刻上許多微管和微腔體,經過不同的控制閥門控制溶液在其中的活動來完成生物樣品的分液、混合、PCR擴增。圖8. Bi
數字PCR應用(二)
4、能夠有效區分濃度差異(變化)微小的樣品:更好的準確度、精密度和重復性,可以用于精確測定靶基因的相對表達,基因拷貝數變異分析等。圖4. qPCR和dPCR的對比 四.dPCR的多指標檢測的實現 如同qPCR一樣,dPCR中實現多指標的并行檢測能顯著降低檢測成本,獲取更豐富的檢測信息。 不同于qPC
Nacia數字PCR在基因表達分析中的應用
華盛頓大學醫學院兒科和加利福尼亞大學圣地亞哥分校醫學院兒科的研究人員建立了一個穩定可靠的基于RNA磁珠提取和數字PCR的方法,可從糞便樣本中檢測與EE(熱帶腸病)關聯的人mRNA,靈敏度可達20拷貝GAPDH mRNA/200mg糞便樣本。已有報道表明病人糞便中存在人mRNA,可作為反應病人消化道病
數字PCR在糖尿病治療中的應用
? ? 數字PCR技術目前在糖尿病中的研究熱點,通過定量檢測非甲基化DNA的水平,對I型糖尿病β細胞死亡進行定量,從而監控病情發展。
數字PCR在無創產前篩查的應用
?無創傷的產前診斷, 如21號染色體為3倍體的唐氏綜合征、已知父母基因型的胎兒地中海貧血或胎兒遺傳性耳聾基因檢測等。目前無創檢測標本來源主要為孕婦血液,而待檢測的胎兒DNA受到母體DNA的干擾,影響了檢測的準確性。數字PCR技術可以作為二代測序法的補充來進行無創傷產前診斷,從而提高工作效率、降低檢測
數字PCR和HRM在腫瘤樣本中的應用
摘要:Vogelstein和Kinzler(美國國家科學院院刊,1999年)第一次描述了Digital PCR(dPCR)的概念,一種在微量細胞群中(如原發性腫瘤組織)鑒定突變的方法。通過稀釋樣品DNA到一個單個分子水平,它可以把PCR自然模擬指數轉化為數字信號。當PCR成功的擴增出這些單個
數字PCR在甲基化含量鑒定的應用
作為表觀遺傳學研究中重要的一個研究方向——甲基化程度分析,現階段有不同的方法或技術來進行研究:如傳統的亞硫酸氫鹽處理后的克隆測序法、抗體檢測法、定量PCR檢測法等受限于方法學的問題,不能獲得甲基化程度的精確定量,而數字PCR系統通過對樣品的微液滴處理及目標分子的絕對拷貝數定量,為甲基化程度的精確定量
數字PCR在-藥物基因組檢測的應用
? 能夠通過PCR技術實現藥物基因組的檢測,提高合理用藥水平,具有通量較高,操作簡單,儀器設備易普及等優點。? ? 數字PCR冷知識:胎兒性別不是只有B超可以看出來,一只精通數字PCR的科研狗,也可以測出來。
數字PCR的研究歷史
1983年由美國Mullis首先提出設想,1985年發明了聚合酶鏈反應,即簡易DNA擴增法,標志著PCR技術的真正誕生。1999 年,美國學者 Kenneth Kinzler 與 Bert Vogelstein 首次提出了數字 PCR (digital PCR,dPCR)的概念,實現了核酸拷貝數絕對