帶您了解基因測序技術的發展
在生物多樣性急劇減少和物種消失的時代，有時被稱為“第六次大滅絕”或“全新世滅絕”，人們對開發有效的生物多樣性研究和監測工具提出了很高的要求。迄今為止，世界各地的分類學家已經描述了超過170萬個物種。然而，這只是地球上預計存在的數百萬生物的一小部分。當試圖使用傳統的基于形態學的方法對所有物種進行分類時，生物多樣性的絕對規模是一個巨大的挑戰。據估計，僅描述500萬種動物物種的成本就可能高達2500億美元，需要6個世紀才能完成。 基于形態的分類學充滿了局限性，例如難以描繪形態上隱蔽的物種以及合格的分類學家數量的減少。這些限制產生了對更多創新分類法方法的需求。2003年，Paul Hebert和他的同事展示了采用基于基因組的方法進行分類鑒定的方法。這種方法，被稱為“DNA條形碼”，是為了利用大多數真核生物中存在的短而保守的基因區域，提供快速準確的生物鑒定而開發的。從那時起，DNA條形碼已成為生物有機體快速鑒定的一種既定方法。 今......閱讀全文
PacBio助力感染菌株基因組重測序
Andrew Kasarskis博士是Icahn基因中心遺傳與基因組中心的副主任。他目前領導著一些專攻治療和診斷的合作項目，而他自己的研究也主要在病原體檢測，藥物基因組學，睡眠與遺傳的關系幾個方面展開。在加入西奈山之前，他曾經就職于PacBio，Sage Bionetworks和Merck。他有
PacBio完成大型基因組測序項目
什么叫PacBio技術應用到大型基因組測序項目中會大打折扣，在哪個環節大打折扣?提出這個問題的讀者幾乎都是抱有同樣的心態，盡管大多數讀者都基本認同了，如果為了得到Finishing Genome，那么PacBio無論技術和成本，理論上都是最低的，但即使這樣，客觀成本還是高的嚇人，而假如將就D
高通量測序技術的原理及各平臺優勢和實踐應用的分析－5
圖5: 長讀長實時測序原理。長reads的合成與真正測序的平臺不同的是，合成長讀長技術依賴于一個barcode系統來結合不同的片段，通過已有的短讀長測序儀來獲得長讀長reads61。該方法將大的DNA分子分割成若干個小片段到微孔中或者乳液中。每個微孔或者乳液中的模板被切割并且加上了barcodes。
4000萬！20232026年中國科學院測序和質譜檢測項目公開招標
公告信息 采購項目名稱
Illumina斥資12億美元收購PacBio－加速基因測序行業整合
2018年11月1日，Illumina公司宣布收購Pacific Biosciences公司。Illumina將以后者每股8美元的價格以全現金交易的形式收購該公司。這一價格比Pacific Biosciences在2018年10月31日市場收盤時的30個交易日成交量加權平均股價溢價71%，按完全
RNAseq綜述（二）
短讀長cDNA測序短讀長已經成了在整個轉錄組范圍內對基因進行檢測和定量的事實方法(de facto method)，部分原因是這種方法比芯片成本更低，操作更方便，但是其主要原因還是因為這種方法能生成更全面，更高質量的數據，這種方法能夠 對整個轉錄組中的基因表達水平進行定量。使用Illumina短讀長
納米孔測序技術
測序長度和準確率的快速提升使得納米孔測序有望顛覆DNA測序市場。紐約威爾康奈爾醫學院的計算生物學家Christopher Mason喜歡在會議上表演一個“絕活”：他和同事先從志愿者手機上收集DNA樣本，然后就能在一個小時內現場進行譜系分析，甚至敘述志愿者一天的生活細節。“我們能從留在手機上的DNA信
高通量測序技術的原理及各平臺優勢和實踐應用的分析－4
表一：NGS平臺概述。單分子長讀長測序（PacBio和ONT）最近這段時間，最常用的長讀長測序法平臺就是使用PacBio Biosciences（PacBio）57的單分子實時測序法（single-molecule real-time sequencing, SMRT）（圖5a）。該設備使用
為什么deSALT技術能夠突破長RNAseq讀序列比對瓶頸
由于高測序錯誤和復雜的基因結構，長讀RNA測序讀段的比對就顯得非常重要。2019年12月16號，哈爾濱工業大學臧天儀、王亞東團隊在Genome Biology上在線發表了題為deSALT: fast and accurate long transcriptomic read alignment
希望組自主三代組裝軟件NextDenovo最新版本全球學術開源
希望組面向全球釋放三代測序數據高效糾錯、組裝軟件NextDenovo最新版本V2.0-beta.1 （https://github.com/Nextomics/NextDenovo），并免費開放用于學術和其他非商業用途。據悉，本次希望組發布的最新版本NextDenovo是專為三代測序數據開發的糾
PacBio推出小而強大的測序系統
之前，人們一直在猜測Pacific Biosciences可能會推出小型的單分子測序儀，但PacBio從未給出肯定的答復。而在2015年9月的最后一天，PacBio給了人們一個驚喜，突然宣布推出Sequel測序系統。Sequel系統保留了SMRT技術的優點，與現有的PacBio RS II系統相
PacBio單分子測序最新科研動態
DNA基因測序技術從上世紀70年代起，歷經三代技術后，目前已發展成為一項相對成熟的生物產業。測序技術的應用也擴展到了生物、醫學、制藥、健康、農林、園藝、花卉、環保、法醫等許多領域，并成為一項與我們衣食住行密切相關的高技術產業。據最新統計，2012年全球基因測序市場的產值已超過百億，按最近幾年增長速度
PacBio單分子測序最新科研動態
DNA基因測序技術從上世紀70年代起，歷經三代技術后，目前已發展成為一項相對成熟的生物產業。測序技術的應用也擴展到了生物、醫學、制藥、健康、農林、園藝、花卉、環保、法醫等許多領域，并成為一項與我們衣食住行密切相關的高技術產業。據最新統計，2012年全球基因測序市場的產值已超過百億，按最近幾年增長
帶您了解基因測序技術的發展
在生物多樣性急劇減少和物種消失的時代，有時被稱為“第六次大滅絕”或“全新世滅絕”，人們對開發有效的生物多樣性研究和監測工具提出了很高的要求。迄今為止，世界各地的分類學家已經描述了超過170萬個物種。然而，這只是地球上預計存在的數百萬生物的一小部分。當試圖使用傳統的基于形態學的方法對所有物種進行分
斯坦福大學借助PacBio首次臨床全基因組測序
在Ricky Ramon 7歲時進行一次例行檢查中，猶豫不決的兒科醫生送他去拍一張胸部X光片，結果顯示在他心臟左上腔里有一個良性腫瘤。對于Ramon來說，這是長達二十年的痛苦而漫長的就醫史的開始——伴隨他20年的，是沒完沒了的預約、診斷、和手術。 在此期間，非惡性腫瘤不斷重新出現在Ramon的
北京希望組完成近億元B輪融資，瞄準全球三代測序應用
近日，北京希望組（以下簡稱“希望組”）成功完成近億元人民幣B輪融資。本輪融資由遠毅資本領投，昌平科技產業母基金（昌發展管理基金）和老股東經緯中國跟投。浩悅資本擔任本次交易獨家財務顧問。 希望組作為中國首家也是全球最大三代測序應用公司、全球最大的ONT測序中心，配備了20臺GridION X5
淺談NGS的這10年（三）
454平臺和Ion Torrent平臺相比于其他的短讀長平臺而言，能夠提供較長的read讀長，分別大約在700bp與400bp，因此在基因組結構較為復雜的研究上應用 較多。然而，由于同樣都是基于SNA技術，它們都擁有相同的缺點。雖然，其在非堿基多聚體（non-homopolyme
北大湯富酬團隊首次在單細胞水平上從頭組裝人類基因組
基因組組裝受益于具有更高準確性和更高連續性的長讀長測序技術。然而，大多數人類基因組組裝需要來自同質細胞系的大量 DNA，而不會保持細胞異質性，因為細胞異質性會嚴重影響單倍型組裝結果。 2022年7月12日，北京大學湯富酬團隊在Nucleic Acids Research （IF=19）在線發表
首個草莓完整基因組發布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494423.shtm草莓是薔薇科植物，在世界范圍內被廣泛栽植。其約有25個種，倍性十分豐富，從二倍體到十倍體均有。森林草莓作為草莓二倍體模式種，有很大的研究價值。2018年GigaScience發表了利用
牛油果無間隙參考基因組組裝助力脂肪酸生物合成和抗病性相關基因鑒定
牛油果屬樟科鱷梨屬常綠喬木，原產于中美洲。為闡釋牛油果的遺傳信息，中國科學院西雙版納熱帶植物園植物基因組演化與次生代謝研究組利用NGS、PacBio HiFi、ONT、Pore-C等測序技術對西印度品種的牛油果進行了全基因組測序，并組裝了841.6Mb無間隙的牛油果基因組序列。 研究顯示西印度
－Pacbio單分子實時測序技術于藥用植物基因組研究應用
藥源短缺成為限制臨床治療和新藥研發的最大瓶頸，因此，開發新的藥物來源途徑是迫切需要解決的問題。利用現代生物技術和次生代謝工程手段是未來生產藥物最有潛力的發展方向。我國藥用植物有1 萬多種，大多數藥用植物遺傳背景不清楚，基因組信息缺乏，遺傳信息和功能基因的研究亦極為薄弱。例如人參屬（Panax）
Illumina與PacBio測序數據幫助質體基因組多樣性演化機制
近日，中科院植物研究所研究員張憲春、副研究員向巧萍等揭示了自養維管植物中目前已知最特異的質體基因組。相關研究成果發表于《植物學報》。近年來質體基因組研究揭示了復雜多樣的結構和序列變異，對教科書上經典的四分體結構提出了挑戰。質體基因組多樣性演化的機制常被籠統地訴諸于DNA修復系統可能存在缺陷。科研人員
新篇章：單細胞基因組從頭組裝
隨著單堿基精度和讀取長度的提高，利用批量樣本的單分子長讀測序技術已廣泛應用于基因組組裝。通常，長讀測序組裝需要大量的DNA(通常來自數百萬個細胞的幾微克)，因此大多數人類基因組組裝被限制在批量基因組測序數據集，而沒有保持單個細胞之間潛在的遺傳異質性。然而，這在許多情況下是不切實際的。相比之下，單細胞
研究人員完成棗和酸棗單倍型基因組組裝
近日，西北農林科技大學林學院紅棗團隊黃建研究員課題組以我國制干棗主栽品種‘駿棗’和著名“秦藥”代表清澗酸棗為研究材料，整合了PacBio HiFi、ONT ultra-long和Hi-C等多種先進測序技術以及多種組裝策略完成了棗和酸棗T2T gap-free和T2T gap-free單倍型基因組的組
第三代測序技術：PacBio單分子測序最新科研動態
DNA基因測序技術從上世紀70年代起，歷經三代技術后，目前已發展成為一項相對成熟的生物產業。測序技術的應用也擴展到了生物、醫學、制藥、健康、農林、園藝、花卉、環保、法醫等許多領域，并成為一項與我們衣食住行密切相關的高技術產業。據最新統計，2012年全球基因測序市場的產值已超過百億，按最近幾年增長
完整線粒體mtDNA提取神器SageHLS在測序合成的應用
有關線粒體DNA：線粒體是一種存在于大多數細胞中的由兩層膜包被的細胞器，細胞中制造能量的結構，是細胞進行有氧呼吸的主要場所。線粒體病是遺傳缺陷引起線粒體異常，致使ATP合成障礙、能量來源不足等導致的一組異質性病變，又稱為線粒體細胞病。常見的線粒體疾病有Leber遺傳性視神經病變（LHON）、線粒體腦
百邁客測序陣營再添強援—PacBio－RS－II測序儀正式投產
日前，百邁客公司引進的三代單分子實時測序PacBio RS II已正式投入生產。在三代測序平臺上，實現了數據產量和讀長的雙重提升，一個SMRT Cell芯片可產出高達1.3Gb數據，reads平均長度達到14KB，N50超過20KB，最長reads超過45KB，為基因組測序、全長轉錄組測序、堿基
金唯智引入Illumina－X10及PacBio測序平臺－深化基因組領域業務
近日，金唯智宣布引進全球最高通量的測序平臺Illumina HiSeq X-10及最新的單分子基因測序系統PacBio Sequel。這些新平臺的加入使得金唯智擁有市場上最先進的高通量測序平臺，從而全面加強金唯智在基因組學研究、精準醫療與其它應用領域里的服務范圍和能力。 新平臺能為客戶減低成本
百邁客PacBio基因公司聯合實驗室建立開啟三代測序新布局
12月27日，北京百邁客生物科技有限公司與PacBio、基因有限公司舉行了聯合實驗室揭牌儀式。北京百邁客生物科技有限公司創始人、董事長兼CEO鄭洪坤先生，PacBio公司 Senior Director of Sales -North Asia（北亞區高級銷售總監）牟德宜女士；基因有限公司儀器事
PacBio測序有望掀起下一場遺傳診斷的革命
從一代到二代再到三代，近年來測序技術的發展勢不可擋。單分子測序也逐漸表現出它的優勢，在測序舞臺上發揮著舉足輕重的作用。近日，比利時魯汶大學和瑞典烏普薩拉大學的研究人員在《Nucleic Acids Research》發表綜述文章，介紹了PacBio SMRT測序技術在臨床中的應用。 文章簡單回