蛋白質組學的標準化(下)
蛋白質組學信息學研究組 蛋白質組學信息學研究組的任務是教育蛋白質組學研究實驗室最大程度地應用和實踐生物信息學方法，向精確和復雜的蛋白質組學數據分析方向發展。iPRG積極地支持和參與開發和提高新的算法、軟件工具以及蛋白質組信息學戰略，目標是向全體會員教育和介紹這些新技術。iPRG已經發起了兩個合作研究，一個在2008年另一個在2009年。第一項研究評價了參與者在單個質譜數據組中鑒定復雜混合物中蛋白質的能力。需要特別指出的是，這項研究使得參與實驗室使用生物信息學工具，從通用數據集和通用參考數據庫中，完成和合并蛋白質鑒定的結果，從而評估使用生物信息學工具的作用。2009年的研究評價了參與實驗室測定兩個復雜樣本間蛋白質顯著差異的能力。他們提供了代表每個樣本的5個技術復制品的數據組，使參與者能夠測定出這些差異的重現性。 生物參考物質自發組織 生物參考物質自發組織(BRMI)是英國國家生物標準品和控制研究所(NIBSC......閱讀全文
ThermoFisher推出Proteome Discoverer蛋白質組學軟件
Thermo Fisher推出Proteome Discoverer：前沿蛋白質組學研究的突破性生物軟件 質量信息學平臺提供了強大的分析、開放和靈活架構，易于使用的界面 2008年5月30日，圣何塞，服務科學，世界領先的賽默飛世爾科技公司，今天宣布將在ASMS 2008（第56屆美國質譜大會）上
質譜和蛋白質組學：擊中目標
Nature Methods - 5, 741 - 747 (2008)?? 作者：Nathan Blow?? 分析測試百科? 譯 ??? 近年來，質譜儀大幅提高了動態范圍和靈敏度，使研究者們在疾病生物標志物的發現和驗證方面，更從容地面對挑戰。 ??? 在2008年6月的美國質譜大會（ASMS）
Orbitrap質譜蛋白質組沙龍在京舉行
【導語】使用質譜儀器進行蛋白質組研究中有三個關鍵環節，第一個是樣品的處理階段，這是最簡單，也是最重要的一個步驟。第二個階段是儀器的操作部分，使用液相、質譜等儀器把蛋白質進行分離、分析。主要涉及儀器參數的優化調整。第三步是生物信息學分析部分，這也是最難的部分。本期沙龍中中科院生物物理所的
定量蛋白質組學質譜采集技術進展（四）
無論是相對定量還是絕對定量方法,DIA很好地克服了DDA鳥槍法和SRM目標監測的種種不足, 在定量蛋白質組學中具有良好的應用前景。然而,目前DIA 方法的循環時間仍然較長,只能與納流液相聯用,并使用較長的梯度以獲得足夠的色譜峰寬,限制了DIA 的應用范圍。這也是DIA 技術下一步需要解決
蛋白質組質譜新方法一覽
2003年人類基因組精細圖繪制完成，是人類科學史上一個里程碑式的事件。后基因組時代的研究重點自然落在了蛋白質頭上。為啥？因為中心法則告訴我們，基因的產物——蛋白質，是生命活動的最終執行者。與基因組類比，研究生物體內全套蛋白質的科學，就是蛋白質組學。基因組計劃完成的同年，人類蛋白質組計劃啟動，令人激動
定量蛋白質組學質譜采集技術進展（二）
同步母離子選擇(Synchronous precursor selection, SPS)技術的出現徹底解決了MS3 響應弱的問題。SPS 技術利用多頻切跡的選擇波形電壓(MultiNotch) [27] ,在線性離子阱中實現一次選擇同時獲得多個離子,最多可同時選擇15 個(圖2A)。利用這一原理,
定量蛋白質組學質譜采集技術進展（三）
然而PRM 的分析通量不如SRM。PRM 能同時監測最多10 ~15 個母離子,而SRM 能同時監測上百個離子對,因為高分辨質譜的有效掃描速度通常只有10 ~15 Hz,遠慢于SRM 的有效掃描速度。但是這一問題正逐步得到解決,多重累積(Multiplexing, MSX)技術的發展和使用有
定量蛋白質組學質譜采集技術進展（一）
摘要 質譜是定量蛋白組學的主要工具。近年來隨著定量蛋白質組學研究的深入,傳統質譜定量技術面臨著復雜基質干擾、分析通量限制等諸多問題。而最近一系列質譜新技術的發展,包括同步母離子選擇(SPS)、質量虧損標記、平行反應監測(PRM)、多重累積(MSX)和多種全新數據非依賴性采集(DIA)等,為解決目前蛋
《自然》子刊專題：蛋白質組學中的質譜
涉及到蛋白質組學分析的研究人員都知道蛋白質組學研究的技術路線有兩條，一條是以雙向電泳加生物質譜的方法鑒定生物體系中各種蛋白的表達譜以及各蛋白表達程度的相對變化，另一條路線就是多維色譜與生物質譜相結合的稱之為鳥槍法的技術路線。其中質譜分析技術（Mass spectrometry，MS）是蛋白質組學常用
質譜技術在蛋白質組研究中的分析方法
2003年人類基因組精細圖繪制完成，是人類科學史上一個里程碑式的事件。后基因組時代的研究重點自然落在了蛋白質頭上。為啥？因為中心法則告訴我們，基因的產物——蛋白質，是生命活動的最終執行者。與基因組類比，研究生物體內全套蛋白質的科學，就是蛋白質組學。基因組計劃完成的同年，人類蛋白質組計劃啟動，令人激動