omgOMx播客|布魯克生命科學質譜部總裁RohanA.Thakur

這一切都始于一項顛覆性技術，我們相信，它可以撼動蛋白質組學市場并與現有技術相競爭。

我們的團隊看到了捕集離子淌度（TIMS）技術的潛力。我們知道它會撼動蛋白質組學市場，并與現有的技術競爭。詳細來說，在蛋白質組學領域，大多數液相色譜的運行需要很長時間——平均需要大約2個小時。但是，通過使用timsTOF及平行累積連續碎裂技術（PASEF），可以在短短20分鐘內獲得相同數量的信息！它絕對是游戲規則的改變者。

我們一旦擁有單日處理大量樣本的速度，我們就需要通過軟件來將這些數據文件轉換為可操作的信息。這就是需要引入PaSER（一款擁有強大數據處理功能的蛋白質組學數據搜索引擎）的時候。現在，布魯克第一次在硬件上有了創新，能夠在數據采集結束后立即向用戶提供結果信息。單日樣本分析數量的快速增加以及運行結束后可得到分析結果，這兩件事加在一起，就形成了一個真正突破性的創新。而在此之前，該領域已經停滯發展了15年左右。

問：布魯克對血漿蛋白質組學的最新突破有何貢獻？

由于腫瘤分泌產物存在于血漿中，血漿蛋白質組學也是布魯克關注的重點。這也是布魯克投資PreOmics（一家樣品制備公司）的原因。并且，布魯克目前擁有一款可以快速處理樣品的產品。在血漿蛋白質組學的一些應用中，能夠在短短5分鐘內觀測200-300種蛋白質的變化，這令人印象深刻。尤其是在研究或臨床環境中，當你想要快速處理和分析數據時，不可能等待幾個星期來獲得結果。TIMS技術、結合PASEF技術帶來的速度與PaSER軟件的組合，使我們每天都能處理大量樣本并獲得信息，并得出可用于做決策的信息，或作為輔助測試提供建議。我們也有一些令人印象深刻的用戶，比如牛津大學的Roman Fisher博士、哥本哈根大學的Matthias Mann和拉德布大學的Alain Van Gool。對于布魯克在血漿蛋白質組學領域產生的一系列影響，我感到非常激動，同時我們也很自豪能成為其中的一部分。

問：當處于領域科學進步的前沿地位時，合作的重要性是什么？布魯克成為這些突破的一部分，感覺如何?

布魯克專注傾聽并與該領域的專家密切合作，這是團隊的努力。這些早期的使用者會指導我們這項技術的應用方向。我們擁有可以提供幫助的技術，但現在的問題是：這項技術的生物學意義是什么?這些早期使用者和關鍵意見領袖（KOLs）是行業前沿的真正開拓者。一方面，我們在這里支持他們的工作，助力解決腫瘤和生物學中的復雜問題。另一個方面，他們的反饋幫助我們設計滿足他們特定需求的儀器和技術。最終，我們的目標是加強他們的工作，并在該領域產生有意義的影響。

圖：人細胞系K562胰蛋白酶消化物鑒定結果（nanoElute系統結合timsTOF HT在dia-PASEF^?模式下，使用Aurora色譜柱（25cm，75μm ID，IonOpticks)，以250 nL/min的流速和60分鐘梯度進行分析），使用TIMS DIA-NN進行處理數據（uniprot人源注釋數據庫）。圖片來源：布魯克生命科學質譜

問：在了解這項技術的潛在應用時，您個人是否有過驚嘆的時刻？

對我來說最酷的時刻之一，是我的一位好朋友Roman Fisher給我發了一張照片，這張照片上96孔板一直堆疊到timsTOF的頂部，他說：“看，Rohan，這是你的產品對我們日常生活產生的影響。” 在那一刻，我想，“哇，我們真的做到了！”這是第一次他不用清洗質譜儀就能處理5000-6000個樣本。這對我們來說是一個巨大的成就。看到這張照片，我知道我們已經設計了一個強大的可以處理這種工作量的質譜儀，這真的很令人興奮。對我來說，這絕對是一個“omg”時刻。

問：您對布魯克空間蛋白質組學和多組學的快速發展和成功有何看法？

我們的KOL之一Matthias Mann，他幫助我們實現了突破。Matthias和他的團隊正在使用深度視覺蛋白質組學技術評估并區分腫瘤異質性。他們使用激光捕獲顯微切割技術（LCM）來更仔細地觀察腫瘤微環境中的單個細胞。就MALDI成像技術中是否使用標記的問題，我們內部都有一些爭議，最后是與AmberGen的合作幫助我們做出了決定。現在，布魯克有一種強大的技術，唯一的問題是我們是否能用MALDI方法達到LCMS的高靈敏度從而實現追蹤蛋白質的目的。我很高興我們能夠為客戶提供兩全其美的服務：不僅可以觀察單個細胞內的蛋白質，還可以把這兩種技術結合起來，從而讓用戶受益。我們的客戶長期要求如此，我也相信在這樣美好的時代，我們可以做到這一點。對于這次合作的結果，我非常期待！

問：在這個領域，有沒有科學家或研究人員是您欽佩但是還沒有機會見面的？如果你愿意的話，可否告知您的“怦然心動人選”，也就是科學領域您尊敬并認為會對科學未來產生重大影響的人？

我已經是這個領域的老人了，所以很榮幸見到了一些大人物，并有機會向他們學習，比如John Yates、Matthias Mann和Albert Heck。到目前為止，這是一個非常充實的職業生涯。但最近什么最讓我興奮呢？是在質譜分析和臨床實踐建立一座橋梁的新想法。我非常想傾聽腫瘤學家的意見，并真正了解怎樣才能像基因組學一樣，使質譜分析成為臨床的常規工具。如果我們能做到這一點，將改變整個游戲規則。

圖：使用microGRID技術以5mm橫向空間分辨率對小鼠腎臟進行MALDI成像。圖片來源：布魯克生命科學質譜

關于布魯克生命科學質譜總裁Rohan Thakur

布魯克生命科學質譜總裁Rohan Thakur博士于2010年加入布魯克，擔任加利福尼亞州弗里蒙特CAM 質譜團隊的總經理，并在上任五年內晉升為四極桿業務副總裁和高級副總裁。他在質譜領域擁有超過20年的經驗，包括14年的應用和質譜開發經驗，同時也是質譜領域多項專利的擁有者。在他的職業生涯中，他曾經擔任賽默飛質譜解決方案全球營銷總監。在加入Bruker之前，他曾在一家制藥CRO擔任藥物發現總監兩年。他在堪薩斯州立大學獲得化學博士學位，在羅格斯大學做博士后研究，工作涉及使用高分辨率質譜分析證明開環苯代謝物-DNA和蛋白質加合物的形成。