科學家繪制水稻幼苗根葉單細胞轉錄圖譜
中國科學院遺傳與發育生物學研究所錢文峰研究組應用單細胞轉錄組測序技術，獲得了水稻幼苗葉和根超過20萬個單細胞的轉錄組信息，利用細胞類型標記基因和原位雜交技術，對每個細胞的身份進行了鑒定，構建了水稻幼苗葉和根的單細胞轉錄圖譜。相關結果近日發表于《遺傳學和基因組學期刊》。水稻幼苗葉和根的單細胞轉錄組二維UMAP圖與組織解剖圖 圖片來源：錢文峰等 水稻作為重要的糧食作物，為全球一半以上的人口提供主糧；同時，水稻作為單子葉模式植物，其個體發育與細胞分化受到了科研人員持續和廣泛的關注。細胞功能的分化常常可以體現為基因表達的差異。新興的單細胞轉錄組測序技術使高通量探究細胞的功能分化成為可能。 錢文峰等構建了水稻幼苗葉和根的單細胞轉錄圖譜。基于該圖譜進一步發現，盡管葉和根的同種類型組織（如葉和根各自的維管組織，葉肉細胞和根皮層細胞）具有顯著的轉錄組相似性，葉和根表皮組織的轉錄組卻具有較大的差異，這可能與地上部和地下部表皮組織所處外界環......閱讀全文
科學家繪制水稻幼苗根葉單細胞轉錄圖譜
水稻幼苗葉和根的單細胞轉錄組二維UMAP圖與組織解剖圖 圖片來源：錢文峰等 中國科學院遺傳與發育生物學研究所錢文峰研究組應用單細胞轉錄組測序技術，獲得了水稻幼苗葉和根超過20萬個單細胞的轉錄組信息，利用細胞類型標記基因和原位雜交技術，對每個細胞的身份進行了鑒定，構建了水稻幼苗葉和根的單細胞轉錄
科學家繪制水稻幼苗根葉單細胞轉錄圖譜
中國科學院遺傳與發育生物學研究所錢文峰研究組應用單細胞轉錄組測序技術，獲得了水稻幼苗葉和根超過20萬個單細胞的轉錄組信息，利用細胞類型標記基因和原位雜交技術，對每個細胞的身份進行了鑒定，構建了水稻幼苗葉和根的單細胞轉錄圖譜。相關結果近日發表于《遺傳學和基因組學期刊》。水稻幼苗葉和根的單細胞轉錄組
轉錄圖譜的轉錄圖譜的意義
在于它能有效地反應在正常或受控條件中表達的全基因的時空圖。通過這張圖可以了解某一基因在不同時間不同組織、不同水平的表達；也可以了解一種組織中不同時間、不同基因中不同水平的表達，還可以了解某一特定時間、不同組織中的不同基因不同水平的表達。人類基因組是一個國際合作項目：表征人類基因組，選擇的模式生物的D
楊樹次生木質部單細胞轉錄組圖譜建立
近日，北京林業大學教授張德強團隊在《植物生物技術雜志》發表研究論文。該研究以楊樹為研究模式，利用單細胞測序技術、基因組分析、RNA原位雜交、愈傷組織遺傳轉化等技術建立了楊樹次生木質部的單細胞轉錄組圖譜，重構了完整的楊樹次生木質部細胞類群，鑒定了調控木質部發育過程的關鍵轉錄因子，系統解答了次生木質
單細胞轉錄組測序構建胸腺器官發生的分子圖譜
2019年10月8日，四川大學胡洪波研究組、解放軍總醫院第五醫學中心劉兵研究組與暨南大學基礎醫學院蘭雨研究組合作在Immunity雜志在線發表了題為“Single-cell RNA Sequencing Resolves Spatiotemporal Development of Pre-thy
研究成果：靈長類海馬衰老的單細胞轉錄組圖譜繪制
海馬體作為腦的重要組成部分，在學習和記憶中發揮重要作用。隨著年齡增長，海馬功能逐漸退化，導致認知功能的減退以及多種人類神經退行性疾病發生。由于海馬結構復雜，細胞組成具有高度異質性，傳統研究技術難以精確揭示海馬衰老過程中不同細胞類型的衰老規律及分子調控網絡。此外，由于倫理及樣本來源的限制，不同年齡
農科院生物所研究團隊繪制水稻根組織單細胞圖譜
近日，中國農業科學院生物技術研究所谷曉峰團隊和合作者繪制了單子葉模式植物水稻首個根組織單細胞分辨率轉錄組圖譜，為研究植物細胞類型特化、功能和進化提供了新的途徑。相關結果發表在國際學術期刊《分子植物（Molecular Plant）》上。 在植物整個生命過程中，根尖在不斷地分化發育，形成的根系從
轉錄圖譜的原理
所有生物性狀和疾病都是由結構或功能蛋白質決定的，而已知的所有蛋白質都是由mRNA編碼的，這樣可以把mRNA通過反轉錄酶合成cDNA或稱作EST的部分的cDNA片段，也可根據mRNA的信息人工合成cDNA或cDNA片段，然后，再用這種穩定的cDNA或EST作為“探針”進行分子雜交，鑒別出與轉錄有關的基
轉錄圖譜的定義
轉錄圖譜是在識別基因組所包含的蛋白質編碼序列的基礎上繪制的結合有關基因序列、位置及表達模式等信息的圖譜。在人類基因組中鑒別出占具2%~5%長度的全部基因的位置、結構與功能，最主要的方法是通過基因的表達產物mRNA反追到染色體的位置。
水稻幼苗或其它禾木科植物提取
實驗概要本實驗以水稻幼苗(禾本科)、李(蘋果)葉子為材料，學習基因組DNA提取的一般方法。實驗原理基因組DNA的提取通常用于構建基因組文庫、Southern雜交(包括RFLP)及PCR分離基因等。利用基因組DNA較長的特性，可以將其與細胞器或質粒等小分子DNA分離。加入一定量的異丙醇或乙醇，基因組的
單細胞染色質圖譜|揭示轉錄因子網絡和細胞譜系關系
2019年10月8日，美國圣地亞哥的Salk研究所的Geoffrey Wahl團隊在Cell Reports雜志上發表文章“Single-Cell Chromatin Analysis of Mammary Gland Development Reveals Cell-State Transcr
我國科學家成功獲得長春花葉片單細胞轉錄組圖譜
長春花為夾竹桃科長春花屬植物，在中草藥用途上，全草入藥有止痛、消炎等功效。單萜類吲哚生物堿（MIAs）是植物中最多樣的特殊代謝產物，具有重要的藥用價值。長春花能夠合成130多種MIAs，是研究單萜吲哚生物堿合成的模式藥用植物，其所含生物堿，如長春花堿、長春新堿等被用來臨床治療白血病、霍奇金淋巴瘤
我國學者發表基于單細胞轉錄組測序數據的小鼠細胞圖譜
在國家自然科學基金項目（項目編號：31722027）等資助下，浙江大學醫學院干細胞與再生醫學中心郭國驥教授團隊在單細胞組學技術及哺乳動物全細胞表達譜系分析研究中取得突破性進展。相關成果以“Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-seq”（利用微孔板測序
我國學者發表基于單細胞轉錄組測序數據的小鼠細胞圖譜
在國家自然科學基金項目（項目編號：31722027）等資助下，浙江大學醫學院干細胞與再生醫學中心郭國驥教授團隊在單細胞組學技術及哺乳動物全細胞表達譜系分析研究中取得突破性進展。相關成果以“Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-seq”（利用微孔板測序
單細胞核RNA測序技術建立了種子早期胚乳發育的轉錄圖譜
種子是裸子植物和被子植物特有的繁殖體，是胚珠經過受精以后形成的結構，在植物生命周期中處于關鍵位置。種子主要由種皮、胚和胚乳組成。其中胚乳是大多數開花植物雙受精后產生的組織，一般為三倍體（每個細胞核有三套染色體），胚乳中含有豐富的營養物質，是人類消耗熱量的主要來源。 基因組印跡是一種表觀遺傳基因
《自然》發布重要單細胞RNA圖譜：首張小腸細胞圖譜
我們腸道上皮是人體內多樣性最高，最具活力的組織之一, 作為機體與外界的主要界面之一，組成了一個細胞的生態系統。為了更好地理解這些復雜的組織及其功能，還有影響它的疾病，麻省理工學院、哈佛大學和麻省總醫院研究人員領導的一個研究團隊通過分析從小鼠腸道或腸道類器官中取樣的5.3萬多個單獨的細胞，完成了一
借助人工氣候箱研究高產水稻幼苗的耐冷性
華南雙季稻區早稻育秧期問常常會遇到低溫侵襲而發生爛秧死苗, 過去對爛秧的原因和防止的途徑以前也有所介紹。近年來, 生產上推廣薄膜育秧技術, 使發生爛秧死苗的狀況得到緩解, 但仍未根除, 每遇強低溫的威脅仍有不少秧苗遭受傷害。所以, 要獲得早稻高產穩產, 抵抗低溫、培育壯秧就是首先要面對的課題。在實驗
單細胞轉錄組制備儀的功能
fluidigm C1 單細胞自動制備儀用于 mRNA 測序 更完整的流程 ?-首尾相連的流程對單細胞進行全轉錄組分析 最高的通量 ?-每次運行可前所未有的平行處理 96 個單細胞 更容易的操作 ?-直接從單細胞開始，簡化的樣本制備，只需 3 小時手工操作時間，沒有 片段化和純化步驟 更節省的成
《細胞》：單細胞測序助力基因重組圖譜
來自斯坦福大學醫學院等處的研究人員發表了題為“Genome-wide Single-Cell Analysis of Recombination Activity and De Novo Mutation Rates in Human Sperm”的文章，首次公布了來自一個成人男子91個
科學家揭示水稻根單細胞異質性和分化全景圖
??中國科學院分子植物科學卓越創新中心王佳偉研究組系統揭示了水稻根單細胞異質性，描繪了水稻根表皮細胞和基本組織細胞的分化軌跡，明確了在根尖干細胞分化過程中基因表達與基因染色質可及性的相關性，并同時闡明了單子葉植物水稻和雙子葉植物擬南芥在根尖細胞類型上的進化保守性。該研究成果4月6日在線發表于《自然—
空間轉錄組和單細胞轉錄組測序聯合應用的典型案例
單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發展，可以看到，在現有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接
單細胞轉錄組重要研究文獻匯總（一）
1.單細胞測序用于生殖領域研究持續火熱精子生成過程是一個復雜又具有嚴格分化過程的生理過程，繼18年10月份《Cell Research》上的成年人睪丸轉錄組圖譜研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生與成年人睪丸細胞單細胞水平鑒定分類[2]的步伐，本月在《Nature
單細胞轉錄組重要研究文獻匯總（二）
4.單細胞轉錄組測序在植物領域嶄露頭角相比動物的單細胞研究，由于植物具有細胞壁的特點，使得植物的單細胞研究相比較難，但是繼2月份的擬南芥根組織單細胞轉錄組學研究[8]，本月在《Developmental Cell》上又發表了一篇基于擬南芥根組織的單細胞轉錄組學研究報道[9]。來自德國圖賓根大學植
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
PNAS：單細胞測序繪制大腦的細胞圖譜
斯坦福大學的著名學者Stephen Quake及其同事本周在《美國科學院院刊》（PNAS）上發表文章，介紹了人類腦細胞的單細胞轉錄組測序研究成果。 研究小組對近500個成人或胎兒腦細胞進行了單細胞RNA測序。利用這種方法，他們能夠鑒定出大腦中所有主要的細胞類型，并確定神經元的亞型。他們還觀察了
2016值得關注的技術：綜合單細胞圖譜
《Nature Methods》盤點2015年度技術，選出了最受關注的技術成果：單粒子低溫電子顯微鏡（cryo-EM）技術。 除此之外，也整理出了2016年最值得關注的幾項技術，分別為：細胞內蛋白標記（Protein labeling in cells）、細胞核結構（Unraveling nuc
首個豆科植物根尖單細胞表達圖譜繪制成功
?百脈根單細胞圖譜細胞類型。中國農科院供圖 近日，中國農業科學院生物技術研究所作物生物技術育種創新團隊與國內其他科研單位合作，共同繪制完成首個豆科植物百脈根的根尖單細胞表達圖譜，鑒定出根尖的主要細胞類型，發現了新的細胞類型特異基因，并分析了各個細胞類型的潛在功能，對研究豆科植物根系發育、結瘤固氮