北大CancerRes獲腫瘤特異性抗原篩選新方法
來自北京大學醫學部的研究人員與美國貝勒醫學院等單位合作，在篩選鑒定腫瘤特異性抗原方面取得重要進展，其主要研究成果發表在最新一期的國際著名雜志《癌癥研究》(Cancer Research)上。 腫瘤特異性抗原是一類在腫瘤組織中特異性高表達，而在所有或者大多數正常組織中不表達或低表達的蛋白。很多腫瘤特異性抗原已經被用于對腫瘤的早期診斷，預后評估以及被作為腫瘤治療的靶點。研究顯示，部分腫瘤特異性抗原在癌癥患者體內能有效誘導免疫應答，限制腫瘤的生長和轉移，在少數患者中甚至能完全清除腫瘤。因而篩選鑒定腫瘤特異性抗原成為腫瘤診斷和治療的研究熱點。 篩選腫瘤特異性抗原的現有方法包括重組cDNA表達文庫的血清學鑒定(SEREX)，蛋白質組學分析和抑制性消減雜交技術(SSH)等，但這些實驗技術的實驗成本較高，周期較長，并且常常受到實驗材料的限制，例如各種癌癥病人的血清或者腫瘤組織。在該研究中，由來自北京大學醫學部和美國貝勒醫學......閱讀全文
生物信息學教程
Sequence - Evolution - FunctionComputational Approaches in Comparative GenomicsbyEugene V. KooninNational Center for Biotechnology Information, Bethes
生物信息學新進展
計算機技術和人類基因組計劃的發展，應運而生了一門新興的學科——生物信息學，該學科包含了兩個交叉領域的工作：用于建立現代生物學所需信息系統框架（支持生物學的信息管理系統、分析工具和通訊網絡）的研究開發工作，即傳統意義上的生物信息學（bioinformatics）；旨在理解基本生物學問題的基于計算的研究
生物信息學—促動BT與IT雙贏
? 無論是與結構基因組學對應的“基因時代”，還是與功能基因組學、蛋白質組學相應的“后基因時代”；無論你稱呼21世紀是“信息時代”、“后信息時代”，還是“生物時代”，所有這一切，都將BT(生物技術)與IT(信息技術)緊密結合起來。而這其中，無疑“生物信息學”占據了天時地利、出盡了風頭，雖然它自身及其相
生物信息學技術的技術原理
生物信息學在生命科學研究中起著越來越重要的作用。利用生物信息學對蛋白質組的各種數據進行處理和分析，也是蛋白質組研究的重要內容。生物信息學是蛋白質組學研究中不可缺少的一部分。生物信息學的發展，已不僅是單純的對基因組、蛋白質組數據的分析，而且可以對已知的或新的基因產物進行全面分析。在蛋白質組數據庫中儲存
生物芯片用于生物信息學研究
人類基因組計劃是人類為了認識自己而進行的一項偉大而影響深遠的研究計劃。目前的問題是面對大量的基因或基因片斷序列如何研究其功能，只有知道其功能才能真正體現HGP計劃的價值--破譯人類基因這部天書。后基因組計劃、蛋白組計劃、疾病基因組計劃等概念就是為實現這一目標而提出的。生物信息學將在其中扮演至關重要的
Science：生物信息學，神秘的新職業
今天的生物信息學家迎來了好時候。由于各個部門生成了幾乎無窮無盡的生物數據，因此形成了對于生物、統計學和計算機科學交叉領域中有經驗的專業人才的高度需求。科學家如果能夠分析大量信息并將其清晰地展示給決策制定者，就會發現自己的工作和職業生涯前途無量，尤其是在大型制藥和生物技術部門。 “在大數據時代，
生物信息學中的HSP的含義
熱休克蛋白（英文：heat shock protein ）又稱應激蛋白，是機體細胞在一些理化因素刺激后高效表達的一組蛋白質，因最先發現于果蠅唾液腺的熱應激反應中而得名，此后的研究表明，熱休克蛋白廣泛存在于人、動物、微生物和植物的細胞中，是一類在遺傳上高度保守的分子，能保護細胞并促進細胞對各種刺激所造
Cystatin基因家族的生物信息學分析
實驗概要半胱氨酸蛋白酶抑制劑(cystatin)基因廣泛存在于植物物種中。該類基因能夠起到抑制某些病原微生物和昆蟲體內半耽氨酸蛋白酶的作用，在植物的防衛體系中起到重要作用。我們利用已經分離出植物cystatin基因的cystatin結構域為檢索序列在基因組水平上對擬南芥和水稻中的cystatin基因
生物芯片技術用于生物信息學研究
人類基因組計劃是人類為了認識自己而進行的一項偉大而影響深遠的研究計劃。目前的問題是面對大量的基因或基因片斷序列如何研究其功能，只有知道其功能才能真正體現HGP計劃的價值--破譯人類基因這部天書。后基因組計劃、蛋白組計劃、疾病基因組計劃等概念就是為實現這一目標而提出的。生物信息學將在其中扮演至關重要的
生物芯片技術用于生物信息學研究
人類基因組計劃是人類為了認識自己而進行的一項偉大而影響深遠的研究計劃。目前的問題是面對大量的基因或基因片斷序列如何研究其功能，只有知道其功能才能真正體現HGP計劃的價值--破譯人類基因這部天書。后基因組計劃、蛋白組計劃、疾病基因組計劃等概念就是為實現這一目標而提出的。生物信息學將在其中扮演至關重要的
成都生物所開發新型生物信息學軟件
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/1/472859.shtm????? ?近年來，隨著測序技術的快速發展，動物（尤其是非模式動物）全基因組數據（WGS）獲取變得簡單、便宜，這使得數據庫中全基因組數據量呈指數態勢增長。全基因組測序數據往往同時包含
特征選擇在生物信息學中的應用
隨著生物信息學的發展，許多模式識別技術無法滿足處理大量不相關特征的需求，因此特征選擇技術（FS techniques）在生物信息學中的應用就變得越來越重要了。在過去的幾年里，應用特征選擇技術已經從僅僅作為一個說明性的例子發展到了建立模型所需要的先決條件了。特征選擇技術最重要的目的有3點：（1）避免過
第五屆全國生物信息學大會召開
第五屆全國生物信息學與系統生物學學術大會日前在哈爾濱召開，來自海內外的600余位生物信息學專家、學者出席會議。與會專家以“高通量時代的生物信息學與系統生物學”為主題，分別就利用基因組信息學分類細菌的新方法、細菌基因組組織形式、系統生物學在醫學發展中的應用和研究策略以及基因組非編碼
德國生物信息學家發現新冠病毒新弱點
??近日，德國的生物信息學家通過計算機模型識別出人體中一種對新冠病毒繁殖至關重要的酶，如果抑制這種酶，病毒就會停止繁殖而不影響宿主細胞。該研究有助于找到對抗新冠病毒感染的新方法。 除了疫苗，尋找有效的治療新冠病毒感染的藥物也是戰勝疫情的重要手段之一。現在，來自德國感染研究中心和蒂賓根大學的德爾格
生物芯片技術應用與生物信息學研究
人類基因組計劃是人類為了認識自己而進行的一項偉大而影響深遠的研究計劃。目前的問題是面對大量的基因或基因片斷序列如何研究其功能，只有知道其功能才能真正體現HGP計劃的價值--破譯人類基因這部天書。后基因組計劃、蛋白組計劃、疾病基因組計劃等概念就是為實現這一目標而提出的。生物信息學將在其中扮演至關重要的
生物信息學應用：序列分析，電子克隆等初探
生物信息學可指利用信息技術管理和分析生物學數據。這就意味著生物信息學所涉及的范圍相當廣泛，從人工智能、機器人一直到基因組(genome)分析。就基因組分析這一角度來看，生物信息學主要是指核酸和蛋白質序列數據的計算機處理和分析。近年來，蛋白質結構數據的快速增長，使蛋白質三維結構的處理分析也歸入到生物信
上海生科院《Genome－Res》生物信息學新成果
十月十三日，國際基因組研究權威刊物《Genome Research》在線發表了中國科學院上海生命科學研究院計算生物學研究所（中國科學院—馬普學會計算生物學伙伴研究所）的一項最新研究，題為“A probabilistic method for testing and estimating sele
北京大學PLOS生物信息學新成果
近日，北京大學分子醫學研究所李川昀課題組與何愛彬研究員合作，在國際著名遺傳學雜志《PLOS Genetics》發表一項重要研究成果，題為“Emergence, Retention and Selection: A Trilogy of Origination for Functional De
心衰標志物
有關心衰標志物檢測的共識①BNP和NT-proBNP測定均可用于可疑心衰患者的監測，但二者同時監測是不必要的。②BNP／NTproBNP的參考范圍應根據年齡（每10歲為一個年齡段）、性別分別建立，上限可定為第95或97.5百分位數。③在應用BNP／NT-proBNP確診心衰并判斷嚴重程度時，須建立與
心衰標志物
有關心衰標志物檢測的共識 ①BNP和NT-proBNP測定均可用于可疑心衰患者的監測，但二者同時監測是不必要的。 ②BNP／NTproBNP的參考范圍應根據年齡（每10歲為一個年齡段）、性別分別建立，上限可定為第95或97.5百分位數。 ③在應用BNP／NT-proBNP確診心衰并判斷嚴重程度時，
酶類標志物
（一）前列腺特異性抗原（prostatespecificantigen，PSA）1971年，Hara等首先發現PSA是由前列腺上皮細胞合成分泌至精液中，是精漿的主要成分之一；1979由Wang等從前列腺肥大癥患者的前列腺組織中分離出來的絲氨酸蛋白酶，分子量34ku，編碼基因定位于19q13，PSA僅
腫瘤標志物
腫瘤基因P53抗體（P53-AB)? ???? ? 正常范圍：腫瘤基因P53抗體陰性。 檢查介紹：P53基因是研究得比較廣泛深入的一個基因。P53抗體可用于各種腫瘤的早期診斷和腫瘤的篩選試驗。 臨床意義：在腫瘤血清中P53抗體呈陽性的患者中，其抗體出現早于臨床癥狀的占10％～20％。常見于乳
酶類標志物
（一）前列腺特異性抗原（prostatespecificantigen，PSA） 1971年，Hara等首先發現PSA是由前列腺上皮細胞合成分泌至精液中，是精漿的主要成分之一；1979由Wang等從前列腺肥大癥患者的前列腺組織中分離出來的絲氨酸蛋白酶，分子量34ku，編碼基因定位于19q13，PS
生物標志物
“Biomarker”這個詞在用于生物醫學領域之前，多見于地質學文獻，曾被翻譯成“生物標志化合物”，指的是地質材料中來自于活的生物體的一些有機化合物。上世紀六十年代，這一詞匯開始出現在醫學文獻中。上世紀八十年代，它被正式地引入到生物醫學領域。在生物醫學領域，對它也曾有過不同的描述。2001年，美國N
生物信息學技術分離蛋白質組的介紹
生物信息學在生命科學研究中起著越來越重要的作用。利用生物信息學對蛋白質組的各種數據進行處理和分析，也是蛋白質組研究的重要內容。生物信息學是蛋白質組學研究中不可缺少的一部分。生物信息學的發展，已不僅是單純的對基因組、蛋白質組數據的分析，而且可以對已知的或新的基因產物進行全面分析。在蛋白質組數據庫中
生物信息學技術：基因芯片實驗原理與方法
本實驗的目的是學會cDNA芯片的使用方法。了解各種基因芯片的基本原理和優缺點。基因芯片這一技術方法在1991年的Science雜志上被提出，其高通量、并行檢測的特點適應了分析人類基因組計劃所提供的海量的基因序列信息的需要，可以說，人類基因組計劃是基因芯片技術發展的原因，而對深人研究基因突變和基因表達
生物信息學數據庫和軟件的搜索實驗
實驗方法原理熟練掌握上網搜索生物信息學數據庫和軟件的方法及技能。實驗材料電腦實驗步驟一、搜索生物信息學數據庫或者軟件數據庫是生物信息學的主要內容，各種數據庫幾乎覆蓋了生命科學的各個領域。核酸序列數據庫有GenBank，?EMBL，?DDB等，蛋白質序列數據庫有SWISS-PROT，?PIR，OWL，
何為腫瘤標志物？檢測腫瘤標志物有何意義？
腫瘤標志物是腫瘤細胞在癌變過程中由于癌基因的表達而生成的抗原和其它生物活性物質，也就是腫瘤細胞本身存在或分泌的特異性物質，可以在腫瘤病人的體液及排泄物中檢出，它在正常組織或良性疾病中不產生或產生極微。一．腫瘤標志物的特征?腫瘤標志物應具備以下一些特征：必須由惡性腫瘤細胞產生，并可在血液、組織液、分泌
臨床精準醫療必須重視的新興科學：臨床生物信息學
由世界最大出版社“施普林格-自然”2016年出版的“臨床生物信息學的應用”在短短幾個月被下載近萬次，引起國際同行的廣泛重視和密切關注。該書融臨床信息學、醫學信息學、遺傳信息學、生物信息學和系統生物學為一體，詳細和系統地闡述了基因組學、蛋白組學、基因測序、基因表觀學、代謝組學、計算機數學、大數據
探尋腫瘤標志物
腫瘤標志物是能夠反映腫瘤存在的化學物質，其存在或量變可提示腫瘤的性質，借此了解腫瘤的組織發生、細胞分化、細胞功能，幫助腫瘤的診斷、分類、預后判斷以及治療指導。本文介紹了應用iTRAQ試劑和MALDI-TOF/TOF找尋退行性神經間質瘤生物標志物的方法。 本實驗旨在應用iTRAQ試劑和MAL