3D轉錄組圖譜闡釋造血干細胞和微環境細胞間的調控網絡
血液系統中貯藏著一種具有自我更新、分化成各種血細胞潛能的成體干細胞，稱為造血干細胞，它能夠維持機體長久造血和組織穩態1。造血干細胞移植是惡性血癌的有效治療手段，但干細胞來源不足成為限制該治療廣泛應用的瓶頸。因此，造血干細胞的發育，尤其是造血干細胞擴增的研究備受關注。然而，現在的研究主要集中在特定細胞群體或關鍵因子的“線性化”或“平面化”解析，缺乏全面“立體化”的分析。從系統生物學角度解析擴增性造血器官，將為造血干細胞擴增的機制研究提供更多的啟示 2。鑒于造血發育過程的高度保守性 3，該工作以斑馬魚尾部造血組織4,5（在功能上類似于哺乳動物的胎肝，為造血干細胞擴增及分化提供了特定的微環境）為研究對象，利用多重轉錄組測序的方法，繪制了擴增性造血器官的3D轉錄組圖譜，闡釋了造血干細胞和微環境細胞之間的分子調控網絡。 首先，為了系統性地研究斑馬魚尾部造血組織如何支持造血干細胞擴增、分化的機制，中國科學院動物研究所劉峰實驗室利用三種......閱讀全文
3D轉錄組圖譜闡釋造血干細胞和微環境細胞間的調控網絡
血液系統中貯藏著一種具有自我更新、分化成各種血細胞潛能的成體干細胞，稱為造血干細胞，它能夠維持機體長久造血和組織穩態1。造血干細胞移植是惡性血癌的有效治療手段，但干細胞來源不足成為限制該治療廣泛應用的瓶頸。因此，造血干細胞的發育，尤其是造血干細胞擴增的研究備受關注。然而，現在的研究主要集中在特定
數學院等調控網絡數學建模揭示干細胞分化關鍵轉錄因子
近期，國際學術期刊《細胞-干細胞》（Cell Stem Cell）在線發表了由中國科學院數學與系統科學研究院和美國斯坦福大學科研人員合作的干細胞分化的基因調控網絡建模成果。這一成果提出了利用匹配的基因表達和染色質可及性數據刻畫轉錄因子和調控元件結合調控下游基因表達的數學模型，構建了描繪細胞狀態轉
全新獼猴腦網絡組圖譜繪成
作為研究人類認知功能機制和模擬人類腦部疾病的理想模型，獼猴在遺傳學、生理學和腦結構上與人類高度相似。記者9日從中國科學院自動化研究所獲悉，該所科研人員在獼猴腦部空間組織架構研究方面取得重要突破，繪制出全新的獼猴腦網絡組圖譜。相關研究成果在線發表于《科學通報》雜志。目前，大量腦科學研究將獼猴等非人靈長
轉錄圖譜的轉錄圖譜的意義
在于它能有效地反應在正常或受控條件中表達的全基因的時空圖。通過這張圖可以了解某一基因在不同時間不同組織、不同水平的表達；也可以了解一種組織中不同時間、不同基因中不同水平的表達，還可以了解某一特定時間、不同組織中的不同基因不同水平的表達。人類基因組是一個國際合作項目：表征人類基因組，選擇的模式生物的D
我國成功繪制全新獼猴腦網絡組圖譜
獼猴作為研究人類認知功能機制和模擬人類腦部疾病的理想模型，其在遺傳學、生理學和腦結構上與人類高度相似。近日，中國科學院自動化研究所腦網絡組研究中心團隊延續了“基于腦連接信息繪制圖譜”的這一思想，繪制出全新的獼猴腦網絡組圖譜，這一成果日前在《科學通報》發表。△研究總體思路全新的獼猴腦網絡組圖譜不僅對腦
Science：構建出真渦蟲細胞類型轉錄組圖譜
真渦蟲是一類相對簡單的動物，具有不同尋常的生物學特征：成年真渦蟲維持著其他有機體僅在胚胎中短暫存在的發育信息和祖細胞（progenitor cell）。真渦蟲獲得人們的大量研究，部分原因在于它們具有再生丟失的或受損的身體部位的獨特能力。圖片來自Christopher Fincher/Whiteh
人腦多區域時空發育轉錄組圖譜獲解析
科學家通過單細胞和時空轉錄組研究，首次解析迄今為止跨時間點最廣（GW6-GW23）、面積最大（最大4cm x 3cm）的人腦多區域時空發育轉錄組圖譜，為解碼人腦發育及區域特化研究提供了新見解。日前，相關研究成果發表在《細胞》上。 腦是人類最復雜和神秘的器官。解剖學上，腦可以被劃分為不同的區域，
人腦多區域時空發育轉錄組圖譜獲解析
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/12/514996.shtm
科學家構建小麥籽粒發育中的轉錄調控圖譜
近日，中國農業科學院作物科學研究所研究員路則府團隊在《生物技術通報（英文）》（aBIOTECH）發表了文章，構建了小麥籽粒發育不同階段的全基因組染色質開放圖譜以及基因表達圖譜，并對小麥籽粒發育中關鍵轉錄因子的調控網絡進行了解析，揭示了小麥籽粒發育中亞基因組的分化調控，同時發掘了共調控淀粉與蛋白合成的
張鋒最新Cell論文：細胞命運調控可預測
全面了解基因調控網絡（GRN）控制細胞狀態是分子生物學的基本目標。轉錄因子（Transcription factors，TF）結合到基因組中的特定序列，以改變基因表達和特定細胞的狀態。單個轉錄因子的過表達就足以導致細胞命運的深刻變化，例如，改變轉錄因子的表達可以誘導多能干細胞向特定類型細胞的再分
復旦大學Nature子刊繪制大鼠轉錄組圖譜
來自復旦大學、美國食品藥品監督管理局(FDA)國家毒理學研究中心、洛馬林達大學等機構的研究人員，成功繪制出了涵蓋11種器官和4個發育階段的大鼠RNA測序轉錄組圖譜，這一重要的研究成果發表在2月10日的《自然通訊》(Nature Communications)雜志上。 復旦大學的石樂明(
楊樹次生木質部單細胞轉錄組圖譜建立
近日，北京林業大學教授張德強團隊在《植物生物技術雜志》發表研究論文。該研究以楊樹為研究模式，利用單細胞測序技術、基因組分析、RNA原位雜交、愈傷組織遺傳轉化等技術建立了楊樹次生木質部的單細胞轉錄組圖譜，重構了完整的楊樹次生木質部細胞類群，鑒定了調控木質部發育過程的關鍵轉錄因子，系統解答了次生木質
靈長類原腸胚期至早期器官發育轉錄組圖譜繪制
安徽醫科大學國家衛生健康委配子及生殖道異常研究重點實驗室教授蔣祥祥，與中科院動物研究所王紅梅、郭帆團隊，美國得克薩斯大學西南醫學中心吳軍團隊合作，繪制了食蟹猴CS8-CS11時期（E20-E29）胚胎的單細胞轉錄組圖譜。相關研究成果近日發表于《自然》。 上世紀早期，科學家將人類胚胎發育的前60
tRAS（轉錄組可變剪接調控深度分析）
本公司采用自主研發與成熟開源軟件相結合的方式構建了專業高效的生物信息分析流程，對您獲得的海量RNA-seq序列的質量、特征等重要信息進行圖形可視化；根據對照和實驗組，系統分析您樣品中所蘊藏的可變剪接調控規律，中肯分析所揭示出的重要科學規律；讓您快速“發現”所關注的生物學，醫學和農業問題的答案。?我們
轉錄圖譜的原理
所有生物性狀和疾病都是由結構或功能蛋白質決定的，而已知的所有蛋白質都是由mRNA編碼的，這樣可以把mRNA通過反轉錄酶合成cDNA或稱作EST的部分的cDNA片段，也可根據mRNA的信息人工合成cDNA或cDNA片段，然后，再用這種穩定的cDNA或EST作為“探針”進行分子雜交，鑒別出與轉錄有關的基
轉錄圖譜的定義
轉錄圖譜是在識別基因組所包含的蛋白質編碼序列的基礎上繪制的結合有關基因序列、位置及表達模式等信息的圖譜。在人類基因組中鑒別出占具2%~5%長度的全部基因的位置、結構與功能，最主要的方法是通過基因的表達產物mRNA反追到染色體的位置。
上海生科院等建立小鼠早期胚胎空間轉錄組圖譜
3月22日，國際學術期刊《細胞》子刊《發育細胞》在線發表了中國科學院上海生命科學研究院生物化學與細胞生物學研究所景乃禾研究組與中國科學院-馬普學會計算生物學伙伴研究所韓敬東研究組合作的最新研究成果“Spatial Transcriptome for the Molecular Annotatio
單細胞轉錄組測序構建胸腺器官發生的分子圖譜
2019年10月8日，四川大學胡洪波研究組、解放軍總醫院第五醫學中心劉兵研究組與暨南大學基礎醫學院蘭雨研究組合作在Immunity雜志在線發表了題為“Single-cell RNA Sequencing Resolves Spatiotemporal Development of Pre-thy
單細胞染色質圖譜|揭示轉錄因子網絡和細胞譜系關系
2019年10月8日，美國圣地亞哥的Salk研究所的Geoffrey Wahl團隊在Cell Reports雜志上發表文章“Single-Cell Chromatin Analysis of Mammary Gland Development Reveals Cell-State Transcr
斑馬魚全腦轉錄圖譜揭示神經元表型分子調控規則
12月13日，eLife在線發表題為The landscape of regulatory genes in brain-wide neuronal phenotypes of a vertebrate brain的研究論文，該研究由中國科學院腦科學與智能技術卓越創新中心（神經科學研究所）、神經
單細胞測序新突破:－北大繪制出人類胚胎基因調控圖譜
北京大學第三醫院的湯富酬研究員等采用先進的單細胞RNA測序技術，繪制出人類植入前胚胎和胚胎干細胞的轉錄組圖譜，有望在干細胞領域改善人類輔助生殖技術，以及預測潛在遺傳病產生的健康影響。研究成果發表在8月11日《自然結構與分子生物學》(Nature Structural & Molecular
NAT－NEUROSCI轉錄組+蛋白組聯合揭示microRNA調控靶點功能機制
基因水平的研究發現miR-137與多種神經精神疾病存在相關性。同時，miR-137在正常的神經發生與神經發育過程中也具有重要作用。但是，miR-137的體內功能與作用機制仍然不清楚。為了揭示miR-137的功能，該研究構建了miR-137 KO動物，并對KO動物的突觸可塑性、學習能力等多種神經功
轉錄組+蛋白組聯合，揭示microRNA調控靶點與功能機制－一
基因水平的研究發現miR-137與多種神經精神疾病存在相關性。同時，miR-137在正常的神經發生與神經發育過程中也具有重要作用。但是，miR-137的體內功能與作用機制仍然不清楚。為了揭示miR-137的功能，該研究構建了miR-137 KO動物，并對KO動物的突觸可塑性、學習能力等多種神
轉錄組+蛋白組聯合，揭示microRNA調控靶點與功能機制－二
4．轉錄組、蛋白組揭示miR-137調控底物。蛋白組結果發現：Mir137–/–組versus Mir137+/+組, Mir137+/–組versus Mir137+/+組, and Mir137–/–組versus Mir137+/–組，分別篩選到417、94和76個差異表達蛋白。這些蛋白與
研究成果：靈長類海馬衰老的單細胞轉錄組圖譜繪制
海馬體作為腦的重要組成部分，在學習和記憶中發揮重要作用。隨著年齡增長，海馬功能逐漸退化，導致認知功能的減退以及多種人類神經退行性疾病發生。由于海馬結構復雜，細胞組成具有高度異質性，傳統研究技術難以精確揭示海馬衰老過程中不同細胞類型的衰老規律及分子調控網絡。此外，由于倫理及樣本來源的限制，不同年齡
植物所揭示萊茵衣藻m6A表觀轉錄組圖譜
m6A是廣泛存在于真核生物mRNA中的表觀修飾，與RNA命運相關。近年來，m6A修飾在植物胚胎發育、莖尖分生組織的命運決定、表皮毛發生、根部發育、葉形態發生、開花轉變、脅迫響應、果實成熟及孢子發生等多個生物學過程中發揮重要功能。然而，m6A在藻類中的功能尚不清楚。藻類包含從單細胞到多細胞的多種細
花生光暗幼苗的單細胞轉錄組圖譜構建成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518535.shtm近日，廣東省農業科學院作物研究所花生研究團隊與合作者，在花生光暗形態轉變的單細胞基因表達譜研究方面取得進展，成功構建的花生光暗幼苗的單細胞轉錄組圖譜。相關成果發表于《植物生物技術雜志》
連接非編碼突變和腫瘤基因表達的轉錄組全網絡
腫瘤基因組中充滿了非編碼突變，這些突變對腫瘤的影響研究還不是很清晰。加州大學圣地亞戈分校的科學家Wei Zhang and Ana Bojorquez-Gomez，Trey Ideker，在最近國際頂級期刊Nature Genetics發表文章 A global transcriptiona
轉錄水平的調控
該模型認為在整合基因的5’端連接著一段具有高度專一性的DNA序列，稱之為傳感基因。在傳感基因上有該基因編碼的傳感蛋白。外來信號分子和傳感蛋白結合相互作用形成復合物。該復合物作用于和它相鄰的綜合基因組，亦稱受體基因，而轉錄產生mRNA，后者翻譯成激活蛋白。這些激活蛋白能識別位于結構基因（SG） 前面的
全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制（一）
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Circ