Nature重大成果：揭示125000個病毒基因組
在地球的內部、地球之上以及地球的周圍，微生物的數量達到了10^30，估計超過了銀河系中的星星。微生物已知在調控碳固定，維持全球氮、硫、磷和其他營養素的循環中起至關重要的作用，但目前大多數的微生物仍然是無法培養和未知的。美國能源部正以這一“微生物暗物質”作為目標，更好地了解地球微生物的多樣性，收集來自自然的教訓用于應對能源和環境的挑戰。 然而要探索地球微生物的多樣性，要求更多地了解較少研究的，微生物和感染它們的病毒，影響微生物調控全球循環能力的病毒之間的關系。盡管據估計病毒的數量至少比地球上的微生物細胞高出兩個數量級，在序列數據庫中相比約5萬的細菌基因組，當前的測序DNA病毒基因組不超過2,200個。 在發表于8月17日《自然》（Nature）雜志上的一項研究中，美國能源部聯合基因組研究院(DOE JGI)的研究人員利用來自世界各地最大規模采集的組裝宏基因組數據集，揭示出了125,000個部分及完整的病毒基因組，其中大多數......閱讀全文
什么是病毒？病毒是不是微生物？
病毒是生物界中最小的一類生物,沒有完整的細胞結構、必須寄生在活細胞內、并且繁殖方式是“復制”的非細胞型生物,它依靠掠奪別人的營養生存,危害大。病毒的直徑在10～300nm,因而大多數病毒只能在電子顯微鏡下看到，所以病毒是微生物的一種。
PNAS：讓病毒“吐出”基因組
病毒感染導致的手足口病，會使兒童出現可能致命的腦腫脹和麻痹，現在科學家們找到了治療這種疾病的潛在途徑，這一發現也為對抗其他相關病毒提供了寶貴線索。 在中國和東南亞國家，每年都會出現手足口病的爆發，這種疾病是由腸道病毒71型(EV71)引起的。在一些受到感染的兒童中，病毒會引發腦炎造成永久性
Science：人巨細胞病毒病毒基因組測序
人巨細胞病毒是一種很常見的皰疹病毒，感染約50-100%的成人，但通常沒有不良影響，并且它可以保持潛伏多年。人巨細胞病毒感染是比較常見的，發展中國家感染人數比發達國家人數多。 該病毒可導致出新生兒生缺陷和免疫系統受損，可能會導致致命疾病。該病毒也與癌癥發展有關聯。這項新的研究分析了病毒的蛋
樹懶基因組中發現“化石”病毒
????? 二趾樹懶(Choloepus hoffmanni，如上圖)的基因組中隱藏著一個“化石”病毒。 據美國《科學》雜志在線新聞報道，就像恐龍在焦油中留下的腳印一樣，逆轉錄酶病毒會將其DNA中的一些片段插入到一種動物的基因組中。研究人員在樹懶的基因組中發現了泡沫病毒的古老片段。研究人
有害微生物及病毒分類
1 高度危害性 鼠疫耶爾森氏菌、霍亂弧菌(包括EL-tor弧菌)、天花病毒、黃熱病毒(黑毒株)、新疆出血熱(克里米亞剛果出血熱)病毒、東、西方馬腦炎病毒、委內瑞接馬腦炎病毒、拉沙熱(Lassa)病毒、馬堡(Marburg)病毒、埃波拉(Ebola)病毒、猴皰疹病毒(猴B病毒)；粗球孢子菌、莢膜
迄今最久微生物基因組草圖出爐
英國《自然》雜志日前在線發表的一項演化學研究報告，近乎完整地構建出了一種口腔細菌的基因組，這個有48000年歷史的微生物的基因組，是迄今為止歷史最悠久的微生物基因組草圖，研究同時揭示了尼安德特人的飲食結構。 尼安德特人的DNA序列和現代人類的DNA序列非常相似。他們是現代歐洲人祖先的近親，從1
關于病毒基因組的基本介紹
病毒是最簡單的生物，完整的病毒顆粒包括外殼蛋白和內部的基因組DNA或RNA（有些病毒的外殼蛋白外面有一層由宿主細胞構成的被膜（envelope），被膜內含有病毒基因編碼的糖蛋白。病毒不能獨立地復制，必需進入宿主細胞中借助細胞內的一些酶類和細胞器才能使病毒得以復制。外殼蛋白（或被膜）的功能是識別和
病毒基因組的結構特點介紹
1.病毒基因組大小相差較大,與細菌或真核細胞相比，病毒的基因組很小，但是不同的病毒之間其基因組相差亦甚大。如乙肝病毒DNA只有3kb大小，所含信息量也較小，只能編碼4種蛋白質，而痘病毒的基因組有300kb之大，可以編碼幾百種蛋白質，不但為病毒復制所涉及的酶類編碼，甚至為核苷酸代謝的酶類編碼，因此
未知基因組的神秘“巨型病毒”揭示病毒世界變異性
據國外媒體報道，目前，科學家最新發現一種具有未知基因組的神秘巨型病毒。 該病毒被稱為“Yaravirus”，是在巴西貝洛哈里桑塔城帕普哈人工湖中發現的，它是以巴西神話傳說中“水仙（Yara）”的名字命名的。盡管該病毒可能不是什么超自然警報，但它可能像神話中的“水仙（Yara）”一樣神秘。 因
PNAS：微生物巧妙逃脫病毒攻擊
科學家發現一種存在于全世界海洋中的耐惡劣環境的微生物擁有一種新穎的逃脫病毒攻擊的策略：它在生命的不同階段之間轉換。 一種名為Emiliana huxleyi的單細胞浮游植物身披碳酸鈣的盔甲，而且在海洋-大氣二氧化碳系統中扮演著一個重要的角色，它擁有一種大起大落的生活史。E. huxleyi的暴發是
Nature－Biotechnology定義病毒基因組標準：何謂高質量基因組
據說，地球上的微生物總量超過了銀河系中的恒星數量，而且病毒總量也要比之前預計的多得多。 在最新的Nature Biotechnology雜志上，美國能源部（DOE）聯合基因組研究所（JGI）構建了重要的病毒序列數據庫，同時提出了病毒基因組標準，指出了三類基因組質量的分級。 目前雖然許多病毒未
單分子測序改善微生物基因組組裝
美國國家生物防衛分析和反制中心的研究人員近日在《Genome Biology》上發表文章，介紹了SMRT技術在微生物基因組組裝上的應用。他們認為，單分子測序數據能降低測序費用，并帶來更多完整的基因組，改善微生物基因組數據庫的質量。 隨著測序費用的不斷下降，測序項目的數量也在不斷上升。G
宏基因組如何指導微生物分離培養
近日，中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所奶產品質量與風險評估科技創新團隊受邀撰寫綜述文章，闡述了宏基因組指導未培養微生物分離培養的機遇與挑戰，系統總結了基于宏基因組分離培養未培養微生物的方法。相關綜述文章發表在《微生物》（Microbiome）。 隨著宏基因組測序技
宏基因組如何指導微生物分離培養
近日，中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所奶產品質量與風險評估科技創新團隊受邀撰寫綜述文章，闡述了宏基因組指導未培養微生物分離培養的機遇與挑戰，系統總結了基于宏基因組分離培養未培養微生物的方法。相關綜述文章發表在《微生物》（Microbiome）。 隨著宏基因組測序技
中國新型冠狀病毒的基因組序列
《自然》雜志2月3日發表了新型冠狀病毒的基因組序列（論文：A new coronavirus associated with human respiratory disease in China），病毒樣本系從一名曾在最先爆發疫情的海鮮市場工作過的患者體內分離得到。基因組分析顯示，該病毒與此前在
南極罕見微生物或可揭示病毒起源
英國《自然·微生物學》雜志近日發表的一篇論文稱，科學家在南極發現一種獨特且罕見的微生物，對該微生物的分析能為進化中最大的奧秘——病毒的起源提供極其重要線索，有助于解決病毒如何首次出現的謎團。 病毒不同于其他生命形式。所有其他的生命形式是由細胞構成的，細胞是復雜的機器，可以獨立生存和繁殖。病毒卻
病毒的致腫瘤作用微生物檢驗
有一些病毒能誘發良性腫瘤，如痘病毒科的兔纖維瘤病毒、人傳染性軟疣病毒和乳多泡病毒科的乳頭瘤病毒；另有一些能誘發惡性腫瘤，按其核酸種類可分為DNA腫瘤病毒和RNA腫瘤病毒。DNA腫瘤病毒包括乳多泡病毒料的SV40和多瘤病毒，以及腺病毒科和皰疹病毒科的某些成員，從腫瘤細胞中可查出病毒核酸或其片段和病毒編
華大基因完成腸道微生物基因組關聯分析
從物種、功能及生態群落上展示腸道微生物與結直腸腺瘤及結直腸癌的關聯特征，這是深圳華大基因研究院、奧地利因斯布魯克醫科大學、奧本多夫醫院、丹麥哥本哈根大學、華南理工大學等多家單位最新的聯合取得的科研進展。3月11日，國際學術期刊《自然通訊》雜志發表了這項研究成果。該研究對結直腸腺瘤、結直腸癌的早期
全球微生物模式基因組測序計劃獲進展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在線發表了國家微生物科學數據中心（中國科學院微生物研究所微生物資源與大數據中心、世界微生物數據中心）關于全球模式微生物基因組數據庫gcType的論文。gcType是由我國牽頭的全球模式微生物基因組測序計劃的重要成果。 模式菌株（t
SARS病毒基因組復制機制研究獲突破
近日，武漢大學生命科學學院教授郭德銀領導的研究組以選擇冠狀病毒特有的多個RNA加工酶作為主要研究目標，通過酵母菌系統的功能篩選和體外生物化學分析，發現SARS病毒基因組1b區編碼的一種非結構蛋白nsp14同時具有兩種RNA加工酶活性，一是參與RNA 5’-端加帽的N7-甲基轉移酶，二是進行RNA
牛乳頭瘤病毒基因組結構和功能
乳頭瘤病毒（papillomavirus）是感染人和動物皮膚、粘膜并引起乳頭狀瘤病變的一種DNA病毒，屬于乳多空泡病毒（papovavirus）科。根據病毒感染的宿主不同可以分為牛乳頭瘤病毒（BPV），人乳頭瘤病毒（HPV）等。已發現的乳頭瘤病毒基因組都具有相似的結構。下面以BPV為例說明乳頭瘤
酵母還能快速“重建”新冠病毒基因組？
據《自然》雜志6日發表的一項合成生物學研究，瑞士一個研究團隊開發出一種可以快速重建新冠病毒的方法。重建病毒有助于研究人員開發診療方法和疫苗，同時，擁有合成能力也被認為是未來防治相關疫情的重要一環。 在實驗室重建病毒，是一種有效的研究疾病暴發所涉病原體的方法。發生疫情時，將病毒樣本送至研究機構可
微生物所等發現新型黃病毒BYD
中國科學院微生物研究所高福研究組與中國農業大學動物醫學院蘇敬良研究組聯合發現了2010年引起我國部分養鴨區鴨產蛋下降的“元兇”，一種新的黃病毒——BYD病毒，這是鴨感染黃病毒的首次報道。 從2010年4月起，中國東南部分省份的鴨場流行著一種嚴重的疾病，該疾病迅速蔓延至中國各養鴨重省市，包括
微生物學檢查：麻疹病毒
（1）標本采集：在病人急性期內采集標本，如鼻咽拭子、鼻咽吸取物、痰等。（2）直接檢測病毒：感染細胞產生細胞融合和多核巨細胞，胞質和胞核內有嗜酸性包涵體。電鏡或免疫電鏡檢查病毒顆粒。免疫熒光技術及酶免疫技術，如EIA進行病毒抗原檢測。PCR技術或核酸探針進行鑒定。（3）病毒分離與鑒定接種傳代細胞系He
HTLV病毒的微生物學檢查
病毒分離采用PHA處理的患者淋巴細胞，加入含IL-2的營養液培養3~6周，電鏡觀察病毒顆粒，并檢測上清液逆轉錄酶活性，最后用免疫血清或單克隆抗體鑒定。抗體檢測可用ELISA法、間接IFA和膠乳凝集法，也可用免疫印跡法和PCR法等檢測抗原或病原體。血液中HTLV-Ⅰ抗體的存在即可診斷為該病毒感染；
華大基因參與全球最大微生物基因組研究項目
華大基因3月22日宣布將參與全球最大微生物基因組研究項目EarthMicrobiomeProject(簡稱“EMP”)，將負責EMP亞洲地區所有樣本的收集和鑒定，并對整個項目提供DNA提取、擴增、建庫、宏基因組測序，以及研發生物信息學分析流程所需的計算資源。 EMP將對來自全球的20萬個樣本進
宏基因組學：查明微生物身份新手段
背景 《美國醫學會雜志》(JAMA)近期刊發了一篇題為《利用不需培養的宏基因組學測序技術研究產志賀毒素大腸桿菌O104∶H4暴發株》的研究論文，引起了學界和社會的廣泛關注。這篇論文中應用了一種稱為“宏基因組學”的技術方法，不通過培養，直接從病人樣品中檢測分析其攜帶的病原微生物，甚至可以
“萬種微生物基因組計劃”在深圳啟動
由深圳華大基因研究院聯合中國微生物領域頂尖研究機構、院校和企業組成的“萬種微生物基因計劃”，八月一日在深圳啟動。 據悉，該計劃是深圳華大基因研究院在“國際千人基因組計劃”后啟動的又一重大基因組計劃，目前該計劃的地位為亞洲第一、世界第三。 該計劃預計在三年內完成一萬種微生物物種全基因組
微生物所等發表植物基因組編輯研究綜述
序列特異性核酸酶使得基因組編輯成為可能，快速推動了基礎和應用生物學的發展。CRISPR-Cas9系統自出現以來，作為可轉化植物的基因組編輯工具已得到廣泛應用。CRISPR-Cas9對基因組靶位點進行定向切割，造成DNA雙鏈斷裂。DNA雙鏈斷裂主要通過兩種高度保守的機制進行修復，即非同源末端連接(
口腔、腸道微生物菌群元基因組關聯分析
2015年7月28日，北京協和醫院和華大基因等機構的研究人員共同合作完成了類風濕關節炎（RA）口腔和腸道微生物元基因組研究。本項研究揭示口腔和腸道微生物菌群異常是RA病理生理和疾控的重要環節，并且為元基因組學輔助的RA個性化診療方案提供基礎。研究成果于今日發表在《自然醫學》雜志。 RA是一種致