后微生物組時代首次發現人體特有的病毒組
我們人體中的病毒會影響微生物群體的結構和行為，但是關于身體許多區域的噬菌體，也就是感染細菌的病毒，科學家們所知甚少。近期一組研究人員發現，在膀胱中整合進細菌基因組的是噬菌體要比細菌本身多得多，這項出乎人意料的研究發現公布在1月29日的the Journal of Bacteriology雜志上。 “因為病毒組的研究很困難，因此我們對我們體內的病毒，以及它們與健康，疾病的關聯知之甚少。為了填補這方面的知識空白，做這些研究是非常重要的，”英國曼徹斯特大學的醫學微生物學家Chloe James（未參與該項研究）認為。 研究的開始 這項研究開始于芝加哥洛約拉大學（Loyola University）的生物信息學家Catherine Putonti，她為了幫助她的同事分析來自181位女性患者膀胱中收集到的序列數據，這些患者存在或不存在泌尿系統問題。她從中發現了了許多病毒，由此她覺得對這些病毒序列展開深入的探討。 Putonti......閱讀全文
病毒和噬菌體載體的基本介紹
病毒主要有DNA(或RNA)和外殼蛋白組成,經包裝后成為病毒顆粒。通過感染,病毒顆粒進入宿主細胞,利用宿主細胞的合成系統進行DNA(或RNA)復制和殼蛋白的合成,實現病毒顆粒的增殖。把感染細菌的病毒專門稱為噬菌體,由此構建的克隆載體則稱為噬菌體克隆載體。 噬菌體作為載體,可插入長10～20kb
重要病毒測序完成：基因交換病毒很棘手
生物通報道：研究人員已經對來自大猩猩和黑猩猩的埃博拉病毒進行了首次測序，并且發現這種病毒比之前想象的更加易變。令人意外的是，他們還發現這種病毒的不同病毒株能夠交換基因——這意味著開發一種成功疫苗將變得更難。 埃博拉病毒（Ebola virus）能導致發燒和出血，并且90％的感染者會死亡。自1976
新測序技術揭開病毒突變“王國”
最近，新加坡A*STAR的研究人員，設計出一種測序技術，可在患者體內病毒（如乙型肝炎病毒）迅速變異時，跟蹤所產生的特異病毒變體。這一突破對“進化中的病毒種群的結構”提供了前所未有的視圖，并能有助于開發新藥，防止病毒株對藥物和免疫反應發展出抵抗力。相關研究結果發表在最近的《Genome Biolo
Science：人巨細胞病毒病毒基因組測序
人巨細胞病毒是一種很常見的皰疹病毒，感染約50-100%的成人，但通常沒有不良影響，并且它可以保持潛伏多年。人巨細胞病毒感染是比較常見的，發展中國家感染人數比發達國家人數多。 該病毒可導致出新生兒生缺陷和免疫系統受損，可能會導致致命疾病。該病毒也與癌癥發展有關聯。這項新的研究分析了病毒的蛋
RNA測序深入了解皰疹病毒
近日，發表在《Nature Communications》上的一項研究中，研究人員利用單細胞RNA測序深入了解了皰疹病毒，為預防皰疹感染帶來了新的見解。 如果你的嘴唇開始刺痛發癢，通常意味著你將患上唇皰疹，這是一種小而令人疼痛的水泡，里面充滿了具有高度傳染性的單純皰疹病毒（HSV）。 單純皰疹
新型噬菌體遞送系統，選擇性攻擊有害細菌/病毒
噬菌體療法是一種很有前途的抗生素替代療法，因為它只會攻擊特定病原體，不會損害人體正常細菌，更不會為多藥耐藥性提供滋生土壤。但是，治療性噬菌體難以純化，更難的是如何被輸送至感染部位，特別是肺部病灶。 喬治亞理工學院領導的研究小組展示了一種新型遞送技術，這是一種含有噬菌體的干燥、多孔微粒，在動物實
用高通量免疫測序診斷病毒感染
藥明康德合作伙伴 Adaptive Biotechnologies 宣布在《自然》子刊《Nature Genetics》上發表創新型研究論文，結果證明可提供一種潛在的新穎方法診斷慢性病毒感染。▲藥明康德合作伙伴 Adaptive Biotechnologies 在《Nature Genetics》上
輸入性MERS病例病毒基因測序完成
6月5日，中國疾病預防控制中心在網站上發布信息稱，該中心病毒病所與廣東省及惠州市疾控中心合作，已完成我國首例輸入性中東呼吸綜合征（MERS）病例的病毒全基因組序列測定。結果表明，目前病毒傳染性并未增強。 據悉，5月29日1時40分，中國疾控中心病毒病所收到廣東省疾控中心送檢的病例咽拭子標本，
基因測序是怎么判斷病毒或者細菌來源
目前以新冠病毒來解釋，首先病毒的體外活性，其實他與病毒的種類和體外環境因素有關。病毒的起源似乎并不一定與其體外失活有關。由于病毒不能形成化石，其復制機制復雜，因此研究病毒的起源非常困難。事實上，它們可以感染幾乎所有的生物，這使得問題更加復雜。一些病毒如皰疹病毒和單核細胞增多癥病毒與其宿主細胞的基因有
用－T7－噬菌體－DNA－聚合酶進行雙脫氧測序反應
? ? ? ? ? ? 試劑、試劑盒 去離子蒸餾水 二硫蘇糖醇 dNTP 和 ddNTP 標記混合液和 ddNTP 延伸 終止混合液 甲酰胺上樣緩沖液 測序酶稀釋緩沖
制備DNA測序模板實驗——小量裂解物中制備λ噬菌體DNA
實驗材料重組λ噬菌體試劑、試劑盒DNA酶ⅠRNA酶ⅠPEGSMSDSEDTA異丙醇乙酸鈉TE儀器、耗材巴斯德吸管試管離心機實驗步驟1. ?在新鮮配制的λ頂層瓊脂糖和λ瓊脂糖平板上，通過在平板上裂解適于λ噬菌體生長的大腸桿菌菌株，制備重組λ噬菌體毒種原液。2. ?取700 μl 毒種液加入無菌的1.5
制備DNA測序模板實驗——制備單鏈M13噬菌體DNA
本實驗包含了用于制備適用于雙脫氧測序的模板及適用于末端標記和化學測序的DNA的實驗方案。所有用于雙脫氧測序的雙鏈模板在與引物退火前必須變性，在一般應用上，堿變性在測序中的效果比熱變性好。實驗材料大腸桿菌試劑、試劑盒LBTEM13聚乙二醇容易讓頂層瓊脂乙酸鈉乙醇儀器、耗材巴斯德吸管試管離心機實驗步驟1
Nat－Commun：驚奇！居然有病毒攜帶黑寡婦蜘蛛毒素基因
一種微小的病毒可能像黑寡婦蜘蛛一樣蜇人。這是美國范德堡大學病毒學家Sarah Bordenstein和Seth Bordenstein對一種攻擊沃爾巴克氏體（Wolbachia）---該寄生菌不僅成功地感染黑寡婦蜘蛛而且也成功地感染一半以上的節肢動物物種（包括昆蟲、蜘蛛和甲殼綱動物）---的病毒
PLOS－ONE報道一種新噬菌體——巨型長尾病毒
目前，一個國際研究小組，在南部非洲納米比亞平原的一具斑馬尸體中，發現了一種新的巨型長尾病毒(或噬菌體)，這種病毒能夠感染引起炭疽病的細菌。這種新的噬菌體，最終可能會為檢測、治療或凈化炭疽桿菌(anthrax bacillus)及其引起食物中毒的近緣菌種，開辟新的途徑。這項研究成果發
用－T7－噬菌體－DNA－聚合酶進行雙脫氧測序反應實驗
試劑、試劑盒?去離子蒸餾水二硫蘇糖醇dNTP 和 ddNTP標記混合液和 ddNTP 延伸 終止混合液甲酰胺上樣緩沖液測序酶稀釋緩沖液測序酶反應緩沖液含MgCl2測序酶酵母無機焦磷酸酶寡核苷酸引物模板 DNA放射性化合物儀器、耗材?離心機和轉頭微量離心管或微量滴定板實驗步驟?材料緩充液和溶液去離子蒸
用－T7－噬菌體－DNA－聚合酶進行雙脫氧測序反應實驗
本方案參照了 Tabor 和 Richardson(1987a,1989b,1990) 的方法，采用單鏈 DNA 模板進行 DNA 測序（有關單鏈 M13 噬菌體和質粒 DNA 制備，請參見第 3 章的方案 4、8 和第 12 章的方案 1)。本實驗來源于分子克隆實驗指南（第三版）下冊，作者：〔美〕
－英公開埃博拉病毒基因測序數據
一個英國科研團隊成功完成了對埃博拉病毒的基因測序，并已將數據在網上公開發布，免費提供給全球科研人員使用。這有助于各國研發更高效的治療藥物和疫苗。 劍橋大學３日發布公告稱，２０１４年埃博拉疫情在西非暴發后，來自該校及英國多個科研機構的研究人員開始在塞拉利昂采集病毒樣本，并利用美國一家公司開發的新
新型丙肝病毒二代測序試劑上市
新一代丙型肝炎病毒二代測序試劑日前批準上市，這是全球首個通過歐盟批準上市的高風險血液疾病NGS（二代測序）試劑，由綠葉集團旗下的基因測序公司Vela Diagnostics研發。 中國科技網訊（記者項錚）新一代丙型肝炎病毒二代測序試劑日前批準上市，這是全球首個通過歐盟批準上市的高風險
基因測序為你揭開埃博拉病毒的秘密
2014年6月，西非埃博拉病毒爆發初期，一組研究人員以空前的規模和速度迅速破譯了這一致命病毒的基因組。他們的發現揭開了病毒擴散過程中大量的關鍵性問題，包括病毒只通過人與人相互接觸的方式傳播并通過大量傳播產生新變異。 雖然目前公共衛生官員們相信病毒最危險的階段已經過去，事實上一切還尚未結束，先前
干貨丨新冠病毒Nanopore測序標準操作流程
2019新型冠狀病毒Nanopore測序標準操作流程-PCR擴增測序版簡介 新近在武漢出現的新型冠狀病毒引發的肺炎疫情引起了社會各界的極大關注。對新型冠狀病毒進行測序不僅能夠為病原鑒定、病毒溯源與變異、傳播力和傳播機理等研究提供切實可靠的基因組信息，還能夠為識別病毒傳播方式和確定暴發范圍提供重要的
λ噬菌體的局限性λ噬菌體
實驗方法原理 本實驗以含原λ噬菌體和缺陷噬菌體λdg的雙重溶原菌gal+作為供體,經紫外線誘導后,獲取能轉導半乳糖發酵基因的高頻轉導噬菌體裂解液,然后讓這些轉導噬菌體將gal+基因轉移到受體菌gal-中去。實驗材料 供體菌 : Escherichia coli K12 F2 gal + (帶有原噬菌
有史以來最大噬菌體被發現了
病毒感染細菌，就像流感病毒感染人類一樣。 據加州大學伯克利分校的科學家們領導的一項最新研究顯示，在人體腸道中發現了一些所謂的最大噬菌體，它們周期性地破壞細菌，就像季節性流感爆發使人體處于低谷一樣。 這些“巨噬菌體”的基因組比普通噬菌體大10倍，比人類先前發現的任何噬菌體大兩倍，它們只存在于食
CRISPR的前世今生：酸奶中的CRISPR
兩年前，一個縮寫為CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，規律間隔成簇短回文重復序列）的基因編輯工具橫空出世，席卷了許多實驗室。而在這一系統被開發的數億年前，細菌和古細菌就利用其非常精確的對幾乎每個基因組中
CRISPR的前世今生：酸奶中的CRISPR
兩年前，一個縮寫為CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，規律間隔成簇短回文重復序列）的基因編輯工具橫空出世，席卷了許多實驗室。而在這一系統被開發的數億年前，細菌和古細菌就利用其非常精確的對幾乎每個基因組中
頂尖實驗室Science發表重要技術突破
霍華德·休斯醫學研究所（HHMI）的科學家們開發了一種突破性技術（VirScan），可以通過一滴血揭示你的病毒感染史。這一成果發表在六月五日的Science雜志上，文章的通訊作者是著名科學家Stephen Elledge。 目前的診斷方法只能一次檢測一種特定病毒，而VirScan只需要一滴血就
一滴血告訴你你的病毒感染史
霍華德休斯醫學研究所（HHMI）的研究人員開發了一項新的技術，使人們有可能通過一滴血來檢測目前和曾經任何已知人類病毒的感染情況。這個方法稱為VirScan，是一種能有效的測試病毒感染的替代診斷方法。相關文章發表在最新一期的Science雜志上。VirScan工作原理是篩查血液中存在的針對任何206種
微生物測序會忽視一些重要信息
基因組測序應該能夠揭示一個有機體的整個遺傳組成。對于傳染病專家來說，可以用這種技術來分析一種致病菌，以確定它能造成多大危害，以及它是否具有抗生素耐藥性。但是，美國洛克菲勒大學的一項最新研究表明，目前的測序技術會忽視掉一些重要的信息：浮動在細菌染色體（細胞遺傳物質的核心）外的DNA分離碎片。相關研
測序技術在新型冠狀病毒防治中的作用
當地時間1月30日晚，世界衛生組織（WHO）宣布，將新型冠狀病毒疫情列為國際關注的突發公共衛生事件。世衛總干事譚德塞說，WHO 相信中國的疫情一定能得到遏制，由于病毒的傳播仍有很多未知數，世衛組織擔憂中國之外的疫情會有惡化，這無關感染數量，關系人的健康和生命。新型冠狀病毒感染人數全球范圍不斷攀升，疫
新冠病毒變化多端，基因測序怎么跟節奏
??在受到大規模全球緊急情況的挑戰時，如何科學有效應對是全球面臨的共同現實。新冠肺炎大流行為科學開啟了巨大的機遇，并讓科學在這之中充分發揮了作用。其中，以閃電般的速度開發疫苗就是核心技術能力的體現，基因組測序亦然。 1月11日，世界衛生組織舉行新冠肺炎例行發布會，總干事譚德塞表示，病毒傳播得越廣
深度測序揭示埃博拉病毒何以產生多樣性
最近，研究人員發現，RNA編輯會導致埃博拉病毒的mRNA多樣性，但是這對病毒來說意味著什么呢？了解更多…… 來自西奈山伊坎醫學院、加爾維斯頓國家實驗室和J. Craig Venter研究所的研究人員發現，線狀病毒——包括埃博拉病毒和馬爾堡病毒，在感染期間，會產生比以前預計的范圍更廣的基因產物。