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    華大基因測序近700種植物的基因組

    近日,華大基因的研究人員對云南瑞麗植物園內部及周邊近700種植物的基因組進行了測序和分析。這項工作有助于推動地球生物基因組計劃(EBP)以及萬種植物基因組計劃(10KP)。 在華大基因研究院副院長劉心的領導下,研究團隊收集了761個植物樣本,并產生了54 Tb的測序數據,每個物種的平均測序深度達60倍。這使得他們不僅能夠構建參考系統發育,還能夠開發植物測序數據的開放參考集。這項成果發表在《GigaScience》上。 “這項研究可作為一個基準項目,用來調整和標準化大規模基因組計劃的采樣、方法、數據積累和分析技術,”劉心補充說。 劉心及其同事采集了云南瑞麗植物園種植的689種植物的樣本。他們從幼葉中提取DNA,并利用BGISEQ-500測序儀開展測序。每個樣本產生了70 Gb的原始測序數據,在過濾后,每個樣本的數據大約是60 Gb。 基于形態學和葉綠體序列,研究人員在種的水平上鑒定了257個樣本,在科的水平上鑒定了5......閱讀全文

    作物基因組學研究進展

      摘要:農作物基因組學研究的發展,對于有效利用現代分子生物學手段進行物種的遺傳改良發揮了重要作用。隨著測序技術的發展,已經實現對重要農作物,如水稻、小麥、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因組的測序或重測序,在此基礎上完成對控制重要農藝性狀基因的克隆和鑒定。本文綜述了2017年度主要農作物基因組

    用化學常識解釋轉基因

      河南日報退休高級編輯,大河健康報退休總編,河南農大兼職教授,中國新聞獎獲得者。  各位女士、各位先生:  大家好。大家都是經常來圖書館借書、看書的讀者,如今喜歡看書的人真是難能可貴。看年齡,大家多數是60后、50后,少數是70后、40后。大家可能都不是生物專業的大學生,但是大家在中學階段都學過化

    南京農大構建世界首個植物重復基因數據庫

    圖片說明:植物界不同類型重復基因含量分布及其隨時間變化規律  2月21日,南京農業大學園藝學院教授張紹鈴團隊在國際著名學術期刊Genome Biology在線發表研究論文,系統鑒定了梨等141種植物基因組中不同類型重復基因,構建世界首個植物重復基因數據庫,揭示重復基因進化的普遍規律。  植物在千百年

    破譯青蒿 “基因密碼” 培育高含量新品種落地非洲“解近渴”

      歷時5年破譯青蒿“基因密碼”;培育的高含量青蒿新品種在非洲“落地生根”,一舉攻破原料就近供應難題;貼心考慮非洲本土居民偏好,預防瘧疾的膳食補充劑化身小小“軟糖”,攜帶方便、口感佳,為瘧疾爆發地非洲大陸開出“中國良方”;青蒿素神奇新妙用獲發掘,有望開發降脂新藥……上海交通大學長江學者特聘教授唐克軒

    說說轉基因植物“那點事兒”

    設想,你要把一臺機器,從生產廠里運輸到需要這臺機器的工廠里,并讓它順利工作,要通過幾個步驟呢?首先呢,我們要先把這臺機器生產出來,然后打包,裝到汽車上并運輸到目的工廠內,安裝機器,最后經過一系列調試,才能讓工廠使用這臺新機器進行新產品的生產。和這一過程相似,生產轉基因植物,也需要上面一系列步驟。在一

    南京農業大Genome Biology構建世界首個植物重復基因數據庫

      以往的研究發現,有的植物有復制自己基因的功能,即通過不同類型復制方式產生一個與原基因序列相同的新基因。基因復制產生的兩個同源基因稱為重復基因或“姊妹基因”。近年來,隨著測序技術的不斷升級和測序成本的大幅度降低,越來越多的植物基因組被破譯。  植物在千百年的進化中,怎樣變得越來越多姿多彩?一個重要

    昆明植物所破譯稻屬植物5個物種全基因組

      亞洲栽培稻(一般稱為水稻)是世界上最重要的糧食作物之一,是中國第一大糧食作物,養活了80%以上的中國人口。在水稻與其它約23個物種共同組成的稻屬植物中,它和7個稻種(普通野生稻、尼瓦拉野生稻、非洲栽培稻、短舌野生稻、展穎野生稻、長雄蕊野生稻和南方野生稻)都是AA基因組類型,這些水稻近緣物種間斷分

    Pacbio單分子實時測序技術于藥用植物基因組研究應用

      藥源短缺成為限制臨床治療和新藥研發的最大瓶頸,因此,開發新的藥物來源途徑是迫切需要解決的問題。利用現代生物技術和次生代謝工程手段是未來生產藥物最有潛力的發展方向。我國藥用植物有1 萬多種,大多數藥用植物遺傳背景不清楚,基因組信息缺乏,遺傳信息和功能基因的研究亦極為薄弱。例如人參屬(Panax)

    植物生物學研究數據庫

    實驗概要植物生物學研究數據庫實驗步驟http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英國 Top 植物種的snoRNA基因數據庫。 綜合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt

    作物基因組學研究進展(二)

    ⑵小麥基因組研究小麥是全球最重要的糧食作物之一,小麥的穩產和增產對我國乃至全世界糧食安全的影響舉足輕重。近年來由于全球氣候變化、環境變化的影響,小麥生產面臨嚴峻的挑戰,對于小麥的育種和品種改良工作提出了新的要求。普通小麥(Triticum aestivum L.)是3個不同亞基因組形成的異源

    轉基因植物及其安全性研究進展

      摘要:介紹了目前常用的植物轉基因方法,并簡要就轉基因植物的生態安全性、35S啟動子安全性、栽體骨架序列安全性、抗生素抗性標記基因安全性和食品安全性五個方面進行了綜述。   21世紀,生命科學成為了自然科學中的主導科學。生物技術的核心是基因工程技術,新的技術帶來了巨大的科學發展及經濟效益,同時

    轉基因植物及其安全性研究進展

      摘要:介紹了目前常用的植物轉基因方法,并簡要就轉基因植物的生態安全性、35S啟動子安全性、栽體骨架序列安全性、抗生素抗性標記基因安全性和食品安全性五個方面進行了綜述。   21世紀,生命科學成為了自然科學中的主導科學。生物技術的核心是基因工程技術,新的技術帶來了巨大的科學發展及經濟效益,同時

    三種植物基因克隆的策略與方法

    基因的克隆就是利用體外重組技術,將特定的基因和其它DNA順序插入到載體分子中。基因克隆的主要目標是識別、分離特異基因并獲得基因的完整的全序列,確定染色體定位,闡明基因的生化功能,明確其對特定性狀的遺傳控制關系。通過幾十年的努力由于植物  發育,生理生化,分子遺傳等學科的迅速發展,使人們

    中科院、華大基因Nature子刊測序新成果

      來自中科院遺傳與發育生物學研究所、深圳華大基因研究院和亞利桑那大學等機構的研究人員完成了對短花藥野生稻(Oryza brachyantha)的全基因組測序,并揭示出了稻屬基因組進化的機制。相關成果發表在3月12日的《自然通訊》(Nature Communications)雜志上。   

    三種植物基因克隆的策略與方法

    基因的克隆就是利用體外重組  技術,將特定的基因和其它DNA順序插入到載體分子中。基因克隆的主要目標是識別、分離特異基因并獲得基因的完整的全序列,確定染色體定位,闡明基因的生化功能,明確其對特定性狀的遺傳控制關系。通過幾十年的努力由于植物發育,生理生化,分子遺傳等學科的迅速發展,使人們

    “兩件事”,讓獼猴桃變成“維C大王”

      彌猴桃經歷兩次同源四倍體事件,每個細胞中的染色體組和所有基因加倍。(論文作者供圖)  中國科學家發現,獼猴桃在進化過程中發生過兩次同源四倍體事件,這讓獼猴桃的一些關鍵功能基因得以大幅擴張拷貝數,其中就包括合成維生素C的基因。這或許揭示了“維C大王”背后的秘密。相關研究結果于9月20日發表在細胞出

    “兩件事”讓獼猴桃變成“維C大王”

      中國科學家發現,獼猴桃在進化過程中發生過兩次同源四倍體事件,這讓獼猴桃的一些關鍵功能基因得以大幅擴張拷貝數,其中就包括合成維生素C的基因。這或許揭示了“維C大王”背后的秘密。相關研究結果近日發表在細胞出版社最新創建的綜合性學術期刊iScience上。  “了解獼猴桃的基因家族和產生維生素C的通路

    基因插入位點和模式實驗

    實驗材料dCTP                                        

    基因組學推動生命科學大步向前

      2010年下旬,河南安陽曹操墓真偽之辯正酣。而一則來自上海的重磅消息更是引發了多方關注。復旦大學現代人類學教育部重點實驗室宣布,向全國征集曹姓男性DNA樣本,擬用基因組科學的手段驗證出土的頭骨是否為曹操本人。   一下子,基因組科學成為熱門,這一話題“落入尋常百姓家”。   事實上,伴隨著2

    基因插入位點和模式實驗

    實驗材料dCTP試劑、試劑盒乙醇次氯酸鈉β-葡萄糖醛酸酶基因活性測定液溴化乙錠儀器、耗材培養室MS 培養基實驗步驟一、轉基因插入位點的數目第一代( T0)轉基因植株外源基因的插入位點數目,一般都是通過遺傳方法進行鑒定。雖然遺傳分析可以在任何世代進行,但是一般選擇轉基因植株自交,或與野生型測交后得到的

    清華百人計劃發表CRISPR新成果

      CRISPR/Cas已成為強有力的基因組編輯技術,并已成功地應用于 許多生物,其中包括幾個植物物種。然而,在植物中,基因組編輯試劑載體的傳遞仍然是一個挑戰。最近,來自清華大學和中科院微生物研究所的研究人員,在 Nature子刊《Scientific Reports》發表的一項研究中,報道了一個基

    科學家破解植物多倍化進化之謎

      中國農科院蔬菜花卉研究所王曉武團隊和美國科學院院士邁克·菲林領導的團隊合作,對植物基因組多倍化進化過程中基因分化和多基因組分化機理進行了研究。相關成果日前在線發表于美國《國家科學院院刊》。   植物在進化過程中通過基因組加倍(多倍化)的擴增方式,進行自我進化和適應自然環境。隨著DNA測序技術的

    科學時報:大熊貓研究步入基因組時代

    10月11日,深圳華大基因研究院宣布,大熊貓晶晶的基因組框架圖繪制完成,這是世界首例用短序列進行新物種測序與組裝新技術完成的大型基因組序列圖。 深圳華大基因研究院大熊貓基因組項目負責人田埂博士在接受記者采訪時表示:“目前的基因組框架圖涵蓋基因組95%區域,覆蓋基因區約98%。雖然這還不是最終的基因

    昆明植物所等首次成功破譯茶樹基因組

      茶是世界上最為古老也是最為廣泛飲用的含咖啡因軟飲料,目前全球160多個國家的30億人喝茶愛茶。普遍認為,茶樹起源于中國的云南、四川等地;作為傳播中國文化的使者,在茶從中國起身向世界各地傳播的數千年的漫長歷程里,與全球100多個國家多元的文化邂逅交融,發展形成了地球上復雜而美妙的茶文化。除了因為迷

    美國放行基因編輯蘑菇和玉米 不含任何外源DNA

       美國農業部對采用基因編輯技術的新型作物網開一面,是由于基因編輯后的作物,不含任何新引入的遺傳物質或外源DNA。當技術飛奔時,既面臨重新定義轉基因,也要思考監管如何收放。   在不到一周的時間里,美國農業部相繼豁免了一種基因編輯蘑菇和一種基因編輯玉米的監管。   它們都采用了一種名為CRISPR

    攻克基因組測序難題 探究茶樹生物學奧秘

      我國現存最早的中醫醫藥典籍《本草經》記載:“神農嘗百草,日遇七十二毒,得荼(茶)而解之。”這說明了茶的神奇功效。茶樹起源于我國的云南、四川等地,在從中國向世界各地數千年漫長傳播歷程里,與全球多元文化邂逅交融,發展形成了今天地球上復雜而美妙的茶文化。茶之所以廣受歡迎,除了有迷人的香氣和令人愉悅的滋

    Cell丨程時鋒團隊揭示現存陸地植物的共同祖先起源類群

      光合真核生命起源于大約15億年前的海洋,繁盛于有光和水的地方;大約5-6億年前,發生了綠藻陸地化事件,祖先綠色植物開始了從簡單到復雜、從水生向陸地的邁進。植物陸地化是一個漫長而復雜的演化過程,在潮起潮落、滄海桑田的跌宕變遷中,一些地理生境出現周期性干涸的現象,如形成小水坑、河床、近海泥沼等,開始

    昆明植物所在南方菟絲子基因組學研究中取得進展

      自然界絕大部分植物都通過葉片的光合作用和根部的水分和營養吸收維持自養生存,而寄生植物則是一類通過寄生在自養植物上獲取能量和營養的植物。寄生植物獨特的起源、演化和特殊生理生態長期以來吸引著研究者的目光。旋花科莖寄生植物菟絲子寄生行為在實驗室中方便控制和觀察,近年來已成為許多探索寄生植物生理生態和進

    EST技術及其在基因全長cDNA克隆上的應用策略

    第二軍醫大學細胞生物學教研室;上海200433 何志穎;姚玉成(綜述);胡以平(審校)關鍵詞:EST技術;“電子”基因克隆;生物信息學;基因摘要: 隨著人類基因組計劃的順利進行,EST技術被廣泛應用于基因識別、繪制基因表達圖譜、尋找新基因等研究領域。利用人類基因組研究不斷產生的數據,從ES

    北京基因組研究所Plant cell基因組研究新成果

      來自中科院北京基因組研究所、荷蘭瓦赫寧根大學和中科院/馬普學會等10多家機構的研究人員組成的一個研究小組,通過測序及分析醉蝶花(Tarenaya hassleriana)的基因組提供了關于十字花科植物繁殖性狀和基因組進化的新認識。相關研究發表在植物學權威期刊The Plant Cell雜志上

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