上海科技大學研制出新一代DNA編碼化合物庫
近日，上海科技大學免疫化學研究所Richard Lerner教授和楊光教授研究團隊合作，研制出富含天然產物的新一代DNA編碼化合物庫（DNA-Encoded Library, DEL），以Functionality-Independent DNA Encoding of Complex Natural Products為題發表在國際頂級化學期刊Angewandte Chemie International Edition。 DNA編碼化合物庫的設計及篩選是當前新藥發現領域最前沿的技術之一，這種篩選是將目標靶點蛋白和整個DNA編碼化合物庫(億級)進行篩選。篩選體系中，數量巨大的化合物對同一靶標蛋白的競爭性結合，而非傳統的單個化合物逐一篩選，因此這樣的篩選方式具有顯著的速度和成本優勢；其次，DNA編碼化合物庫具有非常大的庫容量（百萬到數百億數量級），可以涵蓋更為廣泛的化學空間，對于一些用傳統方法難以篩選的靶點，如蛋白-蛋白相互......閱讀全文
“垃圾DNA”或是編碼DNA的“衛士”
“垃圾DNA”的概念是在上世紀70年代提出來的，用來形容那些基因組中不是編碼蛋白質的DNA序列，而在學術上被稱為非編碼DNA序列。 由于當時的科學家普遍認為有生物學意義的蛋白質才是決定生物性狀的關鍵，而且也沒有一種好的理論和技術手段來解釋這些“垃圾”存在的原因，于是“垃圾DNA”這一觀念便形
“垃圾DNA”或是編碼DNA的“保鏢”
"垃圾DNA"的概念源自上世紀70年代，用來形容基因組中不是編碼蛋白質的DNA序列，在學術上被稱為非編碼DNA序列。 非編碼DNA"開關說"究竟是個啥？ 科學家們發現，人類基因組中包含多達400萬個基因開關和功能調節因子，它們的載體便是"垃圾DNA"。這強烈地沖擊了"DNA序列=生物性
DNA編碼分子庫為藥物發明提供便利
隨著DNA編碼分子庫持續擴大以及新的篩選方法不斷開拓未知生物學領域，DNA編碼分子庫將成為制藥行業研發新藥的支柱之一。 在美國馬薩諸塞州沃爾瑟姆市一座混凝土建筑的二樓，一臺普通實驗室冰箱的塑料盒子里放著一根透明試管，里面則含有天文數字尺度的混合物。這個分子庫里冷凍的是由總部位于英國倫敦的制藥公
DNA編碼化學庫新技術助推藥物研發
科技日報訊?（記者張夢然）近年來，科研人員雖然在分子療法開發方面取得了重要進展，但新發現的活性物質數量依然不足。現在，美國哈佛大學和瑞士蘇黎世聯邦理工學院共同開發的DNA編碼化學庫（DEL）技術提供了新的解決方案。該技術能在幾周內自動化合成并測試數十億種化合物，還能用于生產更大的藥物分子，這類藥物將
Science：宏基因組研究挑戰DNA編碼規則
人們一直認為DNA編碼的指令是所有生命通用的，例外情況極少。但本期Science雜志上的一項新研究顯示，自然界中的生物又一次打破了既定的規則。 美國能源部聯合基因組研究所的Edward Rubin領導研究團隊，獲得來自1776種環境（包括17個人體區域）的微生物宏基因組數據，以便在其中尋找重編
Nature：復雜生命難道不需要非編碼DNA？
非編碼DNA僅占據絲葉貍藻基因組3%的組成成分，這是否證明了對于復雜生命來說，非編碼DNA并不需要呢? 自從科學家們首次發現超過95%的人類基因組是由非編碼元件組成以來(非編碼元件是指不會編碼任何特殊蛋白質的 DNA 片段)，他們就一直致力于了解這種所謂的“垃圾” DNA 的作用。在過
利用DNA編碼化合物庫實現新藥研發
2016年12月9日Robert A. 等研究者發表在《Nature Reviews Drug Discovery》上的一篇標題為《DNA-encoded chemistry： enabling the deeper sampling of chemical space》的論文引起了世界范圍新藥
非編碼DNA可用于開發癌癥特異性疫苗
癌癥疫苗，是科學家們五十多年來一直潛心研究的疑難課題，但直到最近的一項研究才得以證明這種疫苗是有效的。 近日，加拿大蒙特利爾大學免疫和癌癥研究所(IRIC)的一個研究團隊證明了癌癥疫苗可以起作用。不僅如此，它還可以成為一種非常有效、非侵入性以及低成本的抗癌工具。這項研究剛發表在《Science
Nature：用二維碼構建“DNA編碼庫”
麻省沃爾瑟姆市（Waltham, Massachusetts）的一座鋼筋混泥土建筑的二樓，一個實驗室冰箱里的塑料盒中，包含著無數種化學分子。這些分子是葛蘭素史克制藥公司（GlaxoSmithKline，GSK）合成的帶DNA標簽的分子，數目達到萬億種——這是銀河系恒星數目的10倍。 各大制藥公
重慶大學DNA編碼分子庫技術獲新進展
本報訊 癌癥、心血管疾病、慢性腸炎、流感……這些疾病都是人類健康的敵人。如何高效地研制出相關治療藥物，是科學家們一直在探索的問題。3月24日，重慶日報記者從重慶大學獲悉，該校藥學院和瑞士蘇黎世聯邦理工學院合作采用的DNA編碼分子庫技術，將有望快速找到針對這些疾病靶點的活性化合物，從而提升相關藥品
Nature子刊：長非編碼RNA可模擬DNA起作用
長期以來，人們一直認為基因組的大部分區域屬于“禁飛區”。這些區域不編碼任何蛋白，因此細胞的基因讀取機器很少接近。然而近年來科學家們發現，許多非編碼序列其實能夠轉錄成RNA，Gas5就是其中之一。 GAS5是一段基因間的長非編碼RNA（lincRNA），它來自于非編碼的“垃圾DNA”或“基因組的
DNA編碼化合物庫，新藥篩選劃時代的變革
在藥物發現過程中面對的主要挑戰是在成本可控范圍內，如何快速并且高質量地找到盡可能多的能夠與靶點蛋白相結合的活性化合物。為了解決這個問題，我們不斷完善并創新著篩選方法。例如在一些項目中我們通過使用高通量篩選來高效地發現Hits。但是由于化合物的容量、多樣性及質量的限制，只有極少數的公司能夠承受得起
用－PCR－來制備編碼隨機肽的雙鏈－DNA－文庫實驗
使用合成的寡核苷酸構建文庫時，PCR 有兩個重要的作用。第一，用與特定側翼序列退火的引物來擴增文庫，僅用少量的不同模板，就可以得到大量的 PCR 產物。第二，若要產生文庫 DNA 的復雜互補鏈，PCR 合成法是有效的方法。本實驗來源于 PCR 實驗指南（第二版），作者：種康，瞿禮嘉。試劑、試劑盒限制
編碼DNA結合蛋白的cDNA克隆的檢測、純化和鑒定實驗
用鹽酸胍進行干燥膜的變性/復性循環試劑、試劑盒HEPES結合緩沖液實驗步驟1) 按基本方案步驟1?15進行。2) 將平皿在4℃冷卻10 min。用針扎孔標記各膜的位置。小心地揭起膜，室溫下在空氣中瞭干15 min。3) 將膜浸于HEPES結合緩沖液/6 mol/L鹽酸狐中，4℃輕輕搖動溫育10 mi
編碼DNA結合蛋白的cDNA克隆的檢測、純化和鑒定實驗
從重組溶源菌中制備粗提物鑒定DNA結合蛋白的活性實驗材料大腸桿菌 Y1089試劑、試劑盒含有或不含10 mmol L MgCl2的LB培養液1010pfu mLλgtU重組噬菌體液1 mol L IPTG抽提緩沖液5 mg mL溶于抽提緩沖液中的溶菌酶（保存于-20℃)儀器、耗材4 mol L Na
編碼DNA結合蛋白的cDNA克隆的檢測、純化和鑒定實驗
實驗方法原理 實驗材料 含有多個串聯拷貝識別位點的、缺乏識別位點的（或含識別位點突變的）pUC重組質粒DNA試劑、試劑盒 限制性內切核酸酶EcoRI及HhdIII1 mol L Tris ? Cl pH 7. 55 mmol L dCTPdGTPdTTPdATP5000 Ci mmol [α32P]
編碼DNA結合蛋白的cDNA克隆的檢測、純化和鑒定實驗
用位點識別DNA篩選λgtll表達文庫 用鹽酸胍進行干燥膜的變性/復性循環 從重組溶源菌中制備粗提物鑒定DNA結合蛋白的活性 ? ? ? ? ? ? 實驗方法原理
用－PCR－來制備編碼隨機肽的雙鏈－DNA－文庫實驗
試劑、試劑盒?限制性內切酶和緩沖液滅菌雙蒸水Tris-HCl生物素標記的 PCR 引物儀器、耗材?鏈霉抗生物素蛋白磁性珠瓊脂糖凝膠電泳所需的試劑和設備實驗步驟?一、材料1. 緩沖液、溶液和試劑滅菌雙蒸水（ddH20)10 mmol/LTris-HCl，pH8.02. 酶和酶緩沖液限制性內切酶和緩沖液
用－PCR－來制備編碼隨機肽的雙鏈－DNA－文庫實驗
? ? ? ? ? ? 試劑、試劑盒 限制性內切酶和緩沖液 滅菌雙蒸水 Tris-HCl 生物素標記的 PCR 引物 儀器、耗材
DNA編碼化合物庫技術的學習和追蹤“神器”——DELFinder
實際應用案例 近日，Scott E. Wolkenberg博士團隊利用藥明康德HitS事業部自主開發并運維的DELFinder搜索引擎和DELopen平臺，順利完成DEL相關領域論文的檢索工作，并成功在《ACS Medicinal Chemistry Letters》雜志上發表論文。 近年來
DNA編碼分子庫技術讓“個性化”藥物成為可能
走進重慶大學藥學院的實驗室，研究員李亦舟打開冰箱，從里面拿出了一只放滿小試管的盒子。他舉起其中一支管說：“這里面裝了三千五百萬個不同化合物。”這就是近日，李亦舟實驗室和瑞士蘇黎世聯邦理工學院Dario Neri教授實驗室合作，通過DNA編碼分子庫技術獲得的研究成果。這項成果將推動新藥研發的進程，
單鏈DNA編碼金納米粒子法實現動態“納米”分子反應
近日，中國科學院上海高等研究院光源科學中心物理生物學研究室、中國科學院上海應用物理研究所和上海交通大學合作發展了一種用單鏈DNA編碼金納米粒子的方法，并實現了動態“納米”分子反應。該方法通過設計一條多嵌段的單鏈DNA序列，可以賦予金納米粒子類似原子的離散價態和正交價鍵。這些“納米”原子則可通過D
編碼DNA結合蛋白的cDNA克隆的檢測、純化和鑒定實驗1
一個DNA位點識別探針被用來從表達文庫中檢測合適的重組克隆，并對 之進行純化，證明其中編碼了具有一定序列特異性的DNA結合域。這種策略排除了為 分離其基因而對序列特異性DNA結合蛋白進行純化的過程；只需要一個合適的構建于 λgtll載體中的cDNA文庫和一個DNA識別位點的探針。用位點識別DNA篩選
新發現！非編碼DNA突變也可引發癌癥－|－Nature子刊
基因與癌癥的關系遠比人類已了解的更加復雜。近日，美國科學家在一項新研究中鑒定出了近200個在不同的癌癥中發揮作用的非編碼DNA突變。 image.png 圖片來源：Nature Genetics（doi:10.1038/s41588-018-0091-2） 在人類基因組中，有9
新發現！非編碼DNA突變也可引發癌癥－|－Nature子刊
基因與癌癥的關系遠比人類已了解的更加復雜。近日，美國科學家在一項新研究中鑒定出了近200個在不同的癌癥中發揮作用的非編碼DNA突變。 圖片來源：Nature Genetics（doi:10.1038/s41588-018-0091-2） 在人類基因組中，有98%的信息是看似無用的“垃
蔣華良院士，人工智能結合DNA編碼開發創新藥
阿爾脈生物牽手再鼎醫藥 2021年3月12日，再鼎醫藥與阿爾脈生物科技有限公司（以下簡稱”阿爾脈生物”）簽訂新藥發現合作協議。根據協議，阿爾脈生物將利用其人工智能（AI）技術、大數據和其獨特的Intelligence DNA編碼化合物庫（iDEL）平臺，以及相關設計、合成和篩選技術，與再鼎醫藥
首個DNA編碼的單克隆抗體療法有望進入臨床試驗
近日，來自威斯達研究所和Inovio制藥公司共同宣布，FDA已經批準了他們首個人類臨床試驗，調查新型合成型DNA編碼的單克隆抗體（DMAb）療法在預防寨卡病毒感染上的安全性和耐受性。圖片來源：wistar.org DMAb并不像所有已知的常規治療性抗體，其是在人體內制造出而并非由工廠制造出來的
DNA編碼化合物庫技術在化合物篩選上的作用
伴隨著組合化學技術的發展，出現了成千上萬的化合物，為大規模的藥物篩選創造了物質基礎。為了進行高效、高速、低成本的化合物篩選，最大限度地發現藥物，高通量篩選技術應運而生并快速發展起來。在藥物發現領域，DNA編碼化合物庫是一項可以在上億化合物中進行化合物篩選，發現先導化合物以支持新藥發現的前沿技術。該技
DNA編碼化合物庫技術在化合物篩選上的作用
伴隨著組合化學技術的發展，出現了成千上萬的化合物，為大規模的藥物篩選創造了物質基礎。為了進行高效、高速、低成本的化合物篩選，最大限度地發現藥物，高通量篩選技術應運而生并快速發展起來。在藥物發現領域，DNA編碼化合物庫是一項可以在上億化合物中進行化合物篩選，發現先導化合物以支持新藥發現的前沿技術。
DNA編碼化合物庫技術在化合物篩選上的作用
伴隨著組合化學技術的發展，出現了成千上萬的化合物，為大規模的藥物篩選創造了物質基礎。為了進行高效、高速、低成本的化合物篩選，最大限度地發現藥物，高通量篩選技術應運而生并快速發展起來。在藥物發現領域，DNA編碼化合物庫是一項可以在上億化合物中進行化合物篩選，發現先導化合物以支持新藥發現的前沿技術。
