精確修飾位點譜圖庫的建立與磷酸化蛋白質組的DIA解析3
結果顯示，從 DIA 數據中提取、定量到 6401 條可信的磷酸化肽，占譜圖庫磷酸化肽總數（6505 條）的 98.4%（圖 5）。磷酸化肽的豐度和離子化效率普遍較低，本實驗如此高的解析成功率表明，基于 Orbitrap 的 DIA 數據具有極高的譜圖質量和出色的靈敏度。 圖5. DIA可靠解析的磷酸化肽占譜圖庫總數的98.4% 進一步對 6401 條磷酸化肽 XIC 色譜峰面積的三針重現性進行統計。將每條肽的母離子和子離子峰面積分別加和，選取兩者中重現性最好（即 CV 值最低）的結果用于定量。一般認為，峰面積 CV 值 < 20% 時定量結果可靠、準確。統計結果顯示，峰面積 CV 值 < 20% 的磷酸化肽占總數的 86.9%（圖 6）。如此高的重現性說明 Orbitrap DIA 不僅具有出色的靈敏度，同時具有優越的重現性，勝任復雜的翻譯后修飾定量。 ......閱讀全文
精確修飾位點譜圖庫的建立與磷酸化蛋白質組的 DIA 解析3
結果顯示，從 DIA 數據中提取、定量到 6401 條可信的磷酸化肽，占譜圖庫磷酸化肽總數（6505 條）的 98.4%（圖 5）。磷酸化肽的豐度和離子化效率普遍較低，本實驗如此高的解析成功率表明，基于 Orbitrap 的 DIA 數據具有極高的譜圖質量和出色的靈敏度。??圖5. DIA可
精確修飾位點譜圖庫的建立與磷酸化蛋白質組的 DIA 解析1
引言 數據非依賴采集（Data-Independent Acquisition, DIA）是當前最熱門的質譜采集技術之一，它以非目標的方式將質量范圍分為若干窗口，依次并循環采集窗口內所有母離子的二級碎片[1,2]。DIA 與 SRM 類似，也是基于子離子（transition）定量，相比
精確修飾位點譜圖庫的建立與磷酸化蛋白質組的 DIA 解析2
2. 磷酸化樣本的 DDA 鑒定、可信度篩選和譜圖庫建立磷酸化樣本信息和色譜質譜參數見實驗條件部分。3 針 DDA 數據按磷酸化檢索流程使用 Proteome Discoverer 2.0 軟件搜庫鑒定（S/T/Y+79.966 Da），并使用 ptmRS 模塊對位點打分（圖 2-1）。搜庫完成
布魯克發布PaSER重磅更新，強大新算法支持dia-PASEF
布魯克PaSER? 2022軟件加入TIMS DIA-NN模塊，具有處理dia-PASEF?數據的能力 創新的TIMScore算法支持dda-PASEF數據和dia-PASEF庫，與TIMS DIA-NN相結合，僅需35分鐘梯度即可從200ng K562裂解液中鑒定約9000種蛋白質組 TI
上科大水雯箐博士：DIA 常用軟件及分析流程 | WeOmics G21
“Westlake Proteomics Series” (WeOmics)系列研討會?由西湖大學Guomics實驗室，西湖實驗室iMarker實驗室，CN-HUPO，The Proteomic Navigator of the Human Body (π-HuB) Project共同舉辦，并由西湖
數據非依賴采集DIA 解決方案（四）
Skyline 軟件Skyline 軟件是華盛頓大學 MacCoss 教授實驗室開發的目標蛋白質組學分析軟件（https://skyline.gs.washington.edu），是 DIA/SWATH 數據處理的權威工具，由于功能全面、性能強大而受到普遍認可，是目前使用最廣泛的 DIA/S
創新數據非依賴性采集用于復雜基質目標蛋白質...（一）
創新數據非依賴性采集用于復雜基質目標蛋白質的定量分析摘要 數據非依賴性采集(DIA)是隨著定量蛋白質組學而建立的質譜掃描技術。DIA 能夠獲得掃描范圍內所有母離子及二級子離子信息,不會造成低豐度離子信息的丟失,同時突破了高分辨質譜二級定量的通量限制。本研究基于靜電場軌道阱Q-qIT-OT 三
用蛋白質組學方法繪制磷酸化位點圖譜
方案1 用帶有 Fe(Ⅲ) 和 Ga(Ⅲ)的 IMAC 純化磷酸化多肽 方案2 在 MALDI 分析之前或之后對磷酸化多肽進行堿性磷酸酶處理 方案3 結合固定化金屬離子親和介質和 MALDI-TOF-MS 直接分析方法對磷酸化多肽進行特征分析實驗 方
4D組學新時代！更精確的磷酸化修飾組學
離子淌度分離概念的引入使得蛋白質組學進入了4D新時代。4D蛋白質組學是在3D分離即保留時間（retention time）、質荷比（m/z）、離子強度（intensity）這三個維度的基礎之上增加了第四個維度，離子淌度（mobility）的分離（圖1），進而大幅度的提高掃描速度和檢測靈敏度，帶來蛋白
解析糖基化修飾及位點分析
經常聽到糖基化修飾，今天帶大家一探究竟。什么是糖基化修飾呢？糖基化是在糖基轉移酶的控制下，蛋白質或脂質附加上糖類的過程，發生于內質網和高爾基體。糖基化修飾是一類非常重要的翻譯后修飾，大部分膜蛋白和分泌蛋白均為糖蛋白，糖基化修飾不僅影響蛋白質的空間構象、活性、運輸和定位，同時在信號轉導、分子識別，