同濟大學田志新：N糖基化蛋白質組學|WeOmicsG17
“Westlake Proteomics Series” (WeOmics)系列研討會 由西湖大學Guomics實驗室，西湖實驗室iMarker實驗室，CN-HUPO，The Proteomic Navigator of the Human Body (π-HuB) Project共同舉辦，并由西湖歐米承辦，SCIEX協辦。 本期研討會主題：N-糖基化蛋白質組學 直播時間：2023年1月4日（周三）7:00-8:30 PM 報告專家： 田志新，同濟大學，教授 報告題目： Mass Spectrometry-based Structure-specific N-glycoproteomics 基于質譜的結構特異性N-糖基化蛋白質組學 討論嘉賓： 孫士生，西北大學 教授 封曉曉，復旦大學 博士生（師從陸豪杰教授） 張程，西湖大學 Guomics實驗室博士后研究員 郭天南，西湖大學 特聘研究員 陳晨（主持......閱讀全文
植物蛋白質組學和糖基化實驗
實驗材料鏈霉親和素-過氧化物酶 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? 牛胰核糖核酸酶 B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
植物蛋白質組學和糖基化（一）
?1. 前言與其他真核細胞一樣，植物細胞中，糖基化通常發生在分泌蛋白質上，雖然在細胞質蛋白和核蛋白上也發現一些糖基化反應。根據寡糖部分和蛋白質骨架之間的連接方式，可將糖基化分為兩種類型：N -糖基化和 O-糖基化。植物中 N-糖基化研究最多。1.1 N-糖基化與其他真核細胞一樣，在植物細胞中，N-糖
植物蛋白質組學和糖基化（二）
4. 注釋( 1 ) 每個實驗均使用新鮮的 3 mol/L 甲醇- HCl 和硅烷化試劑。( 2 ) 要仔細識別蛋白質印跡，因為 WGA 既能識別 N-糖苷的 GlcNAc，也能識別 O-GlcNAc。( 3 ) 用于在硝酸纖維素印跡膜上封閉結合位點的溶液應避免糖蛋白污染。所以我們建議在這一步驟中使
植物蛋白質組學和糖基化實驗（四）
3.3 我的糖基化蛋白在哪實驗人員可通過這個方法獲得關于糖苷在蛋白骨架上的分布及糖苷本身的結構信息。這類實驗可在純化的糖蛋白或者從 1D 或 2D 電泳膠上分離出來的蛋白上進行，首先，用蛋白內切酶消化蛋白質，通過高效液相色譜（HPLC) 分離消化后的肽和糖肽混合物。對含有糖苷的收集組分進行糖
植物蛋白質組學和糖基化實驗1
實驗材料鏈霉親和素-過氧化物酶牛胰核糖核酸酶 B甲基比喃甘露糖苷卵清白蛋白試劑、試劑盒DIG 糖鏈檢測試劑TTBS 緩沖液Lectin- biotinTBS 緩沖液實驗步驟3.1 這個蛋白質是糖蛋白嗎只有一種方法能全面的回答“這個蛋白質是糖蛋白嗎?”這個問題。這需要使用能檢測并定量印記上糖蛋白的總糖
植物蛋白質組學和糖基化實驗（二）
刀豆球蛋白 A (ConA)- 過氧化物酶方法（根據參考文獻 20 修改的方法)。( 1 ) 通過 1D 或 2D 電泳分離，并轉移到硝酸纖維素膜上。( 2 ) 用 TTBS 緩沖液浸泡印跡膜 1 h。( 3 ) 將印跡膜在含有 ConA ( 25 μg/ml）的 TTBS 緩沖液中，室溫下溫育 2
植物蛋白質組學和糖基化實驗2
3. 糖基釋放后的蛋白質分析1 ) 糖基釋放的化學處理方法還原性氨化反可應選擇性的解離糖蛋白上的 O-糖苷（見注釋 10) 。去糖基化的蛋白用 1D SDS-PAGE 分析，將其遷移情況與其糖基化形式的蛋白進行比較，電泳遷移率的增加是 O-連糖苷出現在蛋白上的證據（見注釋 11)。( 1 ) 將 1
植物蛋白質組學和糖基化實驗（五）
1. 含高甘露糖型 N-糖苷糖蛋白的鑒定本方法是我們實驗室以油菜籽為實驗材料建立的，本方法也適用于其他植物材料。( 1 ) 將 6 g 植物材料放入 4°C 預冷的研缽中，加入 50 ml 預冷的 TBS 緩沖液，研磨萃取蛋白質（見注釋 13)，接著 10000 g 離心萃取物 30 min，去
植物蛋白質組學和糖基化實驗（一）
實驗材料?鏈霉親和素-過氧化物酶牛胰核糖核酸酶 B甲基比喃甘露糖苷卵清白蛋白試劑、試劑盒?DIG 糖鏈檢測試劑TTBS 緩沖液Lectin- biotinTBS 緩沖液實驗步驟 3.1 這個蛋白質是糖蛋白嗎只有一種方法能全面的回答“這個蛋白質是糖蛋白嗎?”這個問題。這需要使用能檢測并定量印記上糖蛋白
植物蛋白質組學和糖基化實驗（三）
3. 糖基釋放后的蛋白質分析1 ) 糖基釋放的化學處理方法還原性氨化反可應選擇性的解離糖蛋白上的 O-糖苷（見注釋 10) 。去糖基化的蛋白用 1D SDS-PAGE 分析，將其遷移情況與其糖基化形式的蛋白進行比較，電泳遷移率的增加是 O-連糖苷出現在蛋白上的證據（見注釋 11)。( 1 ) 將 1
同濟大學田志新：N-糖基化蛋白質組學 | WeOmics-G17
“Westlake Proteomics Series” (WeOmics)系列研討會 由西湖大學Guomics實驗室，西湖實驗室iMarker實驗室，CN-HUPO，The Proteomic Navigator of the Human Body (π-HuB) Project共同舉辦，并由
甜蜜而富有挑戰性的糖基化蛋白質組學研究
寫在前面的話：對于研究糖基化蛋白質組學的學者們來講，很多人喜歡用sweet這個詞來形容自己的研究課題。我個人也很喜歡這個單詞，這是一個讓人感到幸福而溫暖的詞語，會讓你對你的課題充滿了愛意。但回頭想想，當初懵懵懂懂讀到研究生，誤打誤撞進入蛋白質組學圈，好像也就是隨大流的主動抑或是被動選擇了博士階
第二屆西湖臨床質譜研討會 探討臨床蛋白質組學
Progresses and Perspectives of?Mass Spectrometry-based?Clinical Proteomics 基于質譜的臨床蛋白質組學的研究進展與展望聯合主席：Steve Pennington 賀福初 郭天南主辦單位：西湖大學 CNHUPO HUPO會議
蛋白質組與蛋白質組學簡介-2
3 甲基化干擾實驗用來檢測蛋白質的結合位點。甲基化修飾的DNA探針可以干擾蛋白質的結合。結合位點上未被修飾的DNA片段才能與蛋白結合，然后將DNA從被修飾的堿基處切割，電泳分離，結合蛋白的DNA在結合位點上不能被修飾，不能切斷，可確定結合位點的位置。 4 Dnase I 足紋分析 蛋白
蛋白質組與蛋白質組學簡介-1
一、蛋白質組概念：一個細胞、一個組織或一個機體全部基因所表達的全部蛋白質。 二、蛋白質組學研究范疇 1.蛋白質和蛋白質間 2.蛋白質和核酸之間 3.蛋白質及其組成質點的分離、分析、鑒定 4.蛋白質結構分析 5.生理、病理或不同發育狀態下蛋白質組表
最先進的蛋白質組學實驗室建立
賽默飛世爾科技公司與英國癌癥研究院合作建立最先進的蛋白質組學實驗室 2009年7月20號，英國赫默爾亨普斯特德—服務科技，世界領先的賽默飛世爾科技公司在英國的癌癥研究院(ICR)宣布一項整合生物網絡的合作。癌癥研究院是世界上新型、先進的蛋白質組學實驗室，配有完整的Thermo Scientif
蛋白質組，蛋白質組學及研究技術路線
基因組(genome)包含的遺傳信息經轉錄產生mRNA，一個細胞在特定生理或病理狀態下表達的所有種類的mRNA稱為轉錄子組(transcriptome)。很顯然，不同細胞在不同生理或病理狀態下轉錄子組包含的mRNA的種類不盡相同。mRNA經翻譯產生蛋白質，一個細胞在特定生理或病理狀態下表達的所有種類
蛋白質組，蛋白質組學及研究技術路線
基因組(genome)包含的遺傳信息經轉錄產生mRNA，一個細胞在特定生理或病理狀態下表達的所有種類的mRNA稱為轉錄子組(transcriptome)。很顯然，不同細胞在不同生理或病理狀態下轉錄子組包含的mRNA的種類不盡相同。mRNA經翻譯產生蛋白質，一個細胞在特定生理或病理狀態下表達的所有種類
蛋白質組學研究技術
可以說，蛋白質組學的發展既是技術所推動的也是受技術限制的。蛋白質組學研究成功與否，很大程度上取決于其技術方法水平的高低。蛋白質研究技術遠比基因技術復雜和困難。不僅氨基酸殘基種類遠多于核苷酸殘基（20/ 4）， 而且蛋白質有著復雜的翻譯后修飾，如磷酸化和糖基化等，給分離和分析蛋白質帶來很多困難。此外，
什么是蛋白質組學
(Marc Wilkins（1994))A study of proteome using the technologies of large-scale protein separation, identification and quantitation.The study of protein
什么是蛋白質組學
這個概念最早是在1995年提出的，它在本質上指的是在大規模水平上研究蛋白質的特征，包括蛋白質的表達水平，翻譯后的修飾，蛋白與蛋白相互作用等，由此獲得蛋白質水平上的關于疾病發生，細胞代謝等過程的整體而全面的認識。目前，在蛋白質功能方面的研究是極其缺乏的。大部分通過基因組測序而新發現的基因編碼的蛋白質的
什么是蛋白質組學
這個概念最早是在1995年提出的，它在本質上指的是在大規模水平上研究蛋白質的特征，包括蛋白質的表達水平，翻譯后的修飾，蛋白與蛋白相互作用等，由此獲得蛋白質水平上的關于疾病發生，細胞代謝等過程的整體而全面的認識。目前，在蛋白質功能方面的研究是極其缺乏的。大部分通過基因組測序而新發現的基因編碼的蛋白質的
蛋白質組學+AI技術
人們在吞咽的時候，頸部有個器官會隨著吞咽動作上下活動，它就是甲狀腺。西湖歐米有望實現臨床轉化的第一個項目，就是基于蛋白質標志物的甲狀腺結節的良惡性診斷。甲狀腺很小，但它影響到五臟六腑。數據顯示，每5個成年人中就可能有1人患有甲狀腺結節。其中，約60%的甲狀腺結節都是良性的。但有10%的結節是惡性的，
什么是蛋白質組學
這個概念最早是在1995年提出的，它在本質上指的是在大規模水平上研究蛋白質的特征，包括蛋白質的表達水平，翻譯后的修飾，蛋白與蛋白相互作用等，由此獲得蛋白質水平上的關于疾病發生，細胞代謝等過程的整體而全面的認識。目前，在蛋白質功能方面的研究是極其缺乏的。大部分通過基因組測序而新發現的基因編碼的蛋白質的
楊福全、付巖團隊在人血清N-鏈接糖基化蛋白質組學獲進展
2月29日，國際蛋白質組學期刊Molecular & Cellular Proteomics 在線發表了由中國科學院生物物理研究所研究員楊福全團隊和中國科學院數學與系統科學研究院副研究員付巖團隊在人血清N-鏈接糖基化蛋白質組學研究中所取得的進展“Large-scale Identificatio
蛋白質組學國家重點實驗室驗收會召開
蛋白質組學國家重點實驗室建設驗收會在京順利召開 2009年6月23日，科技部基礎研究管理中心在北京組織召開蛋白質組學國家重點實驗室(軍事醫學科學院)的驗收會議。實驗室驗收專家組由9位國內知名專家組成，組長為中國醫學科學院的沈巖院士。科技部基礎研究管理中心劉燕美副主任，總后勤部衛生部科訓局黃
定量蛋白質組學的誕生
在現代研究技術，如熒光顯微鏡，流式細胞儀和蛋白質芯片技術中，抗體仍然扮演著非常重要的角色。但依賴于抗體的蛋白質檢測存在一些缺點，其中最大的限制就是，抗體的可用性和質量差別很大。一些大規模項目，比如人類蛋白質圖譜（Human Protein Atlas），Antibodypedia，以及美國NIH
蛋白質組學-質譜分析
Proteomics Primer1. Proteomics2. 2-D PAGE3. Immobilised pH gradients (IPGs)4. Mass spectrometry5. Principles of mass spectrometry6. Matrix assisted la
蛋白質組學入門問題集錦
1 ． HPLC 靈敏度不夠的主要原因及解決辦法 樣品量不足：解決辦法為增加樣品量 樣品未從柱子中流出：可根據樣品的化學性質改變流動相或柱子 樣品與檢測器不匹配：根據樣品化學性質調整波長或改換檢測器 檢測器衰減太多：調整衰減即可。 檢測器時間常數太大：解決
定量蛋白質組學方法分類
1 背景和意義從生命活動的直接執行者——蛋白質的角度研究生命現象和規律（特別是疾病防治和病理研究）已成為研究生命科學的主要手段。而這些研究往往離不開對細胞、組織或器官中含有蛋白質種類和表達量的研究。對處不同時期、不同條件下蛋白質表達水平變化的研究，識別功能模塊和路徑，監控疾病的生物標志物，這些研究都