科研家提出環形RNA全長轉錄本解析技術
近日,中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-實驗手冊》(Nature Protocols)上,發表了題為Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究論文,建立了環形RNA全長轉錄本解析和高效挖掘的技術體系。近年的研究表明,環形RNA在真核生物體內具有廣泛的生物學功能。環形RNA序列與線性RNA相似度高,因此如何高效鑒定環形RNA特有的外顯子結構,是環形RNA研究中的重要問題。針對這一問題,趙方慶團隊前期提出了CIRI-AS算法(基于BSJ讀段對比結果對環形RNA內部可變剪接結構進行識別)。后續研究開發了CIRI-full算法(通過識別雙端250bp測序數據中反向重疊區特征,對500bp以內的環形RNA進行全長重構)。由于上述方法主要基于短讀長測序技術,難以對長度500bp以上的環形RNA的全長序列進行有效識別。在此......閱讀全文
組織/細胞RNA快速提取
?操作步驟:(實驗前請先閱讀注意事項)提示:??第一次使用前請先在漂洗液RW瓶和70%乙醇瓶中加入指定量無水乙醇!??操作前在裂解液RLT中加入β-巰基乙醇至終濃度1%,如1 ml RLT 中加入10μl β-巰基乙醇。此裂解液最好現用現配。配好的RLT 4℃可放置一個月。1.?組織培養細胞a.?收
組織RNA提取方法介紹
1. 最好新鮮組織,這樣RNA提取的效果比較好,這是肯定的。2. 如果不是新鮮的(最好在半年之內,-80℃或者液氮中凍存的)組織,注意不要反復凍融,從冰凍狀態拿到0~4℃,注意不要拿到常溫,待組織解凍后,用DEPC泡過的剪刀剪一小塊組織,稱重后,放到預冷的勻漿器中,然后加入一定量的TRIZOL試劑,
純化RNA實驗——從組織中純化總RNA
實驗材料組織試劑、試劑盒RNA 抽提緩沖液氯仿實驗步驟1. 從動物取下組織,直接進行第 2 步或在液氮中快速冷凍新鮮解剖的組織。冷凍后的組織可以貯存在 -70℃。2. 組織(0.05~0.3 g)在 2.0 ml RNA 抽提緩沖液中勻漿。3. 每管加 200 μl 氯仿,混合均勻,冰浴 15 分鐘
RNA提取心得(組織RNA提取和培養細胞的RNA提取)
一.組織RNA提取 1.最好新鮮組織,這樣RNA提取的效果比較好,這是肯定的。 2. 如果不是新鮮的(最好在半年之內,-80℃或者液氮中凍存的)組織,注意不要反復凍融,從冰凍狀態拿到0-4℃,注意不要拿到常溫,待組織解凍后,用 DEPC泡過的剪刀剪一小塊組織,稱重后,放到預冷的勻漿器中,然后
動物組織RNA提取及純化
實驗概要提取樣品組織中的RNA并消除DNA污染實驗原理Trizol裂解細胞使RNA釋放beta巰基乙醇一直RNase活性酚-氯仿抽提分離RNARNase-Free DNase消除DNA污染主要試劑Trizol無水乙醇氯仿(三氯甲烷)異丙醇RQ1 RNase-Free DNase(Promega,M6
組織和細胞RNA的制備
一、?組織和細胞總RNA提取:異硫氰酸胍法(一)試劑準備1.CSB緩沖液:42mM檸檬酸鈉;0.83% N-lauryl sarcosine(十二烷基,N甲基甘氨酸鈉);0.2 mM β-巰基乙醇。2.變性液:異硫氰酸胍(終濃度?4 M)25g、CSB緩沖液 33ml,混合直至完全溶解,可在65℃助
植物組織總RNA的提取
實驗概要由于RNA分子的結構特點,容易受RNA酶的攻擊反應而降解,加上RNA酶極為穩定且廣泛存在,因而在提取過程中要嚴格防止RNA酶的污染,并設法抑制其活性,這是本實驗成敗的關鍵。所有的組織中均存在RNA酶,人的皮膚、手指、試劑、容器等均可能被污染,因此全部實驗過程中均需戴手套操作并經常更換(使用一
Hela細胞的特點
· 可以連續傳代; · 細胞株不會衰老致死,并可以無限分裂下去; · 此細胞系跟其它 癌細胞相比,增殖異常迅速; · 感染性極強。
Hela細胞的介紹
是生物學與醫學研究中使用的一種細胞,源自一位美國婦女海莉耶塔?拉克斯(Henrietta Lacks)的子宮頸癌細胞的細胞系。在醫學界海拉細胞被廣泛應用于腫瘤研究、生物實驗或者細胞培養,已經成為醫學研究中非常重要的工具。
Hela細胞的應用
Hela細胞系被George Gey分送給眾研究單位(并未通知拉克斯本人也未得到她的許可),并用作癌癥模式細胞(model cancer cells)研究。HeLa細胞系也被用作研究細胞信號傳導(cellular signal transduction)。 · 1952年研究人員用各種從 腮腺
hela細胞有幾種
海拉細胞系是源自一位美國黑人婦女海瑞塔?拉克斯(Henrietta Lacks)的宮頸癌細胞的細胞系。HeLa取于原患者海瑞塔·拉克斯的姓名前兩字母。1951年由G.O.Gey等人從她的腫瘤上取下組織樣本,并在實驗室中進行培養,至今仍被不間斷的培養。不同于其他一般的人類細胞,此細胞株不會衰老致死,并
hela細胞有幾種
海拉細胞系是源自一位美國黑人婦女海瑞塔?拉克斯(Henrietta Lacks)的宮頸癌細胞的細胞系。HeLa取于原患者海瑞塔·拉克斯的姓名前兩字母。1951年由G.O.Gey等人從她的腫瘤上取下組織樣本,并在實驗室中進行培養,至今仍被不間斷的培養。不同于其他一般的人類細胞,此細胞株不會衰老致死,并
概述組織激肽釋放酶對腦組織的保護作用
在人類,已證實組織激肽釋放酶分布在丘腦、下丘腦、腦灰質、腦干網狀結構的神經元和腺垂體細胞及脈絡叢細胞上。B2R在人星形神經膠質、少突膠質細胞、小膠質細胞、腦血管內皮細胞、大腦皮質、紋狀體、丘腦、下丘腦的神經元上都有表達。而B1R在丘腦、下丘腦的神經元和基底動脈中有表達。體外研究顯示人類B1R在血
概述組織激肽釋放酶對腦組織的保護作用
在人類,已證實組織激肽釋放酶分布在丘腦、下丘腦、腦灰質、腦干網狀結構的神經元和腺垂體細胞及脈絡叢細胞上。B2R在人星形神經膠質、少突膠質細胞、小膠質細胞、腦血管內皮細胞、大腦皮質、紋狀體、丘腦、下丘腦的神經元上都有表達。而B1R在丘腦、下丘腦的神經元和基底動脈中有表達。體外研究顯示人類B1R在血
CsCl法從組織中提取RNA
試劑、試劑盒 液氮 組織胍溶液 十二烷基肌氨酸鈉 CsCl 組織重懸液 乙酸鈉酚 氯仿 異戊醇 異戊醇 無水乙醇儀器、耗材 組織搗碎機 離心機實驗步驟 一 材料與設備1)液氮2)組織胍溶液:590.8 g 異硫氰酸胍溶于 400ulDEPC 處理的水中,加入 25 mmol/LTris-Cl(p
CsCl法從組織中提取RNA
? ? ? ? ? ? 試劑、試劑盒 液氮 組織胍溶液 十二烷基肌氨酸鈉 CsCl 組織重懸液 ? 乙酸鈉 酚 氯仿
提取動物關節軟骨組織總RNA
實驗目的???????研磨破碎軟骨組織(大鼠膝關節軟骨),提取其總RNA。?實驗原理???????充分磨碎軟骨樣品(大鼠膝關節軟骨),再用相關試劑提取其總RNA。?實驗材料和器具樣品:大鼠膝關節軟骨儀器:多樣品組織研磨儀(上海凈信,Tissuelyser-24)耗材:研磨罐(上海凈信,***ml),
用于提取RNA新鮮組織如何保存
市場上有一種非冰型RNA樣品保存液.有些公司叫RNAwait,或者還有別的名稱,你可以了解一下.很多公司都有的.非凍型組織細胞RNA保存液(RNAwait)是一種在較高溫度下保存動物組織及細胞RNA樣品的非凍型無毒溶液,它能迅速滲入細胞內,通過高效抑制RNase的活性而保存RNA的完整性。產品特點1
科學家精確重建老鼠腦組織
科學界可免費獲取到一小塊老鼠大腦組織的數字化重建結果。 花費6年將遠小于一滴汗珠的一小塊組織的結構拼湊起來——這或許看上去是一段很長的時間。不過,這正是由美國哈佛大學細胞生物學家Jeff Lichtman領導的團隊數字化重建一塊很小的老鼠腦部組織所花費的時間。 獲得的3D圖像是對
組織激肽釋放酶促進缺血腦組織的新生血管的生成
在外周血管病的病人和動物模型中顯示激肽釋放酶-激肽系統(KALLIKREINKININ SYSTEM ,KKS)上調,激肽釋放酶-激肽系統(KALLIKREINKININ SYSTEM ,KKS)在心肌/四肢缺血性疾病中的促進新生血管形成和抑制細胞凋亡中起重要作用。有理論認為,激肽通過增強血管形
常規組織樣本核酸(DNA/RNA)提取純化
20 分鐘內快速純化高品質,高產量,即用型 DNA(見圖 20)多種規格可選擇:Mini Kit 可處理 25 mg 組織,Micro Kit 可處理小于 10 mg 組織完全去除污染物和抑制劑可在 QIAcube 上進行自動化純化表1 QIAamp DNA Mini Kit純化各類樣本的核酸產量樣
FFPE組織樣品的DNA和RNA純化
福爾馬林固定后石蠟包埋的組織簡稱為FFPE樣品。將組織在 4–10% 的福爾馬林中迅速固定。 固定時間限制在 14–24 小時 (越長的固定時間將越容易導致DNA的片段化,對下游實驗不利)。將固定組織徹底脫水 (徹底脫去福爾馬林殘余,因為其阻礙蛋白酶K的作用)。 純化DNA時,使用新鮮從石蠟塊上切下
2.1.6 CsCl法從組織中提取RNA
由于一些組織(如胰臟和睥臟)含有高濃度的內源性 RNA 酶,因此純化源于組織的 RNA 須更加小心。試劑、試劑盒液氮組織胍溶液十二烷基肌氨酸鈉CsCl組織重懸液乙酸鈉酚氯仿異戊醇異戊醇無水乙醇儀器、耗材組織搗碎機離心機實驗步驟一 材料與設備1)液氮2)組織胍溶液:590.8 g 異硫氰酸胍溶于 40
植物組織RNA提取的要點與技巧
從植物組織中提取RNA 是進行植物分子生物學方面研究的必要前提。要進行Northern雜交分析,純化mRNA 以用于體外翻譯或建立cDNA文庫,RT-PCR及差示分析等分子生物學研究,都需要高質量的RNA 。因此,從植物組織中提取純度高、完整性好的RNA 是順利進行上述研究的關鍵所在。從文獻報道上看
TRIzol法提取組織和細胞總RNA
(一)試劑準備1 . TRIzol 試劑。2 .氯仿3 .異丙醇4 . 75% 乙醇( DEPC H2O 配制)5 . DEPC H2O (二)操作步驟 1 . 樣品處理: (1)培養細胞:收獲細胞 1-5×10 7 ,移入 1.5ml 離心管中,加入 1ml Trizol ,混勻,室溫
植物組織RNA提取的難點及對策
植物組織RNA提取的難點及對策 從植物組織中提取RNA是進行植物分子生物學方面研究的必要前提。要進行Northern雜交分析,純化mRNA以用于體外翻譯或建立cDNA文庫,RT-PCR及差示分析等分子生物學研究,都需要高質量的RNA。因此,從植物組織中提取純度高、完整性好的RNA是順利進行上述研究
森林腦炎的病因有哪些?
森林腦炎病原體屬披膜病毒科,黃病毒屬蜱傳腦炎病毒。蜱傳腦炎病毒遠東亞型,這是一種嗜神經性病毒。本病毒可以從患者腦組織中分離,用酚與乙醚處理后提取的RNA有傳染性。病毒接種恒河猴、綿羊、山羊、野鼠腦內可引起腦炎,該病毒能夠在雞胚中繁殖,卵黃囊接種或絨毛尿囊膜接種病毒能繁殖,也能在人胚腎細胞、鼠胚細
最新PNAS:手機輻射對腦組織的影響
關于手機是否會影響健康的爭論其實一直都未真正停止過,論辯雙方似乎也都有著確鑿的證據。一方認為,手機輻射會損害人體健康,尤其以大腦和眼睛為甚;而另一方則聲稱,根據流行病學研究,目前沒有任何可靠的證據能夠證明手機或基站輻射會對人體健康產生影響。 最近一組研究人員研發了一種新型非侵入式技術,能測
涂層納米珠可向腦組織深處遞藥
眾所周知,腦部疾病很難治療。據物理學家組織網近日報道,約翰?霍普金斯大學研究人員報告稱,他們對運載藥物的納米粒子進行了改良,使其能按照預期,安全定量地滲透到腦組織深處。研究人員指出,這一改進在制造靈活藥物遞送系統、克服腦癌及其他器官疾病障礙方面邁進了一大步。相關論文在線發表于《科學?轉化醫學》上
激活大腦免疫細胞可修復受損腦組織
據物理學家組織網近日報道,美國斯坦福大學醫學院的實驗證明,大腦關鍵“育種”細胞分泌的物質可以提高基于腦部對健康發揮至關重要作用的免疫細胞的數量和強度。這一發現為理解原位干細胞和干細胞移植如何改善大腦功能增加了一個新的視角。相關研究結果刊登在近日的《自然?神經科學》雜志在線版上。 帕洛?阿爾