細菌第六型分泌系統介導的殺細菌效應的新研究
2013年10月，著名的'細胞'雜志社(Cell Press)接收了來自南開大學生命科學院博士、哈佛大學醫學院博士后研究員傅暘博士的最新科研成果--"轉座子突變測序法霍亂弧菌腸道定殖必需基因研究以及由此揭示的宿主體內細菌第六型蛋白分泌系統介導的殺細菌作用的激活"，并作為12月主推高光文章發表于微生物學界頂級雜志"Cell Host & Microbe"上。 該項研究具有多項重大意義。首先，傅暘博士改進并創新了近年來流行的高通量轉座子突變測序技術，在新西蘭嬰兒兔--這個弧菌最新最強有力的動物模型中對霍亂弧菌幾乎全部基因進行了腸道定殖能力篩選，報道了多達400個對侵染增殖有重要作用的基因產物，其中接近80%為首次發現報道;第二，發現了雙核苷酸環化酶DncV和其調控蛋白VspR突變體可以顯著影響霍亂弧菌的趨化性進而影響反應原性;第三，系統闡述了多種宿主體內選擇壓力如膽酸、無氧及微氧環境、營養條件豐富度對細菌侵......閱讀全文
DNA測序抑制超級細菌傳播
超級細菌的暴發困擾著英國劍橋市新生兒特殊護理病房的醫護人員。在基因測序的幫助下，去年以來持續數月的困境終于結束了。刊登在近期出版的《柳葉刀―傳染病》上的一份研究報告稱，科學家首次測序了病原體基因，以便積極控制進行中的超級細菌暴發。 英國劍橋大學的臨床微生物學家Sharon Peacoc
深度測序發現細菌中存在大量msRNAs
具有調控作用的非編碼小分子RNA，調控基因的表達，而microRNAs在真核生物中恰恰提供了一個最好的例子。然而，與真核生物microRNAs相同大小的細菌小RNAs卻鮮被關注。近日，韓國慶北國立大學的研究人員，對細菌中的msRNAs(microRNA-size, small RNAs)進行
基因測序是怎么判斷病毒或者細菌來源
目前以新冠病毒來解釋，首先病毒的體外活性，其實他與病毒的種類和體外環境因素有關。病毒的起源似乎并不一定與其體外失活有關。由于病毒不能形成化石，其復制機制復雜，因此研究病毒的起源非常困難。事實上，它們可以感染幾乎所有的生物，這使得問題更加復雜。一些病毒如皰疹病毒和單核細胞增多癥病毒與其宿主細胞的基因有
Sanger研究所測序3,000種危險細菌
對于人類而言，細菌扮演著多重角色，有時是親密的伙伴，有時是致命的敵人。英國著名的Wellcome Sanger研究所近日與Pacific Biosciences（PacBio）合作，測序了3,000多種細菌的基因組，其中包括一些世界上最危險的細菌。 這些細菌是由英國國家菌種保藏中心（NCTC
Y染色體完整測序或改善細菌DNA研究
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/9/507607.shtm
單分子測序助力細菌甲基化組的分析
New England Biolabs聯合Pacific Biosciences的研究人員利用PacBio RS系統對6種細菌基因組進行了重測序，不僅鑒定出細菌基因組中新的胞嘧啶和腺嘌呤甲基化位點，還鑒定出介導這些表觀遺傳學標志的甲基轉移酶。該研究成果近日發表在《Nucleic Acid
長讀測序發現高達20％的果蠅基因來自細菌
科學家芭芭拉·麥克林托克在20世紀40年代首次發現了“跳躍基因”，即那些可以在其他物種基因組內移動或轉移到其他物種基因組中的基因。然而，研究人員繼續發現它們在進化和健康中的重要性。在UMSOM和IGS的微生物學和免疫學教授Julie Dunning Hotopp博士的帶領下，IGS的研究人員使用了新
Nature子刊：新測序技術揭示細菌多樣性
斯坦福大學的研究人員首次將一種新測序技術用于人類腸道微生物組，揭示了驚人的細菌多樣性。這項研究發表在十二月十四日的Nature Biotechnology雜志上。 “這些細菌在遺傳學上比我們想象的更加多樣化，”文章資深作者Michael Snyder教授說。人類個體之間只有千分之一的基因組序列
ATM機器究竟暗藏多少細菌？讓RNA測序來告訴你
比起在銀行柜臺排隊取錢，使用自動柜員機（ATM）算是一種非常便捷的方式。不過，大家要小心，ATM可是暗藏了不少的細菌。近日，紐約大學的研究人員對紐約市多臺ATM鍵盤上的細菌和真菌進行測序分析，發現了一系列微生物代表，不過總體多樣性較低。 紐約大學的Maria Gloria Dominguez-
Genome－Res：全基因組測序追蹤耐藥細菌傳播機制
耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）是一種常見的引發院內感染的致病菌，其也是資源不足醫院感染的一大負擔，此前當資源較好的臨床機構運用全基因組測序來追蹤MRSA的擴散時，針對有限的感染控制的傳播動力學常常并不清楚，近日，來自劍橋大學的研究人員就利用全基因組測序的技術揭示了高傳播率的資源受限醫院中M
通過高通量測序分析細菌群落分布－提供文物保護新思路
2月7日，中國科學技術大學科技史與科技考古系龔德才教授團隊在國際期刊《Scientific Reports》發表學術論文，題為《考古發掘前墓葬環境研究新視角：通過高通量測序分析細菌群落分布》（A new perspective on studying burial environment bef
測序結果能知道各個細菌種類的含量分別是多少嗎
測序分為一代測序和二代測序（兩者差別，一代測序準確性高，通量低，二代測序通量高）一般確定各個細菌種類的含量，專業上講叫種群豐度一般觀察這種豐度細菌是通過16S rDNA的高變區V區來確定物種一代測序是通過PCR來擴增出特定V區，進行克隆后，一代測序進而分析，但是克隆挑選的數目對豐度的準確評估有很大影
DNA測序PCR測序反應
1. 取0.2 ml的PCR管，用記號筆編號，將管插在顆粒冰中，按下表加試劑： 所加試劑 測定模板管 標準對照管 BigDye Mix 1 μl 1 μl 待測的質粒DNA 1 μl － pGEM-3Zf (+) 雙鏈DNA － 1 μl 待測DNA的正向引物 1 μl － M13(
DNA測序的測序原理
DNA測序的測序原理是：利用一種DNA聚合酶來延伸結合在待定序列模板上的引物。直到摻入一種鏈終止核苷酸為止。每一次序列測定由一套四個單獨的反應構成，每個反應含有所有四種脫氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一種不同的雙脫氧核苷三磷酸。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基團，使延長的寡聚核苷酸
DNA測序的測序技術
高通量測序技術（High-throughput sequencing）又稱“下一代”測序技術（Next-generation sequencing technology），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。根據發展歷史、影響力、測序原理和技術不同等，主要有以
中科院“細菌全基因組測序及分析”取得階段性成果
中科院北京基因組研究所的胡松年研究員和浙江大學醫學院附屬二院的胡訊教授合作研究的項目“細菌Phenylobacterium zucineum全基因組測序及分析”取得階段性成果，相關論文發表在今年第9期的BMC Genomics上。 P.zucineum是合作方從K562細胞系中分離到的兼性細菌。系
Sanger采用SMRT測序技術獲得－NCTC－3,000株細菌基因組圖譜
英國著名的Wellcome Sanger研究所與Pacific Biosciences（PacBio）合作已完成了對英國公共衛生部國家標準菌庫NCTC中 3,000多株細菌的基因組的測序工作，其中包括一些世界上最危險的細菌，如引起鼠疫、痢疾和霍亂的細菌。通過解碼DNA，研究人員能夠更好地了解細菌
二代測序的焦磷酸測序，合成法測序，連接法測序和離子半導體測序原理
不同的二代測序平臺的區別主要體現在測序反應的技術上，這些差別可以分為4類： 焦磷酸測序，合成法測序，連接法測序和離子半導體測序。焦磷酸測序 在焦磷酸測序中，測序反應通過每個核苷酸結合過程中釋放的焦磷酸來調控。釋放的焦磷酸參與了一系列化學反應從而導致鏈光的產生。發出的光由記錄基因蔟相應序列的相
簡述DNA測序的測序規律
生成互相獨立的若干組帶放射性標記的寡核苷酸，每組寡核苷酸都有固定的起點，但卻隨機終止于特定的一種或者多種殘基上。 由于DNA上的每一個堿基出現在可變終止端的機會均等，因此上述每一組產物都是一些寡核苷酸混合物，這些寡核苷酸的長度由某一種特定堿基在原DNA全片段上的位置所決定。 在可以區分長度僅
DNA測序的測序目的
確定重組DNA的方向與結構，對突變進行定位、鑒定和比較研究。
DNA測序技術的測序規律
生成互相獨立的若干組帶放射性標記的寡核苷酸，每組寡核苷酸都有固定的起點，但卻隨機終止于特定的一種或者多種殘基上。由于DNA上的每一個堿基出現在可變終止端的機會均等，因此上述每一組產物都是一些寡核苷酸混合物，這些寡核苷酸的長度由某一種特定堿基在原DNA全片段上的位置所決定。在可以區分長度僅差一個核苷酸
DNA測序的測序原理介紹
化學修飾法測序原理 化學試劑處理末段DNA片段，造成堿基的特異性切割，產生一組具有各種不同長度的DNA鏈的反應混合物，經凝膠電泳分離。化學切割反應：包括堿基的修飾，修飾的堿基從其糖環上轉移出去在失去堿基的糖環處DNA斷裂。 Sanger法測序的原理 就是利用一種DNA聚合酶來延伸結合在待定
DNA測序儀pcr測序反應
pcr測序反應 (1) 取0.2ml的pcr管，用記號筆編號，將管插在顆粒冰中，按下表加試劑： 所加試劑 測定模板管 標準對照管 bigdye mix 1μl 1μl 待測的質粒dna 1μl － pgem-3zf (+) 雙鏈dna － 1μl 待測dna的正向引物 1μl －
DNA測序技術的測序原理
化學修飾法測序原理化學試劑處理末段DNA片段，造成堿基的特異性切割，產生一組具有各種不同長度的DNA鏈的反應混合物，經凝膠電泳分離。化學切割反應：包括堿基的修飾，修飾的堿基從其糖環上轉移出去在失去堿基的糖環處DNA斷裂。Sanger法測序的原理就是利用一種DNA聚合酶來延伸結合在待定序列模板上的引物
DNA測序——自動測序法
DNA測序可用于：（1）測定未知序列；（2）確定重組DNA的方向與結構；（3）對突變進行定位和鑒定比較研究。實驗方法原理ABI ?PRISM 310型基因分析儀(即DNA測序儀)，采用毛細管電泳技術取代傳統的聚丙烯酰胺平板電泳，應用該公司ZL的四色熒光染料標記的ddNTP(標記終止物法)，因此通過單
DNA測序儀：454測序儀
454測序儀的出現極大促進了測序業務的開展，科研人員已經將測序技術作為解決科研工作中許多常見 問題的利器。這是因為454測序儀在以下幾個方面取得了質的突破：首先是解決了高通量測序問題；其次它簡 化了樣品準備步驟，將以往轉化大腸桿菌擴增質粒的繁瑣過程全部用簡單的體外PCR擴增法替代了；最后， 它縮小了
《基因組生物學》：一種超級細菌的基因組測序完成
最近，英國桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute）和布里斯托爾大學的研究者們共同完成了一種名為Steno的超級細菌的基因測序工作，研究結果顯示，這是一種具有顯著抗藥性的生物體。對這種細菌基因組的了解將有助于研究者們發現如何應對這種具有獨特抗藥性的生物體。這一研究論
－Illumina和梅里埃合作推出細菌性感染全基因組測序服務
抵御抗生素耐藥性意味著臨床醫生們需要小型工具來鑒別出哪種感染是細菌性的，以及引發感染的細菌種類，同時還要揭示出這些細菌對于多種抗生素是否是敏感性的。近日，Illumina公司和生物梅里埃公司（bioMerieux）就通過聯合研究推出了一項全基因組測序服務，目的在于改善醫源性感染的控制和流行病學的
雙脫氧法DNA測序實驗——測序酶進行標記測序反應
在基本的雙晩氧測序反應中，寡核苷酸引物退火于單鏈DNA摸板，在4種脫氧核糖核酸三磷酸存在時，引物為DNA聚合酶所延伸。反應混合物中也含有4種雙脫氧核糖核苷三磷酸的其中一種，當它摻入到DNA的生長鏈時，可終止鏈的延伸。實驗材料DNA試劑、試劑盒寡核苷酸引物測序酶終止混合液測序酶緩沖液焦磷酸酶混合液儀器
解碼“基因組學之父”桑格：測序，測序，測序
“桑格當之無愧地被稱為‘基因組學之父’，他的工作為人類讀取和理解基因代碼奠定了基礎，徹底變革了生物學并極大促進了當今的醫學發展。”、 有一天，65歲的英國生物化學家弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)突然停下手中的試驗，轉身走出實驗室，宣布自己正式退休。那一年是1983