單分子測序輕松升級參考基因組
現代基因組學的最大需求之一，就是得到人類和模式生物的高質量完成基因組。目前，人們利用二代測序技術對越來越多的物種(從原核生物到真核生物)進行了基因組測序，取得了許多重要的研究成果。 不過大部分物種的基因組還中存在有大量的缺口gap，就目前的數據來說，各種已測序物種的基因組中缺口gap所占的百分比從1.3%至13%不等。這是由于二代測序技術生成的片段短，而過短的測序片段無法跨越高度重復和高GC含量的基因組區域。大量的基因組空白區域中可能存在有重要的生物學功能信息，如果無法補齊這些缺口，不僅不能獲得完整的基因組物理結構圖，還會給基因組信息的解讀造成不小的困難。目前人們主要使用步進PCR結合Sanger測序或者illumina/454 Pair-end測序數據來填充空白區域，但是這些方法費時費力，成本高，填充效率低，無法從根本上解決問題。 美國Baylor醫學院的Richard Gibbs團隊正在進行一項重要研......閱讀全文
測序牛人發布蛋白單分子測序技術
人類生命的藍圖是三十億堿基對組成的人類基因組。而DNA編碼的蛋白質是幾乎所有生命過程的主要執行者。 現在，美國亞利桑納州立大學Biodesign研究所的Stuart Lindsay及其同事，在納米孔DNA測序技術的基礎上，開發了能夠精確鑒定氨基酸的蛋白單分子測序技術。這一技術不僅可以用
單分子測序：基因測序不再遙不可及
如果說二代測序的使命是使成本降低到1000美元/基因組的話，那么三代測序的使命就是使成本降低到100美元/基因組，進一步促進測序發展為臨床的常規檢測技術，在臨床診療上發揮更大的作用。 在年初的J.P.Morgan健康醫療大會上，美國基因測序公司Illumina宣布將創建一個新公司——Grail
單分子測序：基因測序不再遙不可及
在年初的J.P.Morgan健康醫療大會上，美國基因測序公司Illumina宣布將創建一個新公司——Grail，致力于開發一種不超過1000美元的血液檢測，用于多類型癌癥的早期篩查。這種腫瘤DNA測序的主要目的是在無癥狀的個體中診斷各種各樣的癌癥，從而實現提前預防或治療。 隨著技術的不斷進步，
單分子測序：基因測序不再遙不可及
如果說二代測序的使命是使成本降低到1000美元/基因組的話，那么三代測序的使命就是使成本降低到100美元/基因組，進一步促進測序發展為臨床的常規檢測技術，在臨床診療上發揮更大的作用。在年初的J.P.Morgan健康醫療大會上，美國基因測序公司Illumina宣布將創建一個新公司——Grail，致力于
全新測序技術利弊比較之單分子測序
在去年召開的美國微生物學會上，來自明斯特大學的醫學微生物學家Dag Harmsen開始聽到了有關德國大腸桿菌疫情爆發的傳言，這場疫情首先在德國北部地區爆發，感染了至少4000人，奪去了超過50人的生命(德國范圍內)，在德國以外的歐洲地區也發現了76名患者。 Harmsen教授在這場疫情
PacBio單分子測序最新科研動態
DNA基因測序技術從上世紀70年代起，歷經三代技術后，目前已發展成為一項相對成熟的生物產業。測序技術的應用也擴展到了生物、醫學、制藥、健康、農林、園藝、花卉、環保、法醫等許多領域，并成為一項與我們衣食住行密切相關的高技術產業。據最新統計，2012年全球基因測序市場的產值已超過百億，按最近幾年增長速度
PacBio單分子測序最新科研動態
DNA基因測序技術從上世紀70年代起，歷經三代技術后，目前已發展成為一項相對成熟的生物產業。測序技術的應用也擴展到了生物、醫學、制藥、健康、農林、園藝、花卉、環保、法醫等許多領域，并成為一項與我們衣食住行密切相關的高技術產業。據最新統計，2012年全球基因測序市場的產值已超過百億，按最近幾年增長
單分子測序公司Nabsys被曝已關門
據美國媒體GoLocalProv報道，單分子DNA測序公司Nabsys已關門，它位于普羅維登斯的工廠已關閉。據其他媒體透露，Nabsys的電話無人接聽，發給公司各個官員的電子郵件也無人回復。 Nabsys的平臺使用固態納米檢測儀來分析單個DNA分子，揭示長距離內DNA序列的位置和身份，適合基因
單分子測序推動復雜動植物的研究
Pacific Biosciences公司近日風光無限，發布了新系統，帶動股價大漲。同時，它的單分子實時（SMRT）測序技術也助力了多個植物和動物基因組的研究。這些成果近期發表在多個期刊上，展現了SMRT測序的獨特魅力。 最新一期的《Nature》雜志發表了Oropetium thomaeum
Nature子刊：蛋白單分子測序技術問世
最近，美國學者在納米孔DNA測序技術的基礎上，開發了能夠精確鑒定氨基酸的蛋白單分子測序技術。這一技術不僅可以用來在臨床上測序蛋白質和檢測新生物指標，還有望給醫療領域帶來徹底的改變，在單分子水平上精確監控患者對治療的應答情況??????? 人類生命的藍圖是三十億堿基對組成的人類基因組。而DNA編碼的蛋
單分子測序輕松升級參考基因組
現代基因組學的最大需求之一，就是得到人類和模式生物的高質量完成基因組。目前，人們利用二代測序技術對越來越多的物種(從原核生物到真核生物)進行了基因組測序，取得了許多重要的研究成果。 不過大部分物種的基因組還中存在有大量的缺口gap，就目前的數據來說，各種已測序物種的基因組中缺口gap所占的
Nature子刊：單分子測序揭示鸚鵡模仿能力
研究團隊通過單分子測序揭示了鸚鵡基因組的特殊區域，并采用第二代測序技術對單分子測序數據進行了修正。文章發表在7月1日Nature Biotechnology雜志網站上。 如今單分子測序技術炙手可熱，這一新技術能生成超長的測序讀段，“能更容易拼裝基因組的復雜部分，”文章的共同作者Duke
5000bp！單分子測序讀長再次升級
PacBio RS單分子測序在發布時就以其超長的讀長引起研究者的極大興趣。在不到一年的時間里，隨著年初C2試劑的升級，Pacbio RS的平均讀長達到了3000bp，并迅速在測序的各個領域，特別是De novo中發揮了巨大的讀長優勢。Pacific Biosciences公司在11月6日
單分子實時測序技術的三大優勢
Biosciences的單分子實時測序技術(SMRT)因其出色的讀長而引人注目。然而，因通量較低，且一直被錯誤率高的流言所困擾，SMRT技術似乎有些被忽視。近日，幾位著名科學家在《Genome Biology》雜志上發表文章，試圖消除這些誤解，為SMRT正名。 這篇文章的通訊
第三代測序技術：PacBio單分子測序最新科研動態
DNA基因測序技術從上世紀70年代起，歷經三代技術后，目前已發展成為一項相對成熟的生物產業。測序技術的應用也擴展到了生物、醫學、制藥、健康、農林、園藝、花卉、環保、法醫等許多領域，并成為一項與我們衣食住行密切相關的高技術產業。據最新統計，2012年全球基因測序市場的產值已超過百億，按最近幾年增長
Nature子刊：新技術攻克單分子測序大問題
來自冷泉港實驗室(CSHL)的一位定量生物學家及同事們開發出了一種混合錯誤校正新方法攻克了單分子測序的重大問題，可將長讀(long reads)的準確度提高到99.9%。這一研究成果發布在7月1日的《自然生物技術》(Nature Biotechnology)雜志上。 領導這一研究的是冷
Cell：單分子測序揭示驚人的基因組重排
科學家們發現，生活在池塘里的單細胞生物Oxytricha trifallax有一種非凡的能力，它們能在交配時將DNA打碎并快速重排這些片段。這項研究發表在上一期的Cell雜志上。 Oxytricha的基因重排是一個非常精密的過程，“這是大自然早期一種的復雜化嘗試，”文章的資深作者，Prince
單分子測序助力細菌甲基化組的分析
New England Biolabs聯合Pacific Biosciences的研究人員利用PacBio RS系統對6種細菌基因組進行了重測序，不僅鑒定出細菌基因組中新的胞嘧啶和腺嘌呤甲基化位點，還鑒定出介導這些表觀遺傳學標志的甲基轉移酶。該研究成果近日發表在《Nucleic Acid
單分子測序改善微生物基因組組裝
美國國家生物防衛分析和反制中心的研究人員近日在《Genome Biology》上發表文章，介紹了SMRT技術在微生物基因組組裝上的應用。他們認為，單分子測序數據能降低測序費用，并帶來更多完整的基因組，改善微生物基因組數據庫的質量。 隨著測序費用的不斷下降，測序項目的數量也在不斷上升。G
Cell：單分子測序揭示驚人的基因組重排
科學家們發現，生活在池塘里的單細胞生物Oxytricha trifallax有一種非凡的能力，它們能在交配時將DNA打碎并快速重排這些片段。這項研究發表在上一期的Cell雜志上。 Oxytricha的基因重排是一個非常精密的過程，“這是大自然早期一種的復雜化嘗試，”文章的資深作者，Prince
《科學》：新型單分子DNA測序儀研制成功
新發現朝1000美元/人的宏偉基因組測序計劃邁近了堅實一步 美國Helicos BioSciences公司研究人員近日稱，他們開發出了一種新型的測序設備——單分子DNA測序儀(single-molecule DNA sequencers)。該儀器能夠“閱讀”單分子DNA的單個堿基。相關研究文章發表
－微滴單分子測序儀：設備成本僅1萬美金
今年年初，以劍橋大學為依托的Base4公司宣布他們成功利用微滴中包裹的核苷酸熒光級聯反應技術清楚的分辨出每個堿基的類型。 每一個核苷酸包裹在一個微滴中，每個微滴按照順序放在每個小的微孔中，大大的增加微孔的數量，即可進行大規模測序。去年該公司和日立公司進行合作，通過固態的納米系統直接讀取堿基產生
單分子測序揭示艾滋病毒可變剪切新模式
最新一期Nucleic Acids Research上發表了一篇利用PacBio單分子測序方法對HIV-1病毒轉錄組可變剪切模式的研究。HIV-1病毒是一種典型的RNA病毒，其基因組比目前已知的任何一種病毒基因組都復雜。HIV-1只有一個轉錄起始位點，卻有多種剪切異構體，是研究可變剪切的一種
單分子測序在腫瘤基因檢測中的6大應用
腫瘤是當今導致人類主要死亡的主要疾病之。由于其發病隱匿、治療方法局限、多數預后不良,且分子生物學特征復雜多變,因而腫瘤的預防、早期篩查與診斷、臨床治療、預后評估一直是臨床醫生致力于解決的關鍵問題。隨著現代醫學技術的發展,腫瘤已經進人了個體化治療階段。腫瘤的基因組轉錄組和表觀遺傳特征在探究腫瘤的發
測序技術再現新進展，已開發基于單分子測序平臺的單細胞多組學測序技術
單細胞多組學測序技術是指對一個單細胞同時檢測多個組學層面（例如基因組、表觀基因組和轉錄組）的測序技術。這類技術可以更系統、全面地探索細胞異質性以及同一個細胞內的不同組學層面之間的互動關系，有利于更深入地解析復雜的生理、病理過程中細胞類型特異性的分子調控機制1, 2。2019年，Nature Me
南方科技大學發布我國首個單分子測序儀樣機
在10月27日南方科技大學舉行的“基因組測序技術進展國際研討會”上，深圳市瀚海基因生物科技有限公司發布了其自主研發的單分子基因測序儀“GenoCare”原理樣機。據瀚海基因創始人兼CEO、南方科技大學副教授賀建奎介紹，這是亞洲首個具有自主知識產權、中國第一臺制成樣機的第三代測序儀。 與已應用于
PacBio單分子測序揭示丹參葉綠體DNA修飾的相互作用
2014年6月10日，中科院藥用植物研究所（IMPLAD）劉昶團隊在《PLOS ONE》雜志上發表了利用PacBio測序技術揭示丹參（Salvia miltiorrhiza）葉綠體DNA修飾之間復雜相互作用的相關文章，該文章報道了丹參葉綠體中編碼及非編碼RNA的表達情況。這也是國內PacBio第
第三代基因組測序儀實現單分子速讀
第三代基因組測序儀實現單分子速讀在上周末于美國佛羅里達州馬可島召開的“基因組生物學與技術進展大會”上，來自加利福尼亞門洛帕克市的太平洋生物科技公司介紹了其研制的第三代基因組測序儀，該測序儀實現了一次標記一個分子式的單分子速讀。研究人員指出，第三代測序儀的關鍵優勢是能夠對單個DNA（脫氧核糖核酸）分子
第三代基因組測序儀實現單分子速讀
第三代基因組測序儀實現單分子速讀在上周末于美國佛羅里達州馬可島召開的“基因組生物學與技術進展大會”上，來自加利福尼亞門洛帕克市的太平洋生物科技公司介紹了其研制的第三代基因組測序儀，該測序儀實現了一次標記一個分子式的單分子速讀。研究人員指出，第三代測序儀的關鍵優勢是能夠對單個DNA（脫氧核糖核酸）分子
第三代基因組測序儀實現單分子速讀
在上周末于美國佛羅里達州馬可島召開的“基因組生物學與技術進展大會”上，來自加利福尼亞門洛帕克市的太平洋生物科技公司介紹了其研制的第三代基因組測序儀，該測序儀實現了一次標記一個分子式的單分子速讀。研究人員指出，第三代測序儀的關鍵優勢是能夠對單個DNA（脫氧核糖核酸）分子進行測序，而目前市場上的主流測序