Nature：單細胞測序（下）
隨著技術的飛速發展，成本大大降低，使得基因組測序成為常規技術。然而，大多數的人類基因組、癌癥或其他仍然是通過從多個細胞中抽提DNA來進行測序，它所忽略的細胞間的差異對于控制基因表達、細胞行為和藥物反應卻有可能是至關重要的。 該研究小組也觀測了其他類型的乳腺癌。將腫瘤作為一個整體測序，研究小組在癌癥相關的基因中發現了6個突變。“這似乎是非常簡單的基因組，”Navin說。但是當他的研究小組對四個單細胞進行測序時，他們發現了“數以百計的其他突變，其中許多都是個別細胞獨特或‘專有’的。”除了腫瘤，他的研究小組還研究了一種在實驗室中培養的乳腺癌細胞系。這樣的細胞系中的細胞可能預計包含相同的基因組，然而在尚未公布的數據中，研究小組發現細胞與細胞之間存在大約1%的突變，涉及1.2-2萬個堿基對，當一同測序細胞時則無法檢測到這些變異。在兩項研究中，許多新發現突變存在于癌基因中，或是在預計破壞蛋白質功能的其他區域中。 冷泉港實驗室......閱讀全文
解析古老的單細胞基因組
單細胞的古細菌用肉眼根本看不到，甚至在使用顯微鏡時，也必須特別用心才能觀察到它們。近日由丹麥奧爾胡斯大學地質微生物學中心領導的一個國際研究人員小組，卻成功地從海底淤泥中獲得了四個古細菌細胞，并繪制出了每個細胞的基因組圖譜。這一突破性研究成果發表在著名的《自然》(Nature)雜志上。 “直
美研究人員首次合成人造單細胞生物
新華網華盛頓5月20日電 美國一個研究小組20日報告說，他們合成了一個人工基因組，并用它使一個被掏空的單細胞細菌“起死回生”。研究人員表示，這是第一個完全由人造基因指令控制的細胞，它向人造生命形式邁出了關鍵一步。 美國J?克雷格?文特爾研究所的研究人員在最新一期美國《科學》雜志上報告說
研究人員繪出蘋果基因組草圖
一個國際科研小組8月29日在英國《自然—遺傳學》（Nature Genetics）雜志上報告說，他們繪出了蘋果的基因組草圖，這將有助于從基因水平上分析蘋果性狀，培育更多蘋果新品種。 意大利、美國、新西蘭等國研究人員報告說，他們繪出的是廣受人們喜愛的“金冠蘋果”的基因組草圖。結果
單細胞的可靠全基因組擴增
目前多種新型分析技術，如新一代測序和芯片，都是為細胞群體而設計的，需要一定的樣本量。對于一些臨床或法醫樣本，如腫瘤細胞或循環胎兒細胞等，它們的細胞數量有限，直接限制了其下游應用。例如，在分析腫瘤細胞中的體細胞DNA突變或單個細菌基因組時，單細胞中的DNA無法滿足測序的mg級樣品量需求。為了從少量樣品
當宏基因組遇上單細胞測序
日前，科學家們通過宏基因組測序和單細胞測序鑒定了一類新細菌。 16S rRNA基因序列的保守性和普遍性，使其成為了微生物檢測和分類鑒定的強有力工具。這種方法為科學家們揭示了微生物群體的高度復雜性，但它還是有所遺漏。美國能源部聯合基因組研究所上周的一次會議上，研究者人員向人們展示了在四個溫泉樣本
單細胞基因組突變檢測新突破
愛因斯坦研究人員已經開發并驗證了一種準確識別單細胞基因組中突變的方法。這種新方法可以幫助預測癌癥是否將在看似健康的組織中發展，在今天的自然方法的在線版本中發表的論文中被描述。相應的作者是Lola和Saul Kramer分子遺傳學主席Jan Vijg博士。 在科學家可以分析單個細胞的基因組之前，
對瘧原蟲的單細胞基因組測序
美國圣安東尼奧，2014年5月8日——美國德克薩斯生物醫學研究所的科研人員和他們的同事開發出了一種分離單個瘧原蟲細胞然后對其基因組測序的新方法。這一進展將讓科學家能夠改進他們識別病人感染的多種類型的瘧原蟲的能力，而且還可帶來最佳的經設計的藥物何疫苗以應對這種主要的全球性殺手。瘧疾仍然是全世界最致
單細胞基因組擴增法的定量評估
近日， Nature出版集團旗下刊物Scientific Reports刊發南方科技大學副教授賀建奎課題組最新研究成果《單細胞基因組擴增法的定量評估及其在檢測單個海馬神經元基因拷貝數變異的應用》，從多個角度評估了三種最常用的單細胞基因組擴增方法。經過細致比較發現，MALBAC和GenomePle
Nature發布單細胞基因組研究重要成果
在第一個基因組范圍的這類實驗中，研究人員獲得了對于小鼠胚胎如何首先從一個結構松散的細胞球開始轉變為小的結構化實體的新認識。這項由歐洲生物信息學研究所(EMBL-EBI)和維康信托基金會-MRC劍橋干細胞研究所領導的單細胞基因組學研究發布在《自然》（Nature）雜志上。 原腸胚形成（Gastr
新篇章：單細胞基因組從頭組裝
隨著單堿基精度和讀取長度的提高，利用批量樣本的單分子長讀測序技術已廣泛應用于基因組組裝。通常，長讀測序組裝需要大量的DNA(通常來自數百萬個細胞的幾微克)，因此大多數人類基因組組裝被限制在批量基因組測序數據集，而沒有保持單個細胞之間潛在的遺傳異質性。然而，這在許多情況下是不切實際的。相比之下，單細胞
Cell：研究人員用單細胞精確控制老鼠大腦的行為
哥倫比亞大學的一個神經科學家小組首次通過激活老鼠視覺皮層中的幾個神經元來控制老鼠的視覺行為。 在發表在《Cell》雜志上的研究中，研究人員證明了所謂的神經元群在行為中具有因果關系。研究人員使用了新的光學和分析工具，在小鼠執行視覺任務時識別其皮層集合。他們還使用高分辨率光遺傳學以單細胞精度同時靶
癌癥研究人員聯手匯集腫瘤基因組數據
研究人員希望，數據分享將為利用諸如這些腦部腺癌細胞等腫瘤的基因組信息帶來更好的方法。 這是為大型癌癥研究中心的很多病人提供的最新希望：“讓我們測序你的腫瘤，或許我們能將其同擊敗這種惡性疾病的藥物匹配。”不過，現實是基因組分析仍然僅為癌癥病人提供了一小部分幫助。“我們多半時候不知道如何處理這些
Nature發布單細胞基因組學新技術
胚胎是如何形成我們肺臟、肌肉、神經和其他組織中的細胞的?一種新的方法可以解碼使得胚胎萬能細胞能夠增殖并轉變為機體許多特化細胞類型的遺傳指令。 一開始是一團相同的細胞，隨著增殖不斷地改變形狀和功能，最終變為我們肺臟、肌肉、神經和機體所有其他特化組織中的細胞。胚胎擁有這種創造奇跡的能力。
單細胞測序推進了基因組的發展領域
單細胞測序能夠幫助我們了解那些難以培養的微生物的基因組功能、了解遺傳鑲嵌功能在普通生物學功能或是疾病發生中的作用、腫瘤內在異質性對腫瘤發展以及耐藥性的影響、重新定義細胞亞型等等。 單細胞測序可以揭示出每個細胞獨特的微妙變化，甚至可以揭示全新的細胞類型，測序技術可謂是科技發展的一大創舉，它推進了基因
Nature：用單細胞基因組探索多樣性
宏基因組研究極大地提高了我們對于細菌以及古細菌多樣性的理解。然而，環境宏基因組數據往往不容許個別物種的基因組組裝，因此，大多數完整的基因組序列來自于培養的微生物。如今，兩個新的大規模研究利用單細胞基因組，直接從未培養的環境樣本中恢復了細菌和古細菌基因組。 Rinke等人利用熒光活化性細胞分
單細胞全基因組擴增技術大比武
2013年，權威技術期刊《Nature Methods》將年度技術授予了單細胞測序。正如社論中所說，每個細胞都是獨一無二的--它占據了獨特的空間位置，它的復制基因組中攜帶了獨特的錯誤。然而，過去以細胞群體為對象的研究只獲得了平均值，而忽略了異質性。目前多種新型分析技術，如NGS，都是為細胞群
研究人員對肝硬化單細胞病理學進行全解析
2019年10月10日，英國女王醫學研究所N. C.Henderson和P. Ramachandran研究組在Nature上發表了題為“Resolving the fibrotic niche of human livercirrhosis at single-cell level”長文，對超過
研究人員破譯香蕉“美食蕉”品種香蕉基因組
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/11/512730.shtm廣東省農業科學院研究員易干軍領銜的香蕉遺傳改良團隊與廣西大學教授陳玲玲團隊合作，破譯了香蕉“美食蕉”品種香蕉基因組，首次在國際上組裝染色體級別的異源三倍體香蕉栽培種（AAB）參考基因
謝曉亮：單細胞全基因組測序曙光初現
?謝曉亮 12月21日出版的美國《科學》雜志發表了題為《單細胞全基因組測序探索精子重組規律和遺傳缺陷》的論文。同時，該期《科學》雜志也將單細胞全基因測序列為2013年六大值得關注的科學領域之一。 該論文由美國科學院院士、哈佛大學教授謝曉亮課題組與北京大學生物動態光學成像中心（
單細胞基因組，一個新時代的到來
單細胞基因組旨在通過組學方法研究單個細胞。近年來隨著技術的發展，這一年輕的領域正在迅速成熟起來。單細胞基因組研究的前身可以追溯到用芯片檢測單細胞的基因表達。不過，新一代DNA測序才是單細胞基因組學的大功臣，這些技術的出現讓單細胞基因組研究最終一飛沖天。 2012年7月，Nature Biote
單細胞基因組，一個新時代的到來
單細胞基因組旨在通過組學方法研究單個細胞。近年來隨著技術的發展，這一年輕的領域正在迅速成熟起來。單細胞基因組研究的前身可以追溯到用芯片檢測單細胞的基因表達。不過，新一代DNA測序才是單細胞基因組學的大功臣，這些技術的出現讓單細胞基因組研究最終一飛沖天。 2012年7月，Nature Biote
單細胞基因組測序：從實驗到分析，步步解析
隨著生命科學研究的微觀化，基于細胞群體的研究方法已不適用于某些研究領域（如腫瘤異質性、早期胚胎發育等）。單細胞基因組測序通過在單個細胞水平上進行測序，解決了用組織樣本無法獲得不同細胞間的異質性信息或樣本量太少無法進行常規測序的難題，為科學家研究單個細胞的行為、機制等提供了新的方向。【應用概覽】從20
研究人員發現：霍亂正改變人類基因組
生命演化到今天，人類似乎已經進入最完美的狀態。我們的基因組是否已經穩定?改變是否還在發生?科學家們一直在尋找答案。一項新研究表明，當代人類也在進化，而引發這種進化的，竟然是霍亂。研究人員發現的證據證明：在霍亂流行的孟加拉國，人們的基因已經找到了對抗霍亂的辦法。這是發生在當代的人類進化案
研究人員首次破譯艾滋病病毒完整基因組
新華網華盛頓8月6日電 美國北卡羅來納大學6日報告說，該校的一個科研小組成功破譯了艾滋病病毒的完整基因組。這對于人類理解艾滋病病毒感染人體的機制，尋找抗“艾”新療法提供了有力幫助。 相關論文發表在6日出版的英國《自然》雜志上。研究小組負責人凱文·威克斯介紹說，艾滋病病毒的遺傳信息由單鏈核糖
研究人員構建人類陰道微生物基因組庫
6月21日，深圳市寶安中醫院（集團）副院長黃鏈莎、轉化醫學中心助理研究員孫文與大連醫科大學副教授鄢秋龍等課題組的最新合作成果發表于《自然—微生物學》。人類女性陰道是一個包括細菌、真菌和病毒在內的復雜微生態系統，各微生物之間是相互制約、相互作用、相互依賴、對立統一的關系，其間的平衡關乎女性生殖健康及胎
研究人員發布最新版樹鼩基因組注釋
樹鼩是一種與實驗大鼠差不多大小的小型哺乳動物，是靈長類的近親。由于其繁殖周期短（約6周），飼養成本低，單胎產仔數較高（每胎2-5只）等特點，在某些方面有望替代非人靈長類用于生物醫學研究和應用。目前，樹鼩已被用于多種感染性疾病模型創建，是研究視覺系統與功能的很好的動物。中國科學院昆明動物研究所研究
單細胞基因組學：通往個體化醫療之門
隨著第二代測序技術的普及，單細胞測序迎來了迅猛發展。 近日，南方科技大學生物學系副教授賀建奎在美國冷泉港參加了單細胞分析會議后，在科學網博客里寫道：“這是一個非常令人激動的前沿學術會議，我深深地體會到了單細胞基因組學時代的來臨。” 他對《中國科學報》表示：“單細胞基因測序技術的突破，只是開了
單細胞基因組測序測的是什么dna還是rna
深度測序的read指的是高通量中雙端測序得到的一條條序列，如測序前將dna打成小的片段，測序是從這個片段的兩端測的，即會產生兩條reads。至于是mapping到基因組還是dna基因組，這要看你做什么了，一般基因組是指生物個體的全基因組。并不是所有測序都要rna反轉，這其實要看你想做什么分析，如做轉
單細胞基因組測序測的是什么dna還是rna
深度測序的read指的是高通量中雙端測序得到的一條條序列，如測序前將dna打成小的片段，測序是從這個片段的兩端測的，即會產生兩條reads。至于是mapping到基因組還是dna基因組，這要看你做什么了，一般基因組是指生物個體的全基因組。并不是所有測序都要rna反轉，這其實要看你想做什么分析，如做轉
一種單細胞藻類細胞中有7個基因組
一種50多年前收集并在實驗室中生長的單細胞藻類，原來是一個由曾經獨立的生物組成的奇怪的集合體，里面有不少于7個不同的基因組。4月27日，相關成果發表于《當代生物學》。“據我所知，單個細胞中有7個不同的基因組是創紀錄的。”?在加拿大不列顛哥倫比亞大學進行這項研究的Emma?George說。這種藻類被稱