解析古老的單細胞基因組
單細胞的古細菌用肉眼根本看不到，甚至在使用顯微鏡時，也必須特別用心才能觀察到它們。近日由丹麥奧爾胡斯大學地質微生物學中心領導的一個國際研究人員小組，卻成功地從海底淤泥中獲得了四個古細菌細胞，并繪制出了每個細胞的基因組圖譜。這一突破性研究成果發表在著名的《自然》(Nature)雜志上。 “直到現在，也沒有人知道這些廣泛居住在泥漿中的古細菌事實上是如何生存的。繪制出四個古細菌細胞的基因組，顯示它們都具有一些基因，使得它們能夠依靠蛋白質降解存活，”論文的主要作者、田納西大學Karen Lloyd教授說。 科學家們從前認為，在海洋中只有細菌才分解蛋白質，現在證實古細菌是海底蛋白質降解的重要的新生物。蛋白質實際上構成了海底大部分的有機物質，由于海底具有世界上最大的有機碳沉積區，古細菌因而似乎在全球碳循環中發揮了從前未知的重要作用。 就像海灘上的一粒沙子 古細菌是世界上最豐富的一些生物，但很少有人聽說過它們。......閱讀全文
解析古老的單細胞基因組
單細胞的古細菌用肉眼根本看不到，甚至在使用顯微鏡時，也必須特別用心才能觀察到它們。近日由丹麥奧爾胡斯大學地質微生物學中心領導的一個國際研究人員小組，卻成功地從海底淤泥中獲得了四個古細菌細胞，并繪制出了每個細胞的基因組圖譜。這一突破性研究成果發表在著名的《自然》(Nature)雜志上。 “直
當宏基因組遇上單細胞測序
日前，科學家們通過宏基因組測序和單細胞測序鑒定了一類新細菌。 16S rRNA基因序列的保守性和普遍性，使其成為了微生物檢測和分類鑒定的強有力工具。這種方法為科學家們揭示了微生物群體的高度復雜性，但它還是有所遺漏。美國能源部聯合基因組研究所上周的一次會議上，研究者人員向人們展示了在四個溫泉樣本
單細胞基因組突變檢測新突破
愛因斯坦研究人員已經開發并驗證了一種準確識別單細胞基因組中突變的方法。這種新方法可以幫助預測癌癥是否將在看似健康的組織中發展，在今天的自然方法的在線版本中發表的論文中被描述。相應的作者是Lola和Saul Kramer分子遺傳學主席Jan Vijg博士。 在科學家可以分析單個細胞的基因組之前，
單細胞的可靠全基因組擴增
目前多種新型分析技術，如新一代測序和芯片，都是為細胞群體而設計的，需要一定的樣本量。對于一些臨床或法醫樣本，如腫瘤細胞或循環胎兒細胞等，它們的細胞數量有限，直接限制了其下游應用。例如，在分析腫瘤細胞中的體細胞DNA突變或單個細菌基因組時，單細胞中的DNA無法滿足測序的mg級樣品量需求。為了從少量樣品
對瘧原蟲的單細胞基因組測序
美國圣安東尼奧，2014年5月8日——美國德克薩斯生物醫學研究所的科研人員和他們的同事開發出了一種分離單個瘧原蟲細胞然后對其基因組測序的新方法。這一進展將讓科學家能夠改進他們識別病人感染的多種類型的瘧原蟲的能力，而且還可帶來最佳的經設計的藥物何疫苗以應對這種主要的全球性殺手。瘧疾仍然是全世界最致
新篇章：單細胞基因組從頭組裝
隨著單堿基精度和讀取長度的提高，利用批量樣本的單分子長讀測序技術已廣泛應用于基因組組裝。通常，長讀測序組裝需要大量的DNA(通常來自數百萬個細胞的幾微克)，因此大多數人類基因組組裝被限制在批量基因組測序數據集，而沒有保持單個細胞之間潛在的遺傳異質性。然而，這在許多情況下是不切實際的。相比之下，單細胞
Nature發布單細胞基因組研究重要成果
在第一個基因組范圍的這類實驗中，研究人員獲得了對于小鼠胚胎如何首先從一個結構松散的細胞球開始轉變為小的結構化實體的新認識。這項由歐洲生物信息學研究所(EMBL-EBI)和維康信托基金會-MRC劍橋干細胞研究所領導的單細胞基因組學研究發布在《自然》（Nature）雜志上。 原腸胚形成（Gastr
單細胞基因組擴增法的定量評估
近日， Nature出版集團旗下刊物Scientific Reports刊發南方科技大學副教授賀建奎課題組最新研究成果《單細胞基因組擴增法的定量評估及其在檢測單個海馬神經元基因拷貝數變異的應用》，從多個角度評估了三種最常用的單細胞基因組擴增方法。經過細致比較發現，MALBAC和GenomePle
Nature發布單細胞基因組學新技術
胚胎是如何形成我們肺臟、肌肉、神經和其他組織中的細胞的?一種新的方法可以解碼使得胚胎萬能細胞能夠增殖并轉變為機體許多特化細胞類型的遺傳指令。 一開始是一團相同的細胞，隨著增殖不斷地改變形狀和功能，最終變為我們肺臟、肌肉、神經和機體所有其他特化組織中的細胞。胚胎擁有這種創造奇跡的能力。
單細胞測序推進了基因組的發展領域
單細胞測序能夠幫助我們了解那些難以培養的微生物的基因組功能、了解遺傳鑲嵌功能在普通生物學功能或是疾病發生中的作用、腫瘤內在異質性對腫瘤發展以及耐藥性的影響、重新定義細胞亞型等等。 單細胞測序可以揭示出每個細胞獨特的微妙變化，甚至可以揭示全新的細胞類型，測序技術可謂是科技發展的一大創舉，它推進了基因
Nature：用單細胞基因組探索多樣性
宏基因組研究極大地提高了我們對于細菌以及古細菌多樣性的理解。然而，環境宏基因組數據往往不容許個別物種的基因組組裝，因此，大多數完整的基因組序列來自于培養的微生物。如今，兩個新的大規模研究利用單細胞基因組，直接從未培養的環境樣本中恢復了細菌和古細菌基因組。 Rinke等人利用熒光活化性細胞分
單細胞全基因組擴增技術大比武
2013年，權威技術期刊《Nature Methods》將年度技術授予了單細胞測序。正如社論中所說，每個細胞都是獨一無二的--它占據了獨特的空間位置，它的復制基因組中攜帶了獨特的錯誤。然而，過去以細胞群體為對象的研究只獲得了平均值，而忽略了異質性。目前多種新型分析技術，如NGS，都是為細胞群
謝曉亮：單細胞全基因組測序曙光初現
?謝曉亮 12月21日出版的美國《科學》雜志發表了題為《單細胞全基因組測序探索精子重組規律和遺傳缺陷》的論文。同時，該期《科學》雜志也將單細胞全基因測序列為2013年六大值得關注的科學領域之一。 該論文由美國科學院院士、哈佛大學教授謝曉亮課題組與北京大學生物動態光學成像中心（
單細胞基因組，一個新時代的到來
單細胞基因組旨在通過組學方法研究單個細胞。近年來隨著技術的發展，這一年輕的領域正在迅速成熟起來。單細胞基因組研究的前身可以追溯到用芯片檢測單細胞的基因表達。不過，新一代DNA測序才是單細胞基因組學的大功臣，這些技術的出現讓單細胞基因組研究最終一飛沖天。 2012年7月，Nature Biote
單細胞基因組，一個新時代的到來
單細胞基因組旨在通過組學方法研究單個細胞。近年來隨著技術的發展，這一年輕的領域正在迅速成熟起來。單細胞基因組研究的前身可以追溯到用芯片檢測單細胞的基因表達。不過，新一代DNA測序才是單細胞基因組學的大功臣，這些技術的出現讓單細胞基因組研究最終一飛沖天。 2012年7月，Nature Biote
單細胞基因組測序：從實驗到分析，步步解析
隨著生命科學研究的微觀化，基于細胞群體的研究方法已不適用于某些研究領域（如腫瘤異質性、早期胚胎發育等）。單細胞基因組測序通過在單個細胞水平上進行測序，解決了用組織樣本無法獲得不同細胞間的異質性信息或樣本量太少無法進行常規測序的難題，為科學家研究單個細胞的行為、機制等提供了新的方向。【應用概覽】從20
Nature論述：單細胞基因組學揭開“免疫新世界”
人類對生命的好奇，從來沒有減退。一個多世紀以來，科學家們一直試圖解析構成我們機體的成千上萬億個細胞，從一米長的神經元到8微米寬的紅細胞。他們希望從中找到解析重要生理、病理過程，挖掘重要的細胞類型和信號通路。 但是，過去幾十年，包括熒光抗體標記技術、DNA和RNA測序技術等在內的研究工具卻不能解
單細胞基因組測序測的是什么dna還是rna
深度測序的read指的是高通量中雙端測序得到的一條條序列，如測序前將dna打成小的片段，測序是從這個片段的兩端測的，即會產生兩條reads。至于是mapping到基因組還是dna基因組，這要看你做什么了，一般基因組是指生物個體的全基因組。并不是所有測序都要rna反轉，這其實要看你想做什么分析，如做轉
一種單細胞藻類細胞中有7個基因組
一種50多年前收集并在實驗室中生長的單細胞藻類，原來是一個由曾經獨立的生物組成的奇怪的集合體，里面有不少于7個不同的基因組。4月27日，相關成果發表于《當代生物學》。“據我所知，單個細胞中有7個不同的基因組是創紀錄的。”?在加拿大不列顛哥倫比亞大學進行這項研究的Emma?George說。這種藻類被稱
單細胞基因組測序測的是什么dna還是rna
深度測序的read指的是高通量中雙端測序得到的一條條序列，如測序前將dna打成小的片段，測序是從這個片段的兩端測的，即會產生兩條reads。至于是mapping到基因組還是dna基因組，這要看你做什么了，一般基因組是指生物個體的全基因組。并不是所有測序都要rna反轉，這其實要看你想做什么分析，如做轉
單細胞基因組測序測的是什么dna還是rna
深度測序的read指的是高通量中雙端測序得到的一條條序列，如測序前將dna打成小的片段，測序是從這個片段的兩端測的，即會產生兩條reads。至于是mapping到基因組還是dna基因組，這要看你做什么了，一般基因組是指生物個體的全基因組。并不是所有測序都要rna反轉，這其實要看你想做什么分析，如做轉
單細胞基因組學：通往個體化醫療之門
隨著第二代測序技術的普及，單細胞測序迎來了迅猛發展。 近日，南方科技大學生物學系副教授賀建奎在美國冷泉港參加了單細胞分析會議后，在科學網博客里寫道：“這是一個非常令人激動的前沿學術會議，我深深地體會到了單細胞基因組學時代的來臨。” 他對《中國科學報》表示：“單細胞基因測序技術的突破，只是開了
新型CUT＆RUN技術實現單細胞全基因組定位
在一項新的突破性研究中，來自美國匹茲堡大學和馬薩諸塞大學醫學院的研究人員對一種稱為CUT&RUN（cleavage under targets and release using nuclease）的方法進行改進，使得在使用少量細胞（包括單細胞和單個植入前胚胎）的情形下，它適合用來研究轉錄因子和
Nature子刊發表單細胞基因組學重要進展
最近，一種用于RNA序列分析的新方法，可讓研究人員確定新的細胞亞型，從看似全然混亂的狀態創造出秩序。這項新技術發表在最新一期的Nature旗下子刊《Nature Biotechnology》，是由歐洲生物信息研究所歐洲分子生物學實驗室（EMBL-EBI）的科學家開發，標志著我們向單細胞基因組邁進
華人學者Nature子刊單細胞基因組測序新突破
在加州大學圣地亞哥分校生物工程師們的領導下，研究人員生成了來自單個大腸桿菌細胞以及人類大腦單個神經元的最完整基因組序列。采用一項新的單細胞基因組測序技術，他們在只有12納升體積、充滿液體的小孔中完成了基因組擴充，從而獲得了這一突破性的成果。該項研究發表在11月10日的《自然生物技術》(Natur
拉曼介導靶向單細胞基因組原創技術研發成功
? 單細胞精度的海洋微生物組功能靶向性拉曼分選與測序技術（scRACS-Seq）? 劉陽供圖 海洋是地球上最大的活躍碳庫，海洋微生物在全球碳循環中起著至關重要的作用，然而由于大部分海洋微生物尚難以培養、原位代謝功能難以測量等技術瓶頸，業界對于海洋微生物光合固碳的原位功能機制等重要問題，仍然存在爭議
單細胞基因組測序如何實現：從實驗到分析，步步解析
隨著生命科學研究的微觀化，基于細胞群體的研究方法已不適用于某些研究領域（如腫瘤異質性、早期胚胎發育等）。單細胞基因組測序通過在單個細胞水平上進行測序，解決了用組織樣本無法獲得不同細胞間的異質性信息或樣本量太少無法進行常規測序的難題，為科學家研究單個細胞的行為、機制等提供了新的方向。 【應用概覽
拉曼介導靶向單細胞基因組原創技術研發成功
? 單細胞精度的海洋微生物組功能靶向性拉曼分選與測序技術（scRACS-Seq）? 劉陽供圖 海洋是地球上最大的活躍碳庫，海洋微生物在全球碳循環中起著至關重要的作用，然而由于大部分海洋微生物尚難以培養、原位代謝功能難以測量等技術瓶頸，業界對于海洋微生物光合固碳的原位功能機制等重要
北京大學發布突破性單細胞基因組檢測技術
全球有多達15%的夫婦受到不孕不育的影響，體外受精(IVF)是治療這種常見疾病的一種方法。在發表于13年12月19日的《Cell》雜志上的一項新 研究中，北京大學的研究人員報道了一項安全、準確且廉價的方法，可為IVF程序選擇出基因正常的胚胎，因此提高了一對夫婦生育健康孩子的機會。 通過
謝曉亮教授Science報道新型單細胞基因組線性擴增法
謝曉亮教授在4月14日的Science上發表文章報道了實驗室的最新研究：一種新型的單細胞基因組線性擴增的方法——轉座插入（LIANTI,Linear Amplification with Transposon Insertion）。LIANTI法在檢測拷貝數目變異和單核苷酸變異上的準確度都優于以