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將系統生物學建模分析與合成生物學實驗相結合解析microRNA 定量調控規律。 日前，清華大學的汪小我、謝震研究組，通過合成與系統生物學方法揭示microRNA定量調控規律。相關成果發布在《美國科學院院刊》上。 microRNA是一類短的非編碼RNA，通過與靶RNA結合抑制靶基因表達，在動植物中起到重要的轉錄后調控作用。每一類microRNA可以結合多種靶RNA。當microRNA表達量一定時，靶RNA通過與microRNA的競爭性結合消耗細胞內游離的microRNA，從而影響其對其他靶基因的調控，這一現象被稱為競爭性內源RNA（ceRNA）效應。RNAi技術中的脫靶現象也與該效應密切相關。定量地刻畫ceRNA效應，對理解microRNA調控規律和改進RNAi技術都具有重要意義。 論文將系統生物學建模分析與合成生物學實驗相結合，建立了microRNA調控的數學模型，構建對應的合成基因線路并植入細胞中模擬ceRNA效應，證實......閱讀全文
許多基因組學的工作常常涉及到這樣的問題：哪些通路可能參與了所研究的生物學過程?近年來，圍繞這一問題，已經發展出了大量的生物信息學分析方法，尤其是基于基因表達譜數據的生物學通路分析方法。 相關工作常常是利用經典的通路數據庫(如KEGG，Biocarta和Gene Ontology 等)對
2018年7月19日，深圳華大基因股份有限公司（股票代碼：300676.SZ）下屬子公司北京六合華大基因科技有限公司宣布收購無錫青蘭生物科技有限公司（以下簡稱青蘭生物），收購完成后，華大基因將在青蘭生物現有技術的基礎上，共同開發高通量基因合成技術和下一代DNA合成技術，更好地服務于合成生物學發展
DNA微陣列基因表達數據分析 對于基因表達譜數據的分析是生物信息學 的研究熱點和難點。轉化為數學問題，分析任務是從數據矩陣 M 中找出顯著性結構，結構類型包括全局模型 (model) 和局部模式 (pattern) 。對基因表達譜數據的分析是數據挖掘問題，所采用的方法包括通過可視
Technologies（現為Thermo Fisher收購）公司全國臨床與科研事業部銷售總監、ThermoFisher公司全國臨床市場戰略總監柴映爽寫了一系列文章，對基因測序領域進行了深入剖析。讓我們看看這個領域深入工作的人士，怎么看待2015年基因測序市場大熱這一現實的。 ▌第一篇：基
近日，有一則新聞《新的“阿里巴巴”將誕生？孫正義再次重金劍指全新領域－合成生物學”》，報道了日本軟銀（SoftBank）向一家名不見經轉的初創公司Zymergen投資總計1.3億美元，吸引孫正義投資的技術優勢之一是該公司的合成生物學平臺。 那究竟合成生物學是什么？“基因電路”作為其中重要一環，
科學家們研究發現癌癥有很多亞型，而針對不同亞型的癌癥有著不同的治療手段，本文整理了科學家們在癌癥亞型研究中取得的成果。 【1】Nat Med：彌散性大B細胞淋巴瘤竟有5種亞型，個性化治療刻不容緩！ doi：10.1038/s41591-018-0016-8 彌散大B細胞淋巴瘤（DLBCL）
據國外媒體報道，美國加州食品與農業研究學會科學家近日提出一項名為“深度結合”的最新技術手段，通過運用機器學習技術分析蛋白質與DNA和RNA的結合方式，查出可阻斷細胞進程的致病突變。 美國加州食品與農業研究學會高級研究員布倫丹-弗雷運用“深度學習”技術，最新研發出一項可查出致病突變的科技手段。
近10年來，現代分子生物學技術越來越廣泛地被用于人類疾病研究的諸領域，為了解病理狀態下基因組DNA的變化積累了新資料。目前認為，人類基因組并非人們想像的那樣穩定，諸如基因重排、擴增、缺失，突變和DNA甲基化類型改變等時有發生，這些改變對于基因表達和調控，以及疾病過程的發展與轉歸等方面均具有重要意義。
隨著人類基因組計劃(Human Genome Project)即全部核苷酸測序的即將完成，人類基因組研究的重心逐漸進入后基因組時代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多樣性傾斜。通過對個體在不同生長發育階段或不同生理狀態下大量基因表達的平行分析，研究相應基因在生物體內的功能，
隨著人類基因組計劃(Human Genome Project)即全部核苷酸測序的即將完成，人類基因組研究的重心逐漸進入后基因組時代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多樣性傾斜。通過對個體在不同生長發育階段或不同生理狀態下大量基因表達的平行分析，研究相應基因在生物體內的功能
近日，國際期刊《J. Am. Chem. Soc》雜志上在線發表了南京大學生命科學學院張辰宇教授研究組的一篇研究論文，論文報道了在微小核糖核酸化學生物學研究中的重要進展。研究在通過實驗方法鑒定micrornA靶基因方面實現了重要突破，為利用化學生物學手段研究細胞內microRNA提供了新的工具及
最近，一項關于白血病細胞基因表達的研究，發現了一種RNA結合蛋白，在推動癌癥的發展過程中起著重要的作用。該蛋白通常活躍在胎兒組織，在成年人體內是關閉的，但它在一些癌細胞中被再度活化。這種表達模式使它成為抗癌藥物的一個有吸引力的靶標，因為阻斷它的活動，不太可能造成嚴重的副作用。 這項新的研究，發
來自美國國立衛生研究院的研究人員在新研究中證實：一種稱作H2A.Z的組蛋白變異體在胚胎干細胞(ESC)自我更新和分化過程中扮演重要角色，這將有助于對胚胎干細胞命運機制的進一步研究。相關論文發表在12月20日的《細胞干細胞》(Cell stem cell)雜志上。 領導這一研究的是NIH
又到了一周云序生物課堂開講時間！你，準備好了嗎？ 上一期文章當中，云序通過引用這樣一張表格給大家傳遞了一個重要信息：表中的METLL3、METTL14、NSun2、FTO、ALKBH5、YTHDF2均是RNA甲基化重要的酶，而且這些酶在不同疾病當中意義有所不同，例如METTL3在AML、B
又到了一周云序生物課堂開講時間！你，準備好了嗎？ 上一期文章當中，云序通過引用這樣一張表格給大家傳遞了一個重要信息：表中的METLL3、METTL14、NSun2、FTO、ALKBH5、YTHDF2均是RNA甲基化重要的酶，而且這些酶在不同疾病當中意義有所不同，例如METTL3在AML、B
又到了一周云序生物課堂開講時間！你，準備好了嗎？ 上一期文章當中，云序通過引用這樣一張表格給大家傳遞了一個重要信息：表中的METLL3、METTL14、NSun2、FTO、ALKBH5、YTHDF2均是RNA甲基化重要的酶，而且這些酶在不同疾病當中意義有所不同，例如METTL3在AML、B
加利福尼亞理工學院教授，美國系統生物學研究所所長，美國科學院、美國工程院和美國醫學院院士，美國總統科學顧問。Leroy Hood教授是國際系統生物學創始人，也是國際人類基因組計劃倡導者之一。他多年從事分子免疫學、生物技術以及基因組學的研究，先后發表文章600多篇，獲得專利14項。
上海交通大學附屬瑞金醫院血液研究所趙維蒞教授團隊針對外周淋巴瘤的研究。近期，該課題組應用ChIP-seq聯合分析揭示了聯用西達本胺和地西他濱對組蛋白修飾基因突變的外周淋巴瘤的作用機制。該研究成果于月發表在血液科權威雜志《Haematologica》（影響因子7.7）上。（ChIP-seq及mRN
上海交通大學附屬瑞金醫院血液研究所趙維蒞教授團隊針對外周淋巴瘤的研究。近期，該課題組應用ChIP-seq聯合分析揭示了聯用西達本胺和地西他濱對組蛋白修飾基因突變的外周淋巴瘤的作用機制。該研究成果于月發表在血液科權威雜志《Haematologica》（影響因子7.7）上。（ChIP-seq及mRN
上海交通大學附屬瑞金醫院血液研究所趙維蒞教授團隊針對外周淋巴瘤的研究。近期，該課題組應用ChIP-seq聯合分析揭示了聯用西達本胺和地西他濱對組蛋白修飾基因突變的外周淋巴瘤的作用機制。該研究成果于月發表在血液科權威雜志《Haematologica》（影響因子7.7）上。（ChIP-seq及mRNA-
CRISPR-Cas9是細菌在漫長的進化過程中演化出的重要防御機制。這個監控體系能夠根據引導RNA（gRNA）的指示，靶標并降解入侵者的遺傳物質。現在，CRISPR-Cas9已經成為了炙手可熱的基因組編輯工具，幫助世界各地的研究者們解決實際問題。近年來，這一技術在多個領域中展現了自己強大的實力，
3. 多組學聯合運用找靶點：轉錄組測序甲基化測序，雙劍合璧 多個表達譜數據取交集找到靶基因（DOI: 10.1002/hep.29683） 甲基化數據同表達譜數據取交集（http://dx.doi.org/10.1016/j.ccell.2017.02.01）1）云序生物推薦Me
2012年12月28日，由北京林業大學、深圳華大基因研究院及北京林福科源花卉有限公司等多家單位合作完成的梅花基因組研究成果在《自然? 通訊》(Nature Communication)雜志上在線發表。該研究解析了梅花相關種屬的進化起源及其相關性狀的分子機制，為進一步探究薔薇科植物的進化關
生物行業比較窄，集中在基因合成上就更窄了。 輸入已知的基因序列，核苷酸合成儀就能合成大量脂肪型脂肪酸結合蛋白基因用于研究。很多研究機構紛紛購買了這種用來合成基因的實驗儀器，價格幾萬美元到幾十萬美元不等。但是，科學家們很快發現，自己合成基因成本仍然太高。 獨立出的“基因合成產業” 基因合成是
作為環狀RNA和RNA甲基化領域的領跑者，云序生物最近一個月捷報頻傳。RNA甲基化領域，云序m6ARNA甲基化測序服務協助上海交大余健秀組發表18年國內首篇10分以上RNA甲基化文章（“Nucleic Acid Research”，IF:10.162)；環狀RNA領域，云序環狀RNA測序服務助力
RIP測序解析RNA結合蛋白SORBS2在卵巢癌細胞轉移中的作用機制作為環狀RNA和RNA甲基化領域的領跑者，云序生物最近一個月捷報頻傳。RNA甲基化領域，云序m6ARNA甲基化測序服務協助上海交大余健秀組發表18年國內首篇10分以上RNA甲基化文章（“Nucleic Acid Research”，
9月28日，中國科學院分子植物科學卓越創新中心合成生物學重點實驗室研究員張余課題組在Nature Chemical Biology上，在線發表題為CueR activates transcription through a DNA distortion mechanism的研究論文，主要研究細菌
胚胎干細胞具有自我更新和分化的全能性。但是，胚胎干細胞發育分化的分子機制目前還不是很清晰。研究胚胎干細胞調控機制有助于對胚胎的形成及胚胎發育相關的疾病有更深入了解。來自同濟大學的研究人員通過在小鼠胚胎干細胞中研究一個WD-4蛋白——PWP1，為我們展現了該基因在調控胚胎干細胞分化過程中的重要作
Pwp1是通過調控了下游哪些通路影響分化過程呢？通過對基因芯片篩選到的差異基因進行GSEA通路分析，發現Jak/Stat3和Wnt/β-Catenin信號通路顯著改變。qRT-PCR和Western blotting驗證顯著Stat3表達顯著增加，同時其下游基因Klf4,c-Myc和Socs
最近，麻省大學醫學院和弗吉尼亞大學的科學家們，設計出一種新型分子，可抑制難以治療的復發急性髓性白血病（ALL）的發展。這種小分子是首次被設計用于特異性靶定致癌轉錄因子，以前被認為是一個無成藥性（undruggable）靶標。這種策略可以用來設計其他新的分子，特異性地抑制致癌轉錄因子。這一重要研究