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當一份開放獲取的期刊鼓勵注冊用戶對他們的撤稿發表評論時會發生什么?它得到了它所要求的東西。近期《PLoS ONE》雜志發布通告撤回兩篇中國學者發布的論文，作者和讀者們對此發表了評論，質疑了編輯的撤稿決定。 《PLoS ONE》雜志執行編輯Damian Pattinson說這是第一次作者和讀者們利用該雜志的在線評論功能對撤稿進行評論。“我們希望它發生。我們一直覺得當我們發表一篇論文時不應該是對話的結束。我們始終允許讀者進行評論，”他說。 今年6月29號，《PLoS ONE》雜志撤回了兩篇研究論文。在其中一篇論文中，中國的研究人員報道了果蠅進化過程中一種特異基因功能保守性的證據。根據《PLoS ONE》發布的撤稿通告，作者們決定撤回論文是基于四個原因。其中最重要的是他們無法獲得原始數據。 另一篇被撤論文是由另一個中國研究人員小組發表，描述了一種微藻(microalgae)基因組的測序和組裝有可能......閱讀全文
土壤微生物是元素生物地球化學循環過程及其他土壤生態過程的關鍵驅動因子。由于土壤結構和組成的復雜性，土壤微生物生態過程在研究中一直以來都被作為“黑箱”看待，要清楚闡明土壤生態功能是土壤生態學研究當前面臨的一個重大挑戰。 近日，浙江大學環境與資源學院徐建明教授團隊在微生物學頂級期刊《國際微生物生態
上一期為大家介紹了過去一年里CRISPR技術在動物造模及單堿基技術方面取得的重大突破。本期繼續為大家從功能基因組篩選、細胞譜系示蹤及疾病診斷方面談談CRISPR-Cas系統的技術運用。 一、大規模基因功能的篩選 盡管測序和基因組編輯技術取得了重大進展，但是解析復雜的基因型-表型關系仍
上一期為大家介紹了過去一年里CRISPR技術在動物造模及單堿基技術方面取得的重大突破。本期繼續為大家從功能基因組篩選、細胞譜系示蹤及疾病診斷方面談談CRISPR-Cas系統的技術運用。 一、大規模基因功能的篩選 盡管測序和基因組編輯技術取得了重大進展，但是解析復雜的基
隨著人類基因組計劃(Human Genome Project)即全部核苷酸測序的即將完成，人類基因組研究的重心逐漸進入后基因組時代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多樣性傾斜。通過對個體在不同生長發育階段或不同生理狀態下大量基因表達的平行分析，研究相應基因在生物體內的功能，
許多基因組學的工作常常涉及到這樣的問題：哪些通路可能參與了所研究的生物學過程?近年來，圍繞這一問題，已經發展出了大量的生物信息學分析方法，尤其是基于基因表達譜數據的生物學通路分析方法。 相關工作常常是利用經典的通路數據庫(如KEGG，Biocarta和Gene Ontology 等)對
隨著人類基因組計劃(Human Genome Project)即全部核苷酸測序的即將完成，人類基因組研究的重心逐漸進入后基因組時代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多樣性傾斜。通過對個體在不同生長發育階段或不同生理狀態下大量基因表達的平行分析，研究相應基因在生物體內的功能
RNAi技術RNA干擾(RNA interference， RNAi)是近年來發現的研究生物體基因表達、調控與功能的一項嶄新技術，它利用了由小干擾RNA(small interfering RNA， siRNA)引起的生物細胞內同源基因的特異性沉默(silencing)現象，其本質是siRNA與對應
近日，美國《科學》雜志發表了題為《人類與黑猩猩差別僅有1%嗎？》的評論，文章歸納了近兩年來世界科學家有關人類與黑猩猩物種差異比較的研究成果，并認為這些研究已經將1975年提出的“1%差別理論”推上末路。但中國科學院北京基因研究所副所長于軍研究員指出：“當談到物種差別時，無論是公眾還是科學家，如果沒有
近日，美國《科學》雜志發表了題為《人類與黑猩猩差別僅有1%嗎？》的評論，文章歸納了近兩年來世界科學家有關人類與黑猩猩物種差異比較的研究成果，并認為這些研究已經將1975年提出的“1%差別理論”推上末路。但中國科學院北京基因研究所副所長于軍研究員指出：“當談到物種差別時，無論是公眾還是科學家，如果沒有
RNAi 技術的機理與應用 關于 RNAi 技術 RNA 干擾（RNA interference,RNAi）是指在進化過程中高度保守的、由雙鏈 RNA( double-stranded RNA，dsRNA) 誘發的、同源 mRNA 高效特異性降解的現象。 RNAi 受到追捧的
1. Retrovirology：整合到人基因組中的古老逆轉錄病毒有助抵抗HIV-1感染 doi:10.1186/s12977-017-0351-8 在我們的進化過程中，病毒持續地感染人體。一些早期的病毒已整合到我們的基因組中，如今它們被稱作為人內源性逆轉錄病毒（human endogeno
多囊卵巢綜合征(Polycystic ovary syndrome, PCOS)是一種復雜的、病因不明的疾病，最新研究結果表明，胰島素耐受(insulin resistance , IR)在PCOS的發生過程中起了重要的作用。本研究主要致力于探究IR在PCOS發生過程中的分子機制，運用基因組DN
基因敲除可以說是基因組 學、細胞分離培養以及轉基因技術的組合。那么基因敲除的原理是什么呢？ 基因敲除的方法有哪些呢？在此，做個小結，以供大家學習。一.概述：基因敲除是自80年代末以來發展起來的一種新型分子 生物學技術，是通過一定的途徑使機體特定的基因失活或缺失的技術。通常意義上的基因敲除主要是應用D
多囊卵巢綜合征(Polycystic ovary syndrome, PCOS)是一種復雜的、病因不明的疾病，最新研究結果表明，胰島素耐受(insulin resistance , IR)在PCOS的發生過程中起了重要的作用。本研究主要致力于探究IR在PCOS發生過程中的分子機制，運用基
DNA微陣列基因表達數據分析 對于基因表達譜數據的分析是生物信息學 的研究熱點和難點。轉化為數學問題，分析任務是從數據矩陣 M 中找出顯著性結構，結構類型包括全局模型 (model) 和局部模式 (pattern) 。對基因表達譜數據的分析是數據挖掘問題，所采用的方法包括通過可視
6. 基于CRISPRi的高通量技術快速繪制人類基因的功能圖譜2018年7月，Cell刊登了美國加州大學舊金山分校的研究小組的研究成果，開發了一種基于CRISPR的高通量技術快速地繪制人細胞中將近500個基因的功能圖譜，其中的許多基因之前從未被詳細地研究過。人類目前研究過的基因
多囊卵巢綜合征(Polycystic ovary syndrome, PCOS)是一種復雜的、病因不明的疾病，最新研究結果表明，胰島素耐受(insulin resistance , IR)在PCOS的發生過程中起了重要的作用。本研究主要致力于探究IR在PCOS發生過程中的分子機制，運用基因組
核酸分子雜交技術由于核酸分子雜交的高度特異性及檢測方法的靈敏性，它已成為分子生物學中最常用的基本技術，被廣泛應用于基因克隆的篩選，酶切圖譜的制作，基因序列的定量和定性分析及基因突變的檢測等。其基本原理是具有一定同源性的原條核酸單鏈在一定的條件下（適宜的溫室度及離子強度等）可按堿基互補原成雙鏈。雜交的
首先，外源的或體內產生的長雙鏈 RNA(long double stranded RNA, dsRNA) 首先被 Dicer 酶降解為長 21 ～ 23bp （堿基對）長度的小分子雙鏈 RNA （稱為小干擾核酸， small interfering RNA, siRNA), 這是一個依賴 A
植物在權衡生長投入和抗逆消耗的過程中存在精細的分子調控機制，其中較為普遍的是通過改變轉錄調控因子的表達來影響下游功能蛋白的活性進而建立新的代謝平衡。WRKY家族是一類典型的編碼轉錄調控因子的基因家族，在擬南芥和水稻中分別擁有七十多和一百一十多個成員，已報道的WRKY基因功能廣泛地涉及植物與病原微
基因復制是新基因和新功能產生的最主要的方式之一。然而，在分子水平，新產生的復制基因如何通過通路整合而獲得生物學功能以及產生適應性性狀卻并不清楚。 為了回答以上問題，中科院昆明動物研究所中德馬普進化基因組學青年科學家小組的博士生丁昀等在導師王文研究員的指導下，對黑腹果蠅亞群(Drosophi
藥源短缺成為限制臨床治療和新藥研發的最大瓶頸，因此，開發新的藥物來源途徑是迫切需要解決的問題。利用現代生物技術和次生代謝工程手段是未來生產藥物最有潛力的發展方向。我國藥用植物有1 萬多種，大多數藥用植物遺傳背景不清楚，基因組信息缺乏，遺傳信息和功能基因的研究亦極為薄弱。例如人參屬（Panax）
研究歷史 20世紀80年代初，胚胎干細胞分離和體外培養的成功為基因敲除奠定了技術基礎。1985年，首次證實的哺乳動物細胞中同源重組(homology recombination, HR)的存在為基因敲除奠定了理論基礎[2]。為了編輯基因，傳統的靶向特定等位基因的同源重組技術被使用，但是，這
接觸過單細胞轉錄組數據的小伙伴們都知道，數據的核心結果在于根據每個細胞的基因表達數據，來對細胞進行分群分類。現有通用的分析思路如下：首先根據轉錄組稀疏矩陣，通過計算和分析，找到不同的細胞Cluster，并找到每一類集群的Marker基因。根據已有對細胞特定Marker基因的認識，來對細胞可能的集
上一期為大家介紹了過去一年里CRISPR技術在動物造模及單堿基技術方面取得的重大突破。本期繼續為大家從功能基因組篩選、細胞譜系示蹤及疾病診斷方面談談CRISPR-Cas系統的技術運用。一、大規模基因功能的篩選盡管測序和基因組編輯技術取得了重大進展，但是解析復雜的基因型-表型關系仍然是數量遺傳學的一個
接觸過單細胞轉錄組數據的小伙伴們都知道，數據的核心結果在于根據每個細胞的基因表達數據，來對細胞進行分群分類。現有通用的分析思路如下：首先根據轉錄組稀疏矩陣，通過計算和分析，找到不同的細胞Cluster，并找到每一類集群的Marker基因。根據已有對細胞特定Marker基因的認識，來對細胞可能的集群進
20世紀80年代初，胚胎干細胞分離和體外培養的成功為基因敲除奠定了技術基礎。1985年，首次證實的哺乳動物細胞中同源重組(homology recombination, HR)的存在為基因敲除奠定了理論基礎[2]。為了編輯基因，傳統的靶向特定等位基因的同源重組技術被使用，但是，這個方法在當年來說，存
“核心刊物”迎來了新期刊：科學通報，中國科學C輯:生命科學，這兩份期刊均是由中國科學院和國家自然科學基金委員會共同主辦的，我國學術期刊中的知名品牌，被國內外各主要檢索系統收錄，如國內的《中國科學論文與引文數據庫》（CSTPCD）、《中國科學引文數據庫》（CSCD）等；美國的SCI、CA、EI，英
接觸過單細胞轉錄組數據的小伙伴們都知道，數據的核心結果在于根據每個細胞的基因表達數據，來對細胞進行分群分類。現有通用的分析思路如下：首先根據轉錄組稀疏矩陣，通過計算和分析，找到不同的細胞Cluster，并找到每一類集群的Marker基因。根據已有對細胞特定Marker基因的認識，來對細胞可能的集
自核糖開關(riboswitch)最早被Winkler等人于2002年發現并命名以來，這一關鍵調控元件的研究歷程已經走過了十年，近期來自復旦大學上海醫學院，藥學系等處的研究人員發現了一種廣泛分布于具有抗生素耐藥性細菌病原體中的新型核糖開關：氨基糖苷結合核糖開關，相關成果公布在1月17日的 C