多任務深度神經網絡建立藥物調控激酶譜的預測分析方法
蛋白激酶（protein kinases）是細胞功能的關鍵調節分子，是生物體內最大且功能最多樣的基因家族之一。因此，激酶是開發治療癌癥、炎癥、糖尿病、心血管疾病和阿爾茲海默癥等相關疾病藥物的重要靶標。然而，由于激酶家族蛋白質（特別是催化域）結構的高度保守性，給高效選擇性激酶抑制劑的開發帶來了巨大挑戰。 二十一世紀以來，隨著計算機計算能力的迅猛提升和大數據的涌現，深度學習在機器學習算法的基礎上快速崛起，并在藥物研發領域得到廣泛應用。然而，對許多尚未經過充分深入研究的激酶靶標，目前已有的數據還遠遠達不到訓練中等規模神經網絡所需的量級。因此，傳統的單任務神經網絡模型通常難以取得較好的泛化性能。 為了解決這一問題，中國科學院上海藥物研究所蔣華良、鄭明月團隊采用了多任務深度神經網絡（multitask deep neural network）建立分類模型解決化合物的激酶譜預測問題。多任務深度神經網絡通過任務間的遷移學習，可以高效解......閱讀全文
蛋白激酶的分布
蛋白激酶在細胞內的分布遍及核、線粒體、微粒體和胞液。一般分為3大類。①底物專一的蛋白激酶：如磷酸化酶激酶，丙酮酸脫氫酶激酶等。②依賴于環核苷酸的蛋白激酶：如環腺苷酸（cAMP）蛋白激酶，環鳥苷酸（cGMP）蛋白激酶。③其他蛋白激酶：如組蛋白激酶等。cAMP蛋白激酶以活化型和非活化型兩種形式存在于生物
蛋白激酶的分類
已發現的蛋白激酶約有400多種，分子內都存在一個同源的由約270氨基酸殘基構成的催化結構區。在細胞信號傳導、細胞周期調控等系統中，蛋白激酶形成了縱橫交錯的網絡。這類酶催化從ATP轉移出磷酸并共價結合到特定蛋白質分子中某些絲氨酸、蘇氨酸或酪氨酸殘基的羥基上，從而改變蛋白質、酶的構象和活性。蛋白質磷酸化
蛋白激酶激酶的基本信息
中文名稱蛋白激酶激酶英文名稱protein kinase kinase定 義催化蛋白激酶磷酸化的酶。生物體中往往通過這種磷酸化調節蛋白激酶的活性，在信號轉導途徑中起重要作用。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），酶（二級學科）
蛋白激酶激酶的基本信息
中文名稱蛋白激酶激酶英文名稱protein kinase kinase定 義催化蛋白激酶磷酸化的酶。生物體中往往通過這種磷酸化調節蛋白激酶的活性，在信號轉導途徑中起重要作用。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），酶（二級學科）
蛋白激酶的研究歷史
50年代出現的蛋白激酶術語指催化酪蛋白，卵黃高磷蛋白或其他蛋白質磷酸化的酶。70年代在哺乳動物的十多種組織器官中又發現了一類很重要的蛋白激酶——環腺苷酸（cAMP）蛋白激酶，以后在昆蟲和大腸桿菌中也有報道。
酪蛋白激酶分析實驗
實驗方法原理 實驗材料?β-酪蛋白（溶于水）有酪蛋白激酶活性的酶樣品試劑、試劑盒?[γ-32P] ATP 溶液酪蛋白激酶反應緩沖液TCA SDS-PAGE 樣品緩沖液儀器、耗材?30℃ 水浴P81 磷酸纖維素膜離心管離心機實驗步驟 每個鑒定反應按以下比例將各反應組分加入 1.5 ml 微量離心管中：
蛋白激酶C概述（二）
? 二、PKC的轉位與激活 1.PKC的轉位 PKC廣泛分布于多種組織、器官和細胞，靜止細胞中PKC主要存在于胞漿中，當細胞受到刺激后，PKC以Ca2+依賴的形式從胞漿中移位到細胞膜上，此過程稱之為轉位（translocation)。一般將PKC的轉位作為PKC激活的標志。 2.PKC的激活 P
蛋白激酶的研究歷史
?已發現的蛋白激酶約有400多種，分子內都存在一個同源的由約270氨基酸殘基構成的催化結構區。在細胞信號傳導、細胞周期調控等系統中，蛋白激酶形成了縱橫交錯的網絡。這類酶催化從ATP轉移出磷酸并共價結合到特定蛋白質分子中某些絲氨酸、蘇氨酸或酪氨酸殘基的羥基上，從而改變蛋白質、酶的構象和活性。蛋白質磷酸
酪蛋白激酶分析實驗
基本方案 用 β-酪蛋白 備擇方案 用多肽底物 ? ? ? ? ? ? 實驗方法原理 實驗材料 β-酪蛋
關于蛋白激酶A的介紹
蛋白激酶A（protein kinase A，PKA）又稱依賴于cAMP的蛋白激酶A（cyclic-AMP dependent protein kinase A），是一種結構最簡單、生化特性最清楚的蛋白激酶。 PKA全酶分子是由四個亞基組成的四聚體，其中兩個是調節亞基（regulatory s
蛋白激酶C概述（一）
? 蛋白激酶C（protein kinase C,PKC)是一類Ca2+、磷脂依賴性的蛋白激酶，在跨膜信號傳遞過程中起著重要作用。PKC通過催化多種蛋白質上Ser/Thr磷酸化，調節多種細胞的代謝、生長、增殖和分化。? 表 8-3 哺乳動物組織內的PKC亞類亞類氨基酸殘基分子量（kDa)激活劑表達組
蛋白激酶A的結構簡介
PKA全酶以四聚體形式存在，但PKA被靶向到特定組分時，也會在細胞中形成更高階的結構。經典的PKA全酶結構由兩個調節亞基（R亞基）和兩個催化亞基（C亞基）組成。催化亞基包含活性位點、在結合和水解ATP的蛋白激酶中發現的一系列典型殘基以及結合調節亞基的結構域。調節亞基具有結合到cAMP的結構域，該
概述蛋白激酶的分布介紹
蛋白激酶在細胞內的分布遍及核、線粒體、微粒體和胞液。一般分為3大類。 ①底物專一的蛋白激酶：如磷酸化酶激酶，丙酮酸脫氫酶激酶等。 ②依賴于環核苷酸的蛋白激酶：如環腺苷酸（cAMP）蛋白激酶，環鳥苷酸（cGMP）蛋白激酶。 ③其他蛋白激酶：如組蛋白激酶等。 cAMP蛋白激酶以活化型和非活化
蛋白激酶的基本信息
蛋白激酶（protein kinases，簡稱PK）。催化蛋白質磷酸化過程的酶。蛋白質的磷酸化過程是神經信息在細胞內傳遞的最后環節．導致離子通道蛋白及通道門的狀態變化。在神經細胞內有許多種類。在半靜狀態下，處于小活動狀態。根據其活化條件的不同，可分為蛋白激酶A、蛋白激酶G、蛋白激酶C和鈣調蛋白的蛋白
蛋白激酶C的基本介紹
蛋白激酶C(protein kinase C，PKC) 蛋白激酶C是G蛋白偶聯受體系統中的效應物, 在非活性狀態下是水溶性的，游離存在于胞質溶膠中，激活后成為膜結合的酶。蛋白激酶C的激活是脂依賴性的，需要膜脂DAG的存在，同時又是Ca2+依賴性的，需要胞質溶膠中Ca2+濃度的升高。當DAG在質
蛋白激酶的基本信息
蛋白激酶（protein kinases，簡稱PK）。催化蛋白質磷酸化過程的酶。蛋白質的磷酸化過程是神經信息在細胞內傳遞的最后環節．導致離子通道蛋白及通道門的狀態變化。在神經細胞內有許多種類。在半靜狀態下，處于小活動狀態。根據其活化條件的不同，可分為蛋白激酶A、蛋白激酶G、蛋白激酶C和鈣調蛋白的蛋白
簡述蛋白激酶的研究歷史
50年代出現的蛋白激酶術語指催化酪蛋白，卵黃高磷蛋白或其他蛋白質磷酸化的酶。70年代在哺乳動物的十多種組織器官中又發現了一類很重要的蛋白激酶——環腺苷酸（cAMP）蛋白激酶，以后在昆蟲和大腸桿菌中也有報道。
蛋白激酶A的功能背景介紹
1968年，化學家H. Fischer和Edwin G. Krebs發現了蛋白激酶A，更確切地說是腺苷3’, 5’-單磷酸（環AMP）依賴性蛋白激酶。他們因在磷酸化和去磷酸化以及它與蛋白激酶A活性的關系方面的工作而獲得了1992年的諾貝爾生理學或醫學獎。 PKA是研究得最廣泛的蛋白激酶之一，部
蛋白激酶A的基本信息
蛋白激酶A（Protein kinase A，簡稱PKA），也稱為環磷酸腺苷依賴蛋白激酶（cAMP-dependent protein kinase、簡稱cAPK）。是一種酶，其活性依賴于細胞中環磷酸腺苷（cAMP）的含量。PKA是一個全酶（holoenzyme，由許多次單位組成，是完整的且有作用的
蛋白激酶C的結構介紹
PKC的所有亞類都由一條單肽鏈組成，分子量大約為67-83kDa，其結構可分為四個保守區C1-C4（mPKC和aPKC缺少C2區）和五個可變區V1-V5。基中C1區可能是膜結合區，并且含有富含半胱氨酸的隨機重復序列Cys-X2-Cys-X13(14)-Cys-X2-Cys-X7-Cys-X7-C
酪氨酸蛋白激酶的簡介
蛋白酪氨酸激酶（protein tyrosine kinase,PTK）是一類催化ATP上γ-磷酸轉移到蛋白酪氨酸殘基上的激酶，能催化多種底物蛋白質酪氨酸殘基磷酸化，在細胞生長、增殖、分化中具有重要作用。迄今發現的蛋白酪氨酸激酶中多數是屬于致癌RNA病毒的癌基因產物，也可由脊椎動物的原癌基因產。
關于蛋白激酶的種類介紹
已發現的蛋白激酶約有400多種，分子內都存在一個同源的由約270氨基酸殘基構成的催化結構區。在細胞信號傳導、細胞周期調控等系統中，蛋白激酶形成了縱橫交錯的網絡。這類酶催化從ATP轉移出磷酸并共價結合到特定蛋白質分子中某些絲氨酸、蘇氨酸或酪氨酸殘基的羥基上，從而改變蛋白質、酶的構象和活性。 蛋白
蛋白激酶A的激活機制介紹
PKA通常也被稱為cAMP依賴性蛋白激酶，因為傳統上認為當第二信使cAMP水平響應于各種信號而升高時，PKA通過釋放催化亞基而被激活。然而，最近的研究評估了完整的全酶復合物，包括被調節性AKAP結合的信號復合物，已經表明PKA催化活性的局部亞細胞活化可能在沒有調節和催化組分的物理分離的情況下進行
促分裂原活化的蛋白激酶激酶激酶的基本信息
中文名稱促分裂原活化的蛋白激酶激酶激酶英文名稱mitogen-activated protein kinase kinase kinase;MAPKKK定 義受體外促分裂信號(包括生長因子、細胞因子、細胞應急)等的刺激而激活的一類絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶。包括Raf、MEKK1~4等。此酶被GTP結
促分裂原活化的蛋白激酶激酶激酶的基本信息
中文名稱促分裂原活化的蛋白激酶激酶激酶英文名稱mitogen-activated protein kinase kinase kinase;MAPKKK定 義受體外促分裂信號(包括生長因子、細胞因子、細胞應急)等的刺激而激活的一類絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶。包括Raf、MEKK1~4等。此酶被GTP結
泛素蛋白激酶的基本信息
中文名稱泛素蛋白激酶英文名稱ubiquitin-protein kinase定 義編號：EC 2.7.1.37。催化泛素磷酸化的酶。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），酶（二級學科）
泛素蛋白激酶的基本信息
中文名稱泛素蛋白激酶英文名稱ubiquitin-protein kinase定 義編號：EC 2.7.1.37。催化泛素磷酸化的酶。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），酶（二級學科）
受體蛋白激酶的基本信息
受體蛋白激酶，其中具有酶活性的受體，胞外部分與配基相識別，胞內部分具有激酶活性，故亦稱之。編號：EC2.7.1.37。具有細胞外受體結構域的蛋白激酶，為穿膜蛋白。膜外信號物質與受體結合后，激活膜內的激酶活性域。?
酪蛋白激酶的基本信息
中文名稱酪蛋白激酶英文名稱casein kinase;CK定 義催化肽鏈中鄰近酸性氨基酸殘基的絲氨酸/蘇氨酸磷酸化的酶。包括酪蛋白激酶1(CK1)和酪蛋白激酶2(CK2)。近來發現也能磷酸化酪氨酸殘基，具有廣譜底物特異性，因而具有多種生物功能。最初因能磷酸化酪蛋白而得此名，事實上CK2在體內并不參
受體蛋白激酶的基本信息
受體蛋白激酶，其中具有酶活性的受體，胞外部分與配基相識別，胞內部分具有激酶活性，故亦稱之。編號：EC2.7.1.37。具有細胞外受體結構域的蛋白激酶，為穿膜蛋白。膜外信號物質與受體結合后，激活膜內的激酶活性域。