昆明動物所在生物多樣性監測方法研究上取得突破
那些令人毛骨悚然的昆蟲、令人驚聲尖叫的小爬蟲們，它們不再只是我們兒時玩伴藏匿在盒子里的“驚喜”，這些小蟲子其實有著更為神奇的作用——監測環境中的生物多樣性。 中國科學院昆明動物研究所研究員Douglas Yu領導的團隊研究發現，通過對一定區域內昆蟲樣本的混合DNA測序，可以對該區域的生物多樣性進行編目和監測。 該研究團隊近期于國際生態學前沿雜志Ecology Letters上發表的文章展示了高通量條形碼技術(metabarcoding)這一種新穎的生物多樣性監測手段，這種技術與依賴于大量分類學專家的傳統監測方法相比更為快速高效，同時可靠性高。 高通量條形碼技術最大的突破在于人們利用它可以更容易地監測環境變化和瀕危物種的狀況。此項技術應用范圍非常廣泛，它不僅可以幫助科學家在巴布亞新幾內亞尋找樹袋鼠、預測哪些蛾類將隨氣候變化而消失，還可以為科學家的生態恢復實驗進展進行監測，例如我國的生態橡膠林恢復項目、......閱讀全文
我國蛇類DNA條形碼參考數據集發布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/498440.shtm
中國蛇類DNA條形碼參考數據集發布
中國科學院昆明動物研究所（以下簡稱昆明動物所）研究員車靜課題組聯合國內科研團隊開展合作，首次系統性構建了中國蛇類DNA條形碼參考數據集（COI），對中國蛇類多樣性進行了評估。日前，相關研究成果發表于《分子生態學資源》（Molecular Ecology Resources）。 據了解，兩棲爬行
高通量測序數據分析
1. 是不是一定要用大型計算機? 除了序列拼接組裝以外，其它分析不是一定要大型計算機，在普通的PC上也可以進行一些處理，當然，買一臺或幾臺高性能的工作站電腦，能顯著加快數據處理的速度。 2. 是不是一定要用Linux系統? 也不一定非用Linux不可，在Window下可以完成部分數據處理。
中草藥DNA條形碼高通量測序一體機HMBI－G30在京發布
近日，由中國中醫科學院中藥研究所和華大智造科技有限公司聯合開發的中草藥DNA條形碼高通量基因測序一體機HMBI-G30在北京完成驗收評審并發布。HMBI－G30是我國具有完全自主知識產權的全球首創中草藥基因測序智能鑒定儀，具有重大的科研和產業價值。 準確鑒定草藥基原物種的國際化通用方法，已成為
我國構建近海生物DNA條形碼數據庫－滿足科研需求
科技部18日透露，通過科技基礎性工作專項部署了“我國近海海洋生物DNA條形碼資源庫構建”重點項目，具體由中國科學院海洋研究所承擔。根據不同類群的特點，項目將選擇有代表性的重要海洋生物類群，如原核生物、植物、浮游動物、大型底棲無脊椎動物及魚類等，在準確形態鑒定的基礎上，系統并規模化地獲取
昆明動物所在生物多樣性監測方法研究上取得突破
那些令人毛骨悚然的昆蟲、令人驚聲尖叫的小爬蟲們，它們不再只是我們兒時玩伴藏匿在盒子里的“驚喜”，這些小蟲子其實有著更為神奇的作用——監測環境中的生物多樣性。 中國科學院昆明動物研究所研究員Douglas Yu領導的團隊研究發現，通過對一定區域內昆蟲樣本的混合DNA測序，可以對該區域的生
DNA條形碼技術介紹
DNA條形碼技術是通過DNA序列對物種進行快速、準確識別的技術。該技術為研究物種的進化 規律 、遺傳變異、系統發育以及生物多樣性等提供理論依據。由于該技術具有利用生物種群中的某些遺傳保守性很強的DNA片段進行物種鑒定和親緣關系的定位，了解其分支來源，甚至可以預知其進化方向等，使其成為近年來生
DNA條形碼技術那點事
DNA條形碼技術是通過DNA序列對物種進行快速、準確識別的技術。該技術為研究物種的進化 規律 、遺傳變異、系統發育以及生物多樣性等提供理論依據。由于該技術具有利用生物種群中的某些遺傳保守性很強的DNA片段進行物種鑒定和親緣關系的定位，了解其分支來源，甚至可以預知其進化方向等，使其成為近年來生物分
漁業生物DNA條形碼信息采集與數據庫構建工作會議召開
2014年9月11日至13日，科技基礎性工作專項“我國重要漁業生物DNA條形碼信息采集及其數據庫構建”重點項目在青島召開項目年度工作會議暨學術研討會。專家組成員、科技部基礎研究司有關同志出席了會議。 “我國重要漁業生物DNA條形碼信息采集及其數據庫構建”重點項目自2013年6月啟動以來，各
版納植物園在構建木材樹種DNA條形碼數據庫方面獲進展
木材樹種是一類與人類息息相關的重要資源植物，對于維持全球生態系統服務功能和生物多樣性保護具有重要價值。然而，木材非法活動經常出現在盜砍盜伐、非法加工和出口、虛假申報以規避瀕危物種國際貿易公約（CITES）或避稅等過程中，因此開發準確、快速的木材樹種鑒定工具，對于遏制盜砍盜伐和相關非法貿易、保護生
昆明動物所在生物多樣性快速監測方法研究中取得進展
近期，中國科學院昆明動物研究所研究員Douglas Yu課題組在Methods in Ecology and Evolution（MEE）上發表了第一篇描述“生物多樣性湯（Biodiversity Soup）”這一高通量條形碼技術流程的論文。如今，高通量條形碼技術在環境保護和管理相關決策研究中的
研究開發出小分子RNA高通量測序數據整合分析軟件
高通量測序技術的普及帶來測序數據的高速增加，但分析工具的發展卻遠遠跟不上研究的需要。目前大多數高通量測序數據分析工具的用戶對象是具備一定數據分析能力的研究人員，大量的數據分析任務仍然落在少數生物信息實驗室上，嚴重阻礙了整個研究領域的發展。功能更強大、使用更方便的生物信息分析工具亟待開發
辨識中藥真假可用DNA條形碼
對于黑白紋條形碼，習慣于逛超市購物的人們并不陌生。如今，致力中藥研究的科研人員研發出了DNA條形碼，并將這一技術用于中藥假藥的快速簡便識別。近日在天津市舉辦的中國科協第68期新觀點、新學說學術沙龍上，中國中醫科學院中藥研究所所長陳士林教授介紹了這一新技術。 “從分子遺傳學角度來看，物種表現
昆明動物所開發出適用于高通量異質性數據算法
挖掘腫瘤大數據有助于識別和總結腫瘤發生、發展過程的分子變化規律。然而，腫瘤組織高度異質性、批次效應等因素是腫瘤數據分析的重要難題，而目前常用的轉錄組數據分析方法對于腫瘤離群值極度敏感，容易產生假陰性結果。針對此，中國科學院昆明動物研究所科研人員開發了一種新的不依賴均一化、非參的高維大數據分析算法
圖像處理和函數型數據分析的高通量表型方法分析
高通量表型是植物學研究領域中的新興技術。許多自動化表型系統已在溫室和田間場景中得到了應用以研究植物的特征。其中最主要的創新之一是使用自動化圖像采集設備來獲取植物的原始圖像：在設定的時間點為大量的植物記錄多種類型（包括RGB、紅外、熒光和高光譜等）的高分辨率圖像。從圖像中我們可以處理和提取有用的表型特
分泌毒素的細菌分子“條形碼”現形
加拿大科學家發現了一種致病細菌中用來區分有益分子和有毒分子的“條形碼”系統。研究顯示，許多細菌可掃描遺傳密碼，以了解保留哪些蛋白質，排出哪些蛋白質。而這些被排出的蛋白質通常對人體細胞有毒，因此細菌區分蛋白質的能力對是否會導致傳染病至關重要。相關論文發表于最新一期《美國國家科學院院刊》雜志。最新研究負
食品條形碼“8”開頭無關轉基因
關于轉基因食品的安全性爭論還未停止，日前一條關于食品條形碼以"8"開頭即為轉基因食品的微博引起不少人的重視，聲稱條形碼以"8"開頭的即為轉基因食品。該微博同時認為，腫瘤的大面積爆發也與轉基因食品有關。對此，記者向有關專家求證，條形碼為"8"開頭與轉基因食品之間并無必然聯系，國內所實行的編碼標準也
高通量測序
高通量測序技術又稱“下一代”測序技術，以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。高通量測序包括：大規模平行簽名測序、聚合酶克隆、454焦磷酸測序、離子半導體測序和DNA 納米球測序等技術。 高通量測序技術是對傳統測序一次革命性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條DN
商業條形碼檢測儀常用款型
CCD掃描器，激光手持式掃描器和全角度激光掃描器二種。? 一、HHP QC條形碼檢測儀是利用光電藕合(HHP)原理，對條形碼印刷圖案進行成像，然后再譯碼。它的優勢是：無轉軸，馬達，使用壽命長；價格便宜。HHP因戰略原因，從2012年停產全線所有檢測儀相關產品，專注于條碼掃描槍的業務。? 選擇C
條形碼8字開頭是轉基因食品？
近日，一篇“8開頭的條形碼是轉基因食品”的帖子又在網上流轉開來。信息時報記者多方求證了解到，該說法并不準確，條形碼開頭數字代表的是區域而非產品，而目前國內對于商品條形碼并沒有強制標準。此外，轉基因食品必須在外包裝文字說明，消費者通過外包裝便可以辨別商品是否轉基因。 “8”字開頭不特指產品只代
實驗室型高通量植物表型平臺簡介
實驗室型高通量植物表型平臺可以全自動、高通量對大量小植株進行成像的系統，可以選擇配置可見光（VIS）成像、近紅外（NIR）成像、紅外（IR）成像、熒光成像或激光掃描3D成像（只適合高度15 cm以下的小植株）中的一種或多種。成像系統帶程控移動裝置，可以在X軸和Y軸上進行移動，并配有射頻或條形碼讀
測序黑馬10X－Genomics正式發售GemCode平臺
2015年7月3日，10X Genomics公司于本周宣布正式發售GemCode測序平臺。這家堪稱測序黑馬的公司在2月份的AGBT 2015大會上推出這款儀器，引起業界關注。GemCode平臺能夠與現有的短讀取測序儀互補，產生長片段信息（10-100 kb），實現結構變異和單體型等分析。GemC
北京大學湯富酬等團隊發布單細胞測序技術最新研究成果
基于第三代測序（TGS）平臺的單細胞RNA-seq技術的進步加速了生物學研究。自2016年以來，已經開發了幾種基于TGS平臺的單細胞RNA-seq方法。由于受到低準確度和靈敏度的限制，它們要么結合基于NGS平臺的方法降低錯誤率，要么通過犧牲通量來提高檢測率。 2023年1月11日，北京大學湯富
帶您了解基因測序技術的發展
在生物多樣性急劇減少和物種消失的時代，有時被稱為“第六次大滅絕”或“全新世滅絕”，人們對開發有效的生物多樣性研究和監測工具提出了很高的要求。迄今為止，世界各地的分類學家已經描述了超過170萬個物種。然而，這只是地球上預計存在的數百萬生物的一小部分。當試圖使用傳統的基于形態學的方法對所有物種進行分
高通量測序原理
高通量測序原理是將基因組 DNA 片斷化，然后克隆到質粒載體上，再轉化大腸桿菌。對于每個測序反應，挑出單克隆，并純化質粒 DNA。高通量是相對于第一代測序的，第一代測序只能一次測1個樣品的1段序列，產生的數據量相對來說很小，而高通量測序一次能夠產生的數據量在幾十G上百G，可以一次測很多的樣本。高通量
高通量測序原理
高通量測序原理是將基因組 DNA 片斷化，然后克隆到質粒載體上，再轉化大腸桿菌。對于每個測序反應，挑出單克隆，并純化質粒 DNA。高通量是相對于第一代測序的，第一代測序只能一次測1個樣品的1段序列，產生的數據量相對來說很小，而高通量測序一次能夠產生的數據量在幾十G上百G，可以一次測很多的樣本。高通量
高通量測序技術
沒有測序的癌癥診斷是不完整的，完整的癌癥診斷應該包括一系列基于細胞遺傳學技術、熒光原位雜交技術、標準分子技術以及NGS的預后與預測性分析。對于早期癌癥患者來說，NGS序列分析在多種癌癥的篩查技術中具有不容忽視的代表性;而對于晚期癌癥患者，大量的侵入性測試往往只能篩查出少數幾個藥物靶點。 隨
高通量測序原理
高通量測序原理是將基因組 DNA 片斷化，然后克隆到質粒載體上，再轉化大腸桿菌。對于每個測序反應，挑出單克隆，并純化質粒 DNA。高通量是相對于第一代測序的，第一代測序只能一次測1個樣品的1段序列，產生的數據量相對來說很小，而高通量測序一次能夠產生的數據量在幾十G上百G，可以一次測很多的樣本。高通量
研究人員提出大尺度生物多樣性監測方法
近日，中國科學院昆明動物研究所Douglas Yu課題組在《自然—生態學與進化》雜志上發表文章對實現大尺度生物多樣性監測方法進行展望，為環境保護政策的制定提供了全面的科學依據。 大尺度實時生物多樣性管理監測，對精細研究生物多樣性格局動態和物種適應策略、預測生物興衰和分布格局態勢有重要意義。《中
專家提議建立青藏高原雪豹DNA條形碼
“未來，針對雪豹的野生種群還要做一些遺傳多樣性評估，遺傳多樣性評估對恢復種群有很大的作用，確定雪豹的指紋或者DNA條形碼后，從野外毛發中就可以檢測在這個區域里面大概有多少只雪豹。”11日，省部共建三江源生態與高原農牧業國家重點實驗室常務副主任祁得林教授表示。 據祁得林教授介紹，通過建立雪豹DN