我國科學家完成普通野生稻全基因組框架圖譜繪制
2010年8月，中國科學院昆明植物研究所植物種質資源與基因組學研究中心中科院“百人計劃”和云南省首屆高端科技人才入選者研究員帶領的植物種質資源、基因組學與生物信息學團隊，歷時一年，運用新一代高通量測序技術以及基于高性能超算的生物信息學分析，對野生稻全基因組測序取得了階段性重大成果。日前已經完成了普通野生稻基因組高覆蓋的序列測定、拼接和組裝工作，獲得了普通野生稻全基因組從頭測序的框架圖，基因組圖譜已達到國際領先的基因組圖譜標準。這是我國科學家自主完成的第一個野生稻全基因組測序計劃，也是世界上第一個完成的高雜合度野生稻全基因組框架圖譜。 本項目的完成主要依托于2009年底順利通過了國家驗收的國家大科學工程中國西南野生生物種質資源庫先進的基因組學與生物信息學平臺。測序工作主要由第二代高通量測序儀Solexa GA II完成，生物信息學分析則依托于種質資源庫建成的“中國科學院超算中心西南分中心”10萬億次/秒的計算能力、......閱讀全文
羅氏454測序用于野生雙峰駝基因組圖譜繪制
中國及中亞細亞溫帶荒漠地區的駱駝均為雙峰駱駝(Bactrian camel)，中國的雙峰駝集中分布于內蒙古西部、寧夏、新疆、甘肅的溫帶荒漠和荒漠草原區，占全國總駝數的95%。且中國尚有數量比大熊貓還少的世界珍稀瀕危動物―野生雙峰駝存在。內蒙古阿拉善盟是中國駱駝最多的地區，擁有雙峰駝10萬峰以
中國科學家完成水稻5個“近親”基因組測序
中國科學家３日說，他們完成了亞洲栽培稻（一般稱為水稻）５個“近親”的全基因組測序，獲得了高質量的基因組參考序列。這有望進一步推動水稻品種的改良。 中國科學家在美國《國家科學院學報》上報告說，他們從２００７年至今，自主完成了尼瓦拉野生稻、非洲栽培稻、短舌野生稻、展穎野生稻和南方野生
我國科學家完成普通野生稻全基因組框架圖譜繪制
2010年8月，中國科學院昆明植物研究所植物種質資源與基因組學研究中心中科院“百人計劃”和云南省首屆高端科技人才入選者研究員帶領的植物種質資源、基因組學與生物信息學團隊，歷時一年，運用新一代高通量測序技術以及基于高性能超算的生物信息學分析，對野生稻全基因組測序取得了階段性重大成果。日前
昆明植物所破譯稻屬植物5個物種全基因組
亞洲栽培稻（一般稱為水稻）是世界上最重要的糧食作物之一，是中國第一大糧食作物，養活了80％以上的中國人口。在水稻與其它約23個物種共同組成的稻屬植物中，它和7個稻種（普通野生稻、尼瓦拉野生稻、非洲栽培稻、短舌野生稻、展穎野生稻、長雄蕊野生稻和南方野生稻）都是AA基因組類型，這些水稻近緣物種間斷分
高通量測序技術實現繪制人類視網膜高精度發育細胞圖譜
人類胚胎發育從受精卵開始，經過著床前胚胎發育（胚內和胚外組織的產生），原腸胚產生（三胚層的特化）和器官發生等階段，最終新生兒出生。人類胚胎發育從單個細胞到上萬億個細胞，歷時二百八十天，整個過程的基因表達受到多種因素的精細調控，其中很多機制尚未明確。 為了解析人類胚胎發育各個階段的基因表達調控網
科學家揭示水稻“編碼基因集”－有助提升產量
北京時間1月16日，《自然-遺傳學》雜志在線發表了中國科學家題為“泛基因組分析揭示栽培稻和野生稻中基因組變異”的研究論文，該研究首次繪制了栽培稻-野生稻的泛基因組圖譜，有助于育種家充分利用各類群水稻豐富的遺傳變異，進一步提升中國水稻的產量潛力等。 這項研究由中科院分子植物科學卓越創新中心/植物
迄今分辨率最高的野生稻栽培稻泛基因組圖譜繪就
亞洲栽培稻馴化歷史可追溯至一萬年前的普通野生稻。 面對全球人口增長和氣候變化加劇的雙重壓力，如何將野生稻歷經萬年錘煉的“生存智慧”注入現代品種，培育出兼具高產潛力與抗病抗逆特性的“超級水稻”已成為重要研究課題。然而，傳統依賴單一參考基因組的研究模式譬如以管窺天，僅能捕捉水稻遺傳多樣性的冰山一角。
遺傳發育所等完成短花藥野生稻基因組測序及分析
稻屬是從事植物比較、進化和功能基因組學研究的理想系統。野生稻蘊含著寶貴的基因資源。為了更好地利用稻屬的野生資源，美國亞利桑那大學的Rod Wing教授在2009年發起了國際稻屬基因組計劃(I-OMAP)，旨在構建稻屬所有物種的全基因組序列圖譜，并在此基礎上開展比較、進化和功能基因組學研究。
上海生科所Nature基因組研究新成果
近日來自中科院上海生命科學研究院、日本國立遺傳學研究所和中國農業科學院的研究人員通過繪制水稻基因組變異圖譜揭示栽培稻(cultivated rice)的起源，相關論文“A map of rice genome variation reveals the origin of cultivate
中科院，上海師范大學Nature－Genetics發文：
來自中科院植物生理生態研究所，上海師范大學生命與環境科學學院等處的研究人員發表了題為“Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wild rice”的文章，通過泛基因組分析揭示
小麥野生遠祖基因組測序完成
11月15日出版的《自然》雜志刊登了一篇研究論文稱，美國加州大學戴維斯分校科學家領導的國際團隊，成功為小麥的一種野生遠祖——節節麥（Aegilops tauschii）進行了基因組測序，向破解小麥基因組難題邁進了一步。 作為全球主要糧食作物，小麥為人類提供了超過20%碳水化合物和23%蛋白質等
PNAS：單細胞測序繪制大腦的細胞圖譜
斯坦福大學的著名學者Stephen Quake及其同事本周在《美國科學院院刊》（PNAS）上發表文章，介紹了人類腦細胞的單細胞轉錄組測序研究成果。 研究小組對近500個成人或胎兒腦細胞進行了單細胞RNA測序。利用這種方法，他們能夠鑒定出大腦中所有主要的細胞類型，并確定神經元的亞型。他們還觀察了
基因組高通量測序的原理
測序方案建立在雙脫氧測序法(Sanger等，1977)的基礎上。為了從每一克隆插入片段兩端成對地進行測序，每一個質粒模板DNA板應配備兩個384孔循環測序反應板。測序反應采用Big Dye Terminator chemistry version 3．1(AppliedBiosystems)和標準M
作物基因組學研究進展
摘要：農作物基因組學研究的發展，對于有效利用現代分子生物學手段進行物種的遺傳改良發揮了重要作用。隨著測序技術的發展，已經實現對重要農作物，如水稻、小麥、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因組的測序或重測序，在此基礎上完成對控制重要農藝性狀基因的克隆和鑒定。本文綜述了２０１７年度主要農作物基因組
我國學者成功完成小麥A基因組的測序和精細圖譜繪制
小麥是全球最重要的糧食作物，養活了世界上40%的人口，提供了人類所需熱能和蛋白質的20%。我國是世界上小麥生產和消費大國，常年種植面積為2,400萬公頃左右，年產量近1.3億噸。生產上廣泛種植的普通小麥是一個經兩次自然雜交而形成異源六倍體，含有A、B和D三個亞基因組，其基因組大（約17 Gb，是
作物基因組學研究進展（一）
作物基因組學研究進展農作物基因組學研究的發展，對于有效利用現代分子生物學手段進行物種的遺傳改良發揮了重要作用。隨著測序技術的發展，已經實現對重要農作物，如水稻、小麥、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因組的測序或重測序，在此基礎上完成對控制重要農藝性狀基因的克隆和鑒定。本文綜述了２０１8年度主要農
中科院、華大基因Nature子刊測序新成果
來自中科院遺傳與發育生物學研究所、深圳華大基因研究院和亞利桑那大學等機構的研究人員完成了對短花藥野生稻(Oryza brachyantha)的全基因組測序，并揭示出了稻屬基因組進化的機制。相關成果發表在3月12日的《自然通訊》(Nature Communications)雜志上。
我科學家參與完成非洲稻基因組測序
最近，美國亞利桑那大學（UA）研究人員帶領的一個國際研究小組，完成了非洲稻（Oryza glaberrima）的全基因組測序。中科院遺傳與發育生物學研究所的陳明生（Mingsheng Chen）和Jinfeng Chen也參與了此項研究工作。相關研究結果，以“The genome sequenc
高通量測序
高通量測序技術又稱“下一代”測序技術，以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。高通量測序包括：大規模平行簽名測序、聚合酶克隆、454焦磷酸測序、離子半導體測序和DNA 納米球測序等技術。 高通量測序技術是對傳統測序一次革命性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條DN
超級泛基因組助水稻種質資源遺傳變異挖掘利用
?水稻泛NLRs家族基因的共線性位點（左）；基于全基因組SNPs的水稻系統發生樹（右）。中國農科院供圖 近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所與國內多家高校、科研單位合作，組裝了251份高質量的水稻基因組，構建了目前植物中群體規模最大、基因組充分注釋、稻屬中最為系統的超級泛基因組。該圖譜
我國學者在野生稻基因解析和種質資源利用領域取得進展
圖普通野生稻和亞洲栽培稻泛基因組及進化分析 在國家自然科學基金項目（批準號：32388201）等資助下，中國科學院分子植物科學卓越創新中心韓斌院士團隊完成了145份亞洲栽培稻及普通野生稻的參考基因組級別的基因組組裝，繪制了高質量“野生稻-栽培稻泛基因組圖譜”，系統挖掘了普通野生稻廣泛的遺傳多樣
植生生態所等在水稻馴化起源研究中取得新突破
?????? 最近，中國科學院上海生命科學研究院植物生理生態研究所國家基因研究中心韓斌課題組與中國水稻研究所及日本國立遺傳所等單位合作，于10月4日在《自然》雜志在線發表了題為“水稻全基因組遺傳變異圖譜的構建及馴化起源”的論文。 水稻、小麥等農作物的馴化、栽培對人類文明的進程產生過重大的影響，
《2022中國農業科學重大進展》報告發布
12月16日，2022中國農業農村科技發展高峰論壇暨中國現代農業發展論壇在北京召開。論壇上發布了《2022中國農業科學重大進展》報告，該報告由中國農業科學院科技管理局和農業信息研究所科技情報分析與評估創新團隊研制，遴選了10項能夠充分代表2021年我國農業科技前沿研究水平、取得重大突破性進展的基礎科
Cell：單細胞測序繪制骨髓基質細胞全景圖譜
最新發布在Cell上的一項研究表明，單細胞測序可以繪制骨髓基質細胞的完整類群，并為白血病研究提供新的視角。這一新研究由美國哈佛大學的David T. Scadden教授和馬薩諸塞州綜合醫院Broad研究所的Aviv Regev團隊合作而成。他們創新地使用單細胞RNA測序（scRNA-seq）技術
關于基因組高通量測序的基本介紹
高通量測序技術是對傳統測序一次革命性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定，因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(next generation sequencing)足見其劃時代的改變，同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測序(
高通量測序原理
高通量測序原理是將基因組 DNA 片斷化，然后克隆到質粒載體上，再轉化大腸桿菌。對于每個測序反應，挑出單克隆，并純化質粒 DNA。高通量是相對于第一代測序的，第一代測序只能一次測1個樣品的1段序列，產生的數據量相對來說很小，而高通量測序一次能夠產生的數據量在幾十G上百G，可以一次測很多的樣本。高通量
高通量測序原理
高通量測序原理是將基因組 DNA 片斷化，然后克隆到質粒載體上，再轉化大腸桿菌。對于每個測序反應，挑出單克隆，并純化質粒 DNA。高通量是相對于第一代測序的，第一代測序只能一次測1個樣品的1段序列，產生的數據量相對來說很小，而高通量測序一次能夠產生的數據量在幾十G上百G，可以一次測很多的樣本。高通量
高通量測序技術
沒有測序的癌癥診斷是不完整的，完整的癌癥診斷應該包括一系列基于細胞遺傳學技術、熒光原位雜交技術、標準分子技術以及NGS的預后與預測性分析。對于早期癌癥患者來說，NGS序列分析在多種癌癥的篩查技術中具有不容忽視的代表性;而對于晚期癌癥患者，大量的侵入性測試往往只能篩查出少數幾個藥物靶點。 隨
高通量測序原理
高通量測序原理是將基因組 DNA 片斷化，然后克隆到質粒載體上，再轉化大腸桿菌。對于每個測序反應，挑出單克隆，并純化質粒 DNA。高通量是相對于第一代測序的，第一代測序只能一次測1個樣品的1段序列，產生的數據量相對來說很小，而高通量測序一次能夠產生的數據量在幾十G上百G，可以一次測很多的樣本。高通量
高通量DNA測序法可繪制全腦神經連線圖
美國神經科學家團隊提出了一種全新的革命性方法，以獲得小鼠的全腦神經元連接圖。相關研究成果刊載于10月23日《公共科學圖書館·生物學》雜志上。