ProteomeandPhosphoproteomeQuantificationbyDIAonOrbitrap（二）
FIGURE 2. Comparison of DDA and DIA raw data. (A) Comparison of MS1 base peak chromatograms. (B) Comparison of zoomedin chromatograms. (C) Composite score distribution of targets and decoys of DIA data. DDA ID results were imported into Skyline as spectral library for DIA data processing. mProphet was used to perform statistical analysis of targets and decoys, and generated Q value for result refinem......閱讀全文
Proteome－and－Phosphoproteome－Quantification－by－DIA－on－Orbitrap－（二）
FIGURE 2. Comparison of DDA and DIA raw data. (A) Comparison of MS1 base peak chromatograms. (B) Comparison of zoomedin chromatograms. (C) Composi
Proteome－and－Phosphoproteome－Quantification－by－DIA－on－Orbitrap－（一）
Overview1) Purpose: Data Independent Acquisition (DIA) has been applied for large-scale protein and PTM quantification on the Thermo Scientific ?
數據非依賴采集DIA－解決方案（四）
Skyline 軟件Skyline 軟件是華盛頓大學 MacCoss 教授實驗室開發的目標蛋白質組學分析軟件（https://skyline.gs.washington.edu），是 DIA/SWATH 數據處理的權威工具，由于功能全面、性能強大而受到普遍認可，是目前使用最廣泛的 DIA/S
精確修飾位點譜圖庫的建立與磷酸化蛋白質組的－DIA－解析3
結果顯示，從 DIA 數據中提取、定量到 6401 條可信的磷酸化肽，占譜圖庫磷酸化肽總數（6505 條）的 98.4%（圖 5）。磷酸化肽的豐度和離子化效率普遍較低，本實驗如此高的解析成功率表明，基于 Orbitrap 的 DIA 數據具有極高的譜圖質量和出色的靈敏度。??圖5. DIA可
Multiple－studies－with－a－single－experiment:－The－Power－of－...（七）
SPS TMT Method Development- What is New on Lumos?Multiplexing On the Benchtop Orbitrap System (Q Exactive Series)??Take advantage of segmented quadrup
數據非依賴采集DIA－解決方案（五）
九、相關產品Q Exactive 系列 Orbitrap 超高分辨質譜儀（Q Exactive、Q Exactive Plus 和 Q Exactive HF）?UltiMate ? 3000 RSLCnano 納升超高效液相色譜儀?Orbitrap Fusion“三合一”系列 Orbitrap 超
一小時DDA鑒定DIA定量4000個Hela蛋白（一）
引言數據非依賴性的掃描模式（data-independent acquisition, DIA）是近幾年來發展的一種新的質譜數據采集方式[1]。它的理念是用二級碎片離子進行蛋白相對/絕對定量。 DIA 掃描模式中，超高分辨質譜對特定質量范圍內的所有母離子進行碎裂，采集所有母離子的碎片離子，并
定量蛋白質組學質譜采集技術進展（四）
無論是相對定量還是絕對定量方法,DIA很好地克服了DDA鳥槍法和SRM目標監測的種種不足, 在定量蛋白質組學中具有良好的應用前景。然而,目前DIA 方法的循環時間仍然較長,只能與納流液相聯用,并使用較長的梯度以獲得足夠的色譜峰寬,限制了DIA 的應用范圍。這也是DIA 技術下一步需要解決
一小時－DDA－鑒定－DIA－定量－4000－個－Hela－蛋白（一）
引言數據非依賴性的掃描模式（data-independent acquisition, DIA）是近幾年來發展的一種新的質譜數據采集方式[1]。它的理念是用二級碎片離子進行蛋白相對/絕對定量。DIA 掃描模式中，超高分辨質譜對特定質量范圍內的所有母離子進行碎裂，采集所有母離子的碎片離子，并快
Multiple－studies－with－a－single－experiment:－The－Power－of－...（四）
Better Ion Transmission With Segmented Quadrupole?Segmented Quadrupole ?Improved transmission across m/z range and for narrow windows?Brighter Source
精確修飾位點譜圖庫的建立與磷酸化蛋白質組的－DIA－解析1
引言 數據非依賴采集（Data-Independent Acquisition, DIA）是當前最熱門的質譜采集技術之一，它以非目標的方式將質量范圍分為若干窗口，依次并循環采集窗口內所有母離子的二級碎片[1,2]。DIA 與 SRM 類似，也是基于子離子（transition）定量，相比
創新數據非依賴性采集用于復雜基質目標蛋白質...（一）
創新數據非依賴性采集用于復雜基質目標蛋白質的定量分析摘要 數據非依賴性采集(DIA)是隨著定量蛋白質組學而建立的質譜掃描技術。DIA 能夠獲得掃描范圍內所有母離子及二級子離子信息,不會造成低豐度離子信息的丟失,同時突破了高分辨質譜二級定量的通量限制。本研究基于靜電場軌道阱Q-qIT-OT 三
Quantification－made－easy
With the aid of spectroscopy, the quantitative analysis of nucleic acids and proteins has established itself as a routine method in many laboratories.
創新數據非依賴性采集用于復雜基質目標蛋白質...（二）
肽段納流液相分離的出峰時間一般在30 s 以上,因此在合適的循環時間內,3 種DIA 方法可以根據樣本復雜程度靈活調節質量范圍、分辨率、選擇窗口等參數,達到最佳分析效果。例如,分析分子量較大的肽段時,質量范圍可以調整為m / z 400 ~1200 或更寬。??圖1 基于Q-qIT-OT 的
技術推廣－DIA+PRM技術，全蛋白篩選及目標蛋白驗證一體化
隨著質譜儀器的不斷更新換代，蛋白組學的技術也不斷的革新，從最早的2-D電泳技術到基于LC-MSMS的蛋白定性；從Labelfree 技術到標記定量iTRAQ/TMT技術以及時下備受推崇的DIA/SWATH技術、PRM/MRM技術，每一次的技術革新都使得蛋白組學研究更上一階。 當下蛋白組學研究中
Orbitrap－Exploris－480－DIA短梯度鑒定酒精性肝病生物標志物
以患者和/或家屬回憶和口述的飲酒史作為兩種疾病鑒別的主要依據, 得非常不可靠和牽強 非酒精性脂肪性肝病 (nonalcoholic fatty liver disease, NAFLD) 診斷要點 無飲酒史或飲酒折合乙醇量男性每周2有助于診斷； 肝臟B超或CT檢查有典型表現； 排除嗜肝
一小時－DDA－鑒定－DIA－定量－4000－個－Hela－蛋白（二）
500 ng Hela 細胞裂解液用相同的色譜柱，相同的色譜梯度，將 QE HF 切換至 DIA 掃描模式進行 3 次 DIA 數據采集。在一次掃描循環中，目標母離子質核比范圍 400–1000，四極桿的隔離窗口為 12 Da，包含 50 次 MS/MS 掃描。每一張 MS/MS 譜圖中
強強聯合（脂質組+DIA），IF>10（二）
5.聚類分析為了進一步識別人群隊列中潛在的相似代謝，基于KODAMA值進行partition around medoids clustering分析，鑒定到4個cluster(A,B,C,D)。比較有意思的是，不同cluster的PEs的發生具有顯著差異，分別是Cluster A：71%，Clust
一小時DDA鑒定DIA定量4000個Hela蛋白（二）
Skyline 中嵌入的 mProphet 軟件會根據同一肽段的多個子離子峰的 feature 進行打分。 Feature 包括子離子共流出峰形、保留時間偏差、 dotp 值、信噪比等。為了區分假陽性的子離子峰， mProphet 可以建立 decoy 庫，也可以將打分排名第二的肽段作為decoy，
數據非依賴采集DIA－解決方案（二）
二、特點與優勢?數據非依賴采集（DIA）：? 采集所有離子及碎片譜圖，不丟失任何信息，重現性好；? 數據易于追溯，即使目前的水平無法發現某些蛋白/ 化合物，未來可以回溯；? 無需優化方法，對于易降解樣品可以即刻采集，獲得數據后再深入挖掘；? 基于碎片離子（即母子離子對）定量，選擇性好，與 SRM/M
定量蛋白質組學質譜采集技術進展（三）
然而PRM 的分析通量不如SRM。PRM 能同時監測最多10 ~15 個母離子,而SRM 能同時監測上百個離子對,因為高分辨質譜的有效掃描速度通常只有10 ~15 Hz,遠慢于SRM 的有效掃描速度。但是這一問題正逐步得到解決,多重累積(Multiplexing, MSX)技術的發展和使用有
如虎添翼——Proteome－Discoverer?－軟件3.1版本重磅發布
軟件更新? 在正在舉行的ASMS 2023的會議上，賽默飛世爾公司重磅推出了革命性的Orbitrap Astral質譜儀。而作為一家剛柔并濟，均衡發展的公司，本次發布會中，除了在硬件領域有重大突破外，在軟件方面，我們也強勢推出了最新版的Proteome Discoverer (PD）3.1，C
PCR－Primers－For－Gene－Expression－Detection－or－Quantification
Why PrimerBank?PrimerBank is a public resource for PCR primers. These primers are designed for gene expression detection or quantification (real-time
基于QOTqIT－平臺的第二代“三合一”超高分辨質譜介紹
摘 要 Orbitrap Fusion Lumos 是基于Q-OT-qIT 平臺的第二代“三合一”質譜，通過離子入口、離子透鏡、四極桿、ETD和真空技術等方面的深度改進，將儀器整體性能優化至極致。配合“三合一”質譜魔法般的功能，Orbitrap Fusion Lumos 能夠有效應對蛋白
Thermo－Fisher－Scientific和Biognosys推出非相關數據采集（DIA）
分析測試百科網訊 在2017年6月4日-8日舉行的ASMS 2017上，世界科學服務領先供應商賽默飛世爾科技公司宣布與下一代蛋白質組學領導者Biognosys AG達成共同營銷協議，為數據庫的創建和數據處理研究，通過組合使用Orbitrap質譜儀和Spectronaut Pulsar軟件，為非相
Multiple－studies－with－a－single－experiment:－The－Power－of－－...（一）
Multiple studies with a single experiment: The Power of Quantitative Multiplexing Multiple studies with a single experiment: The Power of Quantitati
數據非依賴采集DIA－解決方案（一）
一、數據非依賴采集（DIA）隨著生命科學的快速發展，蛋白質組學的關注焦點和研究趨勢已經逐漸從定性轉向定量。定量蛋白質組學是對細胞、組織乃至完整生物體的蛋白質表達量及差異進行分析，對于生物過程機理的探索和臨床診斷標志物的發現與驗證具有重要意義。基于靜電場軌道阱 Orbitrap 的數據非依賴采集（Da
Orbitrap－Exploris－480：豐富的定量流程介紹（二）
平行反應監控（Parallel Reaction Monitoring, PRM）是Orbitrap系列儀器上的高分辨靶向定量方法，類似于三重四極桿質譜上的選擇反應監控（Selected Reaction Monitoring, SRM）,其是進行潛在標志物驗證的金標準方法之一。 但是PRM
Isolation－and－Quantification－of－Genomic－DNA－from－Mycobacterium－tuberculosis
Part A. Isolation of Nucleic AcidsNOTE: CAUTION! STEPS 1-10 SHOULD BE PERFORMED USING APPROPRIATE PROCEDURES FOR HANDLING MATERIAL POTENTIALLY CONTAMI
Orbitrap特點
orbitrap能做多級msLTQ Orbitrap組合型傅立葉轉換質譜將LTQ與獲得ZL的Orbitrap技術整合，在LTQ靈敏、快速的基礎上增加了軌道阱技術的高分辨率、高質量準確度的特點，具備了從復雜體系中快速、靈敏、可靠的檢測化合物的能力。LTQ-Orbitrap在質量準確度、分辨率以及多級質