國內首個菊花腦基因組測序納米孔測序再發高分論文
菊屬植物種類繁多，又含多種栽培種，兼具觀賞和藥用價值，且染色體組結構從2n=18到8n=72之間，十分復雜，多年來難以攻破。 中藥所所長陳士林研究員、副研究員宋馳博士等利用ONT平臺解析了可能代表栽培菊屬祖先基因組的二倍體菊花腦基因組，分析表明其演化受重復序列爆發和近期WGD事件的驅動，該基因組復制事件在約38.8個百萬年前將菊屬和向日葵分化開來；菊花腦觀賞及藥用性狀的變異與包含旁系同源基因組復制事件的基因組家族擴張有關。 那么究竟菊花基因組的任督二脈是怎樣被打通的？ 賞菊入門之基因組組裝 提取菊花腦()DNA并在ONT平臺生成總數據量105.2 Gb，經base calling后99.5Gb的數據被用于后續分析，同時采用二代數據進行序列校正及混合組裝，最終獲得24，051條contig序列，contigN50為130.7 kb，組裝基因組大小2.53 Gb，覆蓋了預估基因組的~82%。 賞菊小徑之基因注釋 研究......閱讀全文
國內首個菊花腦基因組測序納米孔測序再發高分論文
菊屬植物種類繁多，又含多種栽培種，兼具觀賞和藥用價值，且染色體組結構從2n=18到8n=72之間，十分復雜，多年來難以攻破。 中藥所所長陳士林研究員、副研究員宋馳博士等利用ONT平臺解析了可能代表栽培菊屬祖先基因組的二倍體菊花腦基因組，分析表明其演化受重復序列爆發和近期WGD事件的驅動，該基因
納米孔測序技術
測序長度和準確率的快速提升使得納米孔測序有望顛覆DNA測序市場。紐約威爾康奈爾醫學院的計算生物學家Christopher Mason喜歡在會議上表演一個“絕活”：他和同事先從志愿者手機上收集DNA樣本，然后就能在一個小時內現場進行譜系分析，甚至敘述志愿者一天的生活細節。“我們能從留在手機上的DNA信
納米孔測序搞定超級難搞的基因
Brenton Graveley是在2014年4月收到他的第一臺MinION測序儀的。他所在的康涅狄格大學實驗室是首批獲得Oxford Nanopore Technologies測序儀的客戶。盡管準確性不穩定，通量也不高，但Graveley和他的同事決定立刻就試試。 對于MinION，眾多討論
納米孔測序搞定超級難搞的基因
Brenton Graveley是在2014年4月收到他的第一臺MinION測序儀的。他所在的康涅狄格大學實驗室是首批獲得Oxford Nanopore Technologies測序儀的客戶。盡管準確性不穩定，通量也不高，但Graveley和他的同事決定立刻就試試。 對于MinION，眾多討論
詳解牛津納米孔測序儀
2014年的ASHG年會于10月18日開始在圣地亞哥舉行，有幸親眼目睹了牛津納米孔公司MinIon的現場演示，技術之創新，令人震驚!21日下午，牛津納米孔公司特地在旁邊的Hardrockho舉行了一個小型的封閉式的技術說明會，講解了納米孔的測試結果。 尺寸 MinION的尺寸之小，大大出乎我的
詳解牛津納米孔測序儀
?牛津納米孔測序儀在美國人類遺傳學學會年會上公布技術參數 2014年的ASHG年會于10月18日開始在圣地亞哥舉行，有幸親眼目睹了牛津納米孔公司MinIon的現場演示，技術之創新，令人震驚!21日下午，牛津納米孔公司特地在旁邊的Hardrockho舉行了一個小型的封閉式的技術說明會，講解了納米孔的
納米孔測序技術有望顛覆DNA測序市場？
Scott Tighe（左）等研究人員利用MinION設備在南極泰勒谷測序微生物DNA。 “我們能從手機上的殘留物預言誰剛吃了一個橘子或者誰吃了豬肉。”美國紐約威爾康奈爾醫學院計算生物學家Mason表示。你們相信嗎？Christopher Mason有一個喜歡在會議上展示的技巧。通過從志愿者手機
我國率先完成菊花全基因組測序
中國中醫科學院中藥研究所和安利植物研發中心對外發布消息稱，由他們共同發起的科研團隊，在菊花全基因組計劃獲重大進展的同時，還完成了重要的藥用菊花品種——杭白菊的全長轉錄組遺傳信息發掘。此舉使我國成為世界上首次完成菊屬植物菊花全基因組測序的國家。 據了解，菊屬植物染色體結構復雜，包含從2n=18到
納米孔測序技術發展簡介
隨著對DNA結構和序列的研究，DNA測序技術不斷發展，成為生命科學研究的核心領域，對生物、化學、電學、生命科學、醫學等領域的技術發展起到巨大的推動作用。利用納米孔研究出新型的快速、準確、低成本、高精度及高通量的DNA測序技術是后人類基因組計劃的熱點之一。 納米孔測序技術發展簡介 納米孔檢測技
英一公司稱研發出納米孔基因測序技術
早上起來刷個牙，就能順便檢測自己有沒有患癌癥或者老年癡呆的危險。這種便利方式離我們不遠了。英國一家公司首席技術官克萊夫·布朗24日在一次醫學會議上說，借助納米孔基因測序技術，有望很快實現測序儀微型化，從而使它們“無處不在”，持續監測我們的健康狀況。 納米孔基因測序技術采用微
納米孔測序聯合光學測繪揭示轉基因植物細節
索爾克的研究人員利用最新的DNA測序技術，在分子水平上研究植物插入新基因后會發生什么。 索爾克的研究人員繪制了具有最高分辨率的轉基因植物系基因組和表觀基因組圖，為了精確地揭示插入一段外源DNA后，在分子水平上會發生什么。他們的研究結果發表在2019年1月15日的PLOS Genetics，闡明
Nature－Methods：納米孔測序儀潛力無限
來自英國Oxford Nanopore公司的MinION是第一臺商業化的納米孔測序儀。它在帶來無限希望的同時，也承受著高錯誤率的質疑。英國伯明翰大學的Nicholas J. Loman和愛丁堡大學的Mick Watson在最新一期的《Nature Methods》上撰文，稱新開發的工具讓納米孔測
納米孔測序儀真機現身ASHG
英國Oxford Nanopore Technologies公司在年初的基因組生物學技術進展年會(AGBT)上發布了一款便攜式的基因組測序儀MinION，性能強勁，價格給力，引發市場轟動。然而，大半年過去了，納米孔測序儀卻遲遲不見蹤影，連更早發布的GridION也未上市。于是，生物界開始議論
納米孔測序的過去、現在和將來
縱觀測序技術的發展歷程，沒有哪一個技術像納米孔測序那樣慢熱，但也沒有哪一個技術像納米孔測序這么接近普羅大眾。將單鏈DNA拉過蛋白孔，檢測堿基穿過時電導的微小改變，納米孔測序的這一基礎理念已經有十幾年歷史了。 1996年哈佛大學的DanielBranton、加州大學的DavidDeamer及其同
－Oxford－Nanopore：納米孔測序儀開放試用
在上個月的美國人類遺傳學協會年會上，英國Oxford Nanopore Technologies公司宣布將啟動MinION測序儀的試用計劃。這次，它果然沒有食言。MinION試用計劃于11月25日啟動，將延續到2014年初，具體截止日期未定。 根據這項試用計劃，參與者須支付1,000美
納米孔技術有望顛覆DNA測序市場
Christopher Mason有一個喜歡在會議上展示的技巧。通過從志愿者手機上收集的化驗樣本獲取DNA，他和同事能在1個小時內現場進行譜系分析，甚至詳細描述出捐贈者一天的生活細節。“我們能從手機上的殘留物預言誰剛吃了一個橘子或者誰吃了豬肉。”美國紐約威爾康奈爾醫學院計算生物學家Mason表示
納米孔測序儀首次于失重環境下完成測序實驗
科學家們在失重環境下進行實驗，首次證實掌上測序儀MinION可以在太空中使用。 Johns Hopkins大學的遺傳學家Andrew Feinberg和Lindsay Rizzardi登上了NASA的低重力飛機，在模擬的失重環境下完成了遺傳學實驗。“我非常享受這種體驗，感覺就像置身天堂，”Fe
納米孔測序儀為何遲遲不見蹤影？
今年2月，英國Oxford Nanopore Technologies公司(以下簡稱Oxford)宣布推出一款便攜式的基因組測序儀MinION，約摸只有U盤大小，價格低于900美元，立即引發市場轟動。同時，該公司另一測序平臺GridION有望在15分鐘內完成人類基因組測序，費用約為1,500
武漢大學研發納米孔靶向測序檢測方法
記者從武漢大學獲悉：該校組建的聯合團隊創新性開發的納米孔靶向測序檢測方法，能夠大幅提升病毒陽性檢出率，并能實現當天同時檢測新冠病毒和其他10類40種常見呼吸道病毒并監測病毒突變，有助于破解臨床疑似病例難以確診的問題。 據介紹，既往新冠病毒診斷依賴于qPCR核酸檢測，但是該方法顯示出較高的假陰性
納米孔測序發現DNA損傷的新策略
最近，美國猶他大學的化學家們，設計了一種新的方法來檢測DNA化學損傷，DNA損傷有時會導致基因突變，引發許多疾病，包括各種癌癥和神經系統疾病。相關研究結果發表在十一月六日的《NatureCommunications》。 本文通訊作者、化學教授CynthiaBurrows說：“我們更進一步了解了
2013值得關注的技術：納米孔測序儀
《Nature Methods》雜志將2012年度技術授予了定向蛋白質組學(targeted proteomics)。同時，雜志還介紹了2013年值得關注的技術，包括納米孔測序儀(Disruptive nanopores)、微生物組功能研究(Probing microbiome func
納米孔測序發現DNA損傷的新策略
最近，美國猶他大學的化學家們，設計了一種新的方法來檢測DNA化學損傷，DNA損傷有時會導至基因突變，引發許多疾病，包括各種癌癥和神經系統疾病。相關研究結果發表在十一月六日的《Nature Communications》。延伸閱讀：科學家解開DNA修復的謎團。本文通訊作者、化學教授Cynthia
小小納米孔破解蛋白質測序難題
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/503589.shtm
納米孔測序的最低DNA量是多少
第三代測序技術則是基于納米孔的單分子讀取技術，全基因組的測序以及RNA-seq測序有DNA測序和RNA測序，之前比較早的測序是以芯片為基礎,這種方法讀取數據更快，現在常用的是二代測序。隨之而來的是第三代測序技術、有望大大降低測序成本。望滿意，目前比較高級的還有單細胞測序
利用納米孔測序技術揭示基因表達的染色質調控基礎
作為染色質的基本單元，核小體由大約147 bp的DNA和組蛋白八聚體（H2A, H2B, H3和H4）組成。核小體的動態定位和折疊組織會產生兩種不同的染色質狀態：“開放”（open）和“閉合”（closed）。核小體的定位和染色質狀態的動態變化對以DNA為模板的生物學過程（比如，轉錄、DNA復制
利用納米孔測序在100天內測序100種番茄
約翰霍普金斯大學的研究人員Michael Schatz概括了目前所做的工作和進展情況，而貝勒醫學院的研究人員Fritz Sedlazeck介紹了樣本選擇和結構變異檢測的詳細信息。 番茄是最有價值的經濟作物之一，在世界各地廣泛栽培。根據聯合國糧農組織的統計，2016年番茄產量達到1.77億噸，價
中醫科學院中藥所等完成菊花基因組測序
近日，中國中醫科學院中藥研究所和安利植物研發中心宣布，利用納米孔測序技術突破復雜基因組測序，該團隊在世界首次完成了菊屬植物菊花的全基因組測序，并完成了重要的藥用菊花品種——杭白菊的全長轉錄組遺傳信息發掘。相關研究成果和基因組數據已在中國中醫科學院中藥研究所官網及安利植物研發中心學術研究網站公布，
牛津納米孔測序將全面升級，回避IlluminaZL之戰
一直以來，牛津納米孔公司對其核心產品的微通道都持有保密態度，然而自測序巨頭Illumina公司對其進行專利訴訟之后，牛津納米孔透露了其最新設備的驅動因子——細菌孔隙，似乎有意回避Illumina的專利之戰。 納米孔測序被譽為是一個比傳統測序更便攜和實惠的技術，根據單核苷酸通過孔隙產生的電流變化
納米孔測序首次實現1－Mb的讀長
高通量測序的產量讓人驚嘆不已，但讀長卻屢屢遭人詬病。不過，從100 bp到1 kb，讀長始終在進步。近日，測序界傳來了一個激動人心的消息，澳大利亞Garvan研究所的研究人員利用Oxford Nanopore測序技術實現了> 1 Mb的讀長，這堪稱測序歷史上的一個里程碑。 Kinghorn臨床
PNAS：新技術實現納米孔內快速測序DNA
據《每日科學》近日報道，由美國華盛頓大學物理學家領導的研究小組設計了一種新技術，可在納米孔內對DNA進行快速測序，而且價格比較便宜。新方法可為癌癥、糖尿病或某些成癮患者量身繪制個性化基因測序藍圖，提供更加高效的個體醫療。相關論文發表于美國《國家科學院院刊》（PNAS）。 論文主要作者