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在使用殷賦云計算平臺的時候，有不少用戶對于如何選擇蛋白晶體結構存在疑問。本篇就這個話題做一些經驗分享。任何標準都有一個適用范圍。我們在這里只討論用于分子對接的蛋白晶體結構的選擇原則和方法。 1. 確定蛋白種屬 在實驗當中，研究人員通常使用動物模型（如小鼠）來研究人源蛋白。這樣做有許多原因，比如： 1） 無法獲得（提純分離）人源蛋白； 2） 需要在體內考察蛋白的功能，但無法直接進行人體臨床試驗； 3） 使用動物蛋白更方便、更便宜； 4） 其他限制因素。 而計算模擬則便利很多。如果我們真正的研究對象是人體，則一般情況下應當使用人源蛋白。但是，如果需要根據對接計算的結果去指導實驗或解釋實驗現象，或者開展后續實驗（如定點突變）對計算結果進行驗證，那么，原則上應當讓計算用的蛋白種屬與實驗一致，否則氨基酸序列可能對應不上。 比如，在UniprotKB數據庫（https://www.uni......閱讀全文
在使用殷賦云計算平臺的時候，有不少用戶對于如何選擇蛋白晶體結構存在疑問。本篇就這個話題做一些經驗分享。任何標準都有一個適用范圍。我們在這里只討論用于分子對接的蛋白晶體結構的選擇原則和方法。1. 確定蛋白種屬在實驗當中，研究人員通常使用動物模型（如小鼠）來研究人源蛋白。這樣做有許多原因，比如：1） 無
時間總是過得很快，2016年馬上就要過去了，迎接我們的將是嶄新的2017年，2016年，我國有很多優秀科研機構的科學家們都做出了意義重大、影響深遠的研究成果，發表在國際頂級期刊上。本文中小編盤點了2016年我國科學家發表的一些重磅級研究，以饕讀者。 --結構生物學 -- 1.清華大學 施一
X射線晶體衍射技術（X-RAY CRYSTALLOGRAPHY）即將成為歷史，低溫電子顯微技術（CRYO-ELECTRON MICROSCOPY）引起了揭示細胞內隱秘機制的革命。 在劍橋大學一幢建筑的地下室里，一場技術革命正在醞釀。 一個笨重的、大約3米高的金屬盒子通過連接細胞的橙色纜線，安
X射線晶體衍射技術（X-RAY CRYSTALLOGRAPHY）即將成為歷史，低溫電子顯微技術（CRYO-ELECTRON MICROSCOPY）引起了揭示細胞內隱秘機制的革命。 在劍橋大學一幢建筑的地下室里，一場技術革命正在醞釀。 一個笨重的、大約3米高的金屬盒子通過連接細胞的橙色纜線，
自DNA重組技術和蛋白親和純化方法問世以來，研究人員利用蛋白異源表達純化技術與X射線晶體衍射學方法解析了大量蛋白的高分辨結構，極大地豐富了我們對細胞中各種重要生命過程分子機制的認知【1】。然而這種方法需要大量高純度蛋白樣品，無法應用于異源系統表達量較低或或不易結晶的蛋白樣品，比如大的蛋白復合物。
2017年10月4日/生物谷BIOON/---在人們的一片猜測中，2017年諾貝爾化學獎終于揭曉了！當地時間2017年10月4日，瑞典皇家科學院在斯德哥爾摩宣布將2017年度諾貝爾化學獎授予給瑞士洛桑大學的Jacques Dubochet、美國哥倫比亞大學的Joachim
過去100年發生的多起事件讓世人密切關注未來發生傳染病大流行的風險。2018年是1918年流感流行的100周年，估計有數千萬人死于100年前那次流感。現在擁有比一個世紀前更好的干預措施，季節性流感疫苗，但不一定完全有效預防。每年需要接種或選擇接種的人所占比例較小。世界上還有抗生素可以幫助治療細菌
來自北京生命科學研究所，中科院生物物理研究所，遺傳與發育研究院，清華大學生命科學與生物技術系，美國康奈爾大學的研究人員報道了第一個細菌效應蛋白和植物中對應的抗性蛋白的復合物AvrPto-Pto的晶體結構，基于該結構和相關實驗結果，提出了AvrPto通過解除Pto對防御響應的抑制引發疾病抗性的機制。
常用生物軟件（windows)全面介紹一、基因芯片1、基因芯片綜合分析軟件。 ArrayVision 7.0 一種功能強大的商業版基因芯片分析軟件，不僅可以進行圖像分析，還可以進行數據處理，方便protocol的管理功能強大，商業版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0
9月27日，清華大學醫學院教授顏寧領導的研究組與生命學院王佳偉博士、龔海鵬博士合作在《自然》在線發表論文，報道大腸桿菌巖藻糖（L-fucose）轉運蛋白（FucP）結構與功能的研究。 FucP從屬于Major Facilitator Superfamily (MFS)超家族。M
西湖大學周強實驗室再次取得重大突破。 北京時間2月21日凌晨，周強研究團隊在論文預印本網站BioRxiv再次發文，報道新冠病毒表面S蛋白受體結合結構域與細胞表面受體ACE2全長蛋白的復合物冷凍電鏡結構，揭開了新冠病毒入侵人體細胞的神秘面紗。 就在2天前，該團隊剛剛在bioRxiv上發表了新冠
西湖大學周強實驗室再次取得重大突破。 北京時間2月21日凌晨，周強研究團隊在論文預印本網站BioRxiv再次發文，報道新冠病毒表面S蛋白受體結合結構域與細胞表面受體ACE2全長蛋白的復合物冷凍電鏡結構，揭開了新冠病毒入侵人體細胞的神秘面紗。 就在2天前，該團隊剛剛在bioRxiv上發表了新冠
美國東部時間2020年3月4日上午10點左右，Science雜志在線發表了題為Structural basis for the recognition of the SARS-CoV-2 by full-length human ACE2 的研究論文，報道了西湖大學周強實驗室首次成功解析新型冠狀
在一般的分子對接計算中，一個不可或缺的步驟是定義配體分子（通常為有機小分子）的結合位置，即對接口袋。對于蛋白-小分子復合物X-ray晶體結構，口袋內就有一個配體，它為我們指示了對接口袋的位置。但還有很多X-ray晶體結構、NMR解析的結構沒有配體結構，我們該如何確定對接口袋呢？更一般地，對于核酸
進入十月份，中國學者參與的多項研究在Nature雜志及其重要子刊上發表，其中主要包括的是水稻全基因組遺傳變異精細圖譜，利用基因修飾的單倍體胚胎干細胞獲得健康成活的轉基因哺乳動物，以及人的葡萄糖轉運蛋白GLUT1-4在大腸桿菌中的同源蛋白XylE的晶體結構等。 首先，中科院上海生科院植物生理
6藥物篩選中X-ray晶體學與Cryo-EM的比較 與Cryo-EM相比，X-ray晶體學在藥物篩選方面的關鍵優勢在于，能夠快速提供高分辨率結構數據。一旦建立了合適的結晶系統，通過X-ray晶體學快速連續獲得后續結構或篩選化合物所需的時間非常短：1小時內可以通過結晶自動工作站設置約2,000個
在一般的分子對接計算中，一個不可或缺的步驟是定義配體分子（通常為有機小分子）的結合位置，即對接口袋。對于蛋白-小分子復合物X-ray晶體結構，口袋內就有一個配體，它為我們指示了對接口袋的位置。但還有很多X-ray晶體結構、NMR解析的結構沒有配體結構，我們該如何確定對接口袋呢？更一般地，對于核酸、多
2019年開年不到1個月，上海科技大學迎來“開門紅”——北京時間1月25日凌晨，國際頂尖期刊《Cell》同時發表了上海科技大學的兩項重大科研成果，分別是：上科大免疫化學研究所領銜的科研團隊率先在國際上成功解析分枝桿菌關鍵藥靶蛋白MmpL3以及“藥靶─藥物”復合物的三維空間結構，揭示了創新藥物殺死
蛋白質，英文名稱“protein”，是生物體中廣泛存在的一類生物大分子，也是生命活動的主要承擔者。 時值春暖花開，在中國科學院生物物理研究所尋訪，本報記者在這里看到的“蛋白質”，不僅充滿科學的奧妙和神奇，而且彰顯出其應有的活潑、活性與活力，恍若走進一所“夢工廠”。那么
清華大學醫學院顏寧教授將于今日在以色列特拉維夫大學領取賽克勒國際生物物理獎。屆時，顏寧教授將作題為“人源葡萄糖轉運蛋白(GLUTs)的結構機理研究”的報告。2010年，清華大學生命科學學院施一公教授因對細胞凋亡通路中蛋白調節機制的深入研究而獲獎。今年來自清華的顏寧再奪桂冠，她如何看待自己的科研生
來自北京生命科學研究所的柴繼杰博士早年畢業于大連輕工業學院，其實驗室主要關注并研究在生物學及藥學應用中的重要大分子的結構與功能，主要通過蛋白晶體衍射的方法及一些生物、生化方面的手段闡述這些生物大分子在結構和功能上的聯系。 在2007年柴繼杰實驗室報道了第一個細菌效應蛋白和植物中對應的抗性蛋
截止2020月7月27日，中國學者在Cell，Nature 及Science 發表了共計102項生命科學的研究成果，其中新冠肺炎領域占了近一半（共43篇）。iNature系統總結了這些研究成果： 按雜志來劃分：Cell 發表了30篇，Nature 發表了45篇，
比利時弗蘭德斯生物技術研究所（Flanders Institute for Biotechnology, VIB）、根特大學（UGent）、根特大學醫院和生物技術公司Argenx的研究人員解開了一個關于哮喘中是否存在蛋白晶體的百年謎團。正常而言，蛋白不會在體內結晶，但在某些情況下，這種過程確實會
什么是冠狀病毒？ 冠狀病毒(Coronavirus)是一種有包膜（或囊膜）的正鏈線性RNA病毒，也是一種最大的RNA病毒。冠狀病毒屬于網巢病毒目。我們通常說的冠狀病毒是冠狀病毒科的兩個亞科之一。該亞科包括甲、乙、丙、丁(α，β，γ和δ )四個屬。 冠狀病毒的包膜是由雙層脂質和跨膜蛋白組成。病毒的
-新出現和重新出現的病毒是對全球公共衛生的重大威脅。自2019年底以來，中國政府已在中國武漢市報告了一系列人類肺炎病例，這種疾病被命名為2019年冠狀病毒病（COVID-19）。這些病例表現出諸如發燒和呼吸困難之類的癥狀，并被診斷為病毒性肺炎。全基因組測序結果顯示病原體是一種新型冠狀病毒，最初被
中國科學院上海藥物研究所吳蓓麗、趙強研究團隊與中國科學院生物物理研究所孫飛、澳大利亞莫納什大學Denise Wootten研究團隊合作，在G蛋白偶聯受體（GPCR）結構與功能研究領域取得突破性進展：解析了人源胰高血糖素受體（GCGR）分別與激活型G蛋白（Gs）和抑制型G蛋白（Gi）結合的復合物三
2019年上半年很快就結束了，iNature盤點了中國學者在Cell，Nature及Science發表的成果，我們發現總共有86篇（截至2019年6月24日），具體介紹如下： 4-6月發表的文章 【1】2019年6月21日，西北工業大學王文，中科院昆明動物研究所/BGI 張國捷及丹麥哥本哈根
近日，中國科學院上海藥物研究所吳蓓麗研究組、趙強研究組與中國科學院生物物理研究所孫飛研究組和澳大利亞莫納什大學Denise Wootten研究組合作，在G蛋白偶聯受體（G protein-coupled receptor，GPCR）結構與功能研究領域取得又一突破性進展：解析了人源胰高血糖素受體（
提起膜蛋白，浮現在廣大從事蛋白研究的科研工作者腦海中的是兩點：1.膜蛋白功能的重要性。2.膜蛋白研究的困難性。眾所周知，膜蛋白在細胞間接觸、表面識別、信號轉導、酶活性和運輸方面都扮演著重要的角色。由于它們功能多樣，也就成為理想的藥物靶點。然而，膜蛋白的生化和結構研究一直都很緩慢。Protein Da
PsbS整體結構。a. PsbS單體結構飄帶示意圖；b. PsbS二體結構示意圖；c. PsbS二體界面處結合的葉綠素a；d. PsbS二體結合的qE抑制劑DCCD。生物物理所供圖 植物的光合作用，是地球上最為有效的固定太陽光能的過程，人類所大量消耗的石油、天然氣等，其實