深圳先進院等建立單細胞軌跡推斷技術
7月31日，中國科學院深圳先進技術研究院合成生物學研究所胡政課題組與廈門大學數學科學學院周達課題組合作，在《自然-生物技術》（Nature Biotechnology）上，發表了題為PhyloVelo enhances transcriptomic velocity field mapping using monotonically expressed genes的研究論文。該研究提出了新穎的單細胞分化軌跡推斷的算法框架，并命名為PhyloVelo。該方法通過聯合單細胞轉錄組數據和譜系示蹤數據，鑒定隨細胞分裂而表達量呈單調遞增或遞減的基因即單調表達基因，并利用演化方法估計單調基因的RNA轉錄變化速度，以構建單細胞轉錄組速度場（RNA velocity fields），實現對細胞分化軌跡的高精準推斷。 細胞分化和命運決定是生命的奧秘之一，也是生命科學領域的核心問題，揭示其規律和機制對于探索生命現象和促進醫學發展具有重要意義。......閱讀全文
《Nature》發布重編程重要成果：單細胞譜系追蹤
來自華盛頓大學圣路易斯醫學院的科學家開發了一種新工具，可用作發育細胞的“飛行數據記錄儀（flight data recorder）”。 科學家希望有一天能夠從需要肝臟移植的患者身上采集皮膚細胞，引導皮膚細胞重編程為肝細胞，形成新的肝臟。這種細胞跟蹤設備能幫助研究人員詳細了解原始細胞和最終細胞，
單細胞轉錄組高級分析之細胞譜系分析
基于單細胞轉錄組數據的細胞軌跡分析常見形式有細胞變化軌跡分析和細胞譜系分析，在上一篇中，我們詳細介紹了常規擬時間序列分析的相關內容（具體內容查看鏈接）。在這里，我們主要就細胞譜系分析進行介紹和解讀。細胞譜系分析，最簡明的理解就是細胞領域的進化樹，通常指的是某類祖源細胞，在特定條件下，有多個發育軌跡和
單細胞分離用于單細胞基因擴增
單細胞分離連接不同管徑大小的毛細玻璃針，可分離捕獲各種非貼壁狀態的單細胞和微粒等，如細菌、酵母、藻類細胞、植物花粉、原生動物單細胞、懸浮細胞、血液細胞、免疫細胞、卵細胞、各種懸液中單細胞及特殊標記的單細胞等。 單細胞分離用于各種類型的細胞分離培養、純化、檢測；獲得單克隆細胞；用于單細胞基因擴增，
Science十大科學突破之單細胞水平細胞譜系追蹤
理解任何多細胞生命系統的前提是理解“細胞”，今天，單細胞研究已經不再只是紙上談兵了，全球已經有許多實驗室展開了單細胞研究。 生物通報道：12月21日Science雜志公布了2018年度十大科學突破。今年的Science十大科學突破之首是單細胞水平細胞譜系追蹤技術，除此之外，今年的十大科學突破中
新一代單細胞itChIP技術解析早期胚胎細胞命運決定機制
2019年9月3日，北京大學分子醫學研究所、北大-清華生命科學聯合中心何愛彬組在《Nature Cell Biology》在線發表了題為Profiling chromatin state by single-cell itChIP-seq的文章，報道了利用一種全新的普適性，易操作的單細胞ChIP
我國科學家首次繪制脊索動物完整單細胞轉錄譜系
解析細胞命運決定過程的轉錄動態是發育生物學的核心問題之一，對了解發育基本規律以及干細胞分化的轉化起到關鍵性的作用。近年來，隨著單細胞基因組學的興起，解決了細胞種類的多樣性和發育過程的不確定性帶來的難題，使得理解胚胎發育細胞譜系變成可能，為研究細胞命運決定提供了技術基礎。 近期，昆明理工大學陳凱
我國科學家首次繪制脊索動物完整單細胞轉錄譜系
解析細胞命運決定過程的轉錄動態是發育生物學的核心問題之一，對了解發育基本規律以及干細胞分化的轉化起到關鍵性的作用。近年來，隨著單細胞基因組學的興起，解決了細胞種類的多樣性和發育過程的不確定性帶來的難題，使得理解胚胎發育細胞譜系變成可能，為研究細胞命運決定提供了技術基礎。 近期，昆明理工大學陳凱
實用技巧二——單細胞轉錄組高級分析之細胞譜系分析
基于單細胞轉錄組數據的細胞軌跡分析常見形式有細胞變化軌跡分析和細胞譜系分析，在上一篇中，我們詳細介紹了常規擬時間序列分析的相關內容（具體內容查看鏈接）。在這里，我們主要就細胞譜系分析進行介紹和解讀。 細胞譜系分析，最簡明的理解就是細胞領域的進化樹，通常指的是某類祖源細胞，在特定條件下，有多
實用技巧二——單細胞轉錄組高級分析之細胞譜系分析
基于單細胞轉錄組數據的細胞軌跡分析常見形式有細胞變化軌跡分析和細胞譜系分析，在上一篇中，我們詳細介紹了常規擬時間序列分析的相關內容（具體內容查看鏈接）。在這里，我們主要就細胞譜系分析進行介紹和解讀。 細胞譜系分析，最簡明的理解就是細胞領域的進化樹，通常指的是某類祖源細胞，在特定條件下，有多
單細胞表觀組學：單細胞ChIP-seq解碼細胞命運決定機制
在國家重點研發計劃“干細胞及轉化”重點專項（批準號：2017YFA0103402）等資助下，北京大學分子醫學研究所、北大-清華生命科學聯合中心何愛彬課題組近期突破單細胞表觀遺傳研究的瓶頸，開發了兩種具有普適性、操作簡單、風格迥異的單細胞ChIP-seq技術，可適應于不同課題研究需要，解析發育與疾
單細胞染色質圖譜|揭示轉錄因子網絡和細胞譜系關系
2019年10月8日，美國圣地亞哥的Salk研究所的Geoffrey Wahl團隊在Cell Reports雜志上發表文章“Single-Cell Chromatin Analysis of Mammary Gland Development Reveals Cell-State Transcr
最新！北京大學何愛彬研究組Molecular Cell發文
2019年8月27日，北京大學分子醫學研究所，北京大學-清華大學生命科學聯合中心研究員何愛彬研究組在Molecular Cell雜志在線發表題為“CoBATCH for high-throughput single-cell epigenomic profiling”的文章，報道了一種新的具有普
基因篩查進入單細胞時代
遺傳篩選是生物學中最有力的工具，它可以闡明復雜的生物過程。最近四項研究已經開發了一個新的遺傳分析方法，通過使用單個細胞作為微觀實驗室，測定擾動。這些研究開發了CROP-seq、PERTURB-seq和CRISP-seq技術，克服了現有基因篩查方法的局限性，并且可以分析一些原本無法分析的樣本。
Nature2015最佳評論文章：湯富酬、文路、馬曉婭入選
Nature雜志近日展開了一年一度的年終大盤點，評出了2015年的最佳評論文章。本次盤點選入了三名中國學者的兩篇文章，他們分別是北京大學的研究員湯富酬和研究員文路，以及云南大學的研究員馬曉婭。 湯富酬和文路在這篇文章中重點介紹了Grün等人開發的RaceID的算法，該算法能夠在復雜的細胞混合物
我國學者發表基于單細胞轉錄組測序數據的小鼠細胞圖譜
在國家自然科學基金項目（項目編號：31722027）等資助下，浙江大學醫學院干細胞與再生醫學中心郭國驥教授團隊在單細胞組學技術及哺乳動物全細胞表達譜系分析研究中取得突破性進展。相關成果以“Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-seq”（利用微孔板測序
我國學者發表基于單細胞轉錄組測序數據的小鼠細胞圖譜
在國家自然科學基金項目（項目編號：31722027）等資助下，浙江大學醫學院干細胞與再生醫學中心郭國驥教授團隊在單細胞組學技術及哺乳動物全細胞表達譜系分析研究中取得突破性進展。相關成果以“Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-seq”（利用微孔板測序
深圳先進院等建立單細胞軌跡推斷技術
7月31日，中國科學院深圳先進技術研究院合成生物學研究所胡政課題組與廈門大學數學科學學院周達課題組合作，在《自然-生物技術》（Nature Biotechnology）上，發表了題為PhyloVelo enhances transcriptomic velocity field mapping
人類胚胎著床過程首次被解析
一枚受精卵長成一個嬰兒，需在發育的第7天左右著床才能存活，這期間的人胚胎細胞無法獲取，難以解析。22日，《自然》雜志登載了我國北京大學湯富酬與北醫三院喬杰聯合團隊研究的最新突破，他們利用體外模擬人類著床策略和高精度單細胞測序技術，展現了“黑盒子”中的乾坤。 “臨床上，著床失敗是導致早期流產的重
解析古老的單細胞基因組
單細胞的古細菌用肉眼根本看不到，甚至在使用顯微鏡時，也必須特別用心才能觀察到它們。近日由丹麥奧爾胡斯大學地質微生物學中心領導的一個國際研究人員小組，卻成功地從海底淤泥中獲得了四個古細菌細胞，并繪制出了每個細胞的基因組圖譜。這一突破性研究成果發表在著名的《自然》(Nature)雜志上。 “直
Science：新型單細胞基因表達檢測技術
發表在最新一期《科學》(Science)雜志上的一篇研究論文，證實了一種新型的大規模平行測序技術可借助于新一代測序(NGS)在單細胞水平上檢測基因表達。 論文作者、來自Cellular Research, Inc公司的Christina Fan博士、Glenn Fu博士以及Stephen Fo
《細胞》：單細胞測序助力基因重組圖譜
來自斯坦福大學醫學院等處的研究人員發表了題為“Genome-wide Single-Cell Analysis of Recombination Activity and De Novo Mutation Rates in Human Sperm”的文章，首次公布了來自一個成人男子91個
單細胞測序揭示了人類胚胎DNA甲基化動態
2017年12月19日，北京大學北京未來基因診斷高精尖創新中心、生命科學學院生物動態光學成像中心湯富酬研究組和北京大學第三醫院喬杰研究組合作在國際知名學術期刊《自然遺傳學》上在線發表題為“Single-cell DNA Methylome Sequencing of Human Preimpla
中國科學院團隊等建立單細胞軌跡推斷技術
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/8/505899.shtm 7月31日，中國科學院深圳先進技術研究院合成生物學研究所胡政課題組與廈門大學數學科學學院周達課題組合作，在國際學術期刊Nature Biotechnology（自然生物技術）發表
安捷倫攜手新格元，共同譜寫單細胞測序新篇章
2021 年 1月26 日，南京——安捷倫科技公司（紐約證交所：A）今日宣布將與新格元生物科技有限公司開展合作，共同致力于加速單細胞測序技術的發展和應用。雙方領導帶領團隊合影 高通量單細胞測序技術可在單細胞分辨率下獲得基因組和遺傳信息。與傳統基因組分析相比，這種方法具有諸多優勢，它可以支持研究
Nature Genetics：單細胞全基因組DNA甲基化組新發現
北京大學北京未來基因診斷高精尖創新中心，北大生命科學學院與第三醫院等處的研究人員發表了題為“Single-cell DNA Methylome Sequencing of Human Preimplantation Embryos”的文章，利用單細胞DNA甲基化組高通量測序方法，首次在單細胞分辨
自閉癥譜系障礙家庭全基因組測序
近日，國際生物學頂尖期刊nature medicine在線刊登了加拿大科學家的一項最新研究成果，他們通過對85個有兩個自閉癥譜系障礙（ASD）孩子的四成員家庭和170個患有ASD的個體進行了全基因組測序，發現在ASD疾病中存在大量遺傳異質性。根據他們的實驗結果，在研究和臨床中應用全基因組測序詮釋
MassARRAY核酸質譜系統，帶您玩轉基因檢測
基因檢測在遺傳性疾病、腫瘤、感染性疾病的診療、預后預測、用藥指導等多個方面起著舉足輕重的作用。目前檢測手段眾多且各具特色。以PCR為基礎的檢測手段，諸如ARMS-PCR，熒光定量PCR、數字PCR等，操作簡便，快速，數據分析簡單，但是由于通量的限制，無法滿足上臨床對多個基因、多位點檢測的需求。高通量
單細胞的可靠全基因組擴增
目前多種新型分析技術，如新一代測序和芯片，都是為細胞群體而設計的，需要一定的樣本量。對于一些臨床或法醫樣本，如腫瘤細胞或循環胎兒細胞等，它們的細胞數量有限，直接限制了其下游應用。例如，在分析腫瘤細胞中的體細胞DNA突變或單個細菌基因組時，單細胞中的DNA無法滿足測序的mg級樣品量需求。為了從少量樣品
當宏基因組遇上單細胞測序
日前，科學家們通過宏基因組測序和單細胞測序鑒定了一類新細菌。 16S rRNA基因序列的保守性和普遍性，使其成為了微生物檢測和分類鑒定的強有力工具。這種方法為科學家們揭示了微生物群體的高度復雜性，但它還是有所遺漏。美國能源部聯合基因組研究所上周的一次會議上，研究者人員向人們展示了在四個溫泉樣本
單細胞基因組突變檢測新突破
愛因斯坦研究人員已經開發并驗證了一種準確識別單細胞基因組中突變的方法。這種新方法可以幫助預測癌癥是否將在看似健康的組織中發展，在今天的自然方法的在線版本中發表的論文中被描述。相應的作者是Lola和Saul Kramer分子遺傳學主席Jan Vijg博士。 在科學家可以分析單個細胞的基因組之前，