本周要聞：Centogene、ARUP實驗室、OxfordNanopore、GenTegra等新動向
Centogene本周表示，已完成與Lifera（沙特阿拉伯公共投資基金（PIF）全資擁有的生物制藥公司）組建合資企業的計劃。這項交易最初于六月宣布。這家位于利雅得的合資企業將命名為Lifera Omics，旨在增加沙特阿拉伯和海灣合作委員會國家患者獲取基因組和多組學檢測的機會。根據協議的條款，Lifera將擁有合資企業80％的股權，Centogene將擁有20％。根據向美國證券交易委員會提交的文件，Centogene還向合資企業授予了在沙特阿拉伯王國范圍內的特定專有技術、專利和數據的獨家許可。Centogene有資格獲得與績效相關的里程碑支付，包括1,000萬美元的合資企業前期里程碑支付，以及自JV成立六周年起至2033年合資企業凈收入的低個位數的版稅。兩家公司將在Lifera Omics董事會上各有代表，兩名Lifera代表將加入Centogene的監事會。正如之前報道的那樣，Lifera還以可轉換貸款的形式向Centoge......閱讀全文
全面解讀藥物基因組學基因檢測技術
全面解讀藥物基因組學基因檢測技術FDA和CFDA分別于2010和2012年將CYP2C19基因檢測的重要性說明納入氯吡格雷的藥物說明書。在國內，阜外醫院已完成氯吡格雷用藥基因檢測超過20000例，居全國單中心檢測量之首。以下列出了藥物基因組學涉及的主要基因及對應的個體化用藥：（4）? 以下為上述三大
美印藥物基因組學與癌癥基因組學檢測商業化
美國Companiondx實驗室擬與健康信息技術服務商Enable Healthcare合作，向醫生推廣藥物基因組學檢測；印度癌癥醫學公司HCG宣布建立一個新的腫瘤基因中心，旨在下代測序技術能夠幫助定位腫瘤，從而提高化療和放療的效率和響應率 美國藥物基因組學檢測商業化 Companiondx實驗
利用植物表型組學挖掘基因組學的成果
到2050年，全球人口將達到97億，預計作物產量翻一番才能滿足全球人口的糧食需求。為了達到這一目標，作物產量需每年增長2.4%，但目前作物產量平均增長率僅為1.3%。作物生產性能的遺傳改良仍然是提高作物生產力的關鍵因素，但當前的改善速度無法滿足可持續性和糧食安全的需要。為了確保糧食安全、生態系統的可
解局：騰飛前夜的基因組學檢測市場
2001年是一個遙遠的年份。那一年，維基百科剛剛上線，蘋果公司推出了第一代iPod，微軟的操作系統也僅停留在Windows XP。但如果論對未來的影響，這些成果或許都比不上人類基因組草圖的公布。在短短的15年里，基因/基因組測序從昂貴的科研項目，迅速成為了可靠且價格合適的工具。它推動了靶向藥物與
遺傳發育所完成基因組結構變異檢測基準測試
結構變異廣泛存在于植物基因組中，在基因表達調控、表型建成和適應性進化等方面發揮著關鍵作用。由于結構變異跨度大、結構復雜等特性，結構變異的精準檢測頗具挑戰性。近年來，三代測序的發展提升了測序的長度和準確性，為結構變異的全基因組精準檢測提供了契機。然而，主流的結構變異分析算法和軟件多為人類基因組設計和開
整合基因組和組織學信息－基因組學公司聯手開拓新前沿
10x Genomics公司宣布收購位于瑞典斯德哥爾摩的Spatial Transcriptomics公司。Spatial Transcriptomics公司是空間基因組學（spatial genomics）領域的領先公司。空間基因組學是一個新興領域，它不但讓研究人員可以獲得單細胞內的基因組數據
Science專題：癌癥基因組學
在2001年完成人類基因組測序后，許多的研究人員立即將目光放到了利用這些信息來更好地了解遺傳學上。最近，越來越多的研究確定了表觀遺傳學在癌癥的發生、形成及發展過程中起效應。從鑒別與遺傳性癌癥相關的單基因變異的前基因組時代轉向，測序技術的進步使得研究人員能夠利用全基因組方法來檢測基因組間的差異，以
藥物基因組學的定義
藥物基因組學(pharmacogenomics),又稱基因組藥物學或基因組藥理學,是藥理學的一個分支,定義為在基因組學的基礎上,通過將基因表達或單核苷酸的多態性與藥物的療效或毒性聯系起來,研究藥物如何由于遺傳變異而產生不同的作用。
毒理基因組學的定義
毒理基因組學(toxicogenomics)是從多基因、全基因組水平研究毒物作用與基因表達的相互影響。其研究內容主要包括3個方面:促進環境應激原與疾病易感性關系的理解、闡明毒性分子機制、篩選和確認與疾病和毒物暴露相關的生物標志物(biomarkers)。
蛋白質組學不能被基因組和轉錄組取代
基因和蛋白并不存在嚴格的線性關系ORF并不預示一定存在相應的功能性基因mRNA水平并非與蛋白質的表達水平對應翻譯后修飾及同工蛋白質（isforms)等現象在基因水平無從表現
宏基因組學技術測序木乃伊的肺結核基因組
來自華威大學的研究者使用宏基因組學技術發現215年之久的木乃伊的肺結核基因組。 由Mark Pallen帶領的研究團隊試圖用技術來發現組織學標本中的肺結核的DNA。 宏基因組學是一種從樣本中檢測DNA序列的技術，并且樣本不需要培養或擴增。這種方法避免了與細菌培養或DNA擴增
北京基因組所開發出比較群體基因組學新算法
隨著基因組測序技術的發展，物種和群體水平基因組數據呈指數增長。這些數據為在基因組水平鑒定和解析自然選擇機制提供了機遇。然而，目前的分析方法面臨著技術瓶頸和挑戰。其中，關鍵問題是如何高效準確地檢測作用于非編碼區的自然選擇效應。同時，能夠高效、高性能地分析多物種大樣本數據，成為方法學方面的迫切要求。
基因組學與蛋白質組學兩大巨頭建立合作
AB Sciex和Illumina公司近日聯手推出OneOmics? 計劃，其目的是在云計算環境中結合新一代蛋白質組學（NGP）和新一代測序（NGS）的工具。作為此計劃的一部分，Illumina的應用商店BaseSpace將托管AB Sciex的SWATH? 蛋白質組學云工具，這使得BaseSp
基因組學:－跨越癌癥研究國界
1982年11月，在尼日利亞海軍醫院外足球場上踢球的一名軍官，突然摔倒死亡。這名男子被帶到急診室時，當時還是一個新人的 Olufunmilayo Funmi Olopade醫生正在值班。“我們搞不明白為什么他死亡，這讓我感到震驚，從那時開始我意識到，我需要做更多的工作來理解和幫助人們。”Ol
－Science：宏基因組學測序技術
宏基因組學技術(Metagenomic approaches)正快速拓寬我們對微生物代謝能力(microbial metabolic potential)的認識。 長期以來，對微生物(microorganism)功能開展的研究主要依賴的都是以在實驗室里培養的單一物種(individua
表觀基因組學研究指南（一）
今年九月，對于基因組研究者們來說是一個具有紀念意義的月份，因為美國人類基因組研究院(NHGRI)資助的ENCODE項目在Nature，Genome Biology，Genome Research等雜志上公布了三十多份論文，還有在Science，Cell，以及the Journal of Bi
表型組學技術：精準挖掘玉米抗旱基因
隨著測序技術普及和待測材料的規模化，傳統的干旱表型性狀獲取手段已經不能滿足植物抗逆基因組學研究的需求，嚴重阻礙玉米抗旱資源的挖掘。 近年來，以智能化、高通量、動態無損測量為主要特征的表型組學技術迅猛發展，使得多時空多尺度表型檢測成為可能，可實現作物全生育期表型動態精準鑒定。 近日，《基因組生
作物基因組學研究進展
摘要：農作物基因組學研究的發展，對于有效利用現代分子生物學手段進行物種的遺傳改良發揮了重要作用。隨著測序技術的發展，已經實現對重要農作物，如水稻、小麥、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因組的測序或重測序，在此基礎上完成對控制重要農藝性狀基因的克隆和鑒定。本文綜述了２０１７年度主要農作物基因組
表觀基因組學研究指南（三）
今年九月，對于基因組研究者們來說是一個具有紀念意義的月份，因為美國人類基因組研究院(NHGRI)資助的ENCODE項目在 Nature，Genome Biology，Genome Research等雜志上公布了三十多份論文，還有在Science，Cell，以及the Journal
全基因組測序的竹亞科及生物學性狀的比較基因組學研究
禾本科（禾草）是被子植物最大科之一，約有12000種，是水稻、小麥、玉米等人類糧食和牲畜飼料的主要來源，也為人類提供了加工淀粉、制糖、釀酒、造紙、編織和建筑等方面的重要原料。同時，禾本科又是植物遺傳學和基因組學研究的模式類群。竹亞科（竹子）是禾本科的12個亞科之一，與早熟禾亞科、稻亞科組成BOP
北京基因組所生命組學數據資源建設獲進展
近日，中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心團隊題為The BIG Data Center: from deposition to integration to translation 的研究論文被國際學術期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在線發表。該研究成
蛋白質組學之逆襲，深度注釋基因組
申請課題缺創新點？撰寫論文沒思路？急著畢業時間緊？別怕，對于吉凱，一切都是套路！更有甚者，對于宇宙終極難題：“屌絲如何逆襲白富美？”老司機黃博也有一套經典案例分享給大家。 從前，在生物學研究領域，有一個白富美叫基因組學（Genomics），她有一項強大的技能：DNA測序，憑借這項技能，她完
華大基因攜手愛丁堡大學，共促基因組學研究
2012年7月24日，深圳華大基因研究院與英國愛丁堡大學簽署合作協議，宣布雙方將在基因組領域展開廣泛的科研合作，通過匯聚中英兩國研究專長，加速基因組學在人類健康和農業及其他相關領域的創新和發展。 在簽署的合作備忘錄中，雙方將著眼于對人類和其他生物的科學認識，通過共同努力，對遺傳信息進行深入
《基因組生物學》：一種超級細菌的基因組測序完成
最近，英國桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute）和布里斯托爾大學的研究者們共同完成了一種名為Steno的超級細菌的基因測序工作，研究結果顯示，這是一種具有顯著抗藥性的生物體。對這種細菌基因組的了解將有助于研究者們發現如何應對這種具有獨特抗藥性的生物體。這一研究論
基因組學做不了的事－蛋白質組學更精準打擊癌癥
近日，國際人類蛋白質組組織公布了2020年度權威獎勵獲獎名單，中國科學院院士、軍事科學院軍事醫學研究院研究員賀福初榮獲蛋白質組學杰出成就獎。 賀福初院士率先提出人類蛋白質組計劃的科學目標與技術路線，倡導并領銜了人類第一個關于組織、器官的蛋白質組計劃，揭示了人體首個器官（肝臟）蛋白質組。2014年
個體化抗栓治療與基因檢測之華法林藥物基因組學
華法林（warfarin）作為臨床應用最廣泛的口服抗凝血藥，常以消旋混合物形式用于抗凝治療。但由于其治療窗窄，個體差異明顯且影響因素多，抗凝不足，血栓栓塞率可增加數倍以上；抗凝過量可導致出血，長期用藥其出血發生率約為4%，出血危險性可達1%~5%。據統計，華法林抗凝不足引起的栓塞及抗凝過量所致的出血
蛋白質組學之逆襲：深度注釋基因組（一）
申請課題缺創新點？撰寫論文沒思路？急著畢業時間緊？別怕，對于吉凱，一切都是套路！更有甚者，對于宇宙終極難題：“屌絲如何逆襲白富美？”老司機黃博也有一套經典案例分享給大家。從前，在生物學研究領域，有一個白富美叫基因組學（Genomics），她有一項強大的技能：DNA測序，憑借這項技能，她完成了對多種物
蛋白質組學之逆襲：深度注釋基因組（三）
人類尚未充分認識復雜的癌癥基因組是如何轉化為導致復發和死亡的驅動生物學的，將蛋白質組學與基因組學結合在一起能夠讓我們獲得對癌癥的新認識，同時提供一種有價值的資源以便科學界能夠用來提出關于這些疾病的新假設，以及治療它的手段。蛋白質基因組學終有一天會被證明是一種強大的臨床工具，使得人類能夠橫跨癌癥基因組
蛋白質組學之逆襲：深度注釋基因組（二）
針對一些乳腺癌亞型和攜帶常見突變如PIK3CA和TP53突變的腫瘤，分析結果揭示出了一些新的蛋白質標記物和信號通路。另外將一些基因中的拷貝數改變與蛋白質水平聯系一起，從而鑒別出了10個新的候選調控因子。其中兩個候選基因SKP1和 CETN3可能與癌基因EGFR有關聯。EGFR是一種特別具有侵
基因組學推進腫瘤研究未來發展
——訪億明達腫瘤業務營銷副總裁約翰·萊特 基因組學正在改變腫瘤研究，其最終目標是推進癌癥的診斷、治療、監控及最終的篩查方式。 癌癥通常按照形態進行分類，這指的是病理學家在顯微鏡下看到的內容。“如今，癌癥分類依據已經開始從形態特征轉變為更有效的治療方式，其中的主要轉變在很大程度上歸功于基因組研