納米孔直接RNA和cDNA長讀長測序概述
RNA測序已經在生物學和醫學的各個領域取得了前所未有的發展。在包括癌癥在內的諸多疾病中，轉錄異構體的表達和用途是健康組織和患病組織之間變異的重要來源。鑒定差異剪接的異構體和融合轉錄本，可以為疾病的診斷和治療提供信息。RNA測序還有助于揭示從單細胞到整個組織的轉錄組動力學。同時，cDNA測序也極大地輔助了病毒性病原體的表征和及時檢測。 毫無疑問，傳統的測序技術使全面轉錄組分析成為可能，并帶來了很多重要的科學發展。然而，這一領域仍有重要的局限性有待解決。 轉錄本的長度通常為幾千堿基對，這使得現有的短讀長序列僅能部分覆蓋轉錄本的長度，因此依賴計算重構準確的異構體組裝非常困難，短讀長也表現出高比率的多重定位。 基于測序的RNA分析均需要將 RNA轉化為互補DNA（cDNA）鏈，在這一過程中，逆轉錄或擴增可引入偏倚，產生GC偏好性。由于并非所有的轉錄物都以相同的效率擴增，會導致一些種類的RNA的中斷以及其它種類RNA的過度擴增。......閱讀全文
納米孔直接RNA和cDNA長讀長測序概述
RNA測序已經在生物學和醫學的各個領域取得了前所未有的發展。在包括癌癥在內的諸多疾病中，轉錄異構體的表達和用途是健康組織和患病組織之間變異的重要來源。鑒定差異剪接的異構體和融合轉錄本，可以為疾病的診斷和治療提供信息。RNA測序還有助于揭示從單細胞到整個組織的轉錄組動力學。同時，cDNA測序也極大
納米孔直接RNA和cDNA長讀長測序概述
RNA測序已經在生物學和醫學的各個領域取得了前所未有的發展。在包括癌癥在內的諸多疾病中，轉錄異構體的表達和用途是健康組織和患病組織之間變異的重要來源。鑒定差異剪接的異構體和融合轉錄本，可以為疾病的診斷和治療提供信息。RNA測序還有助于揭示從單細胞到整個組織的轉錄組動力學。同時，cDNA測序也極大
納米孔測序技術
測序長度和準確率的快速提升使得納米孔測序有望顛覆DNA測序市場。紐約威爾康奈爾醫學院的計算生物學家Christopher Mason喜歡在會議上表演一個“絕活”：他和同事先從志愿者手機上收集DNA樣本，然后就能在一個小時內現場進行譜系分析，甚至敘述志愿者一天的生活細節。“我們能從留在手機上的DNA信
詳解牛津納米孔測序儀
?牛津納米孔測序儀在美國人類遺傳學學會年會上公布技術參數 2014年的ASHG年會于10月18日開始在圣地亞哥舉行，有幸親眼目睹了牛津納米孔公司MinIon的現場演示，技術之創新，令人震驚!21日下午，牛津納米孔公司特地在旁邊的Hardrockho舉行了一個小型的封閉式的技術說明會，講解了納米孔的
詳解牛津納米孔測序儀
2014年的ASHG年會于10月18日開始在圣地亞哥舉行，有幸親眼目睹了牛津納米孔公司MinIon的現場演示，技術之創新，令人震驚!21日下午，牛津納米孔公司特地在旁邊的Hardrockho舉行了一個小型的封閉式的技術說明會，講解了納米孔的測試結果。 尺寸 MinION的尺寸之小，大大出乎我的
納米孔測序技術有望顛覆DNA測序市場？
Scott Tighe（左）等研究人員利用MinION設備在南極泰勒谷測序微生物DNA。 “我們能從手機上的殘留物預言誰剛吃了一個橘子或者誰吃了豬肉。”美國紐約威爾康奈爾醫學院計算生物學家Mason表示。你們相信嗎？Christopher Mason有一個喜歡在會議上展示的技巧。通過從志愿者手機
納米孔測序技術發展簡介
隨著對DNA結構和序列的研究，DNA測序技術不斷發展，成為生命科學研究的核心領域，對生物、化學、電學、生命科學、醫學等領域的技術發展起到巨大的推動作用。利用納米孔研究出新型的快速、準確、低成本、高精度及高通量的DNA測序技術是后人類基因組計劃的熱點之一。 納米孔測序技術發展簡介 納米孔檢測技
納米孔測序儀真機現身ASHG
英國Oxford Nanopore Technologies公司在年初的基因組生物學技術進展年會(AGBT)上發布了一款便攜式的基因組測序儀MinION，性能強勁，價格給力，引發市場轟動。然而，大半年過去了，納米孔測序儀卻遲遲不見蹤影，連更早發布的GridION也未上市。于是，生物界開始議論
納米孔技術有望顛覆DNA測序市場
Christopher Mason有一個喜歡在會議上展示的技巧。通過從志愿者手機上收集的化驗樣本獲取DNA，他和同事能在1個小時內現場進行譜系分析，甚至詳細描述出捐贈者一天的生活細節。“我們能從手機上的殘留物預言誰剛吃了一個橘子或者誰吃了豬肉。”美國紐約威爾康奈爾醫學院計算生物學家Mason表示
納米孔測序的過去、現在和將來
縱觀測序技術的發展歷程，沒有哪一個技術像納米孔測序那樣慢熱，但也沒有哪一個技術像納米孔測序這么接近普羅大眾。將單鏈DNA拉過蛋白孔，檢測堿基穿過時電導的微小改變，納米孔測序的這一基礎理念已經有十幾年歷史了。 1996年哈佛大學的DanielBranton、加州大學的DavidDeamer及其同
Nature－Methods：納米孔測序儀潛力無限
來自英國Oxford Nanopore公司的MinION是第一臺商業化的納米孔測序儀。它在帶來無限希望的同時，也承受著高錯誤率的質疑。英國伯明翰大學的Nicholas J. Loman和愛丁堡大學的Mick Watson在最新一期的《Nature Methods》上撰文，稱新開發的工具讓納米孔測
－Oxford－Nanopore：納米孔測序儀開放試用
在上個月的美國人類遺傳學協會年會上，英國Oxford Nanopore Technologies公司宣布將啟動MinION測序儀的試用計劃。這次，它果然沒有食言。MinION試用計劃于11月25日啟動，將延續到2014年初，具體截止日期未定。 根據這項試用計劃，參與者須支付1,000美
中國首發納米孔RNA直接測序揭示其在全長轉錄本中的作用
近日發表在RNA Biology上的研究中，來自中國科學院北京生命科學研究院、動物研究所及中國科學院大學等多家單位的科學家們首次通過5’-Cap捕獲法對蝗蟲的 RNA直接測序，揭示了Piwi 外顯子化模式的廣泛建立以及蝗蟲轉錄組中的轉座子（TEs）對RNA剪接的重要作用。 轉座子（TEs）在后
納米孔測序儀首次于失重環境下完成測序實驗
科學家們在失重環境下進行實驗，首次證實掌上測序儀MinION可以在太空中使用。 Johns Hopkins大學的遺傳學家Andrew Feinberg和Lindsay Rizzardi登上了NASA的低重力飛機，在模擬的失重環境下完成了遺傳學實驗。“我非常享受這種體驗，感覺就像置身天堂，”Fe
納米孔測序搞定超級難搞的基因
Brenton Graveley是在2014年4月收到他的第一臺MinION測序儀的。他所在的康涅狄格大學實驗室是首批獲得Oxford Nanopore Technologies測序儀的客戶。盡管準確性不穩定，通量也不高，但Graveley和他的同事決定立刻就試試。 對于MinION，眾多討論
武漢大學研發納米孔靶向測序檢測方法
記者從武漢大學獲悉：該校組建的聯合團隊創新性開發的納米孔靶向測序檢測方法，能夠大幅提升病毒陽性檢出率，并能實現當天同時檢測新冠病毒和其他10類40種常見呼吸道病毒并監測病毒突變，有助于破解臨床疑似病例難以確診的問題。 據介紹，既往新冠病毒診斷依賴于qPCR核酸檢測，但是該方法顯示出較高的假陰性
納米孔測序發現DNA損傷的新策略
最近，美國猶他大學的化學家們，設計了一種新的方法來檢測DNA化學損傷，DNA損傷有時會導致基因突變，引發許多疾病，包括各種癌癥和神經系統疾病。相關研究結果發表在十一月六日的《NatureCommunications》。 本文通訊作者、化學教授CynthiaBurrows說：“我們更進一步了解了
納米孔測序發現DNA損傷的新策略
最近，美國猶他大學的化學家們，設計了一種新的方法來檢測DNA化學損傷，DNA損傷有時會導至基因突變，引發許多疾病，包括各種癌癥和神經系統疾病。相關研究結果發表在十一月六日的《Nature Communications》。延伸閱讀：科學家解開DNA修復的謎團。本文通訊作者、化學教授Cynthia
小小納米孔破解蛋白質測序難題
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/503589.shtm
納米孔測序搞定超級難搞的基因
Brenton Graveley是在2014年4月收到他的第一臺MinION測序儀的。他所在的康涅狄格大學實驗室是首批獲得Oxford Nanopore Technologies測序儀的客戶。盡管準確性不穩定，通量也不高，但Graveley和他的同事決定立刻就試試。 對于MinION，眾多討論
2013值得關注的技術：納米孔測序儀
《Nature Methods》雜志將2012年度技術授予了定向蛋白質組學(targeted proteomics)。同時，雜志還介紹了2013年值得關注的技術，包括納米孔測序儀(Disruptive nanopores)、微生物組功能研究(Probing microbiome func
iPhone供電的納米孔測序儀有望上市
Oxford Nanopore的用戶組會議于上周四在倫敦召開。媒體并沒有被邀請，不過一些用戶和博主已經在Twitter上透露了最新消息。Oxford Nanopore正在開發一款智能手機供電的納米孔測序儀以及一款低成本的文庫制備系統。 Oxford Nanopore的用戶組會議于上周四在倫敦召
納米孔測序儀為何遲遲不見蹤影？
今年2月，英國Oxford Nanopore Technologies公司(以下簡稱Oxford)宣布推出一款便攜式的基因組測序儀MinION，約摸只有U盤大小，價格低于900美元，立即引發市場轟動。同時，該公司另一測序平臺GridION有望在15分鐘內完成人類基因組測序，費用約為1,500
納米孔測序的最低DNA量是多少
第三代測序技術則是基于納米孔的單分子讀取技術，全基因組的測序以及RNA-seq測序有DNA測序和RNA測序，之前比較早的測序是以芯片為基礎,這種方法讀取數據更快，現在常用的是二代測序。隨之而來的是第三代測序技術、有望大大降低測序成本。望滿意，目前比較高級的還有單細胞測序
利用納米孔測序在100天內測序100種番茄
約翰霍普金斯大學的研究人員Michael Schatz概括了目前所做的工作和進展情況，而貝勒醫學院的研究人員Fritz Sedlazeck介紹了樣本選擇和結構變異檢測的詳細信息。 番茄是最有價值的經濟作物之一，在世界各地廣泛栽培。根據聯合國糧農組織的統計，2016年番茄產量達到1.77億噸，價
PNAS：新技術實現納米孔內快速測序DNA
據《每日科學》近日報道，由美國華盛頓大學物理學家領導的研究小組設計了一種新技術，可在納米孔內對DNA進行快速測序，而且價格比較便宜。新方法可為癌癥、糖尿病或某些成癮患者量身繪制個性化基因測序藍圖，提供更加高效的個體醫療。相關論文發表于美國《國家科學院院刊》（PNAS）。 論文主要作者
納米孔測序首次實現1－Mb的讀長
高通量測序的產量讓人驚嘆不已，但讀長卻屢屢遭人詬病。不過，從100 bp到1 kb，讀長始終在進步。近日，測序界傳來了一個激動人心的消息，澳大利亞Garvan研究所的研究人員利用Oxford Nanopore測序技術實現了> 1 Mb的讀長，這堪稱測序歷史上的一個里程碑。 Kinghorn臨床
牛津納米孔測序將全面升級，回避IlluminaZL之戰
一直以來，牛津納米孔公司對其核心產品的微通道都持有保密態度，然而自測序巨頭Illumina公司對其進行ZL訴訟之后，牛津納米孔透露了其最新設備的驅動因子——細菌孔隙，似乎有意回避Illumina的ZL之戰。 納米孔測序被譽為是一個比傳統測序更便攜和實惠的技術，根據單核苷酸通過孔隙產生的電流變化
國內首個菊花腦基因組測序納米孔測序再發高分論文
菊屬植物種類繁多，又含多種栽培種，兼具觀賞和藥用價值，且染色體組結構從2n=18到8n=72之間，十分復雜，多年來難以攻破。 中藥所所長陳士林研究員、副研究員宋馳博士等利用ONT平臺解析了可能代表栽培菊屬祖先基因組的二倍體菊花腦基因組，分析表明其演化受重復序列爆發和近期WGD事件的驅動，該基因
GEN：納米孔測序——傳染病診斷的新“前鋒”
假設你是Doctors Without Borders組織中在西非工作的一名醫生，一個發熱、頭疼、疲勞的小孩被帶進你的診所。根據當地的環境和季節，最可能被診斷出的就是瘧疾或埃博拉。然而，這兩種疾病都不能給病人一個積極的預后。埃博拉病毒能夠快速傳播給其他人，需要將患者盡快隔離。 這種情況下，確診