實質等同性（轉錄組學）實驗2
3.9 芯片數據介紹對簡單的實質等同性實驗來說，一個比較轉基因系與對照之間基因表達的散點圖就已足夠了。文獻 [ 5 ] 中參與兩個實驗的樣品都標注在圖15. 2中。結果用 GeneSpring 軟件包顯示，繪制了每組比較小麥系之間每個基因成對的平均強度，并突出顯示少數感興趣的基因（統計上顯著差異表達）。結果也在表15 . 2 中作了數值化總結。結果表明，轉基因并未影響顯著數量的內源性基因的表達，轉基因植物實質等同于其相應的非轉基因對照或親本[ 5 ] 。結果也證實了轉化方法（ 如干凈片段或者整個質粒）對基因表達模式影響不大。實質等同性實驗強調統計上的嚴謹性，對 cDNA 芯片來說 ，考慮諸如染料偏好性和芯片空間變異等的問題（ 見注20，目前 cDNA 芯片實驗數據分析的評價）。對于簡單的實質等同性實驗而言，一張簡單的比較轉基因系和對照系之間表達的散點圖就可以了，更復雜的設計可能需要其他的顯示方式。無論是 cDNA、寡核苷酸芯片或......閱讀全文
實質等同性（轉錄組學）實驗2
3.9 芯片數據介紹對簡單的實質等同性實驗來說，一個比較轉基因系與對照之間基因表達的散點圖就已足夠了。文獻 [ 5 ] 中參與兩個實驗的樣品都標注在圖15. 2中。結果用 GeneSpring 軟件包顯示，繪制了每組比較小麥系之間每個基因成對的平均強度，并突出顯示少數感興趣的基因（統計上顯著差異表達
實質等同性（轉錄組學）實驗
實驗材料小麥試劑、試劑盒β-巰基乙醇氯仿異戊醇SSTE 緩沖液儀器、耗材SDS 聚丙烯酰胺凝膠電泳實驗步驟3.1 芯片背景我們使用了 19846 個點，包含 9246 個 Unigene 序列的小麥 cDNA 芯片（http://www . cerealsdb. uk. net/index. htm
實質等同性（轉錄組學）實驗
實驗材料:小麥? 試劑、試劑盒:β-巰基乙醇 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?氯仿 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
實質等同性（轉錄組學）實驗（一）
實驗材料?小麥試劑、試劑盒?β-巰基乙醇氯仿異戊醇SSTE 緩沖液儀器、耗材?SDS 聚丙烯酰胺凝膠電泳實驗步驟 3.1 芯片背景我們使用了 19846 個點，包含 9246 個 Unigene 序列的小麥 cDNA 芯片（http://www . cerealsdb. uk. net/index.
實質等同性（轉錄組學）實驗（二）
3.4 RNA 提取3.4.1 小麥胚乳總 RNA 提取提取方法根據 Chang 等 [ 11 ] 改編而來。( 1 ) 用預冷的研缽和杵（-70°C ) 在液氮里將 2~3 g 組織磨成粉末（見注 8 ) 。( 2 ) 室溫下迅速將磨碎組織轉移到有 15 ml 提取緩沖液（加入 300 μl β-
實質等同性（轉錄組學）實驗（三）
3.5 cDNA 合成( 1 ) 加 100 μg DNA 酶處理過的總 RNA ( 不超過 20 μl) 、8 μl oligo? (dT)23 錨定引物和無核酸酶水至終體積 28 μl。( 2 ) 將啟動反應混合物在 70℃ 孵育 10 min，置于冰上 5 min。( 3 ) 向啟動反應混合物
實質等同性（轉錄組學）實驗（四）
3.9 芯片數據介紹對簡單的實質等同性實驗來說，一個比較轉基因系與對照之間基因表達的散點圖就已足夠了。文獻 [ 5 ] 中參與兩個實驗的樣品都標注在圖15. 2中。結果用 GeneSpring 軟件包顯示，繪制了每組比較小麥系之間每個基因成對的平均強度，并突出顯示少數感興趣的基因（統計上顯著
實質等同性（轉錄組學）實驗（五）
3.13 實時 RT- PCR 驗證轉錄組數據有兩種常用的基因（擴增子）定量檢測方法：基因特異熒光探針（如 TaqMan chemistry) 或者特異雙鏈 DNA 結合試劑（SYBR green chemistry )? [22]。我們通過實時 RT-PCR，選擇 SYBR green che
實質等同性（代謝組學）實驗
實驗材料SIMCA - P 多變量統計軟件試劑、試劑盒[ 1H ] - NMR 抽提劑儀器、耗材Eppendorf 聚丙稀管NMR 管NMR 波譜儀實驗步驟本章描述的方法最適合于分析小麥精白面，但改進后也適用于全面粉、麥麩或其他組織，如葉和根。在開展實質等同性代謝組學實驗前，如其他任何田間試驗或溫室
實質等同性（代謝組學）實驗
實驗材料 SIMCA - P 多變量統計軟件試劑、試劑盒 [ 1H ] - NMR 抽提劑儀器、耗材 Eppendorf 聚丙稀管NMR 管NMR 波譜儀實驗步驟 本章描述的方法最適合于分析小麥精白面，但改進后也適用于全面粉、麥麩或其他組織，如葉和根。在開展實質等同性代謝組學實驗前，如其他任何田間試
實質等同性（代謝組學）實驗
實驗材料：SIMCA - P 多變量統計軟件 ?? 試劑、試劑盒：[ 1H ] - NMR 抽提劑 ? ? ?儀器、耗材：Eppendorf 聚丙稀管 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NMR 管 ? ?
實質等同性（蛋白質組學）實驗
實驗材料ESI-MSMALDI - MS試劑、試劑盒提取緩沖液儀器、耗材SDS- 聚丙烯酰胺凝膠電泳實驗步驟眾所周知，在實驗室內和實驗室間難以保證雙向聚丙烯酰胺凝膠電泳的重復性。在我們實驗室，強制性地要求嚴格遵守標準操作程序（sop ) , 以確保不同的操作者可以獲得可重復的分離結果。小麥白面粉樣品
實質等同性（蛋白質組學）實驗
實驗材料ESI-MSMALDI - MS試劑、試劑盒提取緩沖液儀器、耗材SDS- 聚丙烯酰胺凝膠電泳實驗步驟眾所周知，在實驗室內和實驗室間難以保證雙向聚丙烯酰胺凝膠電泳的重復性。在我們實驗室，強制性地要求嚴格遵守標準操作程序（sop ) , 以確保不同的操作者可以獲得可重復的分離結果。小麥白面粉樣品
實質等同性（蛋白質組學）實驗
實驗材料：ESI-MS ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?MALDI - MS? 試劑、試劑盒：提取緩沖液儀器、耗材：SDS- 聚丙烯酰胺凝膠電泳 ? ? ???實驗步驟：眾所周知，在實驗室內和實驗室間難
實質等同性（蛋白質組學）實驗（二）
3.2 等電聚焦（IEF)各種長度（如 7 cm、13 cm、18 cm、24 cm ) 和不同 pH 范圍的固定化 pH 梯度 ( IPG ) 膠條可供使用。IPG 膠條常在 20℃ 下（溫度低于 20℃ 可導致尿素結晶）于適量水化液中水化過夜（16 h ) 。這可在溶脹托盤 （ re-s
實質等同性（蛋白質組學）實驗（一）
實驗材料?ESI-MSMALDI - MS試劑、試劑盒?提取緩沖液儀器、耗材?SDS- 聚丙烯酰胺凝膠電泳實驗步驟 眾所周知，在實驗室內和實驗室間難以保證雙向聚丙烯酰胺凝膠電泳的重復性。在我們實驗室，強制性地要求嚴格遵守標準操作程序（sop ) , 以確保不同的操作者可以獲得可重復的分離結果。小
實質等同性（蛋白質組學）實驗（三）
3.4 凝膠染色為了用蛋白質組學研究 2D 膠上蛋白點，染色必須與質譜分析兼容，且靈敏度越高越 好。符合這些標準的染色法有好幾種可供使用，包括膠體考染、某些銀染和各種熒光染劑，如 Sypro? Ruby、Orange、Deep? Purple 和 Flamingo。膠體考染靈敏性不如銀染和熒
實質等同性的概念
中文名稱實質等同性英文名稱substantial equivalence定 義系聯合國經濟和合作組織(OECD)于1993年提出的對新食物進行安全性評估的原則。根據該原則，若一種生物工程食物或食物成分與其相應的傳統食物或食物成分基本相同，則可以認為具有相同的安全性。這一種基于比較的指導原則已被許多
關于實質等同性的基本信息介紹
生物安全的危險度評估和安全性評價表明，安全是生物技術中的核心問題，是發展生物技術的底線，但是安全問題本身也是抽象的，是動態的，其安全性標準不是絕對的和等同劃一的。風險預防的目的在于在保障安全的基礎上實現生物技術的良性健康發展，其含義有二，一是生物安全立法的目的不在于遏制生物技術的發展，而是推動生
轉錄物組學的定義
中文名稱轉錄物組學英文名稱transcriptomics定 義研究基因組轉錄產生的全部轉錄物的種類、結構和功能的學科。應用學科遺傳學（一級學科），總論（二級學科）
轉錄物組學的定義
中文名稱轉錄物組學英文名稱transcriptomics定 義研究基因組轉錄產生的全部轉錄物的種類、結構和功能的學科。應用學科遺傳學（一級學科），總論（二級學科）
與轉錄組學和蛋白組學比較，代謝組學有何優點
那年夏天Forever與轉錄組學和蛋白組學比較,代謝組學有以下優點：①代謝組學放大了基因和蛋白表達的微小變化,從而使檢測更容易；②代謝組學的研究不需建立全基因組測序及大量表達序列 標簽(EST)的數據庫,且代謝產物的種類要遠小于基因和蛋白的數目.③ 由于給定的代謝產物在每個組織中都是一樣的,所以研究
空間轉錄組學研究案例簡析
01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1]影響因子：11.878發表時間：2018.06發表期刊：Nat Commun腫瘤內異質性是當今癌癥治療中最大的挑戰之一。在這里，研究人員使用空間轉錄組學（ST）技術研究整個多灶性前列腺癌的全組織基因表達異質性。利用一種新的去卷積方法，分析12個區域的近6
2018年新技術：空間轉錄組學技術
——也許不久的將來，定位組織中的基因表達就會成為一種常規技術了。 對于基因表達研究來說，空間一直都是具有挑戰性的前沿研究領域。但是隨著越來越多的研究人員獲得了技術進展，這已經不再是令人望而生畏的領域了。這些方法的多樣性和創造性使其成為一個值得關注的技術方向。 空間基因表達對于理解組織中細胞的
Gotham成立－表觀轉錄組學進入轉化階段
10月11日，紐約的Gotham Therapeutics獲得5400萬美元A輪投資，正式掛牌成立。Gotham的技術平臺是表觀轉錄組學（epitranscriptomics）、即調控RNA的化學修飾。Gotham主要關注一種叫做m6A(6-甲基腺苷)的常見mRNA修飾，這個修飾在RNA代謝中起
前沿：空間轉錄組學研究案例簡析
上一期，我們介紹了空間轉錄組測序產品，對于它的優勢和特點進行了總結。這么一款優秀產品，用起來到底好不好使呢？我們從現有在疾病研究中發表文章略窺一二。 01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1] 影響因子：11.878 發表時間：2018.06 發表期刊：Nat C
前沿：空間轉錄組學研究案例簡析
上一期，我們介紹了空間轉錄組測序產品，對于它的優勢和特點進行了總結。這么一款優秀產品，用起來到底好不好使呢？我們從現有在疾病研究中發表文章略窺一二。 01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1] 影響因子：11.878 發表時間：2018.06 發表期刊：Nat
轉錄組學新技術揭露細胞何時崩潰
買房關鍵看位置，細胞在人體內也有類似的生存法則。3月，來自美國得克薩斯大學的癌癥研究者在一場報告會上介紹了團隊新成果：在腫瘤細胞周圍，那些表面看似無恙的細胞，內部已有變化——它們比正常組織表現的更像腫瘤，且更易擴散。 據《科學》報道，這項成果的關鍵是空間轉錄組學技術，該技術能幫助研究者定位細胞
蛋白質組學不能被基因組和轉錄組取代
基因和蛋白并不存在嚴格的線性關系ORF并不預示一定存在相應的功能性基因mRNA水平并非與蛋白質的表達水平對應翻譯后修飾及同工蛋白質（isforms)等現象在基因水平無從表現
采用生物信息學和實驗方法聯合分析轉錄組信息
The wealth of transcript information that has been made publicly available in recent years requires the development of high-throughput functional geno