迄今最大哺乳動物基因組庫為進化提供新見解
當21世紀初，小鼠、人類、大鼠和黑猩猩的完整基因組首次發表后，遺傳學家通過比較基因序列為了解哺乳動物進化打開了大門。為什么一些哺乳動物嗅覺特別靈敏？為什么有些哺乳動物要冬眠？為什么一些哺乳動物的大腦發更大？20年后的今天，由美國麻省理工學院、哈佛大學等單位的科學家牽頭的大型國際研究項目——“Zoonomia計劃”的研究人員收集并比較了240種哺乳動物基因組，并通過研究分析這批迄今最大的哺乳動物基因序列對上述問題有了進一步的了解。相關研究近日以系列文章形式發表于《科學》。美國加利福尼亞大學舊金山分校數據科學家、“Zoonomia計劃”成員Katie Pollard指出，上述數據不僅突出了不同哺乳動物基因組哪些區域是相似的，還找到了在數百萬年尺度上，不同哺乳動物基因序列是何時出現分歧的。瑞典烏普薩拉大學遺傳學家、“Zoonomia計劃”領導者之一Kerstin Lindblad Toh說，她和同事意識到，要想從統計學上了解哺乳動物如......閱讀全文
迄今最大哺乳動物基因組庫為進化提供新見解
當21世紀初，小鼠、人類、大鼠和黑猩猩的完整基因組首次發表后，遺傳學家通過比較基因序列為了解哺乳動物進化打開了大門。為什么一些哺乳動物嗅覺特別靈敏？為什么有些哺乳動物要冬眠？為什么一些哺乳動物的大腦發更大？20年后的今天，由美國麻省理工學院、哈佛大學等單位的科學家牽頭的大型國際研究項目——“Zoon
哺乳動物中制備基因組DNA實驗
制備DNA ? ? ? ? ? ? 實驗材料 動物組織
哺乳動物“共同祖先”基因組重建完成
從鴨嘴獸到藍鯨，每一種現代哺乳動物都是生活在大約1.8億年前的“共同祖先”的后裔。人們對“共同祖先”知之甚少，現在，一個國際研究小組通過計算重建了其基因組。該成果將發表在《美國國家科學院院刊》上，對理解哺乳動物的進化和保護工作具有重要意義。 研究人員利用了來自32個活物種的高質量基因組序列，這
哺乳動物中制備基因組DNA實驗
實驗材料 動物組織試劑、試劑盒 PBS乙酸銨乙醇酚氯仿異戊醇TE儀器、耗材 離心機搖床研缽實驗步驟 1. ?切下組織并立即剪成小塊，置于液氮中凍結。?2. ?將200 mg~1 g 的組織用預冷的研缽和研杵研碎，或用錘子將其搗為細粉末，每100 mg 組織用1. 2 ml 消化緩沖液懸浮。?3. ?
植物和哺乳動物線粒體基因組的差異
植物細胞植物細胞的線粒體基因組的大小差別很大，最小的為100kb左右，大部分由非編碼的DNA序列組成，且有許多短的同源序列，同源序列之間的DNA重組會產生較小的亞基因組環狀DNA，與完整的“主”基因組共存于細胞內，因此植物線粒體基因組的研究更為困難。哺乳動物哺乳動物的線粒體基因DNA沒有內含子，幾乎
哺乳動物基因組三維結構首次確定
英國醫學研究理事會網站日前報道稱，英國科學家從單個細胞中確定出完整保存的哺乳動物基因組的首個3D結構，顯示了細胞核內所有染色體中的DNA是如何復雜地折疊在一起的。該項研究成果發表在近日出版的《自然》雜志上。 很多人對于呈現“X”形狀的染色體十分熟悉，但事實上，染色體僅在細胞分裂時呈現這種形態。
哺乳動物基因組三維結構首次確定
英國醫學研究理事會網站日前報道稱，英國科學家從單個細胞中確定出完整保存的哺乳動物基因組的首個3D結構，顯示了細胞核內所有染色體中的DNA是如何復雜地折疊在一起的。該項研究成果發表在近日出版的《自然》雜志上。 很多人對于呈現“X”形狀的染色體十分熟悉，但事實上，染色體僅在細胞分裂時呈現這種形態。
哺乳動物中制備基因組DNA實驗——制備DNA
在DNA提取過程中應盡量避免使DNA斷裂和降解的各種因素，以保證DNA的完整性，為后續的實驗打下基礎。一般真核細胞基因組DNA有107-9bp，可以從新鮮組織、培養細胞或低溫保存的組織細胞中提取，常是采用在EDTA以及SDS等試劑存在下用蛋白酶K消化細胞，隨后用酚抽提而實現的。實驗材料動物組織試劑、
北京基因組所發布表觀基因組數據庫MethBank－3.0
中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心發布表觀基因組數據庫MethBank 3.0，并將其成果以MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species為題，在線發表在Nucleic Acids Rese
北京基因組所發布表觀基因組數據庫MethBank－3.0
中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心發布表觀基因組數據庫MethBank 3.0，并將其成果以MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species為題，在線發表在Nucleic Acids Rese
線粒體基因組的植物細胞和哺乳動物相關介紹
植物細胞 植物細胞的線粒體基因組的大小差別很大，最小的為100kb左右，大部分由非編碼的DNA序列組成，且有許多短的同源序列，同源序列之間的DNA重組會產生較小的亞基因組環狀DNA，與完整的“主”基因組共存于細胞內，因此植物線粒體基因組的研究更為困難。 哺乳動物 哺乳動物的線粒體基因DNA
基因組所完成開發RiceWiki數據庫
近日，中國科學院北京基因組研究所章張研究員課題組與北京理工大學、中國林業科學研究院及華中農業大學合作開發完成RiceWiki數據庫。該數據庫是基于維基百科的水稻基因信息平臺，是可編輯且內容公開的公眾注釋系統。研究成果在Nucleic Acids Research雜志發表。 水稻是人類重
《自然》獲得首創性全基因組RNAi庫
來自奧地利科學院維也納分子生物學研究院（Institute of Molecular Biotechnology of the Austrian Academy of Sciences）的研究人員以果蠅為研究對象，利用一套完整的基因組序列數據，從達到了88%覆蓋率的蛋白編碼基因中獲得了全基因組范圍內
科學家搭建草莓基因組數據庫
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454861.shtm 草莓為薔薇科草莓屬，因芳香多汁、營養豐富受到喜愛，在全國各地均可種植。栽培草莓為異源多倍體，基因組復雜，雜合度高。 2019年，《自然—遺傳學》發表了利用三代測序數據組裝的高
全球藥典草藥基因組數據庫已上線
近期，中國中醫科學院中藥研究所團隊建立了全球藥典基因組數據庫(GPGD)。該數據庫是全球首個針對藥典收載草藥物種的大型基因組學數據庫。相關研究成果發表在《Science China-Life Sciences》雜志，標題為“Global Pharmacopoeia Genome Database
北京基因組所構建完成質體基因組結構變異數據庫
多相催化是實現高效定向化學轉化的關鍵技術，其中的一個重要基礎科學問題是如何通過精確設計和調控催化活性位結構及所在環境，從而強化其定向催化功能并創造新型高效催化劑。近日，中國科學技術大學熊宇杰教授課題組和江俊教授課題組繼在電催化體系中提出表面極化概念后,再次通過與黃偉新教授課題組合作，證實界面極化
北京基因組所發布腦疾病知識庫BrainBase
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心開發的腦疾病知識庫BrainBase正式上線。相關研究成果以BrainBase: a curated knowledgebase for brain diseases為題，在線發表在Nucleic Acids Resear
北京基因組所開發系列特色科學數據庫
近日，中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心（BIG Data Center，BIGD）有七篇數據庫文章在國際學術期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）雜志在線發表，并將于該刊2019年1月出版的數據庫專刊中集中刊發。包括表觀組關聯分析知識庫EWAS Atlas
全球生物庫薈萃分析推動全基因組關聯研究
歷史上，人類基因的相關發現主要源自歐洲血統的人身上，如何將這些發現很好地轉移到其他非歐洲人身上，仍然是一個懸而未決的問題。 目前，一個由來自四大洲的23個生物資料庫組成的合作項目，正在揭示這種多樣性的缺乏所造成的差距，如遺漏的致病突變等。該項目擁有超過200萬志愿者的基因組數據。 近日，發表
北京基因組所開發系列特色科學數據庫
近日，中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心（BIG Data Center，BIGD）有七篇數據庫文章在國際學術期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）雜志在線發表，并將于該刊2019年1月出版的數據庫專刊中集中刊發。包括表觀組關聯分析知識庫EWAS Atlas
國家基因庫研發線粒體基因組重要新應用
繼啟動萬種動物線粒體基因組計劃（MT10K, https://www.mt10k.org）之后，深圳國家基因庫成功研發出一套應用線粒體基因組監測生物多樣性的宏線粒體基因組重測序方法（mitochondrial metagenomics，以下簡稱“全線粒體混合多樣性分析法”）。此方法高效、準確且可
橡膠樹HeveaDB基因組數據庫平臺完成測試
本報訊 日前，中國熱帶農業科學院“橡膠樹等主要熱帶作物功能基因組學研究”創新團隊負責搭建的橡膠樹HeveaDB基因組數據庫平臺（hevea.catas.cn）上線運行，并在國際橡膠研究與發展委員會（IRRDB）各成員國間開展測試工作。經過1個月的測試，數據庫平臺各項指標保持穩定，運行可靠，達到
武漢科研團隊破譯并公布蓮基因組數據庫
近日，武漢市園林科學研究院和中科院武漢植物園攜手研發出破譯荷花遺傳密碼的蓮基因組數據庫。日前，該數據庫在國際知名學術期刊公布，供各國荷花研究人員免費共享。 據介紹，水生植物蓮是地球上最早出現的開花植物之一。研究發現，早在約1.4億年前蕨類植物和恐龍稱霸地球的時代，在北半球許多水域已有蓮的分布。
基因組多樣性和祖源信息數據庫
?? 11月3日，中國科學院上海生命科學研究院（人口健康領域）計算生物學研究所徐書華課題組的研究成果，以PGG.Population: a database for understanding genomic diversity and genetic ancestry of human popul
科學家呼吁關注全球基因組數據庫污染
樣品處理有可能是導致DNA數據庫廣泛污染的最主要原因 2月16日發表在《公共科學圖書館·綜合》（PLoS ONE）期刊上的一份研究報告稱康涅狄格大學的遺傳學家Mark Longo及同事發現由頂級公共測序機構提供的測序結果構建的基因組數據庫中的大約1/5的細菌、植物和非靈長類動物基因
基因組所發布全轉錄組關聯研究知識庫
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心（NGDC）開發的全轉錄組關聯研究知識庫正式上線。該研究成果以“TWAS Atlas: a curated knowledgebase of transcriptome-wide association studies”為題在
橡膠樹HeveaDB基因組數據庫平臺完成測試
日前，中國熱帶農業科學院“橡膠樹等主要熱帶作物功能基因組學研究”創新團隊負責搭建的橡膠樹HeveaDB基因組數據庫平臺（hevea。catas。cn）上線運行，并在國際橡膠研究與發展委員會（IRRDB）各成員國間開展測試工作。經過1個月的測試，數據庫平臺各項指標保持穩定，運行可靠，達到預期效果。
世界最大的自閉癥基因組數據庫公布
自閉癥，或稱為自閉癥譜系障礙，是指包括了社會技能、重復行為、語言和非語言交流、以及與眾不同的優勢或差異等多表征型障礙。我們現在得知，自閉癥分好多亞型，大多數由遺傳和環境共同作用造成。據估計，每68名兒童中就有一人患有自閉癥。雖然，目前自閉癥的干預方法很多。但是大多數缺乏循證醫學的證據。尚無最優治
哺乳動物調控DNA復制起始以維持基因組穩定性的機理
DNA是主要的遺傳物質，也是中心法則的源頭。DNA代謝包括DNA復制、轉錄及DNA修復等。其中，DNA復制保證了遺傳信息精確完整地傳遞，而轉錄則是細胞身份維持和功能調控的關鍵。DNA復制發生在整個染色質上，而轉錄則只發生在染色質上的轉錄區。如果這兩個關鍵的細胞過程碰撞，猶如獨木橋上獅虎相遇，會發
北京基因組所開發表觀組關聯分析數據庫
近日，由中國科學院北京基因組研究所國家基因組科學數據中心開發的人類表觀組關聯分析數據庫EWAS Data Hub正式上線。該項研究成果以EWAS Data Hub: a resource of DNA methylation array data and metadata 為題在國際學術期刊《核