迄今最大哺乳動物基因組庫為進化提供新見解
當21世紀初，小鼠、人類、大鼠和黑猩猩的完整基因組首次發表后，遺傳學家通過比較基因序列為了解哺乳動物進化打開了大門。為什么一些哺乳動物嗅覺特別靈敏？為什么有些哺乳動物要冬眠？為什么一些哺乳動物的大腦發更大？20年后的今天，由美國麻省理工學院、哈佛大學等單位的科學家牽頭的大型國際研究項目——“Zoonomia計劃”的研究人員收集并比較了240種哺乳動物基因組，并通過研究分析這批迄今最大的哺乳動物基因序列對上述問題有了進一步的了解。相關研究近日以系列文章形式發表于《科學》。美國加利福尼亞大學舊金山分校數據科學家、“Zoonomia計劃”成員Katie Pollard指出，上述數據不僅突出了不同哺乳動物基因組哪些區域是相似的，還找到了在數百萬年尺度上，不同哺乳動物基因序列是何時出現分歧的。瑞典烏普薩拉大學遺傳學家、“Zoonomia計劃”領導者之一Kerstin Lindblad Toh說，她和同事意識到，要想從統計學上了解哺乳動物如......閱讀全文
我國發布首個柑桔全基因組變異數據庫
近日，《園藝研究》（Horticulture Research）在線發表了中國農業科學院柑桔研究所構建完成的柑桔全基因組變異數據庫CitGVD（http://citgvd.cric.cn/home），這是第一個園藝類作物全基因組變異數據庫。 柑桔是全世界最重要的商業水果作物之一。當前，柑桔類物
北京基因組所的腦疾病知識庫BrainBase正式上線
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心開發的腦疾病知識庫BrainBase正式上線。相關研究成果以BrainBase: a curated knowledgebase for brain diseases為題，在線發表在Nucleic Acids Resear
新研究在番茄基因組庫中添加近5000個基因
現在，來自農業研究局（ARS）和Boyce Thompson研究所（BTI）的科學家們在剛剛發表的《Nature Genetics》一文中，重點討論了這個問題。 位于紐約伊薩卡的ARS植物、土壤和營養研究實驗室的分子生物學家James Giovannoni和BTI生物信息學科學家Zhangju
微縮化技術在宏基因組測序建庫中的應用
2020年伊始，突如其來的新冠疫情牽動著每個人的心。自武漢衛健委首發肺炎疫情情況通報后的短短一個星期，新型冠狀病毒就在實驗室中被檢出，并獲得了該病毒的全基因組序列。如此快速地確定病原體搶占研究先機，宏基因組測序技術功不可沒。?宏基因組學(Metagenomics)，以環境樣品中的微生物群體為研究對象
基因組所重復序列與哺乳動物內含子擴張關系研究獲進展
近日，在中國科學院北京基因組研究所副所長、基因組科學與信息重點實驗室主任于軍研究員和“百人計劃”雷紅星研究員的指導下，基因組所王大鵬博士、博士研究生蘇堯等科研人員在哺乳動物基因組內含子擴張與基因功能關系研究，以及突變和自然選擇在基因組進化中的作用研究中取得新進展。相關學術論文在Ev
北京基因組所發布癌癥單細胞表達圖譜數據庫CancerSCEM
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心開發的癌癥單細胞表達圖譜數據庫CancerSCEM上線。該研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human can
北京基因組所發布癌癥單細胞表達圖譜數據庫CancerSCEM
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心開發的癌癥單細胞表達圖譜數據庫CancerSCEM上線。該研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cance
北京基因組所構建出多物種轉錄圖譜綜合數據庫
隨著高通量測序技術的發展，轉錄組測序（RNA-seq）已成為系統研究基因轉錄及轉錄后水平調控狀態的常規方法，并在多個物種中得到廣泛應用。海量轉錄組數據以前所未有的速度產生，以數據驅動為導向的大規模數據整合、挖掘與解析面臨挑戰。為更充分展現轉錄組數據蘊含的豐富信息，服務生物醫學基礎研究領域需求，構
Nature子刊公布世界最大的自閉癥基因組數據庫
自閉癥，或稱為自閉癥譜系障礙，是指包括了社會技能、重復行為、語言和非語言交流、以及與眾不同的優勢或差異等多表征型障礙。我們現在得知，自閉癥分好多亞型，大多數由遺傳和環境共同作用造成。據估計，每68名兒童中就有一人患有自閉癥。雖然，目前自閉癥的干預方法很多。但是大多數缺乏循證醫學的證據。尚無最優治
貝瑞和康建成全球最大婦科腫瘤基因組數據庫
基因組大數據的重大意義開始凸顯，貝瑞和康與阿里云合作開展的“神州基因組數據云”項目取得的階段性成果，便已經收效顯著。 9月23日，在第十九屆全國臨床腫瘤學大會暨CSCO學術年會上，北京貝瑞和康生物技術股份有限公司（以下簡稱“貝瑞和康”）公布了在生物信息分析領域和大數據建設方面做出的重要成果。
Nature子刊：用于百萬級生物樣本庫的基因組序列分析工具
人類的疾病易感性和生理特征等常見性狀的差異，往往由DNA序列變化造成，這些DNA片段缺失、增加、異位等變化被統稱為遺傳變異。全基因組關聯研究（Genome-Wide Association Study，GWAS）是通過比對大量人群的遺傳信息，利用統計學檢測遺傳變異和性狀之間關聯性的方法。西湖大學
國家基因組科學數據中心發布2019新型冠狀病毒資源庫
1月22日，國家基因組科學數據中心正式發布2019新型冠狀病毒資源庫。該庫整合了世界衛生組織（WHO）、中國疾病預防控制中心（CDC）、美國國家生物技術信息中心（NCBI）、全球流感序列數據庫（GISAID）等機構公開發布的冠狀病毒基因組序列數據、元信息、學術文獻、新聞動態、科普文章。同時，對不
北京基因組所合作開發完成長非編碼RNA數據庫
長非編碼RNA（Long non-coding RNA, lncRNA）是近年來國際研究的新熱點,與人類癌癥、神經系統等疾病發生密切相關，在疾病診療方面表現出了潛在的重大應用價值。雖然長非編碼RNA表達量相對較低，但由于其在轉錄、基因組印記、翻譯、可變剪切、轉錄后表達調控、蛋白運輸與定位等過程的
北京基因組所開發完成DNA甲基化重編程數據庫
DNA甲基化是一個重要的表觀遺傳標記，在胚胎早期發育過程中起到至關重要的作用，不同物種所采用的機制亦各不相同。因而，整合多個物種的海量甲基化數據并提供在線的數據瀏覽、獲取及其功能分析，可幫助更多研究人員深入探析不同物種在早期發育時期的DNA甲基化差異，并揭示其DNA甲基化重編程過程與機制。
科學家得到詳細的惡性膠質細胞瘤細胞基因組數據庫
科學家啟動了腫瘤基因組圖譜計劃(The Cancer Genome Atlas，TCGA)，打算分析所有組織的腫瘤細胞的基因組。腦組織腫瘤是科學家的第一個目標，因為其挑戰性大回報也最大。 TCGA收集了多形性成膠質細胞瘤(glioblastoma multiforme，GBM)的組
天津大學：新冠病毒基因組注釋數據庫向全球開放
疫情就是命令！30日從天津大學獲悉，該校生物信息中心新型冠狀病毒基因組注釋數據庫上線，并納入中國國家基因組科學數據中心向全球開放服務。新型冠狀病毒基因組注釋數據庫 ZCURVE_CoV Database 網站截圖 面對疫情加快蔓延的嚴重形勢，科技界正在爭分奪秒與病毒抗爭，開展病毒防治相關藥物的
上海生科院發布基因組多樣性和祖源信息數據庫
?? 該研究分析了涵蓋全球范圍107個國家的356個人類族群的基因組多樣性和祖源信息，并發布了開放獲取的專門數據庫——PGG.Population（群體基因組學·族群）。PGG.Population是迄今唯一在基因組水平專門解析人類族群遺傳關系和祖源信息的公開數據庫，也是目前收集族群數量最大的群體基
基于同源基因簇的水稻泛基因組綜合數據庫建成
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/498300.shtm近日，華中農業大學作物遺傳改良全國重點實驗室、湖北洪山實驗室教授張建偉課題組聯合國內外高校與科研機構在《自然—通訊》與《分子植物》連續發表兩篇研究論文。這兩項工作以代表亞洲稻群體結構的
愛沙尼亞基因組中心生物樣本庫的自動化解決方案
概述愛沙尼亞生物樣本庫是收集能夠代表整個愛沙尼亞人口的以民族委基礎的生物樣本庫。因為整體工作量、反應時間、樣本的完整性和過程的安全性等因素，為研究伙伴人工發放樣本變得越來越困難，因此愛沙尼亞生物樣本庫采用了由一套自動化存儲系統，一臺自動化液體處理系統和多個小設備（如離心機和開蓋機）組成的Hamilt
研究人員發布全基因組單核苷酸變異數據庫
10月22日，國際學術期刊Genome Biology 以PGG.SNV： understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse popul
財務部：開展政府采購備選庫、名錄庫、資格庫專項清理
關于開展政府采購備選庫、名錄庫、資格庫專項清理的通知 財辦庫〔2021〕14號 各省、自治區、直轄市、計劃單列市財政廳（局），新疆生產建設兵團財政局，各中央預算單位辦公廳（室）： 優化政府采購營商環境是貫徹落實中央全面深化改革委員會審議通過的《深化政府采購制度改革方案》的重要內容，對于做好
我國建成全球第四個綜合基因組權威數據庫
近日，中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心團隊題為“The BIG Data Center： from deposition to integration to translation”（北京基因組研究所生命與健康大數據中心：從存儲到整合、再到轉化）的研究論文被國際學術期刊《核酸研究》
全球共享的基因組數據庫辦不下去了，怎么辦？
1資金困境 作為世界上最具權威性的人類疾病相關的基因目錄第五十個生日時，它面臨著令人不安的變化。在接下來的幾年里，美國國家人類基因組研究所（NHGRI）預計退出作為基因組數據庫的始祖——稱為在線人類孟德爾遺傳（OMIM）唯一的資助者。誰將繼承標簽尚未明確。當美國國家衛生研究院（NIH）評估其數
生科院發布首個全球人群基因組多樣性和祖源信息數據庫
11月3日，中國科學院上海生命科學研究院（人口健康領域）計算生物學研究所徐書華課題組的研究成果，以PGG.Population: a database for understanding genomic diversity and genetic ancestry of human popula
北京基因組所阿爾茲海默癥基因知識庫ALzBase正式上線
阿爾茲海默癥（Alzheimer’s disease,AD）是一種在老年人人群中常見的神經退行性疾病，目前無有效治療手段。人們對AD致病機理方面的研究也沒有取得突破性的進展。為了能夠更好地助力AD相關的研究，中國科學院北京基因組研究所雷紅星研究組通過整合不同來源的數據，以阿爾茲海默癥擾動基因為核
航運激增威脅北極哺乳動物
研究人員希望，他們的發現將促成破壞性更小的航線。圖片來源：PNAS ?對于鯨和北極熊來說，融化的海冰絕不僅僅意味著簡單的棲息地喪失。一項最新研究表明，開放水域季節變長導致的北極航運量劇增，可能使在北極棲息的眾多海洋哺乳動物處于危險境地。 隨著夏季海冰覆蓋量減少，諸如西北航道等航線在較溫
哺乳動物 DNA 的快速分離
根據本方案制備的哺乳動物 DNA 約 20~50 kb，適于作 PCR 反應的模板。DNA 產量在 0.5 到 3.0 μg/mg 組織之間變化，或者是 5~15 μg/300μl 全血。本實驗來源「分子克隆實驗指南第三版」黃培堂等譯。實驗方法原理根據本方案制備的哺乳動物 DNA 約 20~50 k
哺乳動物 DNA 的快速分離
? ? ? ? ? ? 實驗方法原理 根據本方案制備的哺乳動物 DNA 約 20~50 kb，適于作 PCR 反應的模板。DNA 產量在 0.5 到 3.0 μg/mg 組織之間變化，或者是 5~15 μg/300μl 全血。
哺乳動物可通過腸道吸氧
? ?近日，美國辛辛那提兒童醫院研究人員證明，通過直腸提供氧氣或含氧液體，能夠幫助小鼠等實驗動物在低氧條件下存活。研究人員認為，該方法可能提供一個挽救呼吸衰竭的危重患者的新范式。相關研究結果發表于5月14日《醫學》。 未參與該研究的美國科羅拉多大學胃腸病學家Sean Colgan表示：“這看起來
哺乳動物 DNA 的快速分離
實驗方法原理 根據本方案制備的哺乳動物 DNA 約 20~50 kb，適于作 PCR 反應的模板。DNA 產量在 0.5 到 3.0 μg/mg 組織之間變化，或者是 5~15 μg/300μl 全血。實驗材料 無 DNase 的 RNase蛋白酶 K哺乳動物組織或全血試劑、試劑盒 細胞裂解緩沖液乙