黃瓜變異組研究奠定全基因組設計育種基礎
中國農業科學院蔬菜花卉研究所領導的國際黃瓜變異組研究團隊，對115個黃瓜品系進行深度重測序，構建了包含360多萬個位點的全基因組遺傳變異圖譜，為全面了解黃瓜進化及多樣性提供了新思路，并為全基因組設計育種打下了基礎。相關成果10月20日在線發表于《自然·遺傳學》雜志。 據國際黃瓜基因組計劃首席科學家、中國農科院蔬菜花卉所研究員黃三文介紹，本項研究對115個黃瓜品系進行了重測序，并對一個野生黃瓜進行了從頭測序。共發現330多萬個單核苷酸多態性位點，33萬多個小插入和刪除，以及594個獲得/缺失變異。基于這些數據，構建起一個單核苷酸分辨率的黃瓜遺傳變異圖譜。 這115個黃瓜品系可分為4大類，即印度類群、歐亞類群、東亞類群和西雙版納類群，其中印度類群主要來自于野生變種，而其余3個品種均來自栽培變種。比較分析發現，印度類群遺傳多樣性遠遠超過其他3個類群，這一結果證實了印度是黃瓜的發源地。 野生黃瓜果實極苦，原本在印度......閱讀全文
全基因組測序確定腦瘤的基因變異
日前，圣猶達兒童研究醫院（St. Jude Children's Research Hospital）的研究人員在新研究中鑒別出了一種兒童腦瘤亞型一半以上患者的致病性突變。此外他們還證實這些腫瘤對已經在研發中的一些藥物敏感。這項研究論文刊登在了近期出版的《自然-遺傳學》（Nature Genet
全基因組研究識別出飲酒吸煙相關變異
根據《自然》近日發表的遺傳學研究，在一項涉及近340萬人的多血統全基因組關聯研究（GWAS）中，發現了近4000個與吸煙和飲酒行為相關的遺傳變異。這些發現對這類復雜行為的潛在遺傳影響提供了見解。 吸煙和飲酒是多種疾病和紊亂的主要風險因素，雖然它們也受文化背景、公共健康政策等環境因素影響，有顯著證
黃瓜變異組研究奠定全基因組設計育種基礎
中國農業科學院蔬菜花卉研究所領導的國際黃瓜變異組研究團隊，對115個黃瓜品系進行深度重測序，構建了包含360多萬個位點的全基因組遺傳變異圖譜，為全面了解黃瓜進化及多樣性提供了新思路，并為全基因組設計育種打下了基礎。相關成果10月20日在線發表于《自然·遺傳學》雜志。 據國際黃瓜基因組計劃首
全基因組測序可識別癌癥相關變異－有助預防護理
美國德州大學(UT)西南醫學中心研究人員證明，全基因組測序可識別病人患遺傳性癌癥的風險，有望改善癌癥的預防、診斷和護理。這項研究首次用全基因組測序評估了258個癌癥病人的基因組，提高了診斷出有癌變傾向的基因變異的能力。相關論文在線發表于最近的《E生物醫學》雜志上。 “全基因組測序是一種新
我國發布首個柑桔全基因組變異數據庫
近日，《園藝研究》（Horticulture Research）在線發表了中國農業科學院柑桔研究所構建完成的柑桔全基因組變異數據庫CitGVD（http://citgvd.cric.cn/home），這是第一個園藝類作物全基因組變異數據庫。 柑桔是全世界最重要的商業水果作物之一。當前，柑桔類物
PNAS:外顯子變異檢測——全基因組測序比全外顯子測序更強大
目前，全外顯子測序和全基因組測序技術在遺傳分析和發現導致疾病發生的潛在基因突變方面應用越來越廣泛，隨著測序技術的不斷迭代更新，越來越成熟，昂貴的價格會逐漸降低，那么在排除價格因素之后，全外顯子測序和全基因組測序在檢測外顯子突變方面究竟誰更加強大呢？來自美國的科學家對這一問題進行了相關研究，其研究
北京本起疫情病例病毒全基因組測序完成，均系Delta變異
2021年11月10日我市接報1例在京存在活動軌跡的外省協查病例后，立即響應、迅速行動、嚴格落實各項防控措施、堅決阻斷病毒傳播鏈條。 截至11月11日24時，全市共發現7例與外省協查病例存在關聯的新冠病毒感染者，其中朝陽區2例、海淀區5例。目前北京市疾控中心實驗室已完成5例確診病例病毒全基因組
新研究構建出小麥屬全基因組遺傳變異圖譜
小麥是人類歷史上最成功的作物之一，它起源于新月沃地一個狹小的核心區域，一萬年間，從地區性的野生植物迅速轉變成為全球種植面積最廣的作物之一，在多種多樣的環境下為人類提供大量的碳水化合物和蛋白質。然而，小麥對自然環境和人類糧食需求兩方面同時適應的遺傳機制尚不清楚，理解小麥適應性進化對氣候變化條件下小
北京林大等完成世界首張梅花全基因組變異圖譜
北京林業大學教授張啟翔領銜的國家花卉工程技術研究中心與青島華大基因研究院、深圳華大生命科學研究院及美國賓夕法尼亞州立大學等單位合作，完成了首個梅花全基因組重測序研究，構建了世界首張梅花全基因組變異圖譜。該成果對梅花重要觀賞性狀的遺傳解析具有里程碑的作用。既為其分子標記輔助育種研究提供了重要的理論
中國學者解析甜瓜全基因組變異圖譜及進化機制
近日，Nature Genetics線發表了中國農科院與其它機構合作完成的兩篇重量級文章，文章分別構建了甜瓜全基因組變異圖譜和解析了西瓜果實品質性狀進化分子機制。 鑒于該兩項研究的重要性，Nature Genetics雜志還同期發表了題為“Sweet genes in melon and w
研究人員發布全基因組單核苷酸變異數據庫
10月22日，國際學術期刊Genome Biology 以PGG.SNV： understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse popul
農科院研究揭示水稻全基因組功能單倍型自然變異特征
近日，中國農業科學院作物科學研究所（以下簡稱作科所）水稻分子設計技術與應用創新團隊構建了一個全基因組基因功能單倍型（gcHap）數據集，全面揭示了亞洲栽培稻基因功能單倍型自然變異特征，提出亞洲栽培稻多起源（馴化）假說，并開發了適用于功能單倍型數據全基因組關聯分析和全基因組預測的軟件包“HAPS”
OPGEN全基因組圖譜應用系列——鞭蟲全基因組測序
鞭蟲是一種常見的土壤傳播寄生蟲，地理分布廣，感染率高，寄生于人體盲腸，導致人體慢性感染，對人類危害巨大。鞭蟲的全基因組測序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，發表在世界頂級期刊《Nature Genetics》上。該研究通過對2種不同
Lancet子刊最新全基因組分析－額顳葉變性與遺傳變異有關
FTLD患者皆存在TAR-DNA結合蛋白43（TDP-43，一種調節轉錄的核蛋白）的異常磷酸化，GRN基因突變是FTLD的常見遺傳因素，但不同患者發病年齡和臨床表現存在差異，因此，近日有研究人員通過全基因組關聯分析對FTLD患者GRN突變外的的遺傳因子進行了考察。 研究人員發現TMEM106B
研究構建藏族人群全基因組水平的適應性遺傳變異圖譜
8月7日，《國家科學評論》（National Science Review）在線發表了中國科學院上海營養與健康研究所——馬普計算生物學研究所徐書華團隊的研究成果“Prioritizing natural selection signals from the deep-sequencing gen
虎尾海馬全基因組破譯
中科院南海海洋研究所、德國康斯坦茨大學、華大基因和新加坡A*STAR研究院聯合破譯了虎尾海馬的全基因組。有關研究成果日前以封面文章的形式發表在《自然》雜志上。 海馬隸屬于海龍科。與其他硬骨魚不同，海馬呈現高度特殊的形態，例如頭部前方具有管狀長嘴，無腹鰭和尾鰭，尾端卷曲，全身覆蓋硬骨骼，沒有鱗片
人類全基因組測序計劃
全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。 1986年， Renato Dulbecco是Z早提出人類基因組測序的科學家之一。他認為如果能夠知道所有人類基因的序列，對癌癥的研究將會很有幫助。美國能源部（DOE）與美國國家衛生研究院（NIH），分別在1986年與1987年加入人類基
全基因組擴增技術介紹
研究人員通常會在下游分析中遭遇DNA樣本量有限或不足的問題。QIAGEN的全基因組擴增技術通過以包括單細胞在內的小量樣本或珍貴樣本擴增獲得基因組DNA，解決此類難題。REPLI-g?Kit能夠準確地復制原始DNA樣本，不會造成偏差，擴增后的DNA可以直接應用于廣泛的遺傳學分析。什么是全基因組擴增(w
葉綠體和線粒體基因組變異檢測獲突破
近日，《公共科學圖書館―綜合》發表了中國農業科學院油料作物研究所博士后曾長立與合作導師伍曉明研究建立的能高通量檢測葉綠體和線粒體基因組遺傳變異的新方法。 據曾長立介紹，葉綠體和線粒體基因組作為植物細胞質基因組，對光合作用、呼吸作用等重要生命過程具有重要意義。 研究葉綠體和線粒體基因組
全基因組的比較基因組雜交技術介紹
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
科學家構建藏族人群全基因組水平的適應性遺傳變異圖譜
8月7日，《國家科學評論》（National Science Review）在線發表了中國科學院上海營養與健康研究所——馬普計算生物學研究所徐書華團隊的研究成果“Prioritizing natural selection signals from the deep-sequencing gen
多國實施全基因組分析計劃
由于基因測序可以探查與特定疾病相關的基因，該療法正在成為日益受歡迎的診斷方法。 英國計劃到2017年對10萬人進行基因組測序。 美國加州一對龍鳳胎出生后，他們的父母非常憂慮：兩個嬰兒不僅發育緩慢，而且肌肉松軟無力。大腦掃描結果顯示，男嬰或存在大腦性麻痹；然而醫生對造成女嬰震顫和癲癇
全基因組測序的診斷價值
根據《Nature Genetics》上發表的一項新成果，全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項研究評估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素。 這個國際研究小組由英國的研究人員領導，對156個病例或家庭開展了臨床基因組測序。這些病例有著遺傳疾病的特征，但無法通過之前的篩查檢測來解
全基因組測序各步驟工具
全基因組測序（WGS）是下一代測序技術，用于快速，低成本地確定生物體的完整基因組序列。基因組的深度測序對于臨床研究的意義重大，解讀WGS數據并了解基因組突變在健康和疾病中的重要性是精準醫療的基石。WGS分析流程能分為三大塊，數據處理、檢測變異和綜合分析，具體如下圖所示：由于WGS現在已經非常成熟了，
昆蟲全基因組DNA的提取
實驗概要利用改進的CTAB 法提取昆蟲全基因組DNA。主要試劑1. 蛋白酶K[美國Merck公司]2. 三羥甲基氨基甲烷(Tris)[美國Amresco公司]3. Taq DNA聚合酶及dNTP[NEB公司]4. 瓊脂糖及溴化乙錠(EB)[美國Amresco公司生產]5. 乙二胺四乙酸鈉(Na2ED
全血基因組提取操作步驟
操作步驟（（２００ul全血））* 第一次使用前請先在15ml漂洗液WB中加入60ml無水乙醇! 1. 取200ul新鮮、冷凍或加入各種抗凝劑的血液，放入1.5ml離心管。對如果全血起始量小于200μl，則用緩沖液BB補足到200μl。如果起始量介于200μl-300μl之間，則后續操作需要按照比例增
Cell－Rep：用CRISPR/Cas誘導基因組結構變異
2月10日，德國馬克斯普朗克分子遺傳學研究所的研究人員在《Cell Reports》發表一項最新研究成果，題為“Deletions, Inversions, Duplications: Engineering of Structural Variants using CRISPR/Cas in
數字PCR和基因組拷貝數變異研究
概述什么是拷貝數變異？為什么要對拷貝數變異進行研究？復旦大學杜仁騫、金力和張鋒三位老師發表于2011年8月《遺傳》的綜述，給出了簡明扼要的說明與回答，特引述如下：“拷貝數變異（Copy number variation, CNV）是由基因組發生重排而導至的，一般指長度為1 Kb以上的基因組大
北京基因組所構建完成質體基因組結構變異數據庫
多相催化是實現高效定向化學轉化的關鍵技術，其中的一個重要基礎科學問題是如何通過精確設計和調控催化活性位結構及所在環境，從而強化其定向催化功能并創造新型高效催化劑。近日，中國科學技術大學熊宇杰教授課題組和江俊教授課題組繼在電催化體系中提出表面極化概念后,再次通過與黃偉新教授課題組合作，證實界面極化
中國種茶樹全基因組密碼破解
記者從安徽農業大學獲悉，該校茶樹生物學與資源利用國家重點實驗室宛曉春教授研究團隊，聯合深圳華大基因等單位，破解了世界上分布最廣的中國種茶樹的全基因組信息，成果日前在線發表于《美國科學院院刊》上。 世界主栽茶樹分屬兩個變種：即中國種和阿薩姆種，前者葉小，分布廣泛，適制綠茶等六大茶類；后者葉大，主