科學狂人：文庫制備對宏基因組測序影響很大
我們體內生活著不計其數的微生物，它們組成的生態系統就是微生物組。近年來人們發現這些微生物對人體健康有著重要的影響，微生物組研究因此受到了極大的重視，甚至被稱為是人體的“第二基因組”。 微生物組參與了許多重要的機體功能，比如消化食物、合成營養物質和抵御疾病。許多人類疾病都與微生物組失衡有關。科學家們一直希望了解人體微生物群體之間的相互作用，及其對生理過程的具體影響。然而人類微生物組研究目前還存在許多問題，常常得不到有效結論或者得出的結論相互抵觸。造成這一現象的因素很多，包括樣本量、樣本收集、樣本處理等方面的差異。 過去的微生物組研究主要是進行16S rDNA基因測序。隨著測序成本的直線下降，針對整個菌群的宏基因組測序越來越受到青睞，因為這一技術能夠提供更全面的基因組和功能信息。 J. Craig Venter研究所的研究團隊在Venter本人的領導下，用不同的二代測序文庫制備方法進行宏基因組測序。他們發現，文庫制備方法會......閱讀全文
迄今最久微生物基因組草圖出爐
英國《自然》雜志日前在線發表的一項演化學研究報告，近乎完整地構建出了一種口腔細菌的基因組，這個有48000年歷史的微生物的基因組，是迄今為止歷史最悠久的微生物基因組草圖，研究同時揭示了尼安德特人的飲食結構。 尼安德特人的DNA序列和現代人類的DNA序列非常相似。他們是現代歐洲人祖先的近親，從1
宏基因組如何指導微生物分離培養
近日，中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所奶產品質量與風險評估科技創新團隊受邀撰寫綜述文章，闡述了宏基因組指導未培養微生物分離培養的機遇與挑戰，系統總結了基于宏基因組分離培養未培養微生物的方法。相關綜述文章發表在《微生物》（Microbiome）。 隨著宏基因組測序技
宏基因組如何指導微生物分離培養
近日，中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所奶產品質量與風險評估科技創新團隊受邀撰寫綜述文章，闡述了宏基因組指導未培養微生物分離培養的機遇與挑戰，系統總結了基于宏基因組分離培養未培養微生物的方法。相關綜述文章發表在《微生物》（Microbiome）。 隨著宏基因組測序技
華大基因完成腸道微生物基因組關聯分析
從物種、功能及生態群落上展示腸道微生物與結直腸腺瘤及結直腸癌的關聯特征，這是深圳華大基因研究院、奧地利因斯布魯克醫科大學、奧本多夫醫院、丹麥哥本哈根大學、華南理工大學等多家單位最新的聯合取得的科研進展。3月11日，國際學術期刊《自然通訊》雜志發表了這項研究成果。該研究對結直腸腺瘤、結直腸癌的早期
全球微生物模式基因組測序計劃獲進展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在線發表了國家微生物科學數據中心（中國科學院微生物研究所微生物資源與大數據中心、世界微生物數據中心）關于全球模式微生物基因組數據庫gcType的論文。gcType是由我國牽頭的全球模式微生物基因組測序計劃的重要成果。 模式菌株（t
趙立平專訪：人類微生物組研究，解密人體第二基因組
2007年12月美國《科學》雜志預測：人體共生微生物的研究將可能是國際科學研究在2008年取得突破的7個重要領域之一。就如何研究共生微生物與人體健康的關系等問題，4月剛剛出席了巴黎國際人類微生物組研究聯盟籌委會會議的上海交通大學生命科學技術學院教授趙立平接受了《科學時報》的采訪。 深圳華大基因
華大基因參與全球最大微生物基因組研究項目
華大基因3月22日宣布將參與全球最大微生物基因組研究項目EarthMicrobiomeProject(簡稱“EMP”)，將負責EMP亞洲地區所有樣本的收集和鑒定，并對整個項目提供DNA提取、擴增、建庫、宏基因組測序，以及研發生物信息學分析流程所需的計算資源。 EMP將對來自全球的20萬個樣本進
微生物所等發表植物基因組編輯研究綜述
序列特異性核酸酶使得基因組編輯成為可能，快速推動了基礎和應用生物學的發展。CRISPR-Cas9系統自出現以來，作為可轉化植物的基因組編輯工具已得到廣泛應用。CRISPR-Cas9對基因組靶位點進行定向切割，造成DNA雙鏈斷裂。DNA雙鏈斷裂主要通過兩種高度保守的機制進行修復，即非同源末端連接(
微生物宏基因組測序可以解釋地球氮循環？
微生物（細菌和古細等）是全球生物地球化學循環的重要驅動者。闡明微生物生物地理分布及其驅動過程對于預測環境變化將如何影響生物地球化學循環非常重要。以往微生物生物地理學的研究常常聚焦在物種的層面。然而，越來越多的研究表明，由于微生物群落固有的功能冗余性，微生物群落的功能變化通常與其物種組成變化是解耦
“萬種微生物基因組計劃”在深圳啟動
由深圳華大基因研究院聯合中國微生物領域頂尖研究機構、院校和企業組成的“萬種微生物基因計劃”，八月一日在深圳啟動。 據悉，該計劃是深圳華大基因研究院在“國際千人基因組計劃”后啟動的又一重大基因組計劃，目前該計劃的地位為亞洲第一、世界第三。 該計劃預計在三年內完成一萬種微生物物種全基因組
宏基因組學：查明微生物身份新手段
背景 《美國醫學會雜志》(JAMA)近期刊發了一篇題為《利用不需培養的宏基因組學測序技術研究產志賀毒素大腸桿菌O104∶H4暴發株》的研究論文，引起了學界和社會的廣泛關注。這篇論文中應用了一種稱為“宏基因組學”的技術方法，不通過培養，直接從病人樣品中檢測分析其攜帶的病原微生物，甚至可以
口腔、腸道微生物菌群元基因組關聯分析
2015年7月28日，北京協和醫院和華大基因等機構的研究人員共同合作完成了類風濕關節炎（RA）口腔和腸道微生物元基因組研究。本項研究揭示口腔和腸道微生物菌群異常是RA病理生理和疾控的重要環節，并且為元基因組學輔助的RA個性化診療方案提供基礎。研究成果于今日發表在《自然醫學》雜志。 RA是一種致
研究人員構建人類陰道微生物基因組庫
6月21日，深圳市寶安中醫院（集團）副院長黃鏈莎、轉化醫學中心助理研究員孫文與大連醫科大學副教授鄢秋龍等課題組的最新合作成果發表于《自然—微生物學》。人類女性陰道是一個包括細菌、真菌和病毒在內的復雜微生態系統，各微生物之間是相互制約、相互作用、相互依賴、對立統一的關系，其間的平衡關乎女性生殖健康及胎
誰在先？“雞基因組”和“雞蛋基因組”
是先有雞還是先有雞蛋？這個問題相當惱人，恐怕很難說清楚。現在，研究人員回答了與這個問題一樣惱人的問題：是人類基因組中的成千上萬的長重復DNA片段中，那個是第一個產生的？那些被復制了？ 這個答案發表在10月7日的《自然·遺傳學》雜志上。該研究給出了人類基因組中DNA重復片段復制的第一個進化證據，這種
基因組測序
如果樓主指的是人類基因組計劃，那時用的方法叫做雙脫氧終止法，也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成過程中，DNA聚合酶能夠使用ddNTP(雙脫氧核苷酸）來作為原料，但它的反應會在加入ddNTP的時候終止。具體實驗是通過PCR來完成的，但與普通PCR不同，它只需要一個引物而不是一對。在4個相同的
葉綠體基因組
葉綠體是地球上綠色植物把光能轉化為化學能的重要細胞器，葉綠體中進行的光合作用是嚴格地受到遺傳控制的。早在20世紀初，人們就已知葉綠體的某些性狀是呈非孟德爾式遺傳的，但直到60年代才發現了葉綠體DNA(chloroplast DNA，ctDNA)。葉綠體基因組是一個裸露的環狀雙鏈DNA分子，其大小在1
只有基因組會決定你對藥物的反應嗎？微生物組也會
特殊微生物或酶的存在也許能夠解釋為什么某些治療對特定人群不奏效。 在追尋個性化治療的過程中，多數研究者關注的是個體的基因組如何控制機體對藥物的應答。然而，越來越多的證據表明個體獨特的微生物組，即存在于人體內的細菌及其他微生物種群，也許是決定藥物在個體條件下能否起效的關鍵。 抗癌藥對每個人的作
全基因組的比較基因組雜交技術介紹
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
GenomeResearch發表基因組研究新發現基因組
多倫多大學的科學家們發現，作為基因組看門人的C2H2-鋅指蛋白（C2H2-ZF）實際上肩負著更加多樣化的職責。這項發表在Genome Research雜志上的研究，有助于我們更準確地解讀個人基因組。C2H2-ZF有大約七百個成員，是規模最大的一種人類蛋白。然而，人們對這些蛋白一直知之甚少。C2H2-
中國新生兒基因組、胚胎基因組計劃啟動
為從根本上實現新生兒遺傳病的早發現、早診斷、早干預，7日，中國遺傳學會遺傳咨詢分會聯合復旦大學附屬兒科醫院在上海發起中國新生兒基因組計劃。 中國新生兒基因組計劃將在未來的5年內開展10萬例樣本的新生兒基因檢測，旨在構建中國新生兒基因組數據庫，建立新生兒遺傳病基因檢測標準，促進新生兒遺傳病基因檢
《基因組研究》：首張貓基因組草圖繪就
貓是研究人類失明和艾滋病模型之一，因此測序結果大有用處 一只名為“肉桂”（Cinnamon）的4歲雌性阿比西尼亞貓有幸成為第一只完成基因組測序草圖的貓。它也因此加入了包括狗、小鼠、大鼠以及黑猩猩等在內的基因組“俱樂部”。相關論文11月1日在線發表于《基因組研究》（Genome Research）雜
動物、植物、微生物中提取高質量的基因組DNA
概 述 基因組DNA的提取通常用于構建基因組文庫、Southern雜交(包括RFLP)及PCR分離基因等。利用基因組DNA較長的特性,可以將其與細胞器或質粒等小分子DNA分離。加入一定量的異丙醇或乙醇，基因組的大分子DNA即沉淀形成纖維狀絮團飄浮其中, 可用玻棒將其取出，而小分子DNA則
中美攜手合作“十萬食源性病原微生物基因組計劃”
5月28日，北京諾賽基因組研究中心（國家人類基因組北方研究中心）、北京師范大學、中國科學院微生物研究所與美國加州大學戴維斯分校在北京師范大學就“十萬食源性病原微生物基因組計劃”達成合作協議。據悉，中美雙方將共同參與十萬食源性病原微生物基因組計劃的研發，建立重要的食源性致病微生物基因序列綜合數據庫
動物、植物、微生物中提取高質量的基因組DNA
基因組DNA的提取通常用于構建基因組文庫、Southern雜交(包括RFLP)及PCR分離基因等。利用基因組DNA較長的特性,可以將其與細胞器或質粒等小分子DNA分離。加入一定量的異丙醇或乙醇，基因組的大分子DNA即沉淀形成纖維狀絮團飄浮其中, 可用玻棒將其取出，而小分子DNA則只形成顆粒狀沉淀
我國科學家參與全球最大微生物基因組研究項目
近日，深圳華大基因研究院宣布，我國科學家將參與全球最大微生物基因組研究項目，對來自全球的20萬個樣本進行環境DNA測序或宏基因組測序，從而建立一個全球性的基因圖譜，并承擔核心工作。該項目旨在全方位、系統性研究全球范圍內微生物群落功能及進化多樣性，以便更好地造福社會及人類。 與以往的微
煙草基因組計劃
生物技術和生命科學將成為21世紀引發新科技革命的重要推動力量。實施基因組計劃可以獲得一批具有自主知識產權的煙草重要性狀功能基因，全面揭示種質資源的遺傳背景，確立我國在煙草基因組研究上的核心優勢，對提升煙草育種工作整體水平、實現煙草品種的根本性突破、培育煙草新興產業、更好地發揮煙草模式作物的基礎研究作
基因組文庫法
基因組文庫法一）基因組DNA分離、純化和加工[Mbo I酶檢測]1．準備1.5ml小試管4個；每管內含有：基因組DNA（在TE或水中）?????????????10.0μg10×Mbo I緩沖液?????????????????????????2.5μlH2O????????????????????
基因組的分類
病毒基因組病毒基因組可以由RNA或DNA組成。 RNA病毒的基因組包含單鏈或雙鏈RNA，也包含一種或多種單獨的RNA分子。 DNA病毒基因組可以是單鏈或雙鏈DNA。大多數DNA病毒基因組由單個線性DNA分子組成，但有些由DNA病毒基因組由環狀DNA分子組成? 。原核基因組原核生物和真核生物基因組由D
基因組印記
這是根據我寫的一個PPT摘錄的，希望能有朋友討論這方面的問題。并拓寬這個領域，討論epigenetics更廣泛的問題。畢竟epigenetics是現在動物功能基因組研究的主流和一個重要方向。1. 印跡基因的概念及重要意義概念:基因組印跡是特指來源于親本的等位基因進行不對稱后成修飾后而導致的單等位基因
基因組的定義
在分子生物學和遺傳學領域，基因組是指生物體所有遺傳物質的總和。這些遺傳物質包括DNA或RNA（病毒RNA）。基因組包括編碼DNA和非編碼DNA、線粒體DNA和葉綠體DNA。研究基因組的科學稱為基因組學。
