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來自加州大學舊金山分校的一組研究人員修改了現有的基因編輯CRISPR技術，用以來尋找增強子，他們的方法并不是編輯增強子，令其發揮作用，而是利用一種稱為CRISPRa（CRISPR activation）的工具，搜尋影響T細胞免疫細胞發育的一種基因的增強子。這項研究發現將有助于解析自身免疫疾病，如炎性腸病（IBD）和克羅恩病的病理機制。 這一研究成果公布在8月30日的Nature雜志上，由加州大學舊金山分校的Alexander Marson博士，以及加州大學伯克利分校的Jacob Corn博士這兩位助理教授領導完成。這兩位科研人員是隨著CRISPR技術共同成長的一批科學家，他們曾參與發表了多項CRISPR重要研究，比如Alexander Marson曾領導完成設計出了一種基于基因組編輯系統CRISPR/Cas9的新策略來精確改造人類T細胞，為開展T細胞功能研究提供了一個萬能的新工具；Jacob Corn對CRISPR-Cas......閱讀全文
我們人體每個細胞的基因組中都有大致相同的22,000個基因，但每個細胞采用的都是這些基因的不同組合，根據不同的需求開啟或關閉某個基因。就是這些基因的表達以及抑制模式決定了細胞會成為什么細胞，是腎臟細胞，腦細胞，皮膚細胞，還是心臟細胞。 要想操控這些轉換模式，我們的基因中就必須有調節序列，比如“
【1】合成生物學：一個用來控制轉基因生物的內置毀滅開關 Nature Communications DOI：10.1038/ncomms7989 Nature Communications在線發表的一篇論文介紹了一個基于CRISPR的內置器件，它設計用來專門破壞轉基因生物的特定DNA序列。控
時間總是過得很快，2016年馬上就要過去了，迎接我們的將是嶄新的2017年，2016年，我國有很多優秀科研機構的科學家們都做出了意義重大、影響深遠的研究成果，發表在國際頂級期刊上。本文中小編盤點了2016年我國科學家發表的一些重磅級研究，以饕讀者。 --結構生物學 -- 1.清華大學 施一
生物學家們在很長一段時間里都認為，既然幾乎所有具體的生理機能都要由蛋白質來完成，那么不編碼蛋白質的DNA應該是沒有用的，可以稱為“垃圾DNA”；而且人類基因組項目發現人的基因組中僅有1.5%的序列是給蛋白質編碼的，其余的98.5%的序列是以前認為的“垃圾”DNA。 此前研究人員進行了一項名為E
我們機體細胞中含有22000個基因，但對于每個細胞來說，其常用的基因組合往往各不相同。這種基因表達與抑制的特征最終影響了細胞類型的形成，例如腎臟、大腦、皮膚、心臟等等。 為了調控這種基因表達的特征，基因組中存在很多調控元件，它們受外界信號的影響對基因的表達“開閉”進行精確地調控。其中有一類叫“
環狀RNA(circular RNA,circRNA)是一種新興的內源性非編碼RNA(noncoding RNA,ncRNA)，是繼microRNA (miRNA)以及long noncoding RNA (IncRNA)后非編碼RNA家族中極具研究潛力的新成員。越來越多的研究表明，環狀RNA具
人類基因組只有不到2%編碼蛋白質，因此解析非編碼DNA的功能是一個很大的挑戰。科學家們已經通過分析DNA甲基化、染色質修飾、核酸酶敏感性、轉錄因子結合，在人類基因組中預測了數百萬個調控序列，但只有少數序列在天然條件下得到證實。 加州大學的研究團隊為此開發了基于CRISPR/Cas9的高通量篩選
單細胞測序被評為2013年年度技術 2014 年首刊，《Nature Methods》雜志將2013年度技術(Method of the Year 2013)授予了單細胞測序(single-cell sequencing)。同時，雜志還介紹了2014年值得關注的技術，包括
一、核酸提取技術的改進進行分子生物學研究的前提是取得高數量和高質量的核酸，即DNA和RNA。由于隱球菌細胞壁外有一層厚厚的莢膜，為破除真菌細胞壁造成很大困難。可靠地提取隱球菌DNA的方法建立于20世紀80年代后期，研究者先后建立了玻璃珠方法、超聲粉碎、液氮冷凍研磨等破壁技術。后來，發展酶學方法取代物
來自加州大學舊金山分校，麻省哈佛Broad研究院，以及耶魯大學醫學院的研究人員研發出了一種新型運算工具，能深入挖掘已有DNA數據庫資料。利用這一方法，他們發現了某些DNA突變如何通過遺傳傳遞疾病的。 這一研究成果公布在10月29日Nature雜志上。 文章通訊作者，加州大學舊金山分校Sand
日前，使用名為“基因捕獲”(gene trap)的技術，奧地利的研究人員建立了一個人類單倍體細胞庫，這個細胞庫匯集了3000 多種細胞系，每個細胞系都具有一種不同的突變基因。相關的研究論文發表在8月25日的Nature Methods雜志上。渥太華大學教授William Stanford
2月6日，國家基因庫生物多樣性基因組學團隊、日本東北大學、東京大學等單位的科學家們共同揭開鳥類特有性狀的形成及宏觀演化之謎——特異性保守序列對鳥類特有性狀的宏觀演化起到重要作用。此項關于鳥類基因組特異性保守序列（avian-specific highly conserved elements,
每當有新的CIRSPR-Cas9相關文章發表時，Addgene公司的工作人員就會迫不及待地研讀。Addgene是家非盈利公司，研究者們把自己使用的分子工具存放在這里，以供其他科學家們盡快使用這一技術。Addgene公司執行董事Joanne Kamens 指出，一篇大熱的論文一發表，幾分鐘內他們就
每當有新的CIRSPR-Cas9相關文章發表時，Addgene公司的工作人員就會迫不及待地研讀。Addgene是家非盈利公司，研究者們把自己使用的分子工具存放在這里，以供其他科學家們盡快使用這一技術。Addgene公司執行董事Joanne Kamens 指出，一篇大熱的論文一發表，幾分鐘內他們就
由來自麻省理工學院和哈佛大學Broad研究所、哈佛大學、Dana-Farber/波士頓兒童癌癥與血液疾病中心的科學家們完成的這項研究，以兩篇文章形式發表在6月2日的《細胞》（Cell）雜志上，其利用了一種叫做“大規模并行報告基因檢測”（massively parallel reporter as
生物通報道：近日，加州大學圣地亞哥分校任兵教授帶領的研究小組，在國際知名學術期刊《Cell Research》以Letter to the Editor的形式，在線發表了題為“Mapping of long-range chromatin interactions by proximity li
髓母細胞瘤基因組的測序分析 髓母細胞瘤是兒童罹患的最常見惡性腦瘤。2012年8月2日的Nature雜志上發表的4篇論文，采用全基因組和其他測序方法，為我們提供了關于這種疾病的遺傳學和基因組學的一幅詳細畫面。主要發現包括：識別出了以前沒有被發現與髓母細胞瘤相關的基因的復發性突變，同
在幾個研究小組正致力將CRISPR/Cas9系統應用于臨床的同時，另一些研究團隊則在利用這一工具來解決有關生物學的基礎問題。近期，荷蘭癌癥研究所遺傳學教授Reuven Agami與和同事們應用CRISPR搜尋了整個基因組中的調控增強子元件。 他們將Cas9核酸酶靶向了從前鑒別出的兩個轉錄因子p
最近，英國劍橋Babraham研究所和倫敦Francis Crick研究所的研究人員，開發并使用了一種新的技術，將基因組拼圖中的點連接起來。就像連接點拼圖，需要完成才能看到整幅圖片，研究者的這項分析把稱為啟動子和增強子的調控因子連接起來，并指出了它們在小鼠和人類基因組中長距離內的物理相互作用。確
本周又有一期新的Science期刊（2019年11月29日）發布，它有哪些精彩研究呢？讓小編一一道來。 1.Science：利用機器引導設計方法優化AAV病毒衣殼 doi:10.1126/science.aaw2900 天然的AAV并不特異性地靶向患病的細胞和組織，它們可以被免疫系統識別，
2019年9月3日，北京大學分子醫學研究所、北大-清華生命科學聯合中心何愛彬組在《Nature Cell Biology》在線發表了題為Profiling chromatin state by single-cell itChIP-seq的文章，報道了利用一種全新的普適性，易操作的單細胞ChIP
幾十年來，DNA一直被認為是決定生命遺傳信息的核心物質，但是近些年不斷的研究表明，生命遺傳信息從來就不是基因所能完全決定的，比如科學家們發現，可以在不影響DNA序列的情況下改變基因組的修飾，這種改變不僅影響個體的發育，而且還可遺傳給后代。如腫瘤等多種疾病并非僅由基因突變而引起，且與DNA和組蛋白修飾
科學家們鑒別出了有可能生成第4亞型髓母細胞瘤的細胞。新研究發現為這種最常見的腦腫瘤亞型開發出更有效的靶向療法清除了一個障礙。他們的研究結果發布在1月27日的《自然》（Nature）雜志上。 圣猶大兒童研究醫院發育神經生物學系的Paul Northcott，德國癌癥研究中心(DKFZ)的Stef
實驗方法：環狀DNA-seq, RNA-seq（云序生物提供以上服務）1. ecDNA是環狀結構為了了解ecDNA的結構，作者通過環狀DNA-seq（云序生物提供以上服務）方法研究了三種人類癌細胞系和來自于TCGA的臨床腫瘤樣品。通過這種方法檢測到了GBM39細胞中的圓形擴增子游
染色質的3D結構會隨著細胞的生活周期而變化，對我們人體的健康和疾病發生產生重要的影響。近年來隨著新技術的發展，科學家們發現染色質折疊讓一些DNA片段彼此靠近并發生互作，他們將這樣的區域稱為拓撲相關結構域TAD。大腦中TAD結構與神經精神疾病的患病風險息息相關，但這一研究領域仍存在許多未解之謎。來自西
人體內所有的組織都是由蛋白質構成的，每一種蛋白質都是由人類基因組中一段DNA“編碼”的。 但是這些編碼區僅占基因組的大約百分之1，而分散在基因組中的其他百分之99的序列，參與了調節基因的表達，或決定哪些編碼區將被翻譯成蛋白質，以及何時被翻譯。 1月25日在《Nature Biotechnol
m6A是真核生物中最常見的一類化學修飾，能夠在多種生物過程中發揮重要作用，包括癌癥發生發展、細胞分化、壓力應答、免疫反應以及神經發育等方面。目前大部分研究主要探究m6A對蛋白編碼基因的調控——即影響mRNA穩定性或翻譯效率。2020年1月17日，美國芝加哥大學何川，中科院北京基因組研究所韓大力和同濟
在很長一段時間內被認作是“垃圾DNA”，我們現在知道了基因間的一些區域也執行著至關重要的功能。這些DNA區域突變可以嚴重損害人類的發育，有可能在生命后期導致一些嚴重的疾病。然而直到現在，都難以尋找調控DNA區域。 德國慕尼黑工業大學計算生物學教授Julien Gagneur，馬克斯普朗克生物物
內含子（intron）的存在，是真核細胞蛋白質編碼基因與原核細胞最大的區別。在真核細胞基因表達的過程中，需要經過RNA剪接反應將其去除。一般來說，內含子的長度遠比編碼蛋白的外顯子序列長，并且執行剪接反應的酶——剪接體高度復雜，由170多個相關蛋白組成。剪接反應需要高度精準，移碼錯位一個堿基都會導
細胞命運決定過程的調控機制是哺乳動物胚胎發育研究領域關注的重點。在哺乳動物胚胎發育過程中，具有全能性的合子會依次經過桑椹胚期、囊胚期、原腸胚期等，最終形成能夠發揮完整生物學功能的個體。其中，外、中、內三個胚層形成的原腸運動時期對后續胚胎發育藍圖的構建起著至關重要的作用。 表觀遺傳調控在哺乳早期