首個基于全基因組測序技術食源性疾病分子溯源網絡建成
食源性疾病是全球范圍內重要的食品安全問題，早期發現和查明病因是防控食源性疾病的重要保證。隨著新一代基因組測序技術的發展，基于全基因組測序（WGS）的分子分型技術在食源性疾病聚集性病例識別和暴發溯源調查中已顯示出極大的應用價值和發展潛力，逐漸成為國際研究熱點，歐美相關國家已相繼開展研究和布局。在國家重點研發計劃“食品安全關鍵技術研發”重點專項的支持下，國家食品安全風險評估中心與中國農業大學和北京中科助騰科技有限公司合作，以國家食源性疾病分子溯源網絡（TraNet）為基礎，首次建成了基于WGS分型技術的新型食源性疾病分子溯源網絡，是我國首個實現國家、省、市三級實際應用的分子溯源網絡。 WGS技術的推廣和使用需要解決龐大基因組數據的傳輸、儲存、快速計算和精準比對，需要成熟易用的生物信息學分析流程和標準化解釋系統。針對上述問題，研究團隊搭建了我國首個全基因組數據計算云引擎，將標準化的WGS數據分析流程轉移到云端，大大降低了WGS數......閱讀全文
首個基于全基因組測序技術的食源性疾病分子溯源網絡
食源性疾病是全球范圍內重要的食品安全問題，早期發現和查明病因是防控食源性疾病的重要保證。隨著新一代基因組測序技術的發展，基于全基因組測序（WGS）的分子分型技術在食源性疾病聚集性病例識別和暴發溯源調查中已顯示出極大的應用價值和發展潛力，逐漸成為國際研究熱點，歐美相關國家已相繼開展研究和布局。在國
首個基于全基因組測序技術食源性疾病分子溯源網絡建成
食源性疾病是全球范圍內重要的食品安全問題，早期發現和查明病因是防控食源性疾病的重要保證。隨著新一代基因組測序技術的發展，基于全基因組測序（WGS）的分子分型技術在食源性疾病聚集性病例識別和暴發溯源調查中已顯示出極大的應用價值和發展潛力，逐漸成為國際研究熱點，歐美相關國家已相繼開展研究和布局。在國
全基因組測序助力食源性疾病檢測
CDC研究人員檢查用于全基因組測序的電腦芯片。 李斯特菌暴發致3人死亡并且迫使美國得克薩斯州藍鈴冰淇淋公司在上個月底召回其全部產品，這是遺傳流行病學如何正在改變食源性疾病檢測的最新例子。兩年前，位于亞特蘭大的美國疾病控制和預防中心（CDC）啟動一項試點計劃，測序與某種疾病相關聯的每個李斯特菌樣品的
簡述全基因組測序的技術路線
全基因組測序的技術路線：提取基因組DNA，然后隨機打斷，電泳回收所需長度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接頭, 進行DNA簇（Cluster）制備，最后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法對插入片段進行測序。然后對測得的序列組裝成Contig，通
甘肅對食源性疾病監測實現全覆蓋
新華社蘭州２月１６日專電（記者陳斌）隨著縣級食品安全檢驗檢測資源整合深入推進，甘肅省建成完善的省、市、縣、鄉四級食品藥品監管體系，實現食源性疾病監測縣區全覆蓋。 甘肅省食品藥品監督管理局介紹，目前甘肅省已全面推行網格化監管模式，四級食品藥品監管機構人員總編制共１０４５０名，到位率超過９０％
吉林省食源性疾病監測實現全覆蓋
昨日，吉林省暨長春市衛生和計劃生育委員會舉行食品安全主題宣傳日活動，今年宣傳日活動的主題為“尚德守法 全面提升食品安全法治化水平”。據了解，我省調整、擴大了全省食品中污染物及有害因素監測，選設監測區域25個，市（州）（9+3）、縣（市、區）覆蓋率為100%，實現了全省全覆蓋。 同時，在全省確定
AJMG：全基因組測序方法破解兒童罕見疾病大難題
近日，來自美國翻譯基因組學研究院(Translational Genomics Research institute)的研究人員通過研究鑒別出了能夠引發兒童機體異常和發育遲緩的基因突變，相關研究刊登于國際雜志American Journal of Medical Genetics上。基于對6歲兒
RNA測序技術如何繪制全基因組轉錄終止？
近日，南方科技大學生命科學學院翟繼先團隊利用納米孔單分子RNA測序技術繪制了擬南芥全基因組水平轉錄終止圖譜。該方法能同時捕獲包括已轉錄過polyA位點的 readthrough轉錄本、完成3’末端切割的5’或3’切割產物、以及已完成或正在進行多腺苷酸化（polyadenylation）的轉錄本在
人類全基因組測序計劃
全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。 1986年， Renato Dulbecco是Z早提出人類基因組測序的科學家之一。他認為如果能夠知道所有人類基因的序列，對癌癥的研究將會很有幫助。美國能源部（DOE）與美國國家衛生研究院（NIH），分別在1986年與1987年加入人類基
簡述單分子測序技術—第三代測序技術的基因組測序應用
由于具有讀長長的特點，SMRT測序平臺在基因組測序中能降低測序后的Contig數量，明顯減少后續的基因組拼接和注釋的工作量，節省大量的時間[25]。Christophern等[26]僅僅用0.5*的Pacbio RS系統長度的數據與38*的二代測序(NGS)的測序數據，對馬達加斯加的一種指猴基因
關于全基因組測序的測序指標介紹
一、全基因組測序的測序指標— 深度 測序深度（Sequencing depth）是指測序得到的堿基總量（bp）與基因組大小的比值，它是評價測序量的指標之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關的關系，測序帶來的錯誤率或假陽性結果會隨著測序深度的提升而下降。測序的個體，如果采用的是雙末端或Ma
全基因組測序在臨床感染疾病研究中的應用
感染病分子診斷中，PCR是公認的首選技術。然而全基因組測序（WGS）可能會超越PCR成為首選。在今年舉行的歐洲臨床微生物學和感染病大會（ECCMID）上，關于該技術的科學研究展示數量迅速增長，正好證明了這一點。 大會上研究人員從多個方面探討了WGS在臨床中的應用，包括幫助預測耐藥性，促進流感疫
OPGEN全基因組圖譜應用系列——鞭蟲全基因組測序
鞭蟲是一種常見的土壤傳播寄生蟲，地理分布廣，感染率高，寄生于人體盲腸，導致人體慢性感染，對人類危害巨大。鞭蟲的全基因組測序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，發表在世界頂級期刊《Nature Genetics》上。該研究通過對2種不同
JAMA：全基因組測序用于臨床仍存在技術挑
據3月12日發表在《美國醫學會雜志》上的一則研究報告披露，在一項有12名成年人參與的探索性研究中，應用全基因組測序(WGS)與不完整的遺傳性疾病基因的覆蓋、檢測具有最高潛在臨床影響的基因變異的低復驗性，以及臨床報告發現的不確定性有關，盡管在某些案例中，WGS會發現基因變異株從而引入早期的醫療干預
全基因組測序各步驟工具
全基因組測序（WGS）是下一代測序技術，用于快速，低成本地確定生物體的完整基因組序列。基因組的深度測序對于臨床研究的意義重大，解讀WGS數據并了解基因組突變在健康和疾病中的重要性是精準醫療的基石。WGS分析流程能分為三大塊，數據處理、檢測變異和綜合分析，具體如下圖所示：由于WGS現在已經非常成熟了，
全基因組測序的診斷價值
根據《Nature Genetics》上發表的一項新成果，全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項研究評估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素。 這個國際研究小組由英國的研究人員領導，對156個病例或家庭開展了臨床基因組測序。這些病例有著遺傳疾病的特征，但無法通過之前的篩查檢測來解
全基因組重測序技術揭示綿羊尾脂形成的分子生物學機制
近日，中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所肉羊遺傳育種科技創新團隊揭示了中國地方綿羊品種在適應性馴化過程中，如何通過基因組層面的選擇和重組來影響綿羊尾型的遺傳進化機制。相關研究成果已發表在《BMC Genomics》上。圖片來源于網絡 綿羊的尾型是一個重要的經濟性狀，可以為綿羊提供能量抵御惡劣環境
全基因組測序，把你身體里的疾病都扼殺在搖籃里
下午三點多，我剛上班，就接了好幾個電話。最近體檢人數較多，他們大多數咨詢的都是腫瘤標志物。其中一個體檢者語氣尤其焦急：“醫生，我不會得癌癥了吧？腫瘤標志物有幾項都高。”我問了她的姓名，然后從電腦調出她的結果：AFP：5.3（參考值0-10）CEA：9.6(參考值0-6)CA19-9：4
我國率先完成菊花全基因組測序
中國中醫科學院中藥研究所和安利植物研發中心對外發布消息稱，由他們共同發起的科研團隊，在菊花全基因組計劃獲重大進展的同時，還完成了重要的藥用菊花品種——杭白菊的全長轉錄組遺傳信息發掘。此舉使我國成為世界上首次完成菊屬植物菊花全基因組測序的國家。 據了解，菊屬植物染色體結構復雜，包含從2n=18到
關于全基因組測序的應用介紹
全基因組測序的應用：通過生物信息手段，分析不同個體基因組間的結構差異，同時完成SNP及基因組結構注釋。 DNA突變可誘發癌癥。吸煙過程中所釋放的>60種致癌化學物質可與DNA結合并對DNA鏈上的鳥嘌呤和腺嘌呤進行化學修飾從而產生大的加合物，該加合物改變了DNA雙螺旋的結構，如果不被核苷酸剪切修復
關于全基因組測序的內容介紹
1998年，克萊格·凡特的塞雷拉基因組公司成立，而且宣布將在2001年完成測序工作。隨后國際團隊也將完成工作的期限提前。2000年6月26日，塞雷拉公司的代表凡特，以及國際合作團隊的代表弗朗西斯·柯林斯（Francis Collins），在美國總統柯林頓的陪同下發表演說，宣布人類基因組的概要已經
我國率先完成棗樹全基因組測序
在科技部“十一五”和“十二五”科技支撐計劃項目的持續資助下，河北農業大學劉孟軍教授研究團隊在世界上率先完成了棗樹的高質量全基因組測序，組裝出總長4.38億個堿基的棗基因組序列，達估測基因組的98.6%，使棗樹成為世界鼠李科植物（近千種）和我國干果樹種中第一個完成基因組測序的物種。 相關論文
Cell新文章：癌癥全基因組測序
根據華盛頓大學醫學院的一項新研究，具有吸煙史的肺癌患者相比于不吸煙的肺癌患者腫瘤中的遺傳突變要多10倍。這一研究在線發表在9月13日的《細胞》(Cell)雜志上。 論文的資深作者、華盛頓大學基因組研究所主任Richard K. Wilson 說：“吸煙者基因組具有比不吸煙的肺癌患者基因
全基因組測序用于臨床之前，技術性挑戰仍然存在
據3月12日發表在《美國醫學會雜志》上的一則研究報告披露，在一項有12名成年人參與的探索性研究中，應用全基因組測序(WGS)與不完整的遺傳性疾病基因的覆蓋、檢測具有最高潛在臨床影響的基因變異的低復驗性，以及臨床報告發現的不確定性有關，盡管在某些案例中，WGS會發現基因變異株從而引入早期的醫療干預
全基因組連鎖分析和高通量測序結合尋找疾病相關基因
在尋找疾病相關基因的研究中，使用基因芯片對家系進行連鎖分析，將基因定位于少數幾個區域中，接著進行外顯子組測序或全基因組重測序尋找候選區域中的遺傳變異，是一個準確高效的研究方案。本文列舉了上海交通大學醫學院附屬新華醫院皮膚科李明老師團隊的兩項研究，均使用了上述方法成功找到了疾病相關的基因變異位點。
全基因組連鎖分析和高通量測序結合尋找疾病相關基因
在尋找疾病相關基因的研究中，使用基因芯片對家系進行連鎖分析，將基因定位于少數幾個區域中，接著進行外顯子組測序或全基因組重測序尋找候選區域中的遺傳變異，是一個準確高效的研究方案。本文列舉了上海交通大學醫學院附屬新華醫院皮膚科李明老師團隊的兩項研究，均使用了上述方法成功找到了疾病相關的基因變異位點。
FDA斥資17000萬購Illumina測序儀檢測病原體
美國FDA采購Illumina公司1700萬美元MiSeq測序儀及試劑用于病原體檢測 2012年9月18日，來自美國圣地亞哥BUSINESS WIRE的消息 C Illumina公司（納斯達克代碼：ILMN）今天宣布，它贏得了一份來自美國食品藥品監督管理局（FDA）的合同，為該機構提供MiSe
Nature－Genetics：全基因組測序的診斷價值
根據《Nature Genetics》上發表的一項新成果，全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項研究評估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素。 這個國際研究小組由英國的研究人員領導，對156個病例或家庭開展了臨床基因組測序。這些病例有著遺傳疾病的特征，但無法通過之前的篩查檢測來
動物全物種基因組測序仍有很大空白
近日，美國華盛頓州立大學領導的一項研究發現，目前對動物基因組進行的測序多數集中在與人類相似的動物上，研究人員警告稱，該現狀可能會忽視大量的生物多樣性和機會。相關研究結果發表于美國《國家科學院院刊》。 研究人員分析發現，近3300種動物的基因組已被測序。雖然動物物種測序工作一直在進行，但與世界
全基因組測序提高罕見病診斷率
每4300人中就有1人患有線粒體疾病，并會導致進行性的不治之癥。這種疾病是最常見的遺傳疾病之一，但對臨床醫生來說很難診斷，這是因為它們可以影響許多不同的器官，并與許多其他疾病相似。而其中40%的患者未能被目前的基因檢測制度診斷。 近日，英國研究人員的一項新研究為尚不能被確診的患者帶來了希望。該