遠古的犬類癌癥暗示第一個犬類宿主
研究人員首次提供了一種可傳播腫瘤的整個基因組序列，該腫瘤在數千年前起源于某一條狗，這種腫瘤直到現在仍然在家犬中傳播。他們的努力揭示了該腫瘤最初的狗宿主特征，他們說其特征可能類似于現代的阿拉斯加雪橇狗(馬拉密犬)。犬傳染性性病腫瘤或CTVT是2種已知的可傳播的癌癥之一;它可通過轉移活的癌細胞而在家犬群中傳播，通常是在性交時。盡管CTVTs有一段基因組序列源于某一條狗，但它們現在在許多品種的狗中獨立地存在著。然而，在該腫瘤的DNA編碼內，它們的第一個宿主的基因組一直存活著。為了推斷第一條作為CTVT宿主的狗的特征，Elizabeth Murchison及其同事從2條現代犬——1條澳大利亞土著營地狗及1條來自巴西的美洲卡可獵犬——中對CTVTs的基因組進行了測序。 有趣的是，他們發現這2個腫瘤共享有幾乎2百萬個體細胞突變--這比在大多數人類腫瘤......閱讀全文
基因組測序助力腫瘤精密治療
最近，約翰霍普金斯大學Kimmel癌癥中心的科學家，在對101例胰腺癌患者的血液和腫瘤進行基因組測序后發現，至少三分之一患者的腫瘤有基因突變，這些突變有朝一日可能幫助指導疾病的精密治療。他們說，與標準的影像學檢查方法相比，血液檢測的結果，可以早半年預測到癌癥的復發。 約翰斯霍普金斯大學醫學院腫
“863”腫瘤全基因組研究獲進展
7月14日，“十一五”國家“863”重大專項“食管癌全基因組關聯分析和藥物基因組學研究”和“肺癌全基因組關聯分析和藥物基因組學研究”成果匯報會在京召開。 日前，遺傳學權威期刊《自然—遺傳學》刊登了我國科學家食道癌和肺癌研究的重要進展。由中國醫學科學院腫瘤研究所分子腫瘤學國家重點實驗室教授林東昕
基因組學推進腫瘤研究未來發展
——訪億明達腫瘤業務營銷副總裁約翰·萊特 基因組學正在改變腫瘤研究，其最終目標是推進癌癥的診斷、治療、監控及最終的篩查方式。 癌癥通常按照形態進行分類，這指的是病理學家在顯微鏡下看到的內容。“如今，癌癥分類依據已經開始從形態特征轉變為更有效的治療方式，其中的主要轉變在很大程度上歸功于基因組研
Nature：12個腫瘤類型的基因組“景觀”
作為“癌癥基因組圖譜”之Pan-Cancer項目的一部分，本文作者發表了對來自超過3000個腫瘤、代表12個腫瘤類型的點突變和小“得失位”所做的數據分析。他們的發現包括127個顯著突變的基因，它們來自與癌癥有已經確定的聯系和新發現聯系的細胞過程。他們還發現，腫瘤形成所需的驅動突變的數量是相對較小
轉移性腫瘤與原發性腫瘤之間的基因組差異是什么？
腫瘤轉移性擴散涉及腫瘤細胞從原發性腫瘤中分離、遷移、二次組織定植和生長的多步驟過程。分析原發性腫瘤和轉移性腫瘤之間的基因組差異，并量化它們對治療耐藥性的影響有助于研究和利用治療干預措施，建立更有效、更個性化的治療方法。 由于獲取原發性和轉移性腫瘤的泛癌隊列難度大，關于兩個腫瘤階段之間的大規模比
ASCO－2014：“腫瘤基因組分析：未來出路或TMI？”
2014美國臨床腫瘤學會（ASCO）年會召開，吸引了世界各地逾25000名腫瘤專業人員參與，精彩不斷。湯森路透旗下BioWorld對ASCO 2014進行了跟蹤報道，希望為國內關注腫瘤領域的藥物工作者帶來此重大會議報告中的最新消息。本文為第一篇跟蹤報道，后續系列報道將陸續推出。 是否值得投入大
癌癥研究人員聯手匯集腫瘤基因組數據
研究人員希望，數據分享將為利用諸如這些腦部腺癌細胞等腫瘤的基因組信息帶來更好的方法。 這是為大型癌癥研究中心的很多病人提供的最新希望：“讓我們測序你的腫瘤，或許我們能將其同擊敗這種惡性疾病的藥物匹配。”不過，現實是基因組分析仍然僅為癌癥病人提供了一小部分幫助。“我們多半時候不知道如何處理這些
《自然》發表國際腫瘤基因組計劃專題報道
????? 4月15日，國際權威科學期刊《自然》雜志將發表關于國際腫瘤基因組計劃的專題報道，介紹該計劃所取得的發展歷程、研究計劃以及研究成果等。? 全球聯手解讀“天書” “國際癌癥基因組聯合計劃，是繼國際人類基因組計劃后，人類基因研究的新里程碑。”浙江大學醫學院
－【Cell綜述】從癌癥基因組到精準腫瘤學
迅速發展的基因組技術讓有限的腫瘤活檢材料獲得更廣泛的分子分析,從而促進更廣泛地實施個性化癌癥治療。以基因組為基礎通過不同腫瘤的患者分類化目前還不太可能取代在解決臨床需要時對組織來源的考慮，包括開發和實施新的合理目標的腫瘤療法。 1是否要再分類 在本綜述的討論中考慮以基因組為基礎的病人分類,要
《Cell》：如何根據癌癥基因組圖譜分析腫瘤
時至今日，這一計劃已經取得了許多成果，最新Cell雜志公布了泛癌癥圖譜（Pan-Cancer Atlas），這也是癌癥基因組圖譜（TCGA）的收官項目，同期Cell雜志介紹了根據癌癥基因組圖譜分類的腫瘤類型列表，以及相關的一些主要發現（每種腫瘤類型的標記論文）。 生物通報道：2005年美國國立
Science：梳理患兒腫瘤細胞的基因組尋求答案
組蛋白翻譯后修飾方式出現異常，以及組蛋白修飾位置出現異常都會導致腫瘤發生。 高通量DNA測序技術的快速擴張讓我們能夠以前所未有的速度和精細度對人體疾病展開遺傳學分析，尤其是對罕見的小兒疾病進行全基因組測序(whole-genome sequencing)更是有助于我們對兒童發育，以及多
張志國教授Science解析腫瘤表觀基因組
來自梅奧臨床醫學院、明尼蘇達大學和中科院生物物理研究所等機構的研究人員證實，組蛋白H3.3K36M突變重編程了成軟骨細胞瘤（chondroblastomas）的表觀基因組。這一重要的研究發現發布在5月26日的《科學》（Science）雜志上。 領導這一研究的是著名分子生物學家、梅奧臨床醫學院的
IBM超級計算機將投身腫瘤基因組研究
?????? 日前，IBM公司與紐約基因組研究中心(New York Genome Center;下簡稱NYGC)宣布建立伙伴關系，聯手對沃森(Watson)——曾在智力競賽節目《危險邊緣》(Jeopardy)中奪魁的計算機—— 進行測試，看它能否對癌癥患者的基因組進行篩選，并幫助醫生挑選藥
復雜腫瘤全基因組異常的檢測難題得以解決
中國科學技術大學信息科學與技術學院副教授李驁研究組以原創性論文（Original paper）的形式，在Bioinformatics上在線發表了最新研究成果。論文的第一作者是博士生余振華。 基因組異常是多種惡性腫瘤的標志性特征，在腫瘤發病機理、臨床診斷和治療等研究中具有極為重要的作用。傳
比較基因組雜交技術在腫瘤研究中的應用實驗
比較基因組雜交技術在腫瘤研究中的應用 ? ? ? ? ? ? 試劑、試劑盒 Ham F10 培養基 胎牛血清
比較基因組雜交技術在腫瘤研究中的應用實驗
比較基因組雜交（CGH) 可以提供腫瘤細胞全基因組染色體拷貝數改變的信息 [1]。與常規細胞遺傳學分析不同，CGH 無需細胞培養，因此只要是可以獲得 DNA 的臨床標本，包括存檔的石蠟包埋組織，都可以進行該實驗 ra。CGH 可以在正常染色體上定位擴增或缺失的 DNA 序列，從而顯示出重要基因的位點
兩校教授合作破解腫瘤細胞維持基因組穩定之謎
與正常細胞相比，癌細胞的分裂速度相當快，其基因組“質量”卻相當穩定——它們是怎么做到的？丹麥哥本哈根大學Hickson教授團隊與浙江大學呼吸疾病研究所沈華浩教授團隊通過合作，發現腫瘤細胞在有絲分裂期存在DNA復制行為，這是腫瘤細胞維持基因組穩定性的關鍵。12月2日，《自然》雜志在線發表了兩校教授
Nat－Rev－Cancer綜述：腫瘤蛋白質基因組學
導 讀? ? ? ?腫瘤蛋白質基因組學（Cancer proteogenomics）是將基于質譜（MS）的蛋白質豐度和翻譯后修飾（PTM）信息與臨床前腫瘤模型和腫瘤樣本的基因組、表觀基因組和轉錄組數據相結合的組學技術。基因組學和表觀基因組學為解釋可能發生的生物過程提供了基礎知識，蛋白質組學是對已經發
全基因組測序助推常規巴氏檢測法敏銳診斷腫瘤
來自約翰霍普金斯大學Kimmel癌癥中心的科學家們開發了一種測試方法，利用常規巴氏檢測（Pap test）獲得的宮頸分泌物來檢測卵巢癌及子宮內膜癌。在一項初步研究中，研究人員采用這種命名為“PapGene”的測試方法，依靠全基因組測序癌癥特異性突變，檢測出了全部24個子宮內膜癌，以及22個卵巢癌其中
中國科大攻克復雜腫瘤全基因組異常的檢測難題
中國科學技術大學信息科學與技術學院副教授李驁研究組以原創性論文（Original paper）的形式，在Bioinformatics上在線發表了最新研究成果。論文的第一作者是博士生余振華。 基因組異常是多種惡性腫瘤的標志性特征，在腫瘤發病機理、臨床診斷和治療等研究中具有極為重要的作用。傳統的
美國科學家開發出快速精準腫瘤基因組分析軟件
美國 Mayo Clinic的研究人員設計了一款可識別腫瘤基因改變的軟件——BIMA V3(Binary Indexing Mapping Algorithm，version 3)，比其他常用基因測序程序速度快20倍，準確度高25%。 成對測序技術是一種復雜的昂貴的技術，可用
132名腫瘤學家！他們道出了基因組檢測的樂觀與擔憂
132名腫瘤學家參與了一項調查，他們各自發表了自己對基因組檢測認識。這些專家對基因組檢測在腫瘤中的應用，既樂觀又有所擔憂。盡管腫瘤學家們對基因組檢測的效用性可能存在矛盾，但他們都有一個統一的信念：未來幾年腫瘤分子研究將會越來越普遍。 基因組檢測是腫瘤精準醫學的利器。一項調查發現，大部分的腫瘤學
買買買！羅氏收購CAPP－Medical拓展腫瘤基因組學領域實力
近兩年來，隨著數以十億計美元的投入，新的腫瘤治療療法不斷涌現出來。基因療法、RNAi療法以及現在火得一塌糊涂的腫瘤免疫療法都為人類最終解決癌癥這一生死大敵做出了重大貢獻。然而，面對如此多的新型療法，醫生該如何選擇適合患者的療法？在臨床研究中，科學家該如何確定一種新型腫瘤療法適用人群？隨著研究的深
Illumina副總裁：基因組學如何影響腫瘤學未來的發展？
專訪Illumina腫瘤業務營銷副總裁John Leite 基因組學正在改變腫瘤研究，其最終目標是推進癌癥的診斷、治療、監控及最終的篩查方式。Illumina的腫瘤業務營銷副總裁John Leite介紹了這一領域的最新進展，以及隨著今天的研究轉化為臨床，他對未來的期望。 基因組學如何影響腫瘤
貝瑞和康建成全球最大婦科腫瘤基因組數據庫
基因組大數據的重大意義開始凸顯，貝瑞和康與阿里云合作開展的“神州基因組數據云”項目取得的階段性成果，便已經收效顯著。 9月23日，在第十九屆全國臨床腫瘤學大會暨CSCO學術年會上，北京貝瑞和康生物技術股份有限公司（以下簡稱“貝瑞和康”）公布了在生物信息分析領域和大數據建設方面做出的重要成果。
新活檢方法出現新發現遺傳物質可準確代表腫瘤基因組
根據英國《自然》雜志近日發表的一項最新成果，美國癌癥專家報告一種新發現的遺傳物質，可準確代表腫瘤基因組。研究人員表示，這種腦脊液（CSF）中腫瘤源DNA的檢測，可用于追蹤一些膠質瘤的進展。而這種液體活檢方法可作為一種微創方法，替代腦組織取樣。 膠質瘤是成年人中最常見的癌性腦腫瘤。監測膠質瘤進展
北京基因組所合作揭示RNA－m6A修飾調控抗腫瘤免疫機制
免疫治療是對抗腫瘤的前沿陣地，其治療成功的關鍵是引發針對腫瘤抗原的自發性T細胞反應。許多病人的免疫系統無法有效識別腫瘤抗原，難以引發持續性的T細胞應答并清除腫瘤。研究免疫系統識別腫瘤抗原的分子機制有望發現新型藥物靶點，提高免疫治療效果。 中國科學院北京基因組研究所韓大力團隊與清華大學徐萌團隊、
癌癥蛋白在基因組和腫瘤抑制過程中扮演的關鍵角色
近日，一項刊登在國際雜志Nature Communications上的研究報告中，來自美國威斯達研究所的科學家們通過研究發現，DNA復制后，ARID1A腫瘤抑制蛋白能夠幫助維持端粒的內聚和染色體的分離，相關研究結果表明，ARID1A突變的細胞或會經歷與細胞生存不相容的基因組改變，這或許也能夠解釋
Nature揭示膀胱腫瘤基因組突變中DNA修復及損傷的關鍵角色
在過去幾十年里，全世界的科學家們都在對癌細胞的基因組進行全方位解析，試圖揭開驅動腫瘤生長的基因密碼；隨著對成千上萬個在腫瘤細胞DNA中積累的基因突變進行精確分析，研究人員如今發現的致癌基因的數量越來越多了；近日科學家們就將研究目光轉移到了其它關鍵問題上，即什么樣的生物學過程會引發DNA發生突變？
上海生科院開發出腫瘤基因組等位基因特異性表達新算法
7月13日，國際學術期刊Bioinformatics在線發表了中國科學院上海生命科學研究院計算生物學研究所李亦學研究組的最新研究論文cisASE: A likelihood-based method for detecting putative cis-regulated allele-spec