環狀RNA研究方法（一）
至2015起云序生物已經完成10000+例環狀RNA全轉錄組測序服務，涵蓋了50+疾病，20+物種，幫助眾多客戶在環狀RNA分子的研究中取得突破性進展。客戶發表的環狀RNA文章高達20篇以上。此外云序生物還提供環狀RNA機制研究手段，rip&RNA pull down技術，幫助客戶沖刺高分機制文章。本周小編來講講云序生物客戶利用全轉錄組測序如何又快速發表了一篇5分以上的文章（前期講述了好多篇環狀RNA測序直接發表5分的文章的案例，感興趣的伙伴可以點擊往期的鏈接）。 研究背景：作為非編碼分子的重要成員，環狀RNA分子在多種疾病生理學過程當中都扮演著重要的角色。這一次對于環狀RNA分子的研究聚焦在了電離輻射對細胞的影響。說起電離輻射，其實在我們的生活中微量輻射幾乎無處不在，土壤中有天然輻射源氡氣，體檢的時候使用的X射線機等等。要知道腸上皮細胞對（intestinal epithelium）電離放......閱讀全文
云序環狀RNA研究策略在環狀RNA研究的應用（一）
環狀RNA作為新發現的RNA分子，從誕生之日起就是光環加身，屢屢登上Science、Nature、Cell等高分期刊。近期發表的《2019研究前沿》中，“環狀RNA作為癌癥新的生物標志物”成為生物科學領域6個新興前沿之一。2019年環狀RNA共發表SCI論文885篇，較2018年增長約20%，其中大
云序環狀RNA研究策略在環狀RNA研究的應用（二）
4.對年齡相關性白內障circRNA的分析顯示，circZNF292可以通過海綿機制調節miR-23b-3p功能發表期刊：Aging-us影響因子：4.831發表時間：2020.9.10研究方法：全轉錄組測序、qRT-PCR、RIP、RNA pull down、雙熒光素酶實驗等云序提供文章鏈接：Pr
環狀－RNA－測序案例分析
案例：以結腸癌，卵巢癌，特發性肺纖維化及正常的人組織為例探討 circular RNAs 的富集與增殖的相關性 背景：最新研究表明，circular RNAs 大量存在，是構成生物體 RNA 網絡的一部分，而且研究者們推測 circular RNAs 與 miRNAs 一樣具有生物學功能。 目的
環狀RNA結合功能蛋白
環狀RNA作為研究持續火熱的明星分子，不同于對其豐富的表達譜研究，環狀RNA功能機制研究還僅僅處在起步階段。環狀RNA研究多為miRNA海綿機制，部分circRNA可競爭性結合miRNA，解除miRNA對靶基因的抑制作用，上調靶基因的表達。其實，環狀RNA可以通過結合不同種類的功能蛋白，分別在轉錄前
環狀RNA研究方法（一）
至2015起云序生物已經完成10000+例環狀RNA全轉錄組測序服務，涵蓋了50+疾病，20+物種，幫助眾多客戶在環狀RNA分子的研究中取得突破性進展。客戶發表的環狀RNA文章高達20篇以上。此外云序生物還提供環狀RNA機制研究手段，rip&RNA pull down技術，幫助客戶沖刺高分機制文章。
環狀RNA研究方法（二）
在此基礎上，哪些環狀RNA分子發生了差異表達？在這里火山圖、Venn圖應有盡有。根據p=2的標準，一共發現42個環狀發生上調，47個環狀發生下調。?圖3. 差異環狀RNA的篩選2. 差異環狀RNA分子的qPCR驗證對于一篇做譜的文章，差異環狀RNA的結果驗證只需做到qPCR即可。對5個上調和5個下調
環狀RNA研究深度剖析
1.環狀RNA為什么火？它到底是何方神圣？ 2013年兩篇Nature[1][2]文章的出世，徹底顛覆了我們對RNA的傳統認知，同時也迅速引爆了整個生物醫學界！經過嚴格統計匯總后，2017年國家自然科學金獲批的項目中環狀RNA研究相關的項目總數高達176項，其中有兩項杰出青年基金，一項優秀
環狀RNA研究文章匯總（二）
4.世界首篇人膠質瘤環狀RNA研究（影響因子：3.0）膠質瘤作為最常見的顱內惡性腫瘤占顱腦腫瘤的40%~50%，電磁輻射等其他環境致癌因素會導致膠質瘤的發生，盡管手術切除、術后放療、藥物化療等方法可以作為主流的膠質瘤治療手段，但是多形性膠質母細胞瘤（GBM）的強侵襲、增殖能力仍給病人的治療造成很大的
環狀RNA研究文章匯總（一）
環狀RNA“一站式”服務一直以來是云序生物的主打產品，嚴格的質控把關、嚴謹的實驗設計、出色的生信分析以及貼心的售后服務造就了多項世界首篇環狀RNA研究文章，受到了廣大客戶的一致好評。迄今為止，云序已經積累了超過10000例環狀RNA測序的經驗，樣本覆蓋20多個物種以及50多種疾病，客戶發表文章達20
環狀RNA研究深度剖析（一）
1.環狀RNA為什么火？它到底是何方神圣？2013年兩篇Nature[1][2]文章的出世，徹底顛覆了我們對RNA的傳統認知，同時也迅速引爆了整個生物醫學界！經過嚴格統計匯總后，2017年國家自然科學金獲批的項目中環狀RNA研究相關的項目總數高達176項，其中有兩項杰出青年基金，一項優秀青年基金，兩
環狀RNA研究深度剖析（二）
目標circRNA的機制研究 a RIP-qPCR：挑選功能最為明顯的1個circRNA做RIP-qPCR實驗，檢測circRNA是否與AGO2蛋白結合。（AGO2是circRNA發揮海綿作用的指示蛋白） b RNA pull down：對上述circRNA進行RNA pull down實驗，拉
非洲爪蟾環狀RNA研究成果
作為最新的明星分子，環狀RNA的熱度與日俱增。環狀RNA到底火到了什么程度？從云序客戶捷報頻傳﹑研究成果不斷就可見一斑：上期我們剛剛介紹云序客戶發表了世界首個小鼠腦創傷模型外泌體環狀RNA的研究，整合了外泌體和環狀RNA兩大科研熱點。在探索新物種的環狀RNA研究上，云序客戶此前更是先后發表了全世界第
環狀RNA高分文章怎么發？
文章導讀環狀RNA作為最新發現的RNA分子，從誕生之日起就是光環加身，屢屢登上Science、Nature、Cell等高分期刊。近期發表的《2019研究前沿》中，“環狀RNA作為癌癥新的生物標志物”成為生物科學領域6個新興前沿之一。2019年環狀RNA共發表SCI論文885篇，較2018年增長約20
環狀RNA，飛速發展的新前沿
生物學家們幾十年前就知道存在一種不尋常的分子，環狀RNA（circRNA）。與線性RNA相比，circRNA受到的關注比較少，也比較難于研究。舉例來說，circRNA很難與其它RNA區分開，擴增或片段化會破壞RNA環，而且早期RNA測序的分析算法會過濾掉circRNA的標志性序列。因為技術和方法
環狀RNA（circRNA）主要有哪些類型
目前發現的circRNA主要來源于基因外顯子，但多項研究也表明circRNA的類型比想象的要復雜，可以來自基因組上多種基因結構。?同一基因位置可以產生不同類型的環狀RNA
環狀rna，為什么blast上標注mrna
環狀RNA(circRNA)區別傳統線性RNA類新型RNA具閉環結構量存于真核轉錄組部環狀RNA由外顯序列構同物種具保守性同存組織及同發育階段表達特異性由于環狀RNA核酸酶敏比線性RNA更穩定使其作新型臨床診斷標記物發應用具明顯優勢近已新熱點閱微基于2015始提供lncRNA環狀RNA表達檢測服務運
云序生物環狀RNA研究文章匯總
環狀RNA“一站式”服務一直以來是云序生物的主打產品，嚴格的質控把關、嚴謹的實驗設計、出色的生信分析以及貼心的售后服務造就了多項世界首篇環狀RNA研究文章，受到了廣大客戶的一致好評。迄今為止，云序已經積累了超過10000例環狀RNA測序的經驗，樣本覆蓋20多個物種以及50多種疾病，客戶發表文章達
當外泌體遇上環狀RNA（一）
文章導讀外泌體是細胞分泌的大小為30-200nm的盤狀囊泡，它在人體體液中分布廣 泛。2013年，科學家通過研究外泌體細胞囊泡調控機制獲得諾貝爾獎，這使外泌體開始被廣 泛關注，隨著研究的深入，人們發現外泌體可作為細胞間信息交流的橋梁，在細胞間往來穿梭進行信息傳遞。另外，外泌體與疾病的發生尤其
當外泌體遇上環狀RNA（三）
2. 外泌體circSHKBP1通過調控miR-582-3p/HUR/VEGF過程以及抑 制HSP90降解來促進胃ai發展發表期刊：Molecular Cancer影響因子：15.302發表時間：2020.6.29文章鏈接：Exosomal circSHKBP1 promotes gastric
當外泌體遇上環狀RNA（六）
3. 外泌體circPACRGL通過miR-142-3p/miR-506-3p- TGF- cm1過程驅動大腸ai的惡化發表期刊：Molecular Cancer影響因子：15.302發表時間：2020.7.27文章鏈接：Exosomal circPACRGL promotes progressio
當外泌體遇上環狀RNA（七）
（3）circPACRGL作為海綿分子結合miR-142-3p和miR-506-3p作者使用生物信息學數據庫預測發現circPACRGL同時具有miR-142-3p和miR-506-3p的結合位點，雙熒光素酶報告實驗檢測也證實miR-142-3p和miR-506-3p可與circPACRGL直接結合
當外泌體遇上環狀RNA（二）
（4）circUHRF1通過miR-449c-5p相關途徑來抑 制NK細胞功能作者利用生物信息學預測了14個miRNA，在NK-92細胞中進行circUHRF1-RIP以及qPCR，結果表明miR-449c-5p是NK-92細胞中一個與circUHRF1相互作用的miRNA。在NK-92細胞中進行抗
當外泌體遇上環狀RNA（四）
（3）GC來源的外泌體circSHKBP1在體外能促進GC細胞的增殖、遷移和侵襲為了探索circSHKBP1是否影響GC細胞的生物學過程，分析了circSHKBP1在4種人GC細胞系（BGC823、HGC27、AGS和MGC803）和正常胃上皮細胞系GES1中的表達水平。結果表明，circSHKBP
環狀RNA研究的方法及功能作用（二）
RNA是怎樣變成環狀的呢？a. 在可變剪切過程中，外顯子遷移，剪切形成套索結構，拉近剪切位點，促進序列成環b. 依賴鄰近的反向互補序列配對，拉近剪切位點，使其相互攻擊，促進序列成環c. 單個內含子直接成環d. RNA結合蛋白、反式作用因子參與成環研究功能，敲降看看據文獻報道，環狀RNA可以被小干擾R
環狀RNA研究的方法及功能作用（一）
環狀RNA—隱秘的未知RNA平行宇宙環狀RNA，被喻是隱秘的未知RNA平行宇宙。最近，復旦大學的鄭秋鵬博士（2016交流會嘉賓之一）以第一作者身份在Nature Communications上發布了他們關于circHIPK3的最新研究成果。現在就和小編一起來學習circRNA的研究思路，認識圓圈重塑
Nat－Rev－Genetics－|－環狀RNA的合成與功能
環狀RNA(circular RNA,circRNA)是一種新興的內源性非編碼RNA(noncoding RNA,ncRNA)，是繼microRNA (miRNA)以及long noncoding RNA (IncRNA)后非編碼RNA家族中極具研究潛力的新成員。越來越多的研究表明，環狀RNA具
當外泌體遇上環狀RNA（五）
（6）circSHKBP1直接HSP90相互作用并抑 制其降解在HGC27細胞中用circSHKBP1探針的RNA pull-down和蛋白質譜結果顯示兩個差異表達蛋白HSP90β和HSP90α（HSP90的異構體）在過表達circSHKBP1的GC細胞中富集。RIP實驗顯示，circSHKBP1能
研究發現環狀RNA限制皮膚癌的轉移
一項新的研究發現，一種神秘的遺傳物質可以抑制皮膚癌細胞的擴散，但隨著它們的成熟，這種物質往往會丟失。這項新研究近日發表在《Cancer Cell》上。通常，DNA被轉化成RNA，然后轉化成具有細胞功能的蛋白質。雖然大多數RNA是線性分子，但當它們的末端循環并附著時，有些會形成圓圈。 該研究的作
中科院Genome－Research發表環狀RNA新成果
早在幾十年前，生物學家們就發現了環狀RNA（circRNA）。環狀RNA呈封閉環狀結構，不受RNA外切酶影響不易降解，比線性RNA穩定得多。隨著二代測序的發展，人們逐漸意識到環狀RNA其實是非常普遍的。這些分子廣泛存在于多種生物的細胞中，從古生菌、酵母、小鼠到人類。 環狀RNA通常表達水平比較
教你輕松玩轉環狀RNA測序加機制研究（一）
從表達譜至海綿機制完美進階，教你輕松玩轉環狀RNA測序加機制研究文章導讀：禽白血病病毒J亞群(ALV-J)屬于逆轉錄病毒屬，慢病毒亞科的家族成員，可引起禽類多種腫瘤性疾病，如骨髓細胞瘤、肉瘤、血管瘤、腎腫瘤和成紅細胞增多癥，以及禽類骨髓白血病，導致受感染雞的高死亡很率。該分散的ALV-J菌株分布廣泛