南京醫科大學沈紅兵再發NatureGenetics新文章
近日來自南京醫科大學、中國醫學科學院北京協和醫院、華中科技大學、復旦大學、中國醫科大學、廣州醫學院等研究機構的科研人員采用全基因組關聯研究(GWAS)再次篩查了與肺癌相關的易感位點。相關論文“Association analyses identify multiple new lung cancer susceptibility loci and their interactions with smoking in the Chinese population”發布在7月15日的《自然遺傳》(Nature Genetics)雜志上。 領導這一研究的是南京醫科大學特聘教授、公共衛生學院院長沈洪兵，其早年畢業于南京醫學院衛生系，后曾作為高級訪問學者赴美國德克薩斯大學安德森癌癥中心流行病學進行腫瘤分子流行病學研究。近年來主要的研究領域為腫瘤、糖尿病、高血壓等慢性病的流行病學和分子流行病學研究，并在腫瘤的早期診斷、......閱讀全文
OPGEN全基因組圖譜應用系列——鞭蟲全基因組測序
鞭蟲是一種常見的土壤傳播寄生蟲，地理分布廣，感染率高，寄生于人體盲腸，導致人體慢性感染，對人類危害巨大。鞭蟲的全基因組測序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，發表在世界頂級期刊《Nature Genetics》上。該研究通過對2種不同
虎尾海馬全基因組破譯
中科院南海海洋研究所、德國康斯坦茨大學、華大基因和新加坡A*STAR研究院聯合破譯了虎尾海馬的全基因組。有關研究成果日前以封面文章的形式發表在《自然》雜志上。 海馬隸屬于海龍科。與其他硬骨魚不同，海馬呈現高度特殊的形態，例如頭部前方具有管狀長嘴，無腹鰭和尾鰭，尾端卷曲，全身覆蓋硬骨骼，沒有鱗片
全基因組擴增技術介紹
研究人員通常會在下游分析中遭遇DNA樣本量有限或不足的問題。QIAGEN的全基因組擴增技術通過以包括單細胞在內的小量樣本或珍貴樣本擴增獲得基因組DNA，解決此類難題。REPLI-g?Kit能夠準確地復制原始DNA樣本，不會造成偏差，擴增后的DNA可以直接應用于廣泛的遺傳學分析。什么是全基因組擴增(w
人類全基因組測序計劃
全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。 1986年， Renato Dulbecco是Z早提出人類基因組測序的科學家之一。他認為如果能夠知道所有人類基因的序列，對癌癥的研究將會很有幫助。美國能源部（DOE）與美國國家衛生研究院（NIH），分別在1986年與1987年加入人類基
全基因組的比較基因組雜交技術介紹
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
多國實施全基因組分析計劃
由于基因測序可以探查與特定疾病相關的基因，該療法正在成為日益受歡迎的診斷方法。 英國計劃到2017年對10萬人進行基因組測序。 美國加州一對龍鳳胎出生后，他們的父母非常憂慮：兩個嬰兒不僅發育緩慢，而且肌肉松軟無力。大腦掃描結果顯示，男嬰或存在大腦性麻痹；然而醫生對造成女嬰震顫和癲癇的原因卻不
全基因組測序的診斷價值
根據《Nature Genetics》上發表的一項新成果，全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項研究評估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素。 這個國際研究小組由英國的研究人員領導，對156個病例或家庭開展了臨床基因組測序。這些病例有著遺傳疾病的特征，但無法通過之前的篩查檢測來解
全血基因組提取操作步驟
操作步驟（（２００ul全血））* 第一次使用前請先在15ml漂洗液WB中加入60ml無水乙醇! 1. 取200ul新鮮、冷凍或加入各種抗凝劑的血液，放入1.5ml離心管。對如果全血起始量小于200μl，則用緩沖液BB補足到200μl。如果起始量介于200μl-300μl之間，則后續操作需要按照比例增
昆蟲全基因組DNA的提取
實驗概要利用改進的CTAB 法提取昆蟲全基因組DNA。主要試劑1. 蛋白酶K[美國Merck公司]2. 三羥甲基氨基甲烷(Tris)[美國Amresco公司]3. Taq DNA聚合酶及dNTP[NEB公司]4. 瓊脂糖及溴化乙錠(EB)[美國Amresco公司生產]5. 乙二胺四乙酸鈉(Na2ED
全基因組測序各步驟工具
全基因組測序（WGS）是下一代測序技術，用于快速，低成本地確定生物體的完整基因組序列。基因組的深度測序對于臨床研究的意義重大，解讀WGS數據并了解基因組突變在健康和疾病中的重要性是精準醫療的基石。WGS分析流程能分為三大塊，數據處理、檢測變異和綜合分析，具體如下圖所示：由于WGS現在已經非常成熟了，
小須鯨全基因組圖譜獲破譯
11月25日，韓國海洋科學技術研究所、深圳華大基因研究院等宣布成功破譯了小須鯨全基因組圖譜，并對鯨類獨特生理習性的遺傳學機制進行了分析。相關成果在線發表于《自然—遺傳學》雜志。 人們一直癡迷于海洋生物是如何演化為陸生生物的。鯨類的進化卻反其道而行之，由陸生向水生演化，和陸生偶蹄動物如牛、豬等
“863”腫瘤全基因組研究獲進展
7月14日，“十一五”國家“863”重大專項“食管癌全基因組關聯分析和藥物基因組學研究”和“肺癌全基因組關聯分析和藥物基因組學研究”成果匯報會在京召開。 日前，遺傳學權威期刊《自然—遺傳學》刊登了我國科學家食道癌和肺癌研究的重要進展。由中國醫學科學院腫瘤研究所分子腫瘤學國家重點實驗室教授林東昕
Cell新文章：癌癥全基因組測序
根據華盛頓大學醫學院的一項新研究，具有吸煙史的肺癌患者相比于不吸煙的肺癌患者腫瘤中的遺傳突變要多10倍。這一研究在線發表在9月13日的《細胞》(Cell)雜志上。 論文的資深作者、華盛頓大學基因組研究所主任Richard K. Wilson 說：“吸煙者基因組具有比不吸煙的肺癌患者基因
我國率先完成棗樹全基因組測序
在科技部“十一五”和“十二五”科技支撐計劃項目的持續資助下，河北農業大學劉孟軍教授研究團隊在世界上率先完成了棗樹的高質量全基因組測序，組裝出總長4.38億個堿基的棗基因組序列，達估測基因組的98.6%，使棗樹成為世界鼠李科植物（近千種）和我國干果樹種中第一個完成基因組測序的物種。 相關論文
中國樹鼩全基因組解析完成
中科院昆明動物研究所張云研究員課題組與深圳華大基因研究院合作，解析了新型實驗動物中國樹鼩的全基因組，系統評估了樹鼩作為藥物研發實驗動物的特征和優勢。研究近日發表于《公共科學圖書館·綜合》。 研究不僅為中國樹鼩用于新藥研發的藥效學、藥理學和毒理學評價提供了系統的基礎信息數據和科學依據，而且揭示了
中國種茶樹全基因組密碼破解
記者從安徽農業大學獲悉，該校茶樹生物學與資源利用國家重點實驗室宛曉春教授研究團隊，聯合深圳華大基因等單位，破解了世界上分布最廣的中國種茶樹的全基因組信息，成果日前在線發表于《美國科學院院刊》上。 世界主栽茶樹分屬兩個變種：即中國種和阿薩姆種，前者葉小，分布廣泛，適制綠茶等六大茶類；后者葉大，主
研究發現全新全基因組組裝方法
十年前，Illumina基因組測序技術進入市場時，前所未有的龐大數據量淘汰了較早開發的測序分析工具。 歷史總是重演。如今，第三代測序技術已經達到低成本群體測序規模的臨界點。 英國時間12月9日，《自然—方法學》在線發表了第一個能夠跟上基因組測序產生速度的組裝算法。 這篇論文只有兩位作者，
白菜甘藍油菜全基因組序列測定
? 由中國科學家領銜的白菜、甘藍和油菜全基因組測序項目取得階段性重大成果,獲得了白菜全基因組的精細圖,甘藍和油菜全基因組的框架圖。 研究表明，白菜、甘藍和油菜的基因組大小分別約為5億、6.5億和11億個堿基對,白菜和甘藍含有的基因總數目分別約4.2萬和4.5萬個,油菜基因覆蓋度85%以上。該
關于全基因組測序的內容介紹
1998年，克萊格·凡特的塞雷拉基因組公司成立，而且宣布將在2001年完成測序工作。隨后國際團隊也將完成工作的期限提前。2000年6月26日，塞雷拉公司的代表凡特，以及國際合作團隊的代表弗朗西斯·柯林斯（Francis Collins），在美國總統柯林頓的陪同下發表演說，宣布人類基因組的概要已經
我國率先完成菊花全基因組測序
中國中醫科學院中藥研究所和安利植物研發中心對外發布消息稱，由他們共同發起的科研團隊，在菊花全基因組計劃獲重大進展的同時，還完成了重要的藥用菊花品種——杭白菊的全長轉錄組遺傳信息發掘。此舉使我國成為世界上首次完成菊屬植物菊花全基因組測序的國家。 據了解，菊屬植物染色體結構復雜，包含從2n=18到
關于全基因組測序的應用介紹
全基因組測序的應用：通過生物信息手段，分析不同個體基因組間的結構差異，同時完成SNP及基因組結構注釋。 DNA突變可誘發癌癥。吸煙過程中所釋放的>60種致癌化學物質可與DNA結合并對DNA鏈上的鳥嘌呤和腺嘌呤進行化學修飾從而產生大的加合物，該加合物改變了DNA雙螺旋的結構，如果不被核苷酸剪切修復
單細胞的可靠全基因組擴增
目前多種新型分析技術，如新一代測序和芯片，都是為細胞群體而設計的，需要一定的樣本量。對于一些臨床或法醫樣本，如腫瘤細胞或循環胎兒細胞等，它們的細胞數量有限，直接限制了其下游應用。例如，在分析腫瘤細胞中的體細胞DNA突變或單個細菌基因組時，單細胞中的DNA無法滿足測序的mg級樣品量需求。為了從少量樣品
簡述全基因組測序的技術路線
全基因組測序的技術路線：提取基因組DNA，然后隨機打斷，電泳回收所需長度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接頭, 進行DNA簇（Cluster）制備，最后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法對插入片段進行測序。然后對測得的序列組裝成Contig，通
基因組所肝癌全基因組合作研究取得新進展
近日，由中國科學院北京基因組研究所所長吳仲義及其科學團隊與國立臺灣大學醫學院陳定信院士、陳培哲院士共同合作開展的“肝癌癌癥基因組合作研究”計劃獲最新進展，相關學術論文在在最新出版的PNAS雜志上發表。 “肝癌癌癥基因組合作研究”計劃于2009啟動，作為基因組所一項長期的癌癥基因
全基因組測序確定腦瘤的基因變異
日前，圣猶達兒童研究醫院（St. Jude Children's Research Hospital）的研究人員在新研究中鑒別出了一種兒童腦瘤亞型一半以上患者的致病性突變。此外他們還證實這些腫瘤對已經在研發中的一些藥物敏感。這項研究論文刊登在了近期出版的《自然-遺傳學》（Nature Genet
線粒體全基因組測定揭示家雞馴化史
為探討家雞的馴化歷史，中科院昆明動物研究所的研究人員發現了家雞較為清晰的母系遺傳背景信息。該研究成果日前在線發表于國際期刊《遺傳》。 據介紹，從肉蛋供應到供人娛樂，家雞在人類生產生活中扮演著重要角色。在被馴化之后，家雞跟隨人類擴散到世界各地，成為飼養最為廣泛的家禽。而家雞的馴化問題，自達爾
芝麻大規模全基因組關聯分析完成
由中國農科院油料所張秀榮研究員領銜的芝麻與特色油料遺傳育種創新團隊，與中科院國家基因研究中心等單位合作，在國際上率先完成了芝麻高密度單倍型圖譜構建、主要農藝性狀大規模全基因組關聯分析。10月19日，國際知名期刊《自然·通訊》雜志在線發表了上述研究成果。 該研究得到973、國家自然科學基金、中國
全基因組測序解密慢性高原病
8月16日，由加州大學圣地亞哥分校、華大基因等單位共同完成的安第斯高地人慢性高原病全基因組測序及相關研究，在《美國人類遺傳學雜志》上發表。研究為探索高原適應性的遺傳機制提供了基礎理論，也為慢性高山病的機理研究及治療提供了科學依據。 全球約有1.4億人世居高原。對于高原低氧環境的不適，通常會
牡蠣全基因組序列圖譜繪制完成
牡蠣基因組部分序列及其分析牡蠣基因組計劃（OGP）團隊成員在深圳華大基因研究院討論項目中國科學院海洋研究所和深圳華大基因研究院簽約儀式牡蠣是產量最大的海水養殖動物 牡蠣養殖 近日，牡蠣基因組計劃（Oyster Genome Project，OGP）項目組宣布，
草魚全基因組序列圖譜繪制完成
近日，記者從中國科學院水生生物研究所獲悉，該所魚類功能基因組學學科組負責的草魚全基因組序列圖譜繪制完成。該成果由水生生物研究所、中國科學院國家基因研究中心和中山大學等機構合作完成，相關研究成果于5月4日在線發表于《自然—遺傳學》雜志。 據該所研究員汪亞平介紹，該研究采用鳥槍法測序策略，分別對一